건설업을 영위하는 법인이 토지 취득 후 2년 내 건설 착공시 당초 취득용도대로 사용했는지 여부에 불구하고 업무에 직접 사용한 것으로 보도록 되어있으므로 사옥 및 주택전시관 관련 토지는 업무용 부동산에 해당하며, 당초 주택을 신축할 수 없는 임야를 취득 후 보유하다 업무에 사용하지 않고 양도하는 경우 비업무용부동산에 해당됨.
건설업을 영위하는 법인이 토지 취득 후 2년 내 건설 착공시 당초 취득용도대로 사용했는지 여부에 불구하고 업무에 직접 사용한 것으로 보도록 되어있으므로 사옥 및 주택전시관 관련 토지는 업무용 부동산에 해당하며, 당초 주택을 신축할 수 없는 임야를 취득 후 보유하다 업무에 사용하지 않고 양도하는 경우 비업무용부동산에 해당됨.
1. 처분청은 2000. 3. 29.자로 (주) ㅇㅇㅇ건설에 대하여 한 1994사업연도 법인세 123,476,320원, 농어촌특별세 4,940,060원, 1995사업연도 법인세 118,932,800원, 농어촌특별세 5,425,980원의 부과처분 중
2. 나머지 청구를 기각한다.
청구인은 1990. 10. 26. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 답 1,106㎡, 같은 동 ○○번지 대지 288㎡, 같은 동 ○○번지 답 130㎡ 합계 1,524㎡의 토지(이하 “갑토지” 라 한다)를 주택건설용도로 취득한 후 그 지상에 사옥 및 점포 등을 신축하여 사용하다가 멸실하고 주택전시관을 신축하여 2000. 3월 현재까지 청구인의 업무에 사용하고 있다. 그리고 1992. 1. 13. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 5,597㎡(이하 “을토지” 라 한다)를 주택건설용도로 취득하여 보유하다가 1996. 12. 31. 양도하였다. 처분청에서는 청구인이 주택건설용도로 취득한 위 토지들을 그 취득 목적과 다르게 유휴토지로 보유하다가 양도하거나 사옥을 건설하는 데 사용하였다는 이유로 비업무용토지로 보아 그 토지 보유에 따른 지급이자를 손금불산입하여 1994사업연도 법인세 123,476,320원, 농어촌특별세 4,940,060원, 1995사업연도 법인세 118,932,800원, 농어촌특별세 5,425,980원 계 252,775,160원을 2000. 3. 29. 부과, 고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분” 이라 한다)을 하였다.
(1) “주택건설용도로 취득한 토지에 사옥을 신축하여 사용하다가 멸실하고 주택 전시관 및 사옥을 신축하여 사용하고 있는데도 이를 비업무용부동산으로 보아 지급이자를 손금불산입한 데” 대하여 청구인은 1990. 10. 26. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 2필지의 토지 1,524㎡를 주택건설용도로 취득한 후 1년이 경과되지 않은 1991. 8. 8. 건축허가를 받아 1992. 8. 8. 위 토지에 사옥 419.58㎡를 신축하여 1995. 4. 29.까지 사용하다가 멸실하고 주택전시관 918㎡를 신축하여 2000. 3. 29. 현재까지 주택전시관 및 사무실로 사용하고 있다. 그런데도 처분청은 비업무용부동산 관련 법인세법의 규정과 청구인의 위 토지이용실태를 정확히 조사하지도 않고 ㅇㅇ시에서 청구인이 주택건설용도로 취득한 토지를 일반 건축물부지로 사용하였다는 이유로 취득세를 중과하자 이를 근거로 비업무용부동산에 해당되는 것으로 보아 지급이자를 손금불산입하였다. 따라서 “갑토지” 관련 이 사건 부과처분은 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 건축허가를 받아 공사를 착공한 경우에는 업무에 직접 사용한 것으로 보도록 되어 있는 관계법령의 규정을 위배한 것으로 취소되어야 한다.
(2) “건축물을 신축할 수 없는 자연녹지지역의 토지를 부득이하게 주택건설용지에 포함하여 취득하였다가 업무에 직접 이용하지 못한 채 양도한 것을 비업무용부동산으로 보아 지급이자를 손금불산입한 데” 대하여 청구인은 1992. 1. 13. 주거지역과 자연녹지지역이 1필지로 되어있는 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 19,438㎡, 같은 동 ○○번지 전 1,491㎡, 같은 동 ○○번지 전 1,011.6㎡, 같은 동 ○○번지 대지 416.5㎡, 같은 동 ○○번지 전 182㎡ 계 22,539.1㎡를 주택건설용도로 취득하였으나 건축이 가능한 주거지역의 토지도 대지조성이 완료되지 않아 자연녹지지역토지일부를 절개하여 정지작업을 함과 아울러 토사유출방지시설을 하는 한편 비탈면에 돌 붙임 공사를 하였다. 그리고 공사완료 후 남은 토지 5,597㎡는 ○○산과 연결되어 있는 입목 생성지로서 그 지목이 임야이고 ㅇㅇ시의 조례에 의하여 아파트 사업부지 또는 다른 건축부지로 사용할 수 없도록 되어있어 청구인의 대표이사가 ㅇㅇ시장을 방문하여 기부채납 의사를 타진하였으나 쓸모없는 땅이고 관리상 어려움이 있다는 사유로 받아들여지지 않았다. 그 후 이를 즉시 매각하려고 하였으나 매수 희망자가 없어 계속 보유하고 있다가 1996. 10월(날짜모름)에 가서야 매수를 희망한 자가 나타나 27,845,000원이라는 헐값에 매각하였다. 그러므로 잔여토지 5,597㎡는 주택건설ㆍ판매업을 주업으로 하는 청구인이 업무와 관련하여 부득이하게 취득하였다가 업무에 직접 이용하지 못하고 양도한 토지로 보아야 할 것이고, 많은 손해를 보고 위 잔여토지 5,597㎡를 매각한 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 지가상승에 의한 이익을 얻기 위하여 취득한 것이 아니라는 것이 명백하다. 그런데도 처분청은 위 잔여토지 5,597㎡가 지방세법에서 정한 기간 내에 업무에 직접 이용되지 않아 취득세가 중과되었다는 사유로 법인세법상 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 보아 지급이자를 손금불산입하였는데, 이는 법규를 잘못 해석하고 사실관계를 잘못 판단한 것이므로 “을토지” 관련 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
(3) “위 (2)항의 토지 취득가액을 계산하여 비업무용부동산가액으로 적용하고 지급이자 및 차입금적수를 산출하여 그 부동산가액에 상당하는 지급이자를 손금불산입한데” 대하여 청구인이 위 (2)항의 토지 계 22,539.1㎡를 취득하는 데 소요된 금액은 토지 취득가액 5,500,000,000원과 취득세 등 부대비용 798,735,612원 계 6,298,735,612원이다. 그리고 청구인과 전 소유자간의 추가약정서에 명시된 주거지역부분 토지 매매가액과 자연녹지지역부분 토지매매가액에 의하여 안분계산한 비업무용토지 5,597㎡의 취득가액 및 장부가액은 269,960,373원이 되고, 1995년부터 1998년까지 위 비업무용토지의 개별공시지가는 111,380,300원이다. 또한 청구인이 1994사업연도 및 1995사업연도에 차입한 금액의 적수는 6,632,068,861,539원(차입금 연간평균잔액 18,170,051,167원) 및 11,582,255,706,288원(차입급 연간평균잔액 31,732,207,413원)이고 그 지급이자는 2,010,833,308원 및 3,625,709,174원이다. 그러므로 위와 같이 정확하게 산정된 비업무용토지의 취득가액, 차입금 및 지급이자 등을 적용하여 그 부동산가액에 상당하는 차입금에 대한 1994사업연도 지급이자 29,875,826원 및 1995사업연도 지급이자 30,845,562원을 손금불산입하여야 한다. 그런데도 처분청에서는 ㅇㅇ시 ㅇ구에서 부과한 비업무용토지의 취득세과세표준 1,365,782,120원을 1994사업연도 및 1995사업연도 비업무용부동산가액으로 적용하고 손익계산서에 계상된 지급이자 1,985,658,283원(상업어음할인료 등 87,947,729원 포함) 및 3,693,395,215원(상업어음할인료 등 154,103,257원 포함)과 연말 현재의 차입금잔액 18,796,176,396원(차입금적수 6,860,604,748,780원) 및 31,926,235,585원(차입금적수 11,653,075,988,525원)을 그대로 적용하여 부동산가액 1,365,782,120원에 상당하는 차입금에 대한 지급이자 144,283,418원 및 158,000,874원을 손금불산입함으로써 114,407,592원 및 127,155,312원을 과다하게 손금불산입하는 결과를 가져왔다. 더욱이 비업무용토지의 취득금액 및 장부가액이 착오로 잘못 계산되었는데도 그 취득금액 및 장부가액을 비업무용부동산가액으로 적용하여 그 부동산가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입한 것은 실질과세의 원칙에 위배된다. 따라서 위와 같이 과다하게 손금불산입된 지급이자 114,407,592원 및 127,155,312원을 손금산입하여야 한다.
(1) 주택건설용도로 취득한 토지에 사옥을 신축하여 사용하다가 멸실하고 사옥 또는 주택전시관을 신축하여 사용하고 있는 경우 이를 비업무용부동산으로 볼 수 있는지 여부
(2) 건축물을 신축할 수 없는 자연녹지지역안에 있는 토지를 주택건설용지에 포함하여 취득하였다가 업무에 직접 이용하지 못한 채 양도한 경우 이를 비업무용부동산 등으로 볼 수 있는지 여부
(3) 위 (2)항의 토지취득가액을 부동산가액으로 적용하고 지급이자 및 차입금적수를 산출하여 그 부동산가액에 상당하는 지급이자를 손금불산입한 것이 타당한지 여부
(1) 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다. (가) 청구인은 1990. 10. 26. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 2필지의 토지 1,524㎡를 주택건설용도로 취득하였다. (나) 청구인은 위 (가)항의 토지를 취득한 후 1년이 경과되기 전인 1991. 8. 8. 건축허가를 받아 사옥 419.58㎡를 신축하여 사무실 등으로 사용하다가 1995. 4. 29. 위 건물을 멸실하고 주택전시관 918㎡를 신축하여 2000. 3. 29. 현재까지 업무에 직접 사용하고 있다. (다) ㅇㅇ시에서는 1997. 1. 11. 청구인이 주택건설용도로 취득한 위 (가)항의 토지 1,524㎡를 일반건축물부지로 사용하였다는 이유로 위 토지의 취득금액 764,073,953원에 중과세율을 적용하여 취득세 119,195,530원을 부과처분하였다. (라) 처분청은 위 (다)항의 사유를 이유로 비업무용부동산에 해당되는 것으로 보아 부동산가액 764,073,953원에 상당하는 차입금에 대한 1994사업연도 지급이자 80,718,000원 및 1995사업연도 지급이자 88,392,102원을 손금불산입하였다.
(2) 관계법령의 규정 (가) 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법” 이라 한다) 제18조의3 제1항 제1호의 규정에 의하면 비업무용 부동산은 “당해법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것” 이라고 되어 있다 (나) 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법시행령” 이라 한다) 제43조의2 제1항의 규정에 의하면 법 제18조의3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 되어 있으며 그 1호에는 부동산 취득후 일정기간이 경과할 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 되어 있다. (다) 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법시행규칙” 이라 한다) 제18조 제3항의 규정에 의하면 “비업무용 부동산은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다” 고 되어 있고 그 2호에 건축물에 직접 사용되는 토지로서 다음에 정하는 기준면적을 초과하는 토지라고 되어 있으며 2호 “나” 목에 의하면 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적과 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역에 적용되는 용적율로 나눈 면적에 1.2를 곱하여 계산한 면적 중 큰 면적을 비업무용 토지에서 제외하도록 되어 있고 주거지역의 경우 적용배율은 4배로 되어 있다. 그리고 구 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제12호의 규정에 의하면 건설업을 영위하는 법인이 취득한 건물신축용 토지 등 매매용 부동산의 경우에는 취득한 후 2년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것이라고 되어 있다. 또한 구 같은 법 시행규칙 제18조 제6항의 규정에 의하면 제3항 제1호 및 제12호의 규정을 적용함에 있어서 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 때(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)에는 당해 토지를 업무에 직접 사용한 것으로 본다고 되어 있다.
(3) 판단 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 1990. 10. 26. 주택건설용 토지 1,524㎡를 취득한 후 1년이 경과되기 전인 1991. 8. 8. 건축허가를 받아 사옥 419.58㎡를 신축하여 사무실 등으로 사용하다가 1995. 4. 29. 위 건물을 멸실하고 주택전시관 918㎡를 신축하여 2000. 3. 29. 현재까지 업무에 직접 사용하고 있고, 위 건축물 부속토지 면적은 기준면적 1,560.96㎡ 또는 1,836㎡ 범위 내에 있다. 구 법인세법 제18조의3 제1항 제1호, 구 같은 법 시행령 제43조의2 제1항 및 구 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제12호 등의 규정에 의하면 건설업을 영위하는 법인이 토지를 취득하여 건설에 착공한 때에는 당초 토지 취득용도대로 사용하였는지 여부에 불구하고 업무에 직접 사용한 것으로 보도록 되어 있는 점에 비추어 볼 때 가사 청구인이 주택신축용도로 취득한 위 토지 1,524㎡에 주택을 신축하지 않고 사옥 또는 주택전시관을 신축하였다 하더라도 그 부속 토지면적이 기준면적을 초과하지 않는 이상 청구인의 정관에 규정된 목적사업에 직접 사용한 것으로 보아 그 부동산가액에 상당하는 차입금에 대한 1994사업연도 지급이자 손금불산입액 80,718,000원 및 1995사업연도 지급이자 손금불산입액 88,392,102원을 손금에 산입하여야 할 것이다. 따라서 주택건설용 토지에 사옥 또는 견본주택을 신축하였다 하더라도 이를 업무에 직접 사용한 것으로 보아야 한다는 이 부분 청구주장은 이유있다 할 것이다.
(1) 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다. (가) 청구인은 주택신축ㆍ매매 및 부동산임대, 토목, 건축, 포장, 전기공사, 부동산 매매를 목적사업으로 하는 영리법인이다. (나) 청구인은 1992. 1. 13. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동(이하 “ㅇㅇ동” 이라 한다) ○○번지 임야 19,438㎡(주거지역: 13,715㎡, 자연녹지지역: 5,723㎡), 같은 동 ○○번지 전 1,491㎡, 같은 동 ○○번지 전 1,011.6㎡, 같은 동 ○○번지 대지 416.5㎡, 같은 동 ○○번지 전 182㎡ 계 22,539.1㎡를 주택건설용도로 취득하였는데 매매계약체결 및 대금지급 상황은 다음과 같다.
① 청구인은 1991. 6. 26. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○동 ○호에 사는 ㅇㅇㅇ외 7인과 위 토지 계 22,539.1㎡를 계 5,500,000,000원에 매입하기로 합의하고 그 부동산 매입과 관련하여 발생한 조세공과금도 매입자가 부담하기로 약정하였다.
② 청구인은 1991. 10. 2. 토지거래 신고가격을 산출하기 위하여 ㅇㅇ감정평가법인에 위 토지의 감정평가를 의뢰하였는데 위 ①항의 토지 계 22,539.1㎡를 용도지역별로 나누어 주거지역부분의 토지 16,817㎡는 ㎡당 228,000원씩 계 3,834,276,000원으로 평가되었고, 자연녹지지역부분의 토지 5,723㎡는 ㎡당 30,000원씩 계 171,690,000원으로 평가되었다.
③ 청구인은 1992. 1. 13. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 사는 ㅇㅇ ㅇ씨 ○○ 대표 ㅇㅇㅇ와 위 ①항의 토지매매금액 5,500,000,000원을 도시계획법 제32조 및 같은 법 시행령 제15조의 규정에 의하여 지정고시(1967. 2. 20, 건고 제144호 및 1985. 9. 13, 건고 제402호)된 용도지역별로 나누어 주거지역부분의 토지 16,816.1㎡는 ㎡당 313,049.57원씩 계 5,264,273,000원, 자연녹지지역부분의 토지 5,723㎡는 ㎡당 41,189.41원씩 계 235,727,000원으로 구분 약정함과 아울러 위 토지양도대금으로 100,000,000원을 추가지급하기로 약정하였다.
④ 청구인이 심사청구서류에 첨부하여 제출한 위 ①항의 토지 매매대금 및 부대비용 지급명세서에 의하면 1991. 6. 26.부터 1993. 6. 16.까지 17회에 걸쳐 매매대금 5,500,000,000원과 제세공과금 등 798,735,612원 계 6,298,735,612원을 지급한 것으로 되어있다. (다) 위 (나)항의 토지취득금액 6,298,735,612원을 위 (나)항의 추가약정서에 명시된 주거지역부분 토지 16,816.1㎡의 매매금액 5,264,273,000원과 자연녹지지역부분 토지 5,723㎡의 매매금액 235,727,000원에 의하여 안분계산하면 위 (다)항의 주거지역부분 토지 16,816.1㎡의 취득금액은 6,028,775,239원(6,298,735,612×5,264,273,000/5,500,000,000)이고, 자연녹지지역부분 토지 5,723㎡의 취득금액은 269,960,373원(6,298,735,612×235,727,000/5,500,000,000)이다. (라) 청구인은 위 (나)항의 주거지역부분의 토지 16,816.1㎡에 정지작업을 함과 아울러 자연녹지지역부분의 토지 5,723㎡에 토사유출 방지시설 공사를 하였는데 그 후 주거지역부분의 토지면적은 16,816.1㎡에서 16,148.1㎡로, 자연녹지지역부분의 토지면적은 5,723㎡에서 5,597㎡로 감소하는 등 위 (나)항의 토지면적 22,539.1㎡가 21,745.1㎡로 감소하였다. (마) ㅇㅇ시 ㅇ구에서 1994. 2. 8. 위 (나)항의 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 19,438㎡에서 자연녹지지역의 임야 5,597㎡를 분할하여 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 지번을 부여하고 나머지 주거지역임야 13,047㎡는 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 지번으로 등록전환하였으며, 또한 같은 해 2. 28. 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 임야 10,642㎡를 지목을 임야에서 대지로 지목 변경함과 아울러 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 대지 298㎡와 합병하는 등 [별표1] “토지분할ㆍ합병ㆍ지목 변경 명세” 와 같이 토지를 분할ㆍ합병하거나 지목을 변경하였다. (바) 청구인은 위 (라)항의 변경된 토지면적을 21,746㎡(주거지역부분 16,149㎡, 자연녹지지역부분 5,597㎡)로 산정하고 위 (나)항의 토지 취득금액 6,298,735,612원을 사업용 토지면적 16,080㎡(도로시설부지 3,129㎡ 포함)와 비사업용 토지면적 5,666㎡(자연녹지지역부분 토지 5,597㎡,주거지역부분의 자투리 토지 69㎡)에 의하여 안분하여 사업용토지의 가액은 4,657,576,963원(6,298,735,612×16,080/21,746)으로, 비사업용토지의 가액은 1,641,158,649원(6,298,735,612×5,666/21,746)으로 산출하여 이를 1992사업연도 및 1993사업연도 장부가액에 대체하였다. (사) 청구인은 1994. 2월(날짜모름) 위 (다)항의 주거지역부분 토지 16,148.1㎡(도로시설부지 3,129㎡ 및 자투리 토지 69㎡ 포함) 중 12,951㎡와 위 ㅇㅇ동 ○○번지 외 5필지의 주거지역부분 토지 1,361㎡(도로시설부지 10㎡ 포함) 중 1,351㎡ 계 14,302㎡의 토지에 398세대의 아파트를 신축하여 분양하였고, 도로시설부지 3,139㎡는 ㅇㅇ시에 기부채납하였으며, 나머지 토지 69㎡는 자투리 토지로 주택사업부지에서 제외하였다. (아) 청구인은 위 (마)항의 사업용토지 16,080㎡(기부채납토지 3,129㎡ 포함)에 대한 장부가액 4,657,576,963원을 1992사업연도부터 1994사업연도까지 주택분양원가에 대체하여 손금산입하였다. (자) ㅇㅇ시 ㅇ구에서는 위 (나)항의 토지 22,539.1㎡에 대한 1991년부터 1995년까지 개별지가를 다음과 같이 결정하여 공시하였다.
① 위 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 19,438㎡(주거지역 13,715㎡, 자연녹지지역 5,723㎡)에 대한 1991년부터 1994년까지 개별지가를 결정 공시하면서 1991년부터 1993년까지 개별지가를 결정공시할 때에는 주거지역내의 임야로 이용된 것으로 보아 개별공시지가(원/㎡)를 각 72,000원, 82,000원, 82,000원으로 결정하여 공시하는 한편 1994년 개별지가를 결정공시할 때에는 주거지역과 자연녹지지역으로 구분 고시되어 있었고 토지형상도 주거지역대지와 자연녹지지역임야로 구분되어 있는데도 이를 모두 주거용 나대지로 이용된 것으로 보아 개별공사지가를 400,000원으로 결정공시하였다. 그리고 1994. 2. 8. 위 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 19,438㎡에서 자연녹지지역 5,597㎡를 분할하여 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 지번을 부여한 데 대하여는 1995년 개별지가(원/㎡)를 19,900원으로 결정공시하는 한편 위 ㅇㅇ동 ○○번지 임야(주거지역)에서 위 ㅇㅇ동 ○○번지로 지번을 변경한 후 위 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 298㎡와 합병한 데 대하여는 1995년 개별지가(원/㎡)를 494,000원으로 결정공시하였다.
② 1994. 2. 28. 위 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 298㎡와 합병한 같은 동 ○○번지 전 837㎡, 같은 동 ○○번지 전 1,491㎡, 같은 동 ○○번지 전 1,012㎡, 같은 동 ○○번지 대지 417㎡의 1991년부터 1994년까지 개별공시지가를 결정 공시함에 있어 1991년부터 1993년 개별지가를 결정공시할 때에는 적게는 180,000원, 많게는 280,000원으로 결정 공시한 반면 1994년 개별지가를 결정 공시할 때에는 주거용 나대지로 이용된 것으로 보아 모두 400,000원으로 결정 공시하였다. (차) 청구인은 사업부지에서 제외된 위 (다)항의 자연녹지지역 토지 5,597㎡를 업무에 직접 이용하지 못한 채 보유하다가 1998. 1. 8. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 양도하였다. (카) ㅇㅇ시 ㅇ구에서는 청구인이 위 (자)항의 토지 5,597㎡를 1992. 1. 15. 취득한 후 4년이 지난 1996. 1. 15. 현재까지 당초 취득용도대로 주택건설용지로 사용하지 않았다는 이유로 이를 비업무용토지로 보아 위 (나)항의 토지 취득금액 5,500,000,000원을 도시계획법 제32조 및 같은 법 시행령 제15조의 규정에 의하여 지정고시(1967. 2. 20, 건고 제144호 및 1985. 9. 13, 건고 제402호)된 주거지역부분의 토지면적 16,942.1㎡(자연녹지지역의 감소면적 126㎡ 포함)와 자연녹지지역부분의 토지면적 5,597㎡에 의하여 안분계산한 1,365,782,120원(5,500,000,000×5,597/22,539.1)을 비업무용토지가액으로 보아 중과세율을 적용하여 취득세 213,061,990원을 부과, 고지하였다. (타) 청구인의 1994사업연도 및 1995사업연도 차입금적수는 6,632,068,861,539원(차입금 연간평균잔액 18,170,051,167원) 및 11,582,255,706,288원(차입금 연간평균잔액 31,732,207,413원)이다. 그리고 1994사업연도 및 1995사업연도 지급이자는 2,010,833,308원(사채이자 113,122,754원 포함) 및 3,625,709,114원(사채이자 86,417,216원 포함)이고, 상업어음 할인액 등은 87,947,729원 및 154,103,257원이다. (파) 처분청은 청구인이 1992. 1. 13. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 1필지의 토지 5,597㎡를 비업무용토지로 보아 [별표2] “비업무용부동산 보유관련 지급이자 손금불산입액 명세” 와 같이 ㅇㅇ시 ㅇ구에서 부과한 취득세 과세표준 1,365,782,120원을 부동산가액으로 적용하여 그 부동산보유에 따른 지급이자 144,283,418원 및 158,000,874원을 손금불산입하였다.
(2) 관계법령의 규정 (가) 구 법인세법 제18조의3 제1항 에 의하면 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산 가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 되어 있고 그 제1호에 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 “대통령령이 정하는 것” 이라고 되어 있다. (나) 구 법인세법시행령 제43조의2 제1항 의 규정에 의하면 법 제18조의3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 되어 있으며, 그 1호에는 부동산 취득후 일정기간이 경과할 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 되어 있다. 법인세법시행규칙 제18조 제3항 의 규정에 의하면 그 “비업무용 부동산이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다” 고 되어 있고 그 제12호에 주택신축판매업을 하는 법인이 취득한 매매용 부동산으로서 취득 후 2년이 경과되지 아니한 것을 제외하도록 되어 있다. (다) 구 법인세법시행령 제43조의2 제4항 의 규정에 의하면 법 제18조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액” 이라 함은 비업무용 부동산가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 말한다고 되어 있고, 법인세법시행규칙 제18조 제8항 의 규정에 의하면 비업무용 부동산 가액은 다음 각 호의 가액 중 가장 큰 금액으로 한다고 되어 있으며, 그 제1호에 취득가액, 그 제2호에 사업연도 종료일 현재의 장부가액, 그 제3호에 사업연도 개시일 현재 공시지가를 열거하고 있다. (라) 법인세법시행규칙 제18조 제6항 의 규정에 의하면 그 제3항 제1호 및 제12호의 규정을 적용함에 있어 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 때를 업무에 직접 사용한 것으로 본다고 되어 있다. (마) 구 법인세법시행령 제43조의2 제4항 의 규정에 의하면 법 제18조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액” 이라 함은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 되어 있다. 지급이자 × 비업무용부동산가액 총 차 입 금 (바) 법인세법기본통칙 2-13-17…18의3 제3항의 규정에 의하면 법 제18조의3 제2항의 “차입급”이라 함은 지급이자 및 할인료를 부담하는 모든 부채를 말한다고 되어있고, 이 경우 상품, 제품 등을 매출하고 받은 상업어음을 할인한 경우의 할인어음은 차입금으로 보지 아니한다고 되어 있다.
(3) 둘째 다툼에 대한 판단 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 주택을 신축할 수 없는 자연녹지지역의 임야 5,723㎡를 주택건설용지에 포함하여 부득이하게 취득하였으나 정지공사완료 후 그 토지면적이 5,597㎡로 감소되었고 이를 업무에 이용하지 못한 채 6년 동안 보유하다가 양도하였다. 구 법인세법 제18조의3 제1항 제1호, 구 같은 법 시행령 제43조의2 제1항 및 구 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제12호의 규정에 의하면 주택신축판매업을 영위하는 법인이 토지를 취득한 후 2년이 경과할 때까지 주택신축공사에 착공하지 않은 경우에는 비업무용부동산으로 보아 그에 상당하는 지급이자를 손금불산입하도록 되어 있다. 살피건대, 청구인은 처음부터 주택을 신축할 수 없는 토지 5,597㎡를 취득하여 업무에 이용하지 않은 채 보유하다가 양도하였으므로 위 양도토지 5,597㎡는 비업무용부동산을 취득하여 보유한 것으로 보아 그 부동산보유와 관련한 지급이자를 손금불산입하는 것이 정당하다 할 것이다. 따라서 주택을 신축, 분양하는 과정에서 위 토지 5,597㎡를 부득이하게 취득하여 보유하다가 양도하였으므로 이를 업무에 사용한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없다 할 것이다.
(4) 셋째 다툼에 대한 판단 둘째 다툼에서 살펴본 바와 같이 처음부터 주택을 신축할 수 없는 토지를 취득하여 유휴토지로 보유하다가 양도한 경우에는 비업무용 토지로 보아 그 부동산 보유에 따른 지급이자를 손금불산입하는 것이 정당하다 할 것이나 가사 이를 비업무용토지로 보더라도 그 부동산가액, 차입금적수 및 지급이자를 정확하게 산정하여 그 부동산가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하는 것이 정당하다 할 것이다. 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 청구인은 토지거래 신고가격을 산출하기 위하여 ㅇㅇ감정평가법인에 위 토지의 감정평가를 의뢰하였는데 주거지역의 토지 16,817㎡는 ㎡당 228,000원씩 계 3,834,276,000원으로 평가되었고, 자연녹지지역의 토지 5,723㎡는 ㎡당 30,000원씩 계 171,690,000원으로 평가되었다(주거지역토지의 감정가액은 같은 면적의 자연녹지지역토지의 감정가격의 7.6배이다). 그리고 청구인과 ㅇㅇ ㅇ씨 문중 대표 ㅇㅇㅇ가 1991. 6월 합의한 위 토지의 매매금액 5,500,000,000원을 1992. 1. 13. 주거지역토지매매금액은 ㎡당 313,049.57원씩 계 5,264,273,000원, 자연녹지지역토지매매금액은 ㎡당 41,189.41원씩 계 235,727,000원으로 구분하여 추가약정하였다(주거지역토지의 매매가액은 같은 면적의 자연녹지지역 토지매매가액의 7.6배이다). 한편 청구인은 1991. 6. 26.부터 1993. 6. 16.까지 13회에 걸쳐 위 토지 취득과 관련된 부대비용 계 798,735,612원을 지출하였는데 위 토지의 매매금액 5,500,000,000원과 위 부대비용 798,735,612원의 합계 6,298,735,612원을 추가약정서에 명시된 주거지역 토지매매가액 5,264,273,000원과 자연녹지지역 토지매매가액 235,727,000원에 의하여 안분계산하면 위 주거지역토지의 취득가액은 6,028,775,239원이 되고 자연녹지지역 토지의 취득가액은 269,960,373원이 된다. 그리고 [별표3] “토지분할ㆍ합병전후 개별공시지가 결정명세” 와 같이 1994. 2. 8. 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 임야 19,438㎡에서 분할된 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 자연녹지지역 임야 5,597㎡와 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 주거지역 임야 10,642㎡(1994. 2. 8. 위 ㅇㅇ동 ○○번지에서 위 ㅇㅇ동 ○○번지로 지번이 변경되어 위 ㅇㅇ동 ○○번지과 합병되었다)의 1995년 개별지가 결정공시내용을 보면 주거지역인 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 개별공시지가는 ㎡당 494,000원으로, 자연녹지지역인 위 ㅇㅇ동 ○○번지의 개별공시지가 ㎡당 19,900원의 24.8배이다(위 ㅇㅇ동 ○○번지의 1992년 및 1993년까지 개별공시지가는 용도지역 구분없이 72,000원, 82,000원으로 결정공시된 반면 1994년 개별공시지가는 주거지역과 자연녹지지역으로 구분고시되어 있었고 토지형상도 주거지역대지와 자연녹지지역임야로 구분되어 있었음에도 이를 모두 주거용 나대지로 이용된 것으로 보아 400,000원으로 결정공시되었다). 또한 청구인이 1994사업연도 및 1995사업연도에 차입한 금액의 적수는 6,632,068,861,539원(차입금 연간평균잔액 18,170,051,167원) 및 11,582,255,706,288원(차입금 연간평균잔액 31,732,207,413원)이고, 그 지급이자는 2,010,833,308원 및 3,625,709,174원이다. 그런데 처분청은 ㅇㅇ시 ㅇ구의 취득세 부과담당자가 위 토지의 취득금액 5,500,000,000원을 주거지역 토지면적 16,942.1㎡(자연녹지지역의 감소면적 126㎡를 포함)와 자연녹지지역 토지면적 5,597㎡에 의하여 안분계산한 1,365,782,120원을 위 자연녹지지역 토지 5,597㎡의 취득금액으로 하여 취득세 213,061,990원을 부과하였다는 이유로 위 취득금액 1,365,782,120원을 비업무용부동산의 취득가액으로 보아 그 가액에 상당하는 1994사업연도 및 1995사업연도 차입금에 대한 지급이자 144,283,418원 및 158,000,874원을 손금불산입하였다. 살피건대 이 사건 주거지역토지의 가액과 자연녹지지역토지의 가액은 토지 취득당시 감정가액 및 추가약정 가액을 기준으로 비교할 경우 7.6배나 가액의 차이가 나고 1995년 개별공시지가를 기준으로 비교할 경우 24.8배나 가액의 차이(자연녹지지역토지는 1992. 1. 13. 청구인이 취득한 후 1995년 개별공시지가가 공시될 때까지 토지형상의 변화가 없다)가 나므로 용도지역에 불구하고 전체 토지의 가액이 똑같은 것으로 보아 부동산가액을 적용하게 되면 비업무용부동산의 가액이 실제 토지가액보다 7.6배 또는 24.8배 상당 높게 적용되고 그 가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자도 그만큼 많이 손금불산입하게 되는 결과를 가져오는 등 실질과세원칙에 위배된다 할 것이다. 따라서 주거지역의 토지취득가액과 자연녹지지역의 토지취득가액이 똑같은 것으로 보아 위 토지의 취득가액 5,500,000,000원을 주거지역의 토지면적 16,149㎡와 자연녹지지역의 토지면적 5,597㎡에 의해 안분계산한 1,365,782,120원을 비업무용부동산가액으로 적용하여 그 가액에 상당하는 지급이자를 손금불산입한 처분청의 이 사건 부과처분은 부당하다 할 것이다.
그렇다면 주택건설용도로 토지를 취득한 후 2년이 경과되기 이전에 사옥 또는 주택전시관을 신축하여 사용하고 있다 하더라도 청구인의 업무에 직접 사용하고 있으므로 비업무용부동산으로 보아 그 부동산가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입한 것은 부당하다 할 것이고 처음부터 주택을 신축할 수 없는 토지를 취득하여 보유하다가 양도한 데 대하여는 비업무용부동산으로 보아야 할 것이나 가사 비업무용부동산으로 보더라도 도시계획법상의 용도지역이 주거지역과 자연녹지지역으로 고시된 토지의 가액이 동일한 것으로 보아 그 평균가액을 비업무용부동산가액으로 적용한 것은 부당하므로 감정서에 명시된 용도지역별 감정가액, 부동산매매계약추가약정서에 명시된 용도지역별 토지 매매가액 등을 참고하여 비업무용부동산가액을 합리적으로 산정하고 그 가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하는 것이 정당하다 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.