비영리법인의 수익사업관련 이차보전출연금이 법인세 과세대상소득에 해당하는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구외 ㅇㅇ지방국세청장은 1999. 12. 1.부터 2000. 2. 2.까지 청구인의 1996사업연도부터 1997사업연도까지 2개 사업연도(청구인의 사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지이다. 이하 “위 과세기간”이라 한다)의 법인세 신고내용에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 비영리사업의 자본금으로 계상한 이차손실보전목적의 정부출연금 계31,800,000,000원(1995사업연도 10,500,000,000원, 1996사업연도 21,300,000,000원, 이하 “이 사건 이차보전출연금”이라 한다)은 청구인이 중소기업구조개선사업의 일환으로 조달금리보다 낮은 금리로 청구외 각 중소기업에 자금을 대여함에 따라 발생한 구조고도화자금지원사업의 이차손실 보전을 위하여 정부로부터 출연받은 것이므로 수익사업인 구조고도화자금지원사업에서 발생된 소득에 해당하는 것으로 보아 이를 각 사업연도의 익금에 산입하고 소득금액을 재계산하여 위 이차보전출연금 익금산입 등에 따른 법인세 5,307,185,930원을 포함한 1998사업연도의 법인세 5,307,856,300원을 부과하도록 2000. 3. 29. 처분청에 통보하였다.
• 나. 처분청은 위 통보내용에 따라 2000. 4. 1.자로 1998사업연도 법인세 5,307,856,300원을 부과, 고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인은 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제47조의 규정에 의거 설립된 비영리내국법인이므로 청구인이 시행하고 있는 중소기업에 대한 구조고도화자금지원사업과 관련하여 정부로부터 출연받은 이차보전출연금은 다음과 같은 사유로 법인세 과세대상 소득에 해당하지 아니한다.

(1) 구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항 단서의 규정에 따르면 비영리내국법인은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각 호의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정한 후 그 제1호에서 금융 및 보험업 등 수익사업을 열거하고 있으며, 제3호 내지 제7호에서 이자ㆍ배당수입, 주식의 양도로 인한 수입, 고정자산의 처분으로 인한 수입만을 열거하고 있을 뿐 자산수증이익은 열거되어 있지 아니하다.

(2) 그리고 영리법인에 대한 과세소득의 범위를 정하고 있는 구 법인세법 제9조 제2항 의 규정에 따르면 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익을 익금으로 보아 법인세를 과세하도록 하고 있고 같은 법 시행령 제12조 제1항에서는 수익의 범위에 대하여 그 제1호에서 금융 및 보험업 등을 열거하고 있으며 제6호에서 무상으로 받은 자산의 가액 즉 자산수증이익을 별도로 열거하여 자산수증이익이 금융 및 보험업 등 수익사업 자체에서 발생한 소득이 아님을 명시하고 있다.

(3) 또한 구 상속세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호상속세 및 증여세법으로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조의2 제1항에서 타인의 증여에 의하여 재산을 취득한 자(영리법인을 제외함)는 증여세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있어 비영리법인의 자산수증이익은 구 법인세법 제1조 제1항 에서 열거하고 있는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득으로 볼 수 없으므로 청구인이 정부로부터 출연받은 이 사건 이차보전출연금에 대하여는 법인세가 과세될 수 없을 뿐 아니라 구 상속세법 제34조의8 제1호의 규정에 따르면 국가로부터 증여받은 가액에 대하여는 증여세를 비과세하게 되어 있으므로 증여세 또한 비과세 대상이다.

(4) 한편 청구인이 1995 및 1996사업연도 이차보전출연금을 청구인의 회계처리규정 제31조 제1항의 규정에 따라 비영리사업의 자본금으로 회계처리하다가 1997사업연도부터 회계처리방법을 변경하여 수익사업의 수익으로 회계처리하고 있는 사실에 기초하여 1995 및 1996사업연도의 이차보전출연금도 수익사업의 수익에 해당한다는 주장이 있을 수 있으나 청구인이 회계처리를 변경한 것은 구조고도화자금지원사업의 조달금리와 대여금리의 차이로 인하여 수익사업회계에서 거액의 손실(1995사업연도: 약 200억 원, 1996사업연도: 약 536억 원)을 기록하였는데도 경영부실에 기인한 것으로 대외적으로 오인될 소지가 있어 변경한 것이고, 회계처리변경에 따라 수익사업의 수익으로 계상한 금액을 법인세 신고를 할 때 익금불산입시키지 않은 것은 동 금액을 익금불산입한 상태에서 1998. 12. 31. 현재 세무상 이월결손금이 약 192억 원이나 되므로 동 금액을 익금에 불산입하여 거액의 이월결손금을 발생시킬 이유가 없었던 것으로 1997사업연도부터 이차보전출연금을 수익사업의 수익으로 회계처리하고 있다는 사실과 동 금액을 세무상 익금불산입시키지 않았다는 사실은 이차보전출연금에 대한 법인세 과세여부와는 전혀 무관하다.

(5) 따라서 청구인이 구조고도화자금지원사업과 관련하여 정부로부터 출연받은 이차보전출연금은 자산수증이익으로서 구 법인세법 제1조 제1항 에 열거하고 있는 비영리법인의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 않는 것이 명백할 뿐 아니라 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없다는 판례(대법원 1996. 6. 14.선고,00누00000판결)의 취지에 비추어 보더라도 이 사건 부과처분은 경정되어야 한다.

• 가. 다툼 이 사건 이차보전출연금이 법인세과세대상 소득에 해당하는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제47조의 규정에 의하여 설립된 법인으로서 중소기업을 대상으로 한 경영지도, 연수, 자금지원(금융), 아파트형 공장 분양 및 임대, 복권발행 등의 사업을 수행하고 있다.

(2) 위 사업 중 자금지원사업은 청구인이 채권발행, 은행차입 등을 통하여 자금을 조달하여 조달금리보다 낮은 금리로 중소기업의 자동화ㆍ정보화ㆍ기술개발 등 구조고도화를 위한 자금을 지원하는 사업으로서 조달금리와 대여금리와의 차이에 따른 이차손실은 정부재정(이차보전출연금)과 청구인이 발행하는 복권수입에서 각각 50%씩 보전하고 있는 사실이 1995년도 구 상공자원부소관 세입ㆍ세출예산안 검토보고서 등에 의하여 입증된다.

(3) 청구인의 위 자금지원사업은 중소기업의 자동화사업 등에 소요되는 자금을 지원(금융대여)하는 사업이므로 한국표준산업분류표(통계청고시 제91-1호, 1991. 9. 9.) 상 기타 금융업 중 기금관리업으로서 구 법인세법 제1조 제1항 제1호 에 나열된 수익사업인 금융업에 해당하며, 청구인 또한 1995사업연도 및 1996사업연도결산서와 그 부속명세서 등에 따르면 위 자금지원사업을 수익사업으로 회계처리하고 있는 사실이 확인된다.

(4) 청구인의 회계규정 제31조의 규정에 따르면 중소기업진흥법의 규정에 의한 정부 및 정부 외의 자로부터의 출연금은 자본화하여 계상하되 출연금 중 비용에 충당하는 금액이 명백히 구분되는 경우에는 당해 금액을 사업수익으로 계상할 수 있게 되어 있고, 청구인에 대한 감독기관인 중소기업청의 기금출연금에 대한 내역별 구분회계처리방안승인(자금 00000-000, 1997. 12. 6.)에서는 중소기업지원을 위한 재원을 청구인이 직접 마련하기 위해 채권을 발행하고 그에 따른 이차손실보전 등 비용충당을 위한 출연금은 수익으로 계상하도록 되어 있다.

(5) 그리고 청구인은 1995사업연도부터 1998사업연도까지 구조고도화자금지원사업을 위한 채권발행, 은행차입금리와 대여금리차로 인한 이차액의 50%에 해당하는 이차보전금 계 2,101억 7,000만 원을 정부로부터 출연받은 후 그 중 1995사업연도의 105억 원과 1996사업연도의 213억 원은 각각 당해 사업연도 비영리사업의 자본금계정에 정부출연금으로 계상하고, 1997사업연도의 661억 9,100만 원과 1998사업연도의 1,121억 7,900만 원은 각각 당해 사업연도 수익사업의 사업수익 중 구조고도화자금지원수익계정에 계상한 사실이 각 사업연도의 결산서 및 부속명세서에 의하여 입증된다.

(6) 이 사건 부과처분을 하게 된 경위를 보면 다음과 같다. (가) 청구외 ㅇㅇ지방국세청장은 1999. 12. 1.부터 2000. 2. 2.까지 청구인에 대한 세무조사를 실시한 후 청구인이 비영리사업의 자본금계정에 계상한 이 사건 이차보전출연금은 기금조성목적이나 자본출자목적의 출연금이 아닌 구 법인세법 제1조 제1항 제1호 에 열거된 수익사업인 금융업에서 발생된 소득으로 보아 이를 각 사업연도 수익사업의 익금으로 산입하여 청구인이 과세소득금액에서 공제ㆍ신고한 1998사업연도말 현재 이월결손금 44,797,667,672원 중 13,616,326,969원을 공제부인하여 1998사업연도 법인세 5,307,856,300원을 부과하도록 2000. 3. 29. 처분청에 세무조사결과를 통보하였다. (나) 처분청은 ㅇㅇ지방국세청장의 위 세무조사결과 통보에 따라 2000. 4. 1.자로 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계법령의 규정

(1) 구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항은국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각 호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다. 1. 농업...금융 및 보험업...가사서비스업으로서 대통령령이 정하는 것 2.~ 6.생략 7. 제1호 내지 제6호 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15192호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은법 제1조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표(이하 “한국표준산업분류표”라 한다)에 의한 사업 중 수익이 발생하는 것으로 하되, 다음 각 호의 사업을 포함하지 아니하는 것으로 한다. 1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경 및 관련 서비스업 외의 농업 2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(상업적 연구개발업을 제외하되, 내국법인이 외국에서 영위하는 기술용역사업에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 외국법인이 국내에서 영위하는 기술용역사업을 포함한다) 3. 교육서비스업 중 교육법에 의한 학교를 경영하는 사업 4. 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법의 규정에 의하여 운영하는 사회복지사업 5. 연금 및 공제업 중 국민연금법에 의한 국민연금사업 비생명보험업 중 의료보험법 및 공무원 및 사립학교교직원 의료보험법에 의한 의료보험사업 6. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업 7. 기타 제1호 내지 제6호와 유사한 사업으로서 총리령이 정하는 사업이라고 규정하고 있고, 제4항은비영리내국법인이 법 제1조 제1항 각 호의 수익사업을 영위하는 때에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.고 규정하고 있다.

(3) 구 법인세법시행규칙(1996. 12. 31. 총리령 제609호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제1조의2는영 제2조 제1항 제7호에서 “총리령이 정하는 사업”이라 함은 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업으로서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류 중 소분류상의 연금 및 공제업(기금조성 및 급여사업을 말한다)을 말한다고 규정하고 있다. (4) 국세기본법 제20조 는국세의 과세표준을 조사ㆍ결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. (5) 법인세법 기본통칙 1-1-6...1(수익사업에서 생긴 소득의 범위) 제1항은법 제1조 제1항 단서의 수익사업에서 생긴 소득이라 함은 당해 사업에서 생긴 주된 수입금액 및 이와 직접 관련하여 생긴 부수수익의 합계액에서 당해 사업수익에 대응하는 손비를 공제한 소득을 말한다고 규정하고 있다.

• 라. 판단 위에서 살펴본 구 법인세법 제1조 제1항 단서는 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각 호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 법인세법 기본통칙 1-1-6...1 제1항은 법 제1조 제1항 단서의 수익사업에서 생긴 주된 수입금액 및 수익사업과 직접 관련하여 생긴 부수수익을 수익으로 인식하도록 규정하고 있다. 따라서 위 각 규정취지에 비추어 보면 소득이 생기는 수익사업 또는 수입이 위 단서 제1호 내지 제7호에 해당하는 한 그로부터 생기는 소득은 당해 수익사업에서 생긴 주된 수입금액은 물론 당해 수익사업과 직접 관련하여 생긴 부수수익도 모두 법인세의 과세대상이 된다고 하겠다. 그런데 위 인정사실에 의하면 청구인의 구조고도화자금지원사업은 한국표준산업분류상의 금융업 중 기타금융업으로서 구 법인세법 제1조 제1항 단서 제1호에서 정한 금융업에 해당하여 법인세 과세대상 수익사업에 해당하고, 청구인도 동 사업을 수익사업으로 회계처리하여 법인세를 신고ㆍ납부하여온 사실이 입증될 뿐 아니라 이 사건 이차보전출연금은 청구인이 위 수익사업을 시행함에 따라 발생한 이차손실을 보전하기 위하여 정부에서 출연한 사실이 1995년도 구 상공자원부소관 세입ㆍ세출예산안 검토보고서, 중소기업청의 기금출연금에 대한 구분회계처리 방안 승인에 관한 서류 등에 의하여 확인되며, 청구인 스스로도 1997 및 1998사업연도에 정부로부터 출연받은 이차보전출연금 계 1,783억 7,000만 원을 위 수익사업의 수익으로 계상한 사실이 확인된다. 따라서 사실관계가 위와 같다면 청구인의 구조고도화자금지원사업은 구 법인세법 제1조 제1항 단서 제1호에서 규정된 수익사업에 해당하고, 청구인의 위 수익사업에서 생긴 손실을 보전하기 위하여 정부에서 출연한 이 사건 이차 보전출연금은 청구인의 위 수익사업과 직접 관련하여 생긴 소득으로서 법인세 과세대상 소득에 해당한다고 보아야 할 것이므로 이와 다른 견해를 전제로 하여 비과세 대상 소득이라는 청구주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 이차보전출연금을 수익사업과 직접 관련하여 발생한 부수수익으로 보아 각 사업연도의 익금에 산입하여 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.