손익의 귀속사업연도는 법인이 일반적으로 공정ㆍ타당한 기업회계기준 또는 관행에 따른 경우 이를 수용하며, 비용을 지출하여 시설을 국가에 귀속시킨 경우 사용료 감면이나 무상사용권의 획득 등 투자비 보전을 통한 경제적 대가관계가 성립하는 때에는 그 지출을 매출로 보아 부가가치세를 과세할수 있음
손익의 귀속사업연도는 법인이 일반적으로 공정ㆍ타당한 기업회계기준 또는 관행에 따른 경우 이를 수용하며, 비용을 지출하여 시설을 국가에 귀속시킨 경우 사용료 감면이나 무상사용권의 획득 등 투자비 보전을 통한 경제적 대가관계가 성립하는 때에는 그 지출을 매출로 보아 부가가치세를 과세할수 있음
1. 처분청은 1999. 12. 15.자로 청구인에게 한 1994년 귀속 법인세 6,097,440원, 1995년 귀속 법인세 251,685,410원, 1996년 귀속 법인세 214,038,400원과 2000. 2. 2.자로 청구인에게 한 1997년 귀속 법인세 236,491,870원과 1994년 귀속 농어촌특별세 248,600원, 1995년 귀속 농어촌특별세 11,699,600원 등 법인세 계 708,313,120원 및 농어촌특별세 계 11,948,000원의 부과처분에 관하여
2. 처분청은 1999. 12. 15.자로 청구인에게 한 1996년 제1기분 부가가치세 214,588,400원 및 1996년 제2기분 부가가치세 16,900,000원과 2000. 2. 2.자로 청구인에게 한 1997년 제1기분 부가가치세 2,008,500원, 1997년 제2기분 부가가치세 44,029,700원, 1998년 제1기분 부가가치세 9,360,000원 및 1998년 제2기분 부가가치세 6,500,000원 합계 293,386,600원의 부가가치세 부과처분을 취소하여야 한다. (별지2 기재내용 참조)
3. 나머지 청구를 기각한다.
(1) 처분청이 청구인에게 한 법인세 및 농어촌특별세부과처분 내용(별지1 “ㅇㅇ산업(주)에 대한 법인세 및 농어촌특별세 부과내역“의 기재내용 참조)은 다음과 같다. (가) 처분청은 청구인이 1994년부터 1996년까지 사이에 매년 각 11,300,000원, 531,800,000원, 1,237,580,000원 등 계 1,780,680,0000원을 들여 이 사건 임차시설을 교체ㆍ보수 및 수리를 하고 이를 수선비로 계상하여 비용이 발생한 당해 각 사업연도에 손금으로 처리한 데 대하여 처분청은 청구인이 지출한 위 비용은 임차자산에 대한 자본적 지출에 해당한다고 하여 투입된 수선비 전액을 이 사건 임차시설의 이연비용으로 계상하여 각 보수 또는 교체된 시설의 완공연도부터 내구연한으로 안분하여 매년 균등하게 감가상각한도액 만큼을 손금에 산입하는 방법을 적용하여 완공연도 전의 지출분과 완공연도 이후의 감가상각한도액 초과 지출분에 대하여는 손금부인하였으며, 청구인이 자산으로 계상하여 1997사업연도까지 매년 감가상각하여 온 선박에 대하여 처분청은 선박의 실체가 없는 가공자산이라 하여 당해 선박의 장부상 취득가액 16,691,435원을 청구인의 1996사업연도 익금에 산입하는 등 청구인의 1994사업연도부터 1998사업연도까지의 법인세 과세표준을 경정하여 청구인에게 1999. 12. 15.자로 법인세 계 537,323,300원(1994사업연도 귀속 6,097,440원, 1995사업연도 귀속 251,685,410원, 1996사업연도 귀속 214,038,400원, 1997사업연도 귀속 65,502,050원)을 부과, 고지하는 처분을 하였다. (나) 처분청은 청구인이 1997년과 1998년에 각 354,140,000원과 122,000,000원 등 계 476,140,000원을 들여 이 사건 임차시설을 교체ㆍ보수 및 수리를 하고 이를 수선비로 계상하여 비용이 발생한 당해 각 사업연도에 손금으로 처리한 데 대하여 처분청은 위 (가)항 기재내용과 같은 사유로 청구인의 1997사업연도와 1998사업연도 법인세 과세표준을 재경정하여 청구인에게 2000. 2. 2.자로 1997사업연도 귀속 법인세 236,491,870원을 부과, 고지하는 처분과 농어촌특별세 계 11,948,200원(1994사업연도 귀속 248,600원, 1995사업연도 귀속 11,699,600원)을 부과, 고지하는 처분을 하였다. (다) 위 2차에 걸친 부과처분의 결과 청구인에게 부과된 법인세는 1994사업연도 귀속 6,097,440원, 1995사업연도 귀속 251,685,410원, 1996사업연도 귀속 214,038,400원, 1997사업연도 귀속 236,491,870원(이 4건의 부과처분을 합쳐 이하이 사건 법인세부과처분이라 한다) 등 합계 708,313,120원이고(1998사업연도에 대하여는 과세표준을 감액경정하였다), 청구인에게 부과된 농어촌특별세는 1994사업연도 귀속 248,600원, 1995사업연도 귀속 11,699,600원(이 2건의 부과처분을 합쳐 이하이 사건 농어촌특별세부과처분이라 한다) 등 합계 11,948,200원이다.
(2) 처분청은 청구인이 이 사건 임차자산에 대하여 시설교체ㆍ보수 및 수리를 위한 비용을 지출한 것은 임차자산에 대한 자본적 지출에 해당하고 임차자산에 대한 자본적 지출이 있는 경우 당해 시설의 완공일이 속하는 과세기간에 부가가치세를 부과하여야 하는 것이라 하여 별지2 “ㅇㅇ산업(주)에 대한 부가가치세 부과내역”의 기재내용과 같이 청구인이 임차자산에 대하여 지출한 수선비 총액을 과세표준으로 하여 청구인에게 1999. 12. 15.자로 부가가치세 계 231,488,400원(1996년 제1기분 214,588,400원, 1996년 제2기분 16,900,000원)과 2000. 2. 2.자로 부가가치세 계 61,898,200원(1997년 제1기분 2,008,500원, 1997년 제2기분 44,029,700원, 1998년 제1기분 9,360,000원, 1998년 제2기분 6,500,000원) 등 합계 293,386,600원의 부가가치세를 부과, 고지하는 처분(이 6건의 부과처분을 합쳐 이하이 사건 부가가치세부과처분이라 한다)을 하였다.
(3) 또한, 처분청은 청구인이 1998사업연도 이익잉여금처분계산서에 배당금 600,000,000원(이하이 사건 배당금이라 한다)을 계상하여 1999. 3. 30.자로 처분확정하고서도 이 사건 배당금에 대한 원천징수를 누락하였다 하여 소득세법상 배당소득 지급시기 의제규정에 근거하여 위 처분확정일 3월이 되는 날을 배당소득 지급시기로 의제하여 2000. 2. 2.자로 청구인에게 1999년 귀속 배당소득세 132,000,000원(지급조서미제출가산세 12,000,000원 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하이 사건 배당소득세부과처분이라 한다)을 하였다.
(1) 청구인은 ○○지방해양수산청장으로부터 국가 소유의 이 사건 임차시설을 전용사용료를 납부하는 조건으로 사용허가를 받아 해운회사의 선박이 외국으로부터 수입한 곡물을 양하하여 저장하고 통관을 거쳐 출하시키는 운송보관업을 영위하는 법인으로서 ○○지방해양수산청장으로부터 항만시설의 비산먼지 발생문제에 대한 대책을 수립하도록 지시를 받음에 따라 1994. 9. 12. ○○지방해양수산청장으로부터 비관리청 항만공사 시행허가를 받아 청구인이 공사비 1,348,300,000원 전액을 부담하여 이 사건 임차시설 중 양곡싸이로시설 내부의 콘베이어벨트를 교체하는 공사를 시행하였고, 또한 청구인은 위 콘베이어벨트 교체공사 이외에도 ○○지방해양수산청장으로부터 항만시설사용허가를 받을 때 청구인에게 허가조건으로 부여된 시설물 유지보수책임에 의거하여 청구인 부담으로 이 사건 임차시설에 대한 수선활동을 연차적으로 해오고 있는데 그 비용지출내용을 보면 1996년에 부두도로개수비ㆍ싸이로곡물출구(GATE)수리비ㆍ고압전선로교체비 등 4건 계 432,380,000원, 1997년에 전기시설보수비ㆍ곡물흡입양하기(UNLOADER)수리비ㆍ싸이로내부 콘베이어벨트수리비ㆍ야간작업 조명시설수리비 등 14건 계 354,140,000원, 1998년에 경계철조망이설 및 확대부지포장공사비ㆍ콘베이어벨트라인 철구조물수리비 등 2건 계 122,000,000원 합계 908,520,000원이다. 위와 같이 청구인이 콘베이어벨트교체공사비 1,348,300,000원, 기타 각종시설 수선비 908,520,000원 등 계 2,256,820,000원을 들여 이 사건 임차시설을 교체ㆍ보수 및 수리한 것은 이 사건 임차시설이 국가 소유이므로 당연히 국가에서 예산에 반영하여 집행하여야 할 사항인데도 국가예산에 반영되지 아니하여 부득이 청구인이 부담하게 된 것일 뿐 아니라 청구인이 이 사건 임차시설의 교체ㆍ보수 및 수리에 소요된 비용을 부담하였다고 하여 국가가 징수하는 항만시설사용료에서 위 비용을 공제하여 주는 등의 혜택을 받은 것도 아니므로 이 사건 임차시설의 교체ㆍ보수 및 수리에 소요된 비용을 국가에 대한 기부금으로 인정하거나 당초 청구인이 처리하여 온 대로 단순 수선비(수익적 지출)로 보아 각 비용발생 당기사업연도에 손금으로 처리하여야 할 것이므로 처분청이 위 비용을 자본적 지출로 보아 각 시설보수공사의 완공연도 이후의 사업연도에 내구연한으로 안분하여 매년 균등상각하는 방법을 적용하여 청구인의 법인세 과세표준과 세액을 경정한 것은 잘못이다.
(2) 처분청에서는 청구인이 이 사건 임차시설에 대하여 합계 2,256,820,000원을 들여 시설교체ㆍ보수 및 수리를 한 것은 임차자산에 대한 자본적 지출에 해당한다고 판단하고 위 지출이 국가소유의 자산을 무상으로 사용하는 대가인 것으로 간주하여 이를 부가가치세법상 매출로 보아 청구인에게 부가가치세를 부과하였으나, 위 (1)항에서와 같이 청구인이 이 사건 임차시설을 교체ㆍ보수 및 수리하는 데 지출한 비용은 자본적 지출이 아닐 뿐 아니라, 가사 자본적 지출이라 하더라도 청구인이 이 사건 임차시설의 수선비 등을 지출한 데 대하여 국가로부터 무상사용권을 얻는다거나 청구인이 당초 ○○지방해양수산청장과 약정한 허가조건상의 시설사용료를 경감시키는 등의 대가를 받은 사실이 없으므로 위 지출을 부가가치세 과세대상으로 보는 것은 부당하다.
(3) 처분청에서는 청구인이 장부에 유형고정자산으로 기재하여 감가상각 완료한 선박에 대하여 처음부터 존재하지 아니하였던 가공자산이라고 판단하여 장부상 선박의 취득가액 16,691,435원 전액을 청구인의 1996사업연도 소득금액에 익금산입하였으나, 청구인이 관할구청에 선박에 대한 재산세를 납부한 증빙이 있고 청구인이 1996년에 태풍 “이브”의 내습으로 선박이 파선되어 이를 멸실처리한다는 내부문서가 있는데도 선박의 실체를 부인하는 것은 잘못이며, 가사 선박을 가공자산으로 보더라도 청구인의 1996사업연도 선박계정명세서에 선박의 잔존가액은 556,380원에 불과한데도 40여년 전 선박을 취득할 당시의 가액을 그대로 익금산입하는 것은 국세부과제척기간이 지난 사항에 대한 법인세 부과이므로 위법한 처분이다.
(4) 또한, 국세청 예규에 의하면 이익잉여금처분계산서에 배당금이 반영되어 있다 하더라도 주주총회에서 당해 이익잉여금처분안에 대한 배당결의가 실제로 있어야만 배당소득세를 과세할 수 있다고 되어 있고, 청구인의 경우 1998사업연도 이익잉여금처분계산서에 이 사건 배당금을 계상하였지만 1998사업연도 결산결의를 위한 주주총회를 개최하지 못하여 이익잉여금처분안을 확정하지 못하였으며 위 주주총회에 대한 재소집이 무산된 날인 1999. 6. 29.에 미지급배당금 600,000,000원을 이익잉여금 600,000,000원으로 대체하는 수정전표를 작성하여 실제 배당이 이루어지지 아니하였는데도 처분청이 청구인의 1998사업연도 이익잉여금처분계산서상 처분확정일과 소득세법상 배당소득 지급시기 의제조항에 근거하여 1999년에 배당이 있은 것으로 보고 1999년 귀속 배당소득세를 부과하는 것은 잘못이다.
(1) 청구인이 이 사건 임차시설에 대하여 지출한 콘베이어벨트 교체공사비와 기타 각종시설 보수비를 비용발생 당해 각 사업연도의 손금에 산입한 것이 정당한지 여부
(2) 청구인이 이 사건 임차시설의 일부를 교체 또는 보수하는 데 지출한 비용을 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 볼 수 있는지 여부
(3) 자산으로 계상된 청구인의 선박을 가공자산으로 보아 그 취득가액을 익금산입 한 것이 정당한지 여부
(4) 청구인이 1999년에 1998사업연도 배당금을 지급한 것으로 보아 배당소득세를 부과한 것이 정당한지 여부
(1) 관계법령의 규정 (가) 법인의 손익귀속시기에 관한 규정 1) 국세기본법 제20조 는국세의 과세표준을 조사ㆍ결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.
2. 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항은내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있고, 제3항은내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다라고 규정하고 있다.
3. 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제36조 제1항은법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다고 규정하면서 그 제8호는제1호 내지 제7호 외의 경우에 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 총리령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있고, 제2항은내국인이 법 제17조 제3항에 규정하는 기업회계기준 또는 관행에 의하여 익금과 손금을 계상하지 아니한 경우에는 당해 익금과 손금의 귀속사업연도는 제1항 각호의 규정에 의한다고 규정하고 있다.
4. 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조의4 제4항은영 제36조 제2항의 규정을 적용함에 있어 기업회계기준 및 관행의 준수여부는 거래건별로 판단하며, 당해 사업연도의 거래중 일부의 거래가 기업회계기준 및 관행과 다르게 회계처리된 경우에는 당해 거래에 한하여 영 제36조 제1항 각호의 규정에 따라 익금과 손금에 산입한다. 다만, 기업회계기준 및 관행에 따라 회계처리함에 있어서 계산착오 등으로 거래금액의 일부를 다르게 회계처리한 경우에는 당해 금액을 기업회계기준 및 관행에 따라 익금과 손금에 산입한다고 규정하고 있다.
5. 구 법인세법시행령 제37조의2 제1항 은법 제17조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 그 제1호에서는법 및 조세감면규제법에 의한 준비금ㆍ충당금외의 준비금 또는 충당금을 손금으로 계상하는 경우로, 제2호에서는제1호외에 법(법 제17조를 제외한다) 및 조세감면규제법에서 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 기업회계기준 또는 관행과 달리 규정하고 있는 경우로, 제5호에서는기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 제36조 제1항에 규정하는 귀속사업연도와 다르게 된 경우로 각 규정하고 있고, 제2항은법 제17조 제3항과 제1항의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행의 범위에 관하여는 총리령으로 정한다고 규정하고 있다.
6. 구 법인세법시행규칙 제15조의3 은영 제37조의2 제2항의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행은 다음 각호의 1에 해당하는 회계처리기준으로 한다고 규정하고 그 제1호에서는주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조의 규정에 의한 기업회계기준으로, 제2호에서는○○위원회가 재정경제원장관의 승인을 얻어 정한 업종별 회계처리기준으로, 제3호에서는정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관 회계규정으로, 제4호에서는 은행법 또는 한국은행법의 규정에 의하여 제정된 금융기관에 대한 회계처리기준으로, 제5호에서는기타 법령의 규정에 의하여 제정된 회계처리기준으로서 재정경제원장관의 승인을 얻은 것이라고 각 규정하고 있다.
7. 구 기업회계기준(1998. 12. 11. 전면개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항은손익계산서는 기업의 경영성과를 명확히 보고하기 위하여 그 회계기간에 속하는 모든 수익과 이에 대응하는 모든 비용을 적정하게 표시하여야 한다고 규정하고 있고, 제40조는손익계산서는 다음 각호에 따라 작성하여야 한다고 규정하면서 그 제1호에서는모든 수익과 비용은 그것이 발생한 기간에 정당하게 배분되도록 처리하여야 한다라고 규정하고 있다. (나) 부가가치세 부과대상인 재화의 공급에 관한 규정 1) 부가가치세법 제6조 제1항 은재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다고 규정하고 있다.
2. 구 부가가치세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15973호로 개정되기 전의 것) 제14조는법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다고 규정하고 그 제1호에서는현금판매ㆍ외상판매ㆍ할부판매ㆍ장기할부판매ㆍ조건부 및 기한부 판매ㆍ위탁판매 기타 매매계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로, 제2호에서는자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화에 공작을 가하여 새로운 재화를 만드는 가공계약에 의하여 재화를 인도하는 것으로, 제3호에서는재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로, 제4호에서는공매ㆍ경매ㆍ수용ㆍ현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것이라고 각 규정하고 있다.
3. 또한, 부가가치세법 제7조 제1항 은용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하고 있다. 4) 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 의 규정에 의하면 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 되어 있다. (다) 농어촌특별세 부과에 관한 규정 농어촌특별세법 제5조 제1항 은농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있고 그 제3호의 규정에 의하면 법인세법에 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준금액(청산소득에 대한 법인세의 과세표준금액을 포함한다) 중 5억 원을 초과하는 금액을 농어촌특별세 과세표준으로 하여 100분의 2의 세율을 적용하도록 되어 있다. (라) 항만시설의 관리 및 사용에 관한 규정 1) 항만법 제27조 제1항 은항만시설(항로표지를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 사용하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관리청의 허가를 받거나 관리청 또는 관리청으로부터 항만시설의 운영을 위임 또는 위탁받은 자(이하 “항만시설운영자”라 한다)와 임대계약을 체결하거나 당해 임대계약을 체결한 자(이하 “임대계약자”라 한다)의 승낙을 얻어 이를 사용할 수 있다고 규정하고 있다. 항만시설이용규칙 제8조는지방해양수산청장은 해양수산부장관이 설치한 항만시설을 전용하고자 하는 자가 있는 경우에는 당해 항만시설의 공공성을 저해하지 아니하는 범위내에서 1년 이내의 기간을 정하여 그 항만시설의 전용사용을 허가할 수 있다. 다만, 항만시설에 고정시설물을 설치하여 운영하고자 하는 경우에는 1년 이상 3년 이내의 기간을 정하여 전용사용을 허가할 수 있다고 규정하고 있고, 제13조는제7조 내지 제9조의 규정에 의하여 항만시설의 사용허가를 받은 자가 그 사용기간을 연장하고자 할 때에는 사용기간 종료 전에 지방해양수산청장에게 별지 제1호서식의 신청서를 제출하여 허가를 받아야 한다고 규정하고 있다. 2) 항만법 제9조 제2항 은관리청이 아닌 자(이하 “비관리청”이라 한다)가 항만공사를 시행하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 항만공사의 계획을 작성하여 관리청의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 제17조 제1항은제9조 제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다고 규정하고 있으며, 제3항은비관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위 안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다고 규정하고 있다. 항만법시행령 제19조 제2항 의 규정에 의하면 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용할 수 있는 기간은 항만시설에 대한 사용료 등이 총사업비에 달할 때까지로 한다고 되어 있다.
(2) 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다. (가) 청구인은 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지를 주사업장으로 하여 수상화물취급업을 영위하는 업체로서 1978년부터 2000년 10월 현재까지 이 사건 임차시설을 ○○지방해양수산청장으로부터 사용기간을 1년 또는 3년으로 하여(1997년까지는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지 매 1년을 사용허가기간으로 하였고, 1998년에는 사용허가기간을 1998. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 3년간으로 하였다) 전용사용허가를 받아 계속 사용하여 오고 있는데, 그 허가조건 중 주요부분은 다음과 같다.
1. 청구인은 개발부두전용사용료산정규정 제5조에 의한 사용료를 납부한다.
2. 청구인은 사용허가받은 재산의 성실한 관리, 부두시설의 관리운영 및 보완관리, 소방법에 의한 소방관서의 지시사항 준수와 화재예방 철저 등의 의무를 준수하여야 한다.
3. 청구인은 선량한 관리자로서 그 의무를 다하여야 하며 허가된 재산의 고장 및 손상에 대하여는 청구인의 부담으로 원상대로 복구하여야 한다.
4. 청구인은 항만시설 재투자 및 신규확충재원의 확보를 위하여 하역료의 5% (톤당)를 충당금계정을 별도로 설정하여 ○○기금으로 매월 적립 관리하여야 하며, 동 기금을 사용하고자 할 때에는 ○○지방해양수산청의 승인을 받아야 하고, 기금적립수준에 대하여는 향후 ○○지방해양수산청의 지시에 따라 이를 조정할 수 있다. (나) 청구인은 위 (가)-4)항 기재의 허가조건에 따라 청구인이 1985. 5월부터 적립해온 ○○기금을 재원으로 이 사건 임차시설 중 싸이로시설 내부에 있는 콘베이어벨트 교체설치공사를 시행하였는데, 공사 및 비용지출 경위는 다음과 같다.
1. 1994. 1. 15. 해양수산부장관(구, 해운항만청장)은 각 지방해양수산청장에게 항만시설의 비산먼지 발생억제를 위한 대책을 수립하되 공해방지시설 등이 필요한 경우 정부예산부족으로 정부에서 직접 설치하기는 곤란하므로 가능한 비관리청 항만공사로 시행하도록 지시하였고, 같은 달 22. ○○지방해양수산청장은 청구인에게 항만시설의 비산먼지 발생문제 대책을 수립하여 시행하도록 요청하였다.
2. 청구인은 1994. 7. 4. 이 사건 임차시설 중 싸이로시설 내부의 콘베이어벨트가 수동식 개방형으로 폭발 등 사고위험이 있어 이를 자동식 밀폐형으로 교체하되 공사비는 ○○기금을 사용한다는 내용의 ○○기금 사용승인신청을 ○○지방해양수산청장에게 제출하여 같은 해 8. 13. ○○지방해양수산청장의 승인을 받았다.
3. 청구인은 1994. 8. 25. “양곡 싸이로내 상부에 기존 벨트콘베이어 철거 및 체인콘베이어 설치”를 위한 비관리청 항만공사 시행허가신청을 ○○지방해양수산청장에게 제출하여 같은 해 9. 12. ○○지방해양수산청장이 비관리청 항만공사 시행허가를 하였다.
4. 위 ○○기금 사용승인 및 비관리청 항만공사 시행허가의 내용에 의하면 공사 등 내용은 다음과 같다.
5. 위 벨트콘베이어 철거 및 체인콘베이어 설치공사는 1995. 7. 30. 착공하여 1996. 5. 30.자로 준공처리되었다.
6. 위 벨트콘베이어 철거 및 체인콘베이어 설치공사에 소요된 총공사비는 계 1,348,300,000원으로 일자별 지출내용은 다음과 같다.
1. 1996년 지출사항 (4건 계 432,380,000원)
2. 1997년 지출사항 (14건 계 354,140,000원)
3. 1998년 지출사항 (2건 계 122,000,000원)
1. 1994사업연도 법인세신고를 하면서 1994년 지출분 11,300,000원 전액을 1994사업연도 수선비로 계상하여 손금산입
2. 1995사업연도 법인세신고를 하면서 1995년 지출분 531,800,000원 전액을 1995사업연도 수선비로 계상하여 손금산입(과년도 손금불산입유보분과 상계)
3. 1996사업연도 법인세신고를 하면서 1996년 지출분 1,237,580,000원에 대하여 ① 1995사업연도에 수선충당금 437,000,000원을 추가설정하고 1996사업연도에 같은 금액을 추가 손금산입하였고, ② 1996사업연도 당기에 345,380,000원을 손금산입(이익잉여금으로 대체)하였으며, ③ 1996사업연도에 수선충당금 455,200,000원을 설정하고 1997사업연도에 손금산입
4. 1997사업연도 법인세신고를 하면서 1997년 지출분 354,140,000원 전액을 1997사업연도 수선비로 계상하여 손금산입
5. 1998사업연도 법인세신고를 하면서 1998년 지출분 122,000,000원 전액을 1998사업연도 수선비로 계상하여 손금산입 (마) 처분청은 1999. 11월 청구인의 1996사업연도 법인세에 대한 서면분석과 1999. 12월 청구인의 1997사업연도 법인세에 대한 정기조사를 실시하여 청구인이 지출한 위 (나)항 기재의 벨트콘베이어 철거 및 체인콘베이어 설치공사비와 위 (다)항 기재의 각종 교체ㆍ보수ㆍ수리 및 구입비 합계 2,256,820,000원은 임차자산에 대한 자본적 지출이라고 하여 투입된 수선비 전액을 이연비용으로 계상하여 완공연도 이후의 사업연도에 내구연한으로 안분하여 매년 손금한도액 상당을 균등하게 손금에 산입하고 완공연도전의 지출분과 완공연도 이후의 손금한도액을 초과하는 지출분을 손금부인하는 방법으로 청구인의 각 사업연도 법인세 과세표준을 경정하여 청구인에게 1999. 12. 15.자 및 2000. 2. 2.자로 이 사건 법인세부과처분과 이 사건 농어촌특별세부과처분을 하였으며, 청구인이 이 사건 임차자산에 대하여 수선비를 지출하여 시설교체ㆍ보수 등을 한 것은 임차자산에 대한 자본적 지출에 해당하고 임차자산에 대한 자본적 지출이 있는 경우 당해 시설의 완공일이 속하는 과세기간에 부가가치세를 부과하여야 하는 것이라 하여 청구인이 지출한 수선비 총액을 각 과세기간의 과세표준으로 하여 1999. 12. 15.자 및 2000. 2. 2.자로 청구인에게 이 사건 부가가치세부과처분을 하였다.
(3) 판단 첫째 다툼에 관하여 본다. 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 청구인은 1994년부터 1998년까지 사이에 이 사건 임차시설에 대하여 계 2,256,820,000원을 들여 콘베이어벨트 등 각종시설을 교체ㆍ보수 또는 수리하여 오면서 그 비용을 비용발생 당해 각 사업연도에 수선비로 계상하여 손금으로 처리하여 왔으며, 처분청은 위 지출이 임차자산에 대한 자본적 지출에 해당한다고 하여 그 비용을 각 시설의 내구연한에 안분하여 매년 손금한도액 만큼 손금으로 처리하는 방식으로 손금한도액을 초과하는 비용지출의 손금산입을 부인하였다. 그런데 위 관계법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 법인에서 발생한 손익을 어느 사업연도에 귀속시킬 것인가에 대하여는 법인이 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 그 기업회계기준 또는 관행을 우선하여 적용하고 법인세법상 손익의 귀속사업연도에 관한 규정은 이를 보충적으로 적용하되 다른 법률의 규정에 의하여 손익의 귀속사업연도를 기업회계기준 또는 관행과 다르게 적용하도록 되어 있는 경우 등 특별한 경우에 한하여 기업회계기준 또는 관행의 적용을 배제하도록 되어 있어 법인이 발생한 비용에 관하여 기업회계기준에 위배되지 아니하게 관행적으로 손익귀속 사업연도를 정하여 처리하여 왔다면 당해 법인의 손익처리방식을 그대로 인정하여야 하고 이를 달리 판단할 것은 아니라고 할 것이다. 청구인이 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행에 따라 손익의 귀속사업연도를 적용하여 왔는지를 살펴보면, 청구인이 타인 소유의 이 사건 임차시설을 사용허가 받아 1978년부터 계속하여 사용하여 오면서 매년 발생하는 이 사건 임차시설의 교체ㆍ보수 또는 수리비용을 비용발생 당해 사업연도에 손금처리하여 오고 있는 것은 그 사용허가기간이 매년 1. 1.부터 12. 31.까지 1년간으로 정하여 매년 사용허가를 갱신하여 옴에 따라 특정 사업연도(사용허가기간)에 발생한 비용을 사용허가기간을 넘어 다음 사업연도에 이연하여 손비처리할 수 없다는 점에서 청구인이 당해연도 발생 비용을 당해 사업연도의 손금으로 처리한 것은 일반적으로 공정ㆍ타당한 손금처리방법이라는 것을 부인하기 어렵다 할 것이다. 이 점에 대하여 처분청에서는 청구인이 이 사건 임차시설을 20여 년간 계속하여 연장사용하여 왔고 앞으로도 계속 독점적으로 사용할 것이 예견되므로 사실상 장기임대차계약 또는 장기사용허가를 받은 것으로 보아야 한다는 점을 근거로 하여 이 사건 임차시설에 대한 자본적 지출에 대하여는 그 비용을 이연비용으로 보아 이 사건 임차시설의 내구연한에 안분하여 손금처리하여야 한다는 주장을 하고 있다. 그러나, 과세 또는 그 근거가 되는 사용허가나 계약 등의 내용을 확정함에 있어서는 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 사용허가나 계약 등의 실질내용을 판단하여 적용하여야 하는 바, 경제적 실질의 측면에서 보면 청구인이 장기간 독점적인 사용허가를 받을 것이 예상된다고 하더라도 법적 실질의 측면에서 사용허가기간이 1년으로 되어 있는 청구인과 국가간의 약정내용은 이를 그대로 인정할 수밖에 없고 그 약정내용을 뛰어 넘는 해석을 하기 위하여는 청구인이 사용허가기간을 1년으로 한 것이 허위통정표시 등 법인세법상 부당행위계산부인규정을 적용할 소지가 있을 정도의 특별한 사유가 있지 아니하는 한 당사자간의 약정내용을 뛰어 넘는 해석을 하는 것은 곤란하다 할 것이고, 청구인이 국가로부터 사용허가를 받는 데 대한 근거규정인 항만시설이용규칙을 보더라도 ‘특별한 사유가 없는 한 사용허가는 자동으로 연장한다’는 등의 규정이 없어 청구인이 이 사건 임차시설을 장기간 사용허가받아 사용하는 것과 동일하게 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 청구인이 이 사건 임차시설에 대하여 수리비 등을 지출하고 관행적으로 이를 수선비로 계상하여 손금처리하여 온 것은 달리 법률 등에 의하여 규정된 바가 없는 한 정당한 손금처리방식으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이므로 이와 다르게 처분청이 청구인이 이 사건 임차시설에 지출한 비용을 내구연한에 안분하여 손금처리하도록 한 것은 잘못이라 할 것이다. 둘째 다툼에 관하여 본다. 위 관계법령의 규정에서 본 바와 같이 부가가치세 과세대상인 재화의 공급이란 매매계약 등에 의하여 재화를 양도하는 행위 또는 재화를 인도하면서 그 대가로 다른 재화나 용역의 제공(여기에는 권리를 사용하게 하는 것을 포함한다)을 받는 행위 또는 각종 계약상ㆍ법률상 원인에 의하여 재화를 양도 또는 인도하는 행위를 말하고, 국가 등에 재화를 제공하는 경우에는 부가가치세 과세대상에서 제외하도록 되어 있어, 사업자가 국가에 재화를 제공하는 경우 국가로부터 다른 재화나 권리 등의 대가를 취득하는 경우에는 이를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 부과하나 국가로부터 대가를 받지 않고 무상으로 재화를 제공하는 경우에는 부가가치세 과세대상이 아니라 할 것이다. 따라서, 국가소유의 시설을 임차 또는 사용허가 받아 사용하는 자가 자기의 부담으로 당해 시설을 증축하거나 개ㆍ보수하여 그 결과를 국가에 귀속시키고 이를 계속 사용하는 경우에도 당해 임차 또는 사용허가 받아 사용하는 자가 국가로부터 임차료 또는 사용료의 일부를 면제받거나 당해 시설에 대한 무상사용권을 부여받는 등 비용지출에 대한 대가를 받는 경우에는 경제적 대가관계가 성립하여 이를 부가가치세법상 과세대상인 재화의 공급으로 볼 수 있으나, 위와 같은 경제적 대가관계 없이 무상으로 국가에 귀속시키는 경우에는 이에 대하여 부가가치세를 부과할 수 없다 할 것이다. 또한, 위 관계법령의 규정에서 본 바와 같이 항만법령에 의하면 국가로부터 항만시설의 사용허가를 받아 이를 사용하는 자가 국가로부터 비관리청 항만공사 시행허가를 받아 항만시설공사를 한 후 당해 시설을 국가에 귀속시키는 경우 당해 사업자가 투자한 공사비는 이를 총사업비로 산정하여 당해 사업자가 지불하는 항만시설 사용료를 그 총사업비의 범위 내에서 면제하여 주는 방법으로 당해 항만시설공사를 시행한 사업자에게 항만시설에 대한 무상사용권을 부여하는 등 사업자의 비용으로 만든 항만시설을 국가에 귀속(인도)하는 데 대한 투자비 보전을 해줄 수 있도록 되어 있어, 항만시설 사용자가 항만시설공사를 시행한 후 그 항만시설을 준공과 동시에 국가에 귀속시키고 일정기간 무상사용권을 취득하는 등의 방법으로 당해 항만시설 사용자의 투자비를 보전 받는 경우에는 부가가치세를 납부하는 것이나 당해 항만시설의 사용자가 투자비 보전을 받지 못하는 경우에는 경제적 대가관계가 성립한다고 볼 수 없어 부가가치세 과세대상에서 제외되는 것이라고 할 것이다. 그런데, 위 인정사실에 따르면 청구인은 1978년 ○○지방해양수산청장으로부터 항만시설 전용사용허가를 받아 사용하여 오다가 1994. 9. 12. ○○지방해양수산청장의 비관리청 항만공사 시행허가를 받아 공사금액 1,348,300,000원을 청구인이 전액 부담하여 싸이로내 콘베이어벨트 교체공사를 시행한 후 1996. 5. 30. 준공과 함께 당해 시설을 국가에 귀속시켰으나 ○○지방해양수산청장이 1994. 8. 13.자로 청구인에게 한 ○○기금 사용승인을 할 때의 승인조건에 근거하여 청구인의 투자비는 보전대상에서 제외되어 결과적으로 당해 항만시설의 무상사용권을 취득하지 못하였음이 인정되고, ○○기금의 조성이 당초 ○○지방해양수산청장의 청구인에 대한 항만시설 사용허가상 허가조건에 의하여 청구인에게 의무적 이행사항으로 부과된 것이라 하더라도 ○○기금의 조성방법은 청구인이 자기 자금으로 별도의 적립금을 마련하도록 되어 있는 것이어서 결국 위 콘베이어벨트 교체공사가 청구인의 부담으로 시행된 것임을 부인할 수는 없다 할 것이므로 청구인이 시행하여 국가에 귀속시킨 콘베이어벨트 교체공사에 대하여 이를 부가가치세 부과대상으로 보는 것은 잘못이라 할 것이다. 또한, 청구인이 1996년부터 1998년까지 사이에 이 사건 임차시설에 대한 각종 교체ㆍ보수ㆍ수리 등을 위하여 지출한 20건 계 908,520,000원에 대하여 살펴보면, 당해 교체ㆍ보수 또는 수리된 시설이 국가에 귀속되는 것이므로 청구인이 국가에 재화를 제공한 것으로 볼 수 있으나 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 청구인이 위 각종 교체ㆍ보수ㆍ수리공사 등을 시행하면서 이 사건 임차시설의 관리청인 ○○지방해양수산청장의 허가를 얻거나 신고를 한 사실이 없어 국가로부터 투자비를 보전 받은 것이 아니어서 위 콘베이어벨트 교체공사와 마찬가지로 교체ㆍ보수 또는 수리된 시설의 국가 귀속에 대한 경제적 대가관계가 성립하는 것으로 볼 수 없으므로 청구인이 이 사건 임차시설에 대하여 지출한 위 비용에 대하여 부가가치세를 부과하는 것은 잘못이라 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인이 이 사건 임차시설에 대하여 지출한 계 2,256,820,000원을 매출로 보아 부가가치세를 부과한 것은 잘못된 처분이라 할 것이므로 이 사건 부가가치세부과처분은 취소되어야 할 것이다.
(1) 관계법령의 규정 (가) 구 법인세법 제8조 본문의 규정에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 정하도록 되어 있다. (나) 구 법인세법 제9조 제1항 은내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항은제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 제3항은제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있다. (다) 구 법인세법시행령 제12조 제1항 은법 제9조 제2항에서 “수익”이라 함은 법 및 이 영에서 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다고 규정하면서 그 제8호에서손금에 산입한 금액 중 환입된 금액이라고 규정하고 있고, 제2항은법 제9조 제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 영에서 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다고 규정하면서 그 제5호에서는고정자산에 대한 감가상각비라고 규정하고 있다. (라) 국세기본법 제26조의2 제1항 은국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하면서 그 제3호에서제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간이라고 규정하고 있다.
(2) 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다. (가) 청구인은 법인세 신고시 유형고정자산으로 선박을 계상하였는데, 청구인의 1995사업연도~1997사업연도 결산서에 의하면 선박의 취득가액은 16,691,435원으로, 1995사업연도에 잔존가액 1,669,142원, 감가상각비 556,382원이 계상되어 있고 1996사업연도에 감가상각비 556,380원이 계상되어 있으며 1997사업연도에 감가상각비 553,380원이 계상되어 있다. (나) 처분청은 청구인이 유형고정자산으로 계상한 선박에 대하여 1999. 5. 31.자로 선박실체를 입증할 자료를 제출하도록 보정요구를 하였으나 청구인이 1989. 10. 31.자, 1990. 6. 28.자 및 1991. 7. 31.자 재산세영수증 사본 외에 다른 입증자료를 제출하지 아니하자, 1999. 11월 청구인의 1996사업연도 법인세에 대한 서면분석 검토를 할 때 선박의 실체가 확인되지 아니한다고 하여 이를 가공자산으로 보고 장부상 선박의 취득가액 16,691,435원을 청구인의 1996사업연도 수입금액에 익금산입하고 1999. 12. 15.자로 청구인에게 이 사건 법인세부과처분을 하였다. (다) 청구인은 약 40년 전에 선박 3척을 취득하여 감가상각하여 오다가 1996년 태풍의 피습으로 멸실처리하였다는 주장을 하면서 다음과 같은 증거를 제시하고 있으나, 선박등록원부, 선박계류장(소재지)사용료, 수리비, 관리인급료, 기타 관리비 등 선박을 사용ㆍ관리하기 위한 제비용의 지출증빙서류는 제시하지 아니하고 있다.
1. 청구인이 선박에 대하여 납부한 것으로 되어 있는 1989. 10. 31.자 재산세영수증(17,340원) 사본, 1990. 6. 28.자 재산세영수증(17,560원) 사본 및 1991. 7. 31.자 재산세영수증(17,850원) 사본
2. “선박(부선) 폐기처분의 건”이라는 제목의 1996. 8. 13.자 청구인의 내부기안문서. 그 기안문서에 의하면 양곡 본선하역장비인 부선(목선) 우성1호, 우성3호, 우성12호가 오랜 사용(약40년)으로 노후되어 1994년부터 사용이 불가하여 폐쇄직전에 ○○항 제5물량장 앞에 계류시켜 오던 중 1996. 8. 6.부터 3일간 제6호 태풍 이브가 불어닥쳐 부선 3척이 완전 파손되어 이를 멸실 폐기처분 한다고 되어 있다.
(2) 판단 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 선박을 실제 소유하였다는 사실에 대한 증빙자료로 1989년~1991년에 청구인이 관할구청에 납부한 재산세영수증 사본만 제시하면서도 그 후 청구인이 선박을 멸실처리 하였다고 주장하는 1996년까지의 재산세영수증은 제시하지 아니하고 있고 당초 처분청의 장기간에 걸친 보정요구에도 다른 증빙자료를 제시하지 아니하다가 이 사건 심사청구를 제기하면서 태풍의 내습으로 선박이 폐기되어 멸실처리 한다는 내용의 내부기안문서를 제출한 점 등을 볼 때 청구인의 주장은 신빙성이 없어 보이고, 그 밖에 선박의 소유사실을 객관적으로 입증할 수 있는 선박등록원부 사본이나 선박계류장사용료, 선박수리비, 선박관리인 급료, 기타 관리비 등의 지출에 관한 증빙을 전혀 제시하지 아니하고 있어 청구인이 선박을 실제 소유하였다는 주장을 그대로 받아들이기는 어렵다 할 것이다. 그러나, 처분청이 청구인이 자산으로 계상한 선박을 부인하고 이를 익금산입함에 있어서는 위 관계법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 각 사업연도에 청구인이 손금으로 산입한 감가상각비를 환입하여 이를 익금에 산입하되 국세제척기간인 5년 이내에 종료한 사업연도만을 대상과세기간으로 하여야 하므로 처분청이 이 사건 법인세부과처분을 할 때의 부과일인 1999. 12. 15.부터 국세제척기간 내에 속하는 과세기간인 1994사업연도 이후에 계상된 잔존가액과 감가상각비에 대하여 이를 부인하고 익금산입 하였어야 하는데도 선박의 취득가액으로 되어 있는 16,691,435원 전액을 청구인의 1996사업연도 소득에 익금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 것은 국세기본법상 국세부과제척기간의 규정을 준수하지 아니한 위법한 처분이라 아니할 수 없다. 따라서, 과세제척기간내에 있는 1995사업연도(법인세를 새로이 부과하는 경우 부과제척기간내에 있는 사업연도는 1995년 이후이다) 선박 잔존가액과 감가상각비를 각 사업연도의 익금에 산입하는 것은 별론으로 하더라도 처분청이 선박의 취득가액 상당액인 16,691,435원을 청구인의 1996사업연도 소득의 익금에 산입한 것은 잘못이므로 이를 청구인의 1996사업연도 익금에서 제외하여야 할 것이다.
(1) 관계법령의 규정 (가) 소득세법 제17조 제1항 은배당소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다고 규정하면서 그 제1호에서내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금과 상법 제463조 의 규정에 의한 건설이자의 배당이라고 규정하고 있다. (나) 소득세법 제40조 제1항 은잉여금의 처분에 의하여 거주자가 받는 배당ㆍ상여와 퇴직급여의 귀속연도는 당해 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관에서 그 처분의 결의를 한 날이 속하는 연도로 한다고 규정하고 있다. (다) 구 법인세법 제26조 제1항 은납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있고, 법인세법 기본통칙 4-1-1…26 제1항은법 제26조 제1항의 규정에서 “결산을 확정한 날(이하 결산확정일이라 한다)”이라 함은 상법 제447조 에 규정하는 서류를 정기주주총회 또는 사원총회에서 승인한 날을 말한다. 따라서 신고서(부속서류를 포함한다)상에 기재된 결산확정일과 정기주주총회의 승인이 있었던 날이 서로 다른 때에는 정기주주총회 또는 사원총회의 승인이 있었던 날을 결산확정일로 본다고 규정하고 있다. (라) 소득세법 제130조 는원천징수의무자가 이자소득 또는 배당소득을 지급하는 때에는 그 소득금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다고 규정하고 있고, 제132조 제1항은법인이 이익 또는 잉여금의 처분에 의한 배당소득을 그 처분을 결정한 날부터 3월이 되는 날까지 지급하지 아니한 때에는 그 3월이 되는 날에 배당소득을 지급한 것으로 본다고 규정하고 있다.
(2) 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다. (가) 청구인은 1999. 3. 31.자로 처분청에 청구인의 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였는데 그 부속서류로 제출한 이익잉여금처분계산서에 의하면 청구인의 1998사업연도 이익잉여금 2,869,332,203원 중 배당금 600,000,000원을 차감한 2,269,332,203원을 차기에 이월하는 것으로 되어 있고 청구인의 1998사업연도 이익잉여금 처분확정일은 1999. 3. 30.로 기재되어 있으며, 청구인이 1999. 3. 31.자로 ○○일보에 게재의뢰한 청구인의 1998사업연도 결산공고 대차대조표에 의하면 부채 중 미지급배당금 600,000,000원이 계상되어 있고, 청구외 ㅇㅇ회계법인(대표이사 ㅇㅇㅇ)이 1999. 3. 30. 작성하여 청구인에게 제출한 감사보고서에 따르면 현금배당 600,000,000원이 계상되어 있고 감사의견은 적정의견으로 되어 있다. (나) 처분청은 청구인이 청구인의 1998사업연도 이익잉여금처분계산서에 배당금으로 계상한 이 사건 배당금에 대하여 1999. 3. 30.자로 처분확정 하였으나 배당소득세 원천징수를 하지 아니하였다 하여 소득세법 제132조 의 규정에 따라 처분확정일부터 3월이 되는 날인 1999. 6. 30.에 주주들에게 배당금을 지급한 것으로 보아 2000. 2. 2.자로 이 사건 배당소득세부과처분을 하였다. (다) 한편, 청구인의 주주인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 7인은 2000. 5. 31.자로 1999년 귀속 종합소득세를 신고하면서 1999년에 청구인으로부터 배당소득을 받은 것으로 하여 각 그 배당금(위 ㅇㅇㅇ는 300,000,000원, 청구외 ㅇㅇㅇ은 107,405,000원, 청구외 ㅇㅇㅇ는 36,065,000원, 청구외 ㅇㅇㅇ은 51,455,000원, 청구외 ㅇㅇㅇ은 32,190,000원, 청구외 ㅇㅇㅇ는 21,305,000원, 청구외 ㅇㅇㅇ은 26,300,000원, 청구외 ㅇㅇㅇ은 25,235,000원으로 주주 8인이 신고한 배당금 총액은 600,000,000원이다)을 소득금액에 포함하여 신고하였다. (라) 청구인은 1999년에 청구인의 1998사업연도 이익잉여금처분안 승인을 위한 주주총회를 2차에 걸쳐 소집하였으나 무산되어 배당결의를 취소하고 청구인의 1999사업연도 이익잉여금처분계산서에 배당금 600,000,000원을 다시 계상하여 2000. 3. 27.자로 소집된 주주총회에서 1999사업연도분 배당금 600,000,000원에 대한 지급결의를 하였으므로 1999년 귀속되는 배당소득은 없었다고 주장하면서 그 증빙으로 다음 자료를 제시하고 있다.
1. 청구인의 1998사업연도 영업보고서, 대차대조표 및 손익계산서와 이익잉여금처분안의 승인을 위한 정기주주총회를 1999. 3. 22.에 소집한다는 내용의 제40기정기주주총회소집통지서 사본과 유회된 청구인의 정기주주총회를 1999. 6. 29.에 재소집하는 건에 대한 논의를 위하여 이사회를 같은 해 6. 18. 소집한다는 내용의 청구인 내부문서 사본.
2. 이월이익잉여금 600,000,000원을 미지급배당금 600,000,000원으로 대체하는 내용의 1998. 12. 31.자 대체전표 사본과 미지급배당금 600,000,000원을 이월이익잉여금 600,000,000원으로 대체하는 내용의 1999. 6. 29.자 대체전표 사본. 그러나, 1999. 12. 31.자 현재로 작성된 청구인의 합계잔액시산표에 의하면 청구인은 미지급배당금 600,000,000원을 잔액보유하고 있는 것으로 되어 있다.
3. 청구인의 1999사업연도 이익잉여금처분안을 그대로 배당결의하고 승인가결한다는 내용의 2000. 3. 27.자 청구인의 제41기 정기주주총회 의사록 사본.
4. 청구인이 배당금 600,000,000원을 주주인 위 ㅇㅇㅇ 외 7인에게 지급한 것으로 되어 있는 2000. 5. 8.자 1999년 결산배당금 지급내역서 사본.
5. 청구인의 주주인 ㅇㅇㅇ 외 7인으로부터 소득세 계 120,000,000원, 주민세 계 12,000,000원 합계 132,000,000원을 2000. 5. 8.자로 원천징수하였다는 내용의 원천징수영수증 및 지급조서 사본 8매와 청구인이 2000년 귀속 배당소득세 120,000,000원을 자진납부하였다는 내용의 2000. 6. 10.자 영수증 사본.
6. 한편, 청구인이 제출한 1995년 이후의 정기주주총회의사록 사본에 의하면 청구인은 1999년을 제외하고 매년 결산서에 배당금을 계상하여 그대로 결의한 것으로 되어 있다.
(3) 판단 위 관계법령의 규정을 종합하여 보면, 법인의 주주총회에서 배당금지급에 관한 결의를 하여 그에 따른 배당이 실제로 이루어진 경우에 당해 법인은 위 배당금지급에 관한 결의를 한 날(결산확정일)이 속하는 과세기간에 배당소득세를 원천징수하도록 되어 있고 결산확정이 있었음에도 결산확정일부터 3월이 되는 날까지 배당소득을 지급하지 아니한 경우에는 그 3월이 되는 날에 배당소득을 지급한 것으로 의제하도록 되어 있어 실제 배당금의 지급이 없었더라도 결산확정일이 속하는 과세기간에 당해 법인은 배당소득세를 원천징수하여야 한다고 할 것이다. 그런데 청구인은 청구인의 1998사업연도 이익잉여금처분계산서에 이 사건 배당금을 계상하였지만 1999년에 위 이익잉여금처분계산서에 대한 주주총회의 결의가 없었기 때문에 1999년 귀속 배당소득세에 대한 원천징수의무가 없다고 주장하고 있다. 그러나 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인이 1998사업연도 법인세 신고시 제출한 부속서류에 의하면 이 사건 배당금이 반영된 이익잉여금처분계산서의 처분확정일이 1999. 3. 30.로 되어 있고 일간신문에 공고된 청구인의 1998사업연도 결산공고의 대차대조표에도 미지급배당금 600,000,000원이 계상되어 있는 점, 청구인이 1999. 6. 28.자로 미지급배당금 600,000,000원을 이익잉여금 600,000,000원으로 대체함으로써 1998사업연도 배당금에 대한 결의를 취소하였다고 하지만 그에 따른 대차대조표 수정공고 등을 한 사실이 없고 1999. 12. 31. 현재 합계잔액시산표에상에도 이익잉여금으로 수정되지 아니한 채 여전히 미지급배당금 600,000,000원이 잔액으로 남아 있는 점, 청구인의 주주인 위 ㅇㅇㅇ 외 7인이 각 1999년 귀속 종합소득세 신고를 할 때 청구인으로부터 배당소득을 받은 것으로 자진신고한 점 등을 종합적으로 고려할 때 청구인이 1999년에 청구인의 1998사업연도 배당결의를 하지 아니하였다는 주장을 그대로 받아들일 수 없다 할 것이므로 처분청이 청구인이 제출한 1998사업연도 결산서상 처분확정일로 되어 있는 1999. 3. 30.을 배당결의일로 보아 이 사건 배당소득세부과처분을 한 것은 잘못이 없다 할 것이다.
그렇다면 처분청이 청구인이 청구인의 1998사업연도 배당금 600,000,000원을 1999년에 주주에게 배당한 것으로 보아 이 사건 배당소득세부과처분을 한 것은 정당하다 할 것이나, 청구인이 이 사건 임차시설에 지출한 비용 계 2,256,820,000원을 자본적 지출로 보아 각 시설별 내구연한에 따라 안분하여 완공연도 이후의 각 사업연도에 손금한도액 만큼을 손금산입하고 청구인이 자산으로 계상한 선박을 가공자산으로 보아 익금산입하면서 취득가액 16,691,435원을 그대로 익금에 산입하는 등의 방법으로 청구인의 법인세 과세표준과 세액을 결정한 것과 청구인이 이 사건 임차시설에 대하여 지출한 2,256,820,000원을 매출로 보아서 이 사건 부가가치세부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이어서 이런 점에서 이 사건 심사청구는 일부 이유 있고 나머지는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 별지1) ㅇㅇ산업(주)에 대한 법인세 및 농어촌특별세 부과내역 (금액단위: 원) 사업연도 비용등 발생내역 청구인 신고내용 처분청 조사결과 부과내역 및 우리 원의 판단 국세부과내역 우리 원의 판단 ‘94 1)콘베이어벨트교체공사 중
① 설계용역비 11,300,000 손금계상(수선비) 11,300,000 전액 손금부인 (11,300,000) ‘94법인세 6,097,440 ‘94농어촌특별세 248,600 ‘94법인세 및 농어촌특별세 취소 ‘95 1)콘베이어벨트교체공사 중
② 시설 본공사비 531,800,000 손금계상(수선비) 531,800,000 전액 손금부인 (531,800,000) ‘95법인세 251,685,410 ‘95농어촌특별세 11,699,600 ‘95법인세 및 농어촌특별세 취소 ‘96 1)콘베이어벨트교체공사 중
③ 시설 본공사 및 검사비 805,200,000 2)고압전선로 교체공사 73,000,000 3)게이트교체 및 물품구매 194,380,000 4)곡물출하자동화장치 35,000,000 5)진입도로 포장공사 130,000,000 (‘96 계 1,237,580,000) 손금계상(수선비) 782,380,000 수선충당금설정후 ‘97년에 손금산입 455,200,000 ‘96 손금산입액 782,380,000에서 손금한도액을 뺀 나머지 손금부인 (504,016,667) ‘96법인세 214,038,400 ‘96법인세 취소 선박 3척(우성1,2,3호) 취득가액 16,691,435 자산으로 계상, ‘97년까지 감가상각 선박실체 부인 취득가액 익금산입 (16,691,435) ‘97 6)에어펌프구입 2,350,000 7)체인등 구입 8,000,000 8)출고타워용 패널 설치 5,100,000 9)현장분진망 설치 5,200,000 10)전기시설보수 2회 60,000,000 11)빈덱선로교체 30,940,000 12)집진기수리 2회 62,000,000 13)리모트컨트롤시스템설치 20,000,000 14)후렉시블고무 교체 6,150,000 15)빈덱콘베이어벨트 수리 16,800,000 16)콘베이어로라어셈블리 제작 12,000,000 17)조명등설치 30,600,000 18)CCP 교체보수 70,000,000 19)콘베이어 보수 25,000,000 (‘97 계 354,140,000) 손금계상(수선비) 354,140,000 ‘96 지출분 중 수선충당금 설정하여 ‘97년에 손금처리한 455,200,000에서 손금한도액을 뺀 나머지 손금부인 (173,586,667) ‘97 손금산입액 354,140,000에서 손금한도액을 뺀 나머지 손금부인 (323,340,834) ‘97법인세 236,491,870 -익금산입액: 수선비 손금 부인 등 계 924,000,117 -손금산입액: 퇴직급여충당금 132,682,470 ‘98법인세 부과액 236,491,870에 대하여 과세표준 과 세액을 경정 (익금산입액 924,000,117 중 수선비 계 496,927,501를 익금불산입) ‘98 20)경계철조망이설 및 포장 72,000,000 21)콘베이어라인철구조물 수리 50,000,000 손금계상(수선비) 122,000,000 ‘98 손금산입액 122,000,000에서 손금한도액을 뺀 나머지 손금부인 (105,833,333) ‘96 및 ’97 지출분에대한 손금한도액을 손금산입 (‘96: 281,613,333) (‘97: 59,023,333) ‘98법인세 감액 △32,182,845 별지2) ㅇㅇ산업(주)에 대한 부가가치세 부과내역 (금액단위: 원) 조사구분 (부과일) 과세 기간 시설 및 공사내역 과세표준 매출세액 부과내역 및 우리 원의 판단 과세대상 시설ㆍ공사 완공일 국세부과내역 (가산세) 우리 원의
‘96 법인세 서면분석 (‘99.12.15.) ‘96제1기 콘베이어 시설 교체 ‘96. 5.30. 1,650,680,000 165,068,000 214,588,400 (49,520,400) ‘96 제1기 부가가치세 취소 ‘96제2기 진입도로 포장공사 ‘96.10. 9. 130,000,000 13,000,000 16,900,000 (3,900,000) ‘96 제2기 부가가치세 취소 ‘97 법인세 정기조사 (‘00. 2. 2.) ‘97제1기 에어펌프 구입등 3건 ‘97 상반기 각 비용 지출일 15,450,000 1,545,000 2,008,500 (463,500) ‘97 제1기 부가가치세 취소 ‘97제2기 현장분진망 설치 등 13건 ‘97 하반기 각 비용 지출일 338,690,000 33,869,000 44,029,700 (10,160,700) ‘97 제2기 부가가치세 취소 ‘98제1기 경계철조망 이설 및 포장공사 ‘98. 3. 6. 72,000,000 7,200,000 9,360,000 (2,160,000) ‘98 제1기 부가가치세 취소 ‘98제2기 콘베이어 라인 철구조물 수리 ‘98. 8. 4. 50,000,000 5,000,000 6,500,000 (1,500,000) ‘98 제2기 부가가치세 취소 합 계 2,256,820,000 225,682,000 293,386,600 (67,704,600)
결정 내용은 붙임과 같습니다.