지방자치단체업무 등을 대행하고 실비로 받은 금액이 부가가치세 과세대상인지 여부

처분청은 2000. 6. 1.자로 청구인에 대하여 한 부가가치세 1,156,875,150원의 부과처분을 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 1995. 1. 1.부터 같은 해 6. 30.까지 ○○시장이 위탁한 공영주차장ㆍ유료도로ㆍ도시고속도로ㆍ○○공원관리업무, 불법 주ㆍ정차 차량의 견인업무 및 한강사업ㆍ장묘사업과 ○○시 ㅇㅇ구청장 등 6개 구청장이 위탁한 공동구관리업무(○○시장과 ㅇㅇ구청장 등 6개 구청장이 위탁한 업무를 합하여 이하 ‘이 사건 대행업무’라 한다)를 대행하고 대행업무수행에 따른 대행사업비로 전도금 계 14,833,348,580원을 수령하여 그 중 사업운영비로 계 10,522,921,570원(이하 ‘이 사건 수입금액’이라 한다)을 집행하였으나 이에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 이 사건 수입금액을 부가가치세 과세대상인 용역의 대가로 보아 2000. 6. 1.자로 1995년 제1기분 부가가치세 1,156,875,150원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유

(1) 청구인은 지방공기업법 제76조 와 구 서울특별시시설관리공단설치조례(1996. 1. 15. 조례 제3365호로 개정되기 전의 것) 제1조의 규정에 따라 1983. 9. 1.자로 설립되어 ○○시장이 지정하는 시설물을 효율적으로 관리, 운영하여 지방자치의 발전과 주민의 복리증진에 기여함을 목적으로 하는 공익법인이다. 그리고 이 사건 대행업무에 대한 운영경비는 ○○시와 ㅇㅇ구(이하○○시 등이라 한다)의 예산으로 편성되어 전출금으로 청구인에게 전도되고 청구인은 전도금을 수령하여 집행한 후 회계연도 종료 때마다 정산하여 집행잔액을 반납하고 있다. 또 이 사건 대행업무에서 발생하는 수입금은 청구인의 수입금액이 아닌 것이며 그 이유는 관계법령과 조례에서 정한 바에 따라 청구인이 징수하여 당일이나 익일 ○○시 등의 관련 회계별 계좌에 납입조치하도록 되어 있기 때문이다. 그러므로 집행한 전도금은 대행사업의 관리, 운영을 위한 인건비 등 제비용의 실비로서 부가가치의 창출이나 대가성인 수수료가 없는 것인데도 이 사건 대행업무의 집행 전도금전부를 부가가치세 과세대상으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 위법한 처분이다.

(2) 대법원 판례(1997. 8. 26. 선고 00누00000 판결)에서도 청구인과 같이 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단이 지방자치단체로부터 용역을 위탁받아 제공하는 용역을 “공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역”으로 보아 부가가치세 면제대상으로 보고 있고, 나아가 정부에서는 1997. 12. 31. 대통령령 제15563호로 부가가치세법시행령 제38조 제1항 을 개정하여 “ 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단”을 부가가치세 면제대상으로 추가한 취지에 비추어 보더라도 이 사건 부과처분은 잘못된 처분이다. (3) 국세기본법 제14조 의 규정에 의하면 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다“라고 되어 있고 이는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다는 세법의 기본원칙이라 할 것이므로 이 사건 대행업무의 경우 운영수입은 ○○시 등에 귀속되고 관리행위와 그 비용도 최종적으로 ○○시 등에 귀속된다 할 것인데도 청구인에게 부가가치세를 부과한 것은 잘못이다.

• 가. 다툼 이 사건 대행업무에 대한 사업운영비를 부가가치세 과세대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관계 법령 등의 규정 (1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 에서 부가가치세가 부과되는 거래의 한 형태로서 용역의 공급을 규정하고, 제3항에는제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다고 규정하고 있다. 또 같은 법 제2조 제1항의 규정에 따르면 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 되어 있고, 제2항에 따르면 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단ㆍ재단 기타 단체를 포함하도록 되어 있다. 그리고 같은 법 제7조 제1항에는용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하고 있다. 또한 같은 법 제13조 제1항의 규정에 따르면 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가를 부가가치세의 과세표준으로 하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제48조 제1항의 규정에 따르면 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치가 있는 것을 포함하도록 되어 있다. (2) 부가가치세법 제12조 제1항 에서는 그 제1호부터 제18호까지 부가가치세가 면제되는 용역을 규정하면서 (가) 그 제16호에서종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 용역으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고, 대통령령이 정하는 것으로서 같은 법 시행령 제37조 제1호에서 주무관청에 등록된 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역을 규정하고 있고 (나) 그 제17호(1998. 12. 28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것)에서국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고, 대통령령이 정하는 것으로서 같은 법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15563호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항에서 제1호부터 제31호까지 별정우체국 등 단체를 규정하고 있으나 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단은 규정하지 아니하였다(1997. 12. 31. 대통령령 제15563호로 부가가치세법시행령이 개정되어 제38조 제1항 제21의2호에 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단이 새로 포함되어 1998. 1. 1.부터 시행되었다). (3) 지방공기업법 제76조 제1항 의 규정에 따르면 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단을 설립할 수 있도록 되어 있고, 제71조 제1항에 따르면 공사(제76조 제2항의 규정에 따라 공단에도 적용된다)는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담하도록 되어 있다.

(4) 구 지방공기업법시행령(1998. 5. 7. 대통령령 제12445호로 개정되기 전의 것) 제53조(제54조의 규정에 따라 공단에도 적용된다) 제1항에 따르면 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 할 때에는 위탁계약에 의하도록 되어 있고, 제2항에는공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다. 1.사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비, 2.사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비, 3.사업의 종료 후 결산 이전 또는 시설물 등의 인계 이전까지 사이에 시설물 등을 관리하는데 소요되는 경비, 4.사업의 대행에 따른 대행수수료, 5.기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비라고 규정하고 있고, 제4항에는공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다고 규정하고 있다.

(5) 구 서울특별시시설관리공단설치조례(1996. 1. 15. 조례 제3365호로 개정되기 전의 것, 이하위 공단설치조례라 한다) 제4조의 규정에 따르면 자본금은 전액 ○○시가 출자하며 그 자본금 납입시기와 방법은 시장이 정하도록 되어 있고, 제15조의 규정에 따르면 공단은 국가 또는 기타 위탁자의 사업을 대행할 수 있으며 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 그 위탁자가 부담하되 그 비용의 부담에 관하여 필요한 사항은 지방공기업법시행령이 정하는 것을 제외하고는 위탁자와 수탁자가 상호 협의하여 시장의 승인을 받아 정하도록 되어 있으며, 제17조의 규정에 따르면 공단은 매 사업연도의 사업계획서 및 수지예산서를 작성하여 당해 사업연도 개시 2개월 전까지 시장에게 제출하여 승인을 얻어야 하도록 되어 있고, 제20조 규정에는 공단은 매 사업연도에 잉여금이 생긴 때에는 이월결손금으로 보전하고 ○○시 세입에 납입하도록 되어 있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 지방공기업법 제76조 의 규정에 따라 ○○시장이 지정하는 공공시설물을 효율적으로 관리ㆍ운영함으로써 시민의 복리증진에 기여함을 목적으로 자본금 전액을 ○○시장으로부터 출자받고 행정자치부장관(구 내무부장관)의 설립인가를 받아 1983. 9. 1.자로 설립되었다.

(2) 별지1 “위탁사업별 현황‘과 같이 ○○시장은 1984. 4. 1.부터 1995. 1. 1.까지 사이에 공영주차장관리 등 7개 업무를, ㅇㅇ구청장 등 6개 구청장은 1995. 1. 1. 공동구관리업무를 청구인에게 위탁하였고 청구인은 수탁사업 중 수입금이 발생한 경우에는 수입금을 수령한 당일이나 익일 ○○시의 일반회계, 주차장시설비특별회계 및 유료도로특별회계에 각각 입금하였으며 사업비용은 분기별로 예산을 배정받아 집행한 후 정산절차를 거쳐 집행잔액을 반납하였다.

(3) 그리고 청구인은 별지2 “위탁사업별 전도금 수령액 및 집행액 현황”과 같이 1995. 1. 1.부터 같은 해 6. 30.까지 공영주차장관리업무 등 8개 업무를 대행하면서 전도금 계 14,833,348,580원을 수령하여 인건비, 경비, 간접관리비 등 운영경비로 계10,522,921,570원을 집행하였다.

(4) 그런데 청구인은 부가가치세를 신고하면서 이 사건 수입금액에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

(5) 그러자 처분청은 부가가치세가 면세되는 “정부업무를 대행하는 단체”는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 의 위임을 받아 같은 법 시행령 제38조 제1항에 열거되어 있는데 여기에는 청구인과 같은 지방공단은 들어 있지 아니하다는 이유로 이 사건 수입금액을 부가가치세 과세대상인 용역의 공급가액으로 보아 부가가치세 과세표준을 9,566,292,336원(이 사건 수입금액 10,522,921,570원/1.1)으로 산출하여 2000. 6. 1.자로 이 사건 부과처분을 하였다.

• 라. 판단 살피건대, 위 관계법령에서 본 바와 같이 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있고, 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하도록 되어 있으므로 청구인이 1995. 1. 1.부터 같은 해 6. 30.까지 이 사건 대행업무를 대행하고 ○○시 등으로부터 인건비, 경비, 간접관리비 등의 명목으로 받은 이 사건 수입금액은 부가가치세 과세대상이라 할 것이고, 정부업무를 대행하여 재화 또는 용역을 공급하는 경우 부가가치세가 면제되는 단체는 부가가치세법시행령 제38조 제1항 에 열거되어 있는데 청구인과 같은 지방공단은 1997. 12. 31.자로 새로 포함되어 1998. 1. 1.부터 시행되었으므로 이 규정만을 적용한다면 처분청의 주장과 같이 1995. 1. 1.부터 같은 해 6. 30.까지의 공급대가인 이 사건 수입금액은 부가가치세 면제대상이 될 수가 없다 할 것이다. 그러나 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 에서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 용역으로서 대통령령이 정하는 것은 부가가치세를 면세한다고 규정하고, 대통령령이 정하는 것으로서 같은 법 시행령 제37조 제1호에서 주무관청에 등록된 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역이라고 규정하고 있는데 그 중 공익을 목적으로 하는 단체라 함은 사회 일반의 복리증진을 그 고유의 직접목적으로 하는 단체를 말한다 할 것이고 ○○시 등의 시설물을 수탁받아 관리, 운영함으로써 시민의 복리증진에 기여하기 위하여 설립된 청구인은 공영주차장의 관리운영, 불법 주ㆍ정차 차량의 견인과 관리 등의 이 사건 대행업무를 통하여 사회 일반의 복리증진에 기여하므로 위 공익을 목적으로 하는 단체에 해당한다 할 것이다. 따라서 청구인이 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급한 용역의 대가에 해당되는 이 사건 수입금액은 부가가치세 면세대상이 된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 수입금액을 부가가치세 과세대상으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.