경상기술개발비를 전액 당기 비용으로 보아 손금에 산입할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1999사업연도에 발생한 경상기술개발비 590,423,263원(이하 “이 사건 경상기술개발비”라 한다)을 당기비용으로 손금산입하여 법인세과세표준 및 세액을 신고한 데 대하여 이 사건 경상기술개발비는 신제품ㆍ신기술개발과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 장래 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 균등상각 대상인 이연자산으로 보아 이 사건 경상기술개발비 중 1999사업연도 상각해당액인 118,084,653원을 제외한 472,338,610원을 손금부인하여 2000. 8. 30.자로 1999사업연도 귀속 법인세 155,267,110원을 부과, 고지하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 이 사건 경상기술개발비는 신제품의 연구개발과 관련하여 지출된 것이 아니므로 전액 당기 비용으로 인식하는 것이 세법상 취지에 적합하므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 이 사건 경상기술개발비를 전액 당기 비용으로 보아 손금에 산입할 수 있는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1989. 12. 26.자로 과학기술처장관으로부터 ㅇㅇ기술연구소를 기업부설연구소로 인정을 받았다.

(2) 청구인은 전동차용 주름없는 공기스프링(Bolsterless Air Spring)등의 신제품ㆍ신기술의 개발을 ○○연구원, ○○원, ○○연구원, ○○대학교 등에 위탁하거나 청구인 부설 ㅇㅇ기술연구소를 통하여 연구개발 중(개발기간 1997. 10월 ~ 2001. 1월)에 있는 사실이 청구인의 연구개발내역에 의하여 입증된다.

(3) 청구인은 위 (2)항의 신제품ㆍ신기술의 연구개발과 관련하여 1999사업연도 중에 지출한 이 사건 경상기술개발비 590,423,263원을 전액 당기비용으로 손금산입하여 법인세과세표준 및 세액신고를 한 사실이 1999사업연도의 손익계산서와 법인세과세표준 및 세액신고서 등에 의하여 입증된다.

(4) 청구인은 법인세과세표준 및 세액신고기한인 2000. 3. 31.까지 연구개발비에 대한 손금산입기간을 정하여 처분청에 신고하지 아니한 사실이 인정된다.

(5) 처분청은 이 사건 경상기술개발비를 신제품ㆍ신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 연구개발비(이연자산)로 보아 구 법인세법시행령 제77조 제2항 의 규정에 따라 청구인이 당기비용으로 손금산입한 590,423,263원 중 1999사업연도 이연자산상각 해당액 118,084,653원을 제외한 472,338,610원을 손금부인하여 2000. 8. 30.자로 1999사업연도 귀속 법인세 155,267,110원을 부과, 고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 법인세법 제42조 제1항 은내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.고 규정한 후 그 제3호에재고자산 등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가를 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법시행령(2000. 2. 7. 대통령령 제16703호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조는법 제42조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 자산 및 부채”라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.고 규정한 후 그 제4호에 다음 각 목의 1에 해당하는 이연자산을 규정하고 있고 같은 호 다목에서 연구개발비를 규정하고 있다.

(3) 구 법인세법시행령 제77조 제1항 은제74조 제4호의 규정에 의한 이연자산은 다음 각 호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다.고 규정한 후 그 제3호에 연구개발비: 신제품ㆍ신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것(산업기술연구조합육성법에 의한 ○○조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)이라고 규정하고 있고, 제2항은제1항의 규정에 의한 이연자산의 가액은 다음 각 호의 방법에 의하여 각 사업연도의 손금에 이를 산입한다. 다만, 창업비ㆍ개업비 및 연구개발비의 경우 법인이 제1호 내지 제3호에 규정된 기간의 범위 내에서 손금산입기간을 정하여 법인세과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그 신고한 기간동안 균등액을 각 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.고 규정한 후 그 제3호에 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도개시일부터 5년 이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 손금에 산입하는 방법이라고 규정하고 있다. 그리고 제4항의 규정에 따르면 제2항의 규정에 따라 이연자산의 가액을 손금에 산입한 법인은 법 제60조의 규정에 의한 법인세과세표준과 세액 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이연자산평가조정명세서 및 이연자산평가방법신고(변경신고)서를 납세지 관할세무서장에게 제출하도록 되어 있다.

(4) 구 법인세법시행령 부칙 제2조는이 영은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만,...제77조...의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.고 규정하고 있다.

• 라. 판단 위에서 살펴본 구 법인세법시행령 제77조 제1항 제3호 및 제2항 단서의 규정에 따르면 신제품ㆍ신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것은 이연자산인 연구개발비로 규정하고 있고, 연구개발비는 사업자가 5년의 범위 내에서 손금산입기간을 정하여 법인세과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하지 아니한 경우에는 이를 계상한 사업연도개시일부터 5년 이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 손금에 산입하게 되어 있다. 그런데 위 인정사실에 의하면 이 사건 경상기술개발비는 청구인이 한국○○연구원 등 위탁연구기관에 위탁하거나 청구인 부설 연구기관을 통하여 개발중인 전동차용 주름없는 공기스프링(Bolsterless Air Spring)등의 신제품ㆍ신기술의 개발과 관련하여 지출한 비경상적 비용임이 청구인의 연구개발 내역에 의하여 입증되고, 청구인은 또한 이 사건 경상기술개발비에 대하여 손금산입기간을 정하여 법인세과세표준신고기한(2000. 3. 31.)까지 처분청에 신고하지 아니한 사실이 인정된다. 따라서 사실관계가 이와 같다면 이 사건 경상기술개발비는 신제품ㆍ신기술 개발과 관련하여 발생된 비경상적 비용으로 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 이연자산인 연구개발비에 해당한다 할 것이므로 처분청에서 이 사건 경상기술개발비 590,423,263원 중 1999사업연도 상각해당액 118,084,653원을 제외한 472,338,610원을 손금부인한 것은 정당하다 할 것이어서 이와 다른 견해를 전제로 한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 정당하고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.