법률에 비과세규정이 없는 경우에도 입법미비라 하여 비과세할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

청구인이 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의하여 1998년 귀속 법인세 8,055,620원과 1999년 귀속 법인세 30,037,854원을 감면받고도 이에 대한 농어촌특별세를 신고ㆍ납부하지 않은 데 대하여 처분청은 감면받은 위 법인세는 농어촌특별세 부과대상으로 보아 2000. 8. 9.자로 농어촌특별세 계 8,380,550원(1998년도 1,772,230원, 1999년도 6,608,320원)을 부과ㆍ고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 청구인은 농어촌특별세법에서 조세특례제한법에 의하여 법인세가 감면되는 중소제조업에 대하여 농어촌특별세를 비과세하면서 엔지니어링사업을 하는 중소기업에 대하여는 비과세하지 않은 것은 입법미비이므로 청구인에게 농어촌특별세를 부과한 이 사건 부과처분은 부당하다.

• 가. 다툼 법률에 비과세규정이 없는 경우에도 입법미비라 하여 비과세할 수 있는지 여부.
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1978. 4. 10.부터 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 건축엔지니어링사업을 하고 있는 중소기업이다.

(2) 청구인은 처분청에 1999. 3. 31. 1998년 귀속 법인세 신고시 조세특례제한법 제7조 와 제26조의 규정에 의해 감면받은 법인세 9,375,620원 중 제26조에 의하여 감면받은 1,320,000원을 농어촌특별세 과세표준으로, 264,000원을 납부할 세액으로 신고한 후 같은 해 5. 15. 위 세액을 납부하였고, 2000. 3. 31. 1999년 귀속 법인세 신고시 위 규정들에 의하여 감면받은 법인세 32,697,494원 중 제26조에 의하여 감면받은 2,659,640원을 농어촌특별세 과세표준으로, 531,928원을 납부할 세액으로 신고한 후 같은 해 5. 15. 위 세액을 납부하였다.

(3) 처분청은 청구인이 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의하여 감면받은 1998년도 법인세 8,055,620원과 1999년도 법인세 30,037,854원을 농어촌특별세 부과대상으로 보아 위 각 귀속년도의 농어촌특별세 과세표준을 9,375,620원과 32,697,494원으로, 총결정세액을 2,036,236원과 7,140,255원으로 각 경정한 후 이미 납부한 264,000원과 531,928원을 공제하여 2000. 8. 9.자로 농어촌특별세 계 8,380,550원을 추가로 납부하도록 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 조세특례제한법 제7조 제1항 은 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인 중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다. (2) 농어촌특별세법 제2조 제1항 은 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법ㆍ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다고 규정하고, 제1호에서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제를 규정하고 있다. (3) 농어촌특별세법 제3조 는 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고, 제1호에서 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자를 규정하고 있다. (4) 농어촌특별세법 제4조 는 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고, 제3호에서 조세특례제한법 제6조, 제119조 제3항 또는 제120조 제3항의 규정에 의한 창업중소기업에 대한 세액감면 및 동법 제7조의 규정에 의한 중소제조업에 대한 특별세액감면을 규정하고 있다.
• 라. 판단 살피건대, 위 인정사실에 의하면 청구인은 조세특례제한법 제7조 에 의하여 법인세를 감면받은 건축엔지니어링을 하는 중소기업이므로 위 규정에 의하여 감면받은 법인세에 대하여 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다 할 것이다. 청구인은 농어촌특별세법에서 조세특례제한법에 의하여 법인세가 감면되는 중소제조업에 대하여 농어촌특별세를 비과세하면서 엔지니어링사업을 하는 중소기업에 대하여는 비과세하지 않은 것은 입법미비이므로 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장하나 조세특례제한법과 농어촌특별세법은 입법목적과 조세감면의 취지가 서로 달라 조세특례제한법에서 비과세대상으로 규정되어 있더라도 농어촌특별세법에 비과세규정이 없는 것을 입법미비라 할 수 없고, 또한 비과세규정은 입법자가 조세를 부과하지 않는 것이 바람직하다고 보아 조세를 부과하지 않기로 하여 법률에 규정한 것으로서 농어촌특별세법의 비과세규정에 엔지니어링사업을 하는 중소기업이 규정되어 있지 않은 것은 농어촌특별세를 감면할 사유가 없기 때문이라고 보는 것이 타당할 것이다. 따라서 조세특례제한법 제7조 에 의하여 감면받은 법인세는 농어촌특별세 부과대상으로 보아 청구인이 위 조항에 의하여 감면받은 법인세에 대하여 농어촌특별세를 부과한 이 사건 부과처분에 잘못이 없다할 것이다.

그렇다면 처분청이 조세특례제한법 제7조 에 의하여 청구인이 감면받은 법인세에 대하여 농어촌특별세를 부과한 이 사건 부과처분은 정당하다 할 것이고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.