청구인이 행정관청의 공사지연 등의 사유 때문에 신시설을 설치하지 못한 것으로 볼 수 없다 할 것이고 또한 부득이한 사유에도 해당되지 아니하므로 이 부분 청구주장은 받아들일 수 없음
청구인이 행정관청의 공사지연 등의 사유 때문에 신시설을 설치하지 못한 것으로 볼 수 없다 할 것이고 또한 부득이한 사유에도 해당되지 아니하므로 이 부분 청구주장은 받아들일 수 없음
1. 처분청은 2000. 5. 15.자로 청구인에 대하여 한 법인세 376,710,762원의 부과처분에 관하여 청구인이 대체취득한 부동산 가액 중 건물 3동과 그 부속토지의 취득가액을 과세이연요건에 맞는 신시설 취득가액으로 인정하여 그 특별부가세 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.
2. 나머지 청구를 기각한다.
(1) 청구인은 종전시설을 1996. 11. 23. 양도한 후 신시설을 설치하기 위하여 제1토지를 1997. 11. 28. 매입하였으나 매입토지가 ㅇㅇ시의 토지구획정리사업 지연(1997. 11. 17.까지 토지구획정리사업을 준공한다고 하였다가 2000. 1. 20.에야 완료되었다)과 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ관리청의 국도5호선(풍산-안동 구간) 공사에서 발생한 파쇄암이 적치(청구인은 ㅇㅇ시에 위 파쇄암을 제거하여 줄 것을 1999. 7. 28. 요구하였다)되어 있어 건물을 신축할 수 없었다. 그런데 처분청은 청구인이 위 파쇄암 제거를 대집행한 후 건축을 할 수 있었다고 하나 당시 대집행비용 회수의 상대방 및 그 회수가능성이 불분명하고 연결도로도 완비되어 있지 않아 파쇄암 제거 대집행을 하고 건축공사를 하는 것도 사실상 불가능한 상태였고 또 토지매입 후 건축허가 등 건물신축을 위한 행위가 전혀 없었다고 하나 청구인은 건물신축이 불가능하여 건축허가를 신청하지 아니한 것인데 2000. 10월까지 제1토지에 건물을 신축할 계획이고 이에 따라 건물을 신축하게 되면 건물을 신축하지 못한 부득이한 사유가 있었던 기간(취득일로부터 2000. 3월까지)을 제외하면 과세이연요건을 충족하게 된다.
(2) 또 청구인은 과세이연요건을 충족하기 위하여 위 부동산을 매입하였는데 위 부동산의 기존건물들은 모두 낡아 효율성이 떨어지고 일부는 붕괴위험이 있는 상태에 있었다. 그리하여 청구인은 1999. 10. 25. 건물 7동을 철거하고 같은 필지에 건물 2동을 신축하였고, 또 같은 해 11. 2. 기존건물 2동을 철거하고 같은 필지에 건물 1동을 신축하였다. 그런데 처분청은 3년의 과세이연요건을 적용할 때 신시설의 준공은 사업장 단위별로 판단하므로 청구인과 같이 제2토지에 있던 건물 일부를 철거하고 같은 필지에 건물을 다시 신축하였다 하더라도 사업장 전체로 볼 때 기존건물 13동 중 4동이 철거되지 않고 남아 있으므로 과세이연기간이 1년인 기존시설의 취득으로 보아야 한다고 한다. 그러나 청구인은 이미 안전진단을 받아 철거대상에 있는 위 사업장을 매입하였기에 매입 당시부터 일부건물을 철거하고 신축하려 했던 것이 명백하므로 건물을 신축한 부분은 신시설의 설치로 보아야 하고 더욱이 낡은 건물을 취득하여 이를 헐고 신축한 것에 대하여 특별부가세 감면을 배제한다는 법규정이 없는데도 이를 배제한 것은 조세법을 확대ㆍ유추 해석하거나 조세법률주의에 위배된 것으로 위법한 처분이다.
(1) 행정기관의 공사지연을 이유로 건축허가를 신청하지 아니한 데 대하여 과세이연세액을 추징한 것이 정당한지 여부
(2) 기존건물의 일부를 철거하고 건물을 신축한 경우 그 건물신축비용과 대지가액을 신시설 취득가액으로 인정할 수 있는지 여부
(1) 청구인은 1973. 8. 2. ㅇㅇㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 법인으로 조합원의 농업생산력 증진과 경제적, 사회적 지위향상을 도모하기 위한 사업을 영위하고 있다.
(2) 청구인은 1982. 8. 4. ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 토지 1,653㎡와 건물 442.2㎡를(종전시설) 127,454,728원에 취득하여 농산물공판장으로 사용하다가 1996. 11. 23. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 1,465,100,000원에 양도하였다.(위 ㅇㅇ공판장은 본점으로 이전하여 운영하고 있다)
(3) 청구인은 1997. 2. 6. 1996사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 종전시설 양도에 따른 양도차익 1,337,645,272원에 대한 특별부가세 267,529,054원을 ㅇㅇ시 ㅇㅇ지구의 토지 3,305㎡(예정취득가액 1,350,000,000원)와 건물 3,305㎡(예정취득가액 4,000,000,000원이다)을 취득하는 것으로 하여 과세이연신청하였다.
(4) 청구인은 종전시설을 대체하여 농민지원시설(농기계수리센타, 영농자재창고 등)을 신축하기 위하여 1997. 11. 28. ㅇㅇ시장으로부터 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지(토지구획정리가 된 후 ○○번지 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지으로 되었다)에 있는 토지 710.2㎡를 490,500,000원에 매입하였고 또 1999. 9. 30. 위 ㅇㅇㅇㅇ회장으로부터 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 5필지(같은 동 ○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지) 계 6,320㎡와 그 지상건물 13동을 1,050,100,000원에 취득하였다.
(5) 그 후 처분청이 위 과세이연한 세액을 추징하였는데 그 경위를 보면 다음과 같다. (가) 처분청은 위 과세이연세액에 대한 사후관리를 하면서 청구인이 과세이연요건을 충족하지 못한 사실을 발견하고 과세이연세액 267,529,054원(가산세 109,181,708원 포함)을 추징할 예정이라는 결정전조사결과를 1999. 11. 20.자로 청구인에게 통지하였다. (나) 그러자 청구인은 2000. 2. 28. 처분청에 고충청구서를 제출하였는데 그 내용은 청구인이 매입한 제1토지가 포함되어 있는 ㅇㅇ토지구획정리사업의 지연과 국도5호선 공사에서 발생한 발파암의 적치 등으로 신시설을 설치하지 못하게 된 것이고 위 부동산은 기존건물 9동을 철거하고 3동의 건물을 신축한 것이므로 신시설의 준공에 해당하여 과세이연요건을 충족한다는 것이었다. (다) 이에 대하여 처분청은 청구인이 제1토지에 건물을 신축하지 아니한 것은 구 조세감면규제법 제31조 제5항 단서에 규정된 부득이한 사유에 해당하지 아니하고 또한 위 부동산 중 일부 기존건물을 철거하고 건물을 신축하였더라도 기존건물 중 일부를 그대로 사용하고 있어 사업장 전체로 볼 때 과세이연기간이 1년인 기존시설 취득에 해당되므로 과세이연요건을 충족하지 못하였다는 내용으로 하여 2000. 3. 7.자로 고충청구에 대한 회신을 하였다. (라) 그 후 처분청은 2000. 5. 15.자로 이 사건 부과처분을 하였다.
(6) 청구인은 이 건 심사청구를 하면서 제1토지는 부득이한 사유로 신시설을 설치하지 못하였던 것이라고 주장하면서 다음과 같은 증거서류를 제시하였다. (가) 위 국도5호선 공사 및 인도포장공사가 지연되는 사유 등으로 ㅇㅇ지구토지구획정리사업 당초 공사기간(1997. 11. 18.～1999. 8. 4.)의 완료일이 2회 연기되어 최종으로 2000. 1. 20. 되었다는 ㅇㅇ시장의 1999. 7. 29.자, 같은 해 11. 30.자와 12. 30.자 공사기간 연기서 (나) 특별부가세 과세이연신청에 따라 대체취득한 제1토지에 흙더미가 산더미 같이 쌓여있어 건물을 신축할 수 없으니 빠른 시일 내에 제거하여 1998. 8월 중 건물착공에 차질이 없도록 하여 달라고 ㅇㅇ시장에게 요청한 1999. 7. 28.자 청구인의 요청서 (다) 당시 제1토지 바로 앞을 통과하는 위 국도5호선 공사 때문에 발생된 발파암이 인근 토지에 적치되어 있어 건축행위가 불가능하여 민원이 발생하고 있으니 조속히 제거하여 줄 것을 위 공사 감리단장에게 요구한 1999. 8. 18.자 토지구획정리구역 발파암 반출 요청서(이 발파암이 제거된 구체적인 날짜는 확인되지 아니한다) (라) 그러나 청구인이 1998. 7. 21.자로 처분청에 보낸 고정자산 처분으로 인한 특별부가세 이연 신청건 재연장 여부 회신의뢰 문서에 의하면 청구인은 제1토지에 신시설을 건축하지 못한 사유로 IMF 경제위기 상황에서 경영상 고정자산 시설 투자를 할 수 없으므로 과세이연기간을 재연장하여 달라고 하였다.(위 ㅇㅇ중앙회가 청구인에게 보낸 1998. 3. 25.자 경제위기 극복을 위한 실천대책 추진지도 문서를 보면 1998년에는 신규 시설투자를 원칙적으로 중단하도록 하였다) (마) 또한, 청구인은 제1토지를 취득한 1997. 11. 28.부터 건물 신축을 위한 사업계획을 수립하거나 예산편성을 한 사실이 없고 또 건축허가를 신청한 사실도 없다. (바) ㅇㅇ시 건축허가대장에 의하면 제1토지와 같은 토지구획정리사업지구에 속하면서 위 국도5호선과 인접해 있는 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지에는 건물 신축공사가 1998. 11. 21. 착공되어 같은 해 12. 22. 준공된 사실을 알 수 있고 또 제1토지와 위 토지 사이에 있고 제1토지와 같은 토지구획정리구역에 속해 있는 같은 ㅇ동 ○○번지에는 1999. 5. 4. 건물 신축공사가 착공되어 같은 해 7. 2. 준공된 사실 등을 알 수 있다.
(7) 또한 청구인은 이 건 심사청구를 하면서 위 부동산 중 일부건물은 철거한 후 신시설을 설치하기 위하여 취득한 것이라고 주장하면서 토지대장, 건축물관리대장과 공사비관련 서류를 제시하였는바 그 내용은 다음과 같다. (가) 도시계획확인서에 의하면 제2토지는 6필지 계 6,320㎡(ㅇㅇ동 ○○번지: 939㎡, ○○번지: 231㎡, ○○번지: 800㎡, ○○번지: 1,023㎡, ○○번지: 3,172㎡, ○○번지: 155㎡)로서 ○○ 번지는 전부 시설녹지지역에 포함되어 있으나 그 나머지 5필지는 모두 일부 시설녹지지역과 일부 일반주거지역으로 되어 있다. (나) 1996. 6. 17.자로 ㅇㅇ중앙회 ○○시 지부장이 통지한 시설물안전진단결과에 의하면 위 부동산의 건물(13동) 중 건물 2동은 현상태 유지가 가능하나 건물 2동은 구조물 전체가 기울어져 붕괴의 위험이 있고 또 다른 건물 2동은 벽체와 지붕체가 균열되거나 탈락되어 있다고 되어 있다.(나머지 7동의 건물에 대하여는 규모가 작아 점검대상에서 제외된 것으로 보인다) (다) 제2토지 중 3,327㎡(ㅇㅇ동 ○○번지, ○○번지)에 있는 기존건물 4동(330.71㎡, 218.18㎡, 449.59㎡, 449.59㎡)은 철거하지 아니하고 영농자재창고 등으로 사용하고 있는 것으로 되어 있다.(4동 중 2동은 시설녹지지역에, 2동은 일반주거지역에 있다) (라) 나머지 2,993㎡(ㅇㅇ동 ○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지)에 있는 기존건물 9동(105.78㎡, 49.59㎡, 337.19㎡, 191.74㎡, 55.00㎡, 84.93㎡, 3.85㎡, 62.64㎡, 69.54㎡)을 철거하고 건물 3동(ㅇㅇ동 ○○번지 및 ○○번지에 걸쳐 299.70㎡ 및 379.5㎡인 건물 2동과 ㅇㅇ동 ○○번지에 161.43㎡인 건물 1동을 신축한 것이다)을 신축하여 영농자재창고, 농기계수리센터 등으로 사용하고 있다.(신축건물 3동의 부속토지 중 건물이 위치하고 있는 부분을 제외한 부분은 대부분 시설녹지지역으로 되어있다) (마) 건설가계정 장부와 공사비관련 각종 영수증에 의하면 위 건물 3동의 신축비용은 447,499,789원으로 되어 있고 그 부속토지 2,993㎡(47.3%)에 대한 취득가액을 493,677,442원〔위 부동산을 취득할 때 건물과 토지 필지별 가액을 구분하지 않고 일괄하여 계 1,050,100,000원에 취득한 것이어서 ㅇㅇㅇㅇㅇ에 이를 구분하여 감정을 의뢰하였는데 부속토지가액은 696,630,222원이고 계 1,481,800,330원으로 평가되어 이를 환산(696,630,222 × 1,050,100,000원 / 1,481,800,330원)한 금액이다〕으로 산출하였다.
(1) 특별부가세 감면에 관한 규정 (가) 구 조세감면규제법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제1항은 내국인이 5년 이상 계속하여 가동한 공장(이하 이 조에서 “구공장”이라 한다)을 새로운 공장(이하 이 조에서 “신공장”이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다고 규정하고, 제2호에 당해 토지 등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연하는 방법을 규정하고 있다. (나) 구 조세감면규제법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 15562호로 개정되기 전의 것) 제68조 제1항은 법 제71조의 규정에 의하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다고 규정하고 제2호에 구공장을 양도한 날부터 1년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우, 제3호에 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우를 규정하고 있다. 그리고 제30조 제6항 제3호에 따르면 과세이연에 의한 감면세액상당액(이하 ‘과세이연세액’이라 한다)은 전환전사업의 사업장건물 및 그 부속토지를 양도함에 따라 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세 산출세액상당액(이 경우 산출세액상당액은 과세이연을 적용하지 아니한 양도가액을 기준으로 계산한다)에 사업용 고정자산의 취득가액이 전환전사업 양도가액 중에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 산출하도록 규정되어 있다. (다) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전면개정되기 전의 것) 제75조 제2항에 따르면 ㅇㅇㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 조합 또는 중앙회가 5년 이상 계속하여 사용한 대통령령이 정하는 농어민지원시설(이하 ‘종전시설’이라 한다)을 새로운 시설(이하 ‘신시설’이라 한다)로 이전하기 위하여 종전시설을 양도하는 경우 당해 종전시설의 양도에 대하여는 제71조 제1항 내지 제4항의 규정을 준용하도록(이 경우 ‘공장’은 ‘시설’로, ‘신공장’은 ‘신시설’로, ‘구공장’은 ‘종전시설’로 각각한다) 규정되어 있다. (라) 구 조세감면규제법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 15976호 조세특례제한법시행령으로 전면개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항에 따르면 법 제75조 제2항에서 ‘대통령령이 정하는 농어민지원시설’이라 함은 ㅇㅇㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 조합 또는 중앙회가 소유하는 토지 등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용토지 중 목장용토지 등, 부동산매매업ㆍ부동산임대사업 및 신용사업용 토지 등, 사원용 주택을 제외한 것이라고 규정되어 있고, 제2항은 법 제75조 제2항의 규정에 의한 이전에는 종전시설을 양도하고 제1항에서 규정하는 농어민지원시설을 대체취득하여 이전하는 경우를 포함한다고 규정하고 있다.
(2) 특별부가세 추징에 관한 규정 (가) 구 조세감면규제법 제71조 제2항에 따르면 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받거나 과세이연을 받은 자가 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징하되 다만 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정되어 있다. (나) 구 조세감면규제법 시행령 제68조 제5항에 따르면 법 제71조 제2항의 규정에 의하여 추징할 세액의 계산은 법 제71조의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받거나 과세이연을 받은 내국인이 제1항 제2호 또는 제3호의 규정에 의하여 신공장을 준공하거나 취득하여 사업을 개시하지 아니하는 때에는 그 감면세액 전액 또는 과세이연세액 전액을 추징하도록 규정되어 있다. 그리고 제68조 제6항에 따르면 법 제71조 제2항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우’라 함은 당해 사업용고정자산이 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용된 경우, 법령의 규정에 의한 폐업 또는 이전명령 등에 의하여 당해 사업을 폐지하거나 당해 사업용고정자산을 처분하는 경우 등이 규정되어 있다.
(3) 기타 (가) 구 조세감면규제법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 15562호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제3항에 따르면 사업전환중소기업 등에 대한 양도소득세 등의 감면대상이 되는 사업전환은 중소사업자가 중소기업의 구조개선 및 경영안정지원을 위한 특별조치법에 따라 전환전사업에 직접 사용되는 사업용고정자산을 사업장단위별로 양도하고, 전환사업에 직접 사용되는 사업용고정자산을 취득하여 당해 전환사업을 영위하는 것으로서 전환전사업의 사업용고정자산을 양도한 날부터 3년 이내에 전환사업의 사업장을 신설ㆍ준공하여 전환사업을 개시하는 경우 등에 해당하는 경우로 하도록 규정되어 있다. (나) 건축법 시행령 제2항 제1호 는 “신축”이라 함은 건축물이 없는 대지(기존건축물이 철거 또는 멸실된 대지를 포함한다)에 새로이 건축물을 축조하는 것(부속건축물만 있는 대지에 새로이 주된 건축물을 축조하는 것을 포함하되, 개축 또는 재축에 해당하는 경우를 제외한다)을 말한다고 규정되어 있다.
(1) 첫째 다툼에 대하여 본다. ㅇㅇㅇㅇ조합이 농어민 지원시설을 양도하고 그 양도차익에 대한 특별부가세를 과세이연신청한데 대하여는 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 양도일로부터 1년 이내에 신시설을 취득하거나 3년 이내에 신시설을 준공하여 사업을 개시하여야 하고 위 기간 내에 사업을 개시하지 아니하였을 때에는 과세이연한 세액을 추징하도록 되어 있다. 그리고 위 인정사실에 의하면 청구인은 기존시설물을 1996. 11. 23. 양도한 후 특별부가세 267,529,054원을 과세이연신청하면서 토지 3,305㎡에 건물을 신축하여 신시설(취득예정가액은 계 5,350,000,000원이다)을 준공하는 것으로 하였으나 3년 이내인 1999. 11. 23.까지 토지면적이 710.2㎡인 제1토지만 취득(취득가액 490,500,000원)한 채 건물을 신축하지 아니한 사실을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 ㅇㅇ시가 토지구획정리사업을 당초 예정일(1999. 8. 4.)에 완료하지 못하였고 또 ㅇㅇㅇㅇ국토관리청이 국도5호선 공사를 하면서 발생한 발파암을 제1토지에 장기간 적치하여 두었기 때문에 건물을 신축하지 못한 것으로서 이는 청구인에게 귀책사유가 없고 위 관계법령에 규정된 부득이한 사유에 해당되므로 과세이연세액을 추징할 수 없다고 주장한다. 살피건대, 구 조세감면규제법 시행령 제68조 제6항에 의하면 부득이한 사유는 당해 사업용 고정자산이 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용된 경우, 법령의 규정에 의한 폐업 또는 이전명령 등에 의하여 사업을 폐지하거나 사업용고정자산을 처분하는 경우와 양도소득세 등이 감면되는 중소기업의 사업전환 및 공장의 지방이전 또는 법인본사의 지방이전의 경우만 규정되어 있는데 이는 모두 양도할 때의 경우에만 적용되도록 한 점, 신시설 준공의 경우 과세이연 기간을 3년으로 하면서 기간연장에 관하여 규정되어 있지 아니한 것은 위 기간 내 건축물 건설이 가능한 토지를 매입하라는 취지라고 인정되는데도 청구인은 구획정리 사업이 완료되지 아니한 토지를 매입하였고 그 면적도 예정면적의 21.5%만 매입한 점, 위 토지구획정리사업은 그 공사가 2000. 1. 20. 완료되었고 적치된 발파암도 제거(날짜 모름)되었는데도 우리 원 현지조사일인 2000. 8. 30. 현재까지 건축허가도 신청하지 아니한 점, 위 토지구획정리공사가 진행 중이던 1998. 11월부터 1999. 5월 사이에 제1토지의 인근토지에서는 건물 2동의 신축공사가 착공되어 1998. 12월부터 1999. 7월 사이에 준공된 사실이 있는 점, 청구인이 신시설을 건축하기 위한 사업계획을 수립하거나 예산을 편성하는 등 신시설을 설치하겠다는 의사표시가 없을 뿐 아니라 그 시설자금도 확보되지 아니한 점, 청구인이 이 사건 부과처분 전인 1998. 7. 21. 처분청에 신시설 취득기한(3년)의 연장을 요청하면서 신시설을 건축하지 못한 사유로 IMF 금융위기로 인한 고정자산 시설투자 곤란이라는 경영상의 이유를 들고 있는 점, 또 청구인이 제1토지에 기존시설을 대체한 농어민지원시설을 설치한다는 아무런 증거가 없는 점 등을 종합하여 보면 청구인이 행정관청의 공사지연 등의 사유 때문에 신시설을 설치하지 못한 것으로 볼 수 없다 할 것이고 또 위에서 본 바와 같이 부득이한 사유에도 해당되지 아니하므로 이 부분 청구주장은 받아들일 수 없다할 것이다.
(2) 둘째 다툼에 관하여 본다 위 인정사실에 의하면 청구인은 종전시설의 양도일(1996. 11. 23.)로부터 신시설취득의 과세이연기간(1년)이 지난 1999. 9. 30. 위 부동산을 매입한 후 위 부동산에 포함된 제2토지 6필지 중 4필지 면적 계 2,993㎡(47.4%)에 있던 기존건물 9동(면적 계 960.26㎡)을 철거하고 그 필지 중 시설녹지지역에 편입된 토지를 제외한 일반주거지역에 3동(면적 계 840.63㎡)의 건물을 신축(준공일 1999. 10. 25. 및 같은 해 11. 2.)하였고 나머지 2필지 면적 3,327㎡(52.6%) 중 시설녹지지역에 있는 기존건물 2동과 일반주거지역에 있는 기존건물 2동은 철거하지 아니한 채 그대로 사용하고 있음을 알 수 있다. 그런데 청구인은 기존건물을 철거하고 신축한 건물 3동은 신시설의 준공으로서 과세이연기간 3년인 1999. 11. 23.내에 준공되어 과세이연요건을 충족하고 있으므로 신축한 건물과 그 부속토지의 취득가액(계 905,702,045원 상당)은 신시설의 취득가액으로 보아 특별부가세를 감면하여야 한다고 주장하고 있다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 기존 사업장인 위 부동산을 매입한 것은 과세이연기간인 1년(1997. 11. 23.)을 지나서 취득한 것이므로 과세이연한 세액을 추징하여야 하고 또 구 조세감면규제법 시행령 제30조 제3항에 따르면 신시설의 취득과 준공은 사업장단위별로 판단하는 것이지 해당사업장의 자산별로 판단하는 것이 아니라고 되어 있어 청구인이 위 부동산을 취득한 후 기존건물 13동 중 9동을 철거하고 3동을 새로 건축하였다 하더라도 사업장 전체로 볼 때 기존사업장의 증ㆍ개축에 해당하므로 새로 건축된 3동과 그 부속토지를 따로 구분하여 과세이연 대상이라고 볼 수 없다고 한다. 살피건대, ㅇㅇ중앙회 ㅇㅇ지부장이 위 사업장에 있는 건물의 안전진단을 실시하고 1996. 6. 17.자로 그 결과를 통보한 내용에 의하면 시설녹지지역에 있던 건물 2동은 건물전체가 기울어져 있어 붕괴위험이 있고 일반주거지역에 있는 건물 2동도 벽체가 균열되거나 지붕의 하중이 과다하여 구조적 불안정을 보이고 있다고 진단하여 위 4동의 건물을 그대로 사용할 수 없었던 점, 시설녹지지역에 있던 위 건물 2동과 기타 동은 철거하면 그 자리에 다시 건물을 신축할 수 없었던 점, 건물상태가 비교적 양호한 4동을 제외한 9동을 모두 철거하고 건축이 가능한 일반주거지역에 3동의 건물을 신축한 점, 건축법 제2조 제1항 제1호 에 따르면 기존 건축물이 철거되거나 멸실된 대지에 새로이 건축물을 축조하는 것은 ‘신축’으로 보는 점, 처분청은 중소사업자가 5년 이상 계속하여 영위하던 사업을 전환하기 위하여 사업장을 양도할 때 적용하는 구 조세감면규제법 시행령 제30조 제3항을 근거로 하여 사업장 단위별로 판단하여야 한다고 하나 이 규정을 ㅇㅇ협동조합의 경우에도 준용한다는 법적근거가 없고 달리 사업장의 일부를 신축한 경우 감면을 배제한다는 규정이 없으며 또 청구인은 기존건물 4동을 영농자재창고로 사용하고 신축한 건물 3동을 각 농업용차량수리센터, 농업용경정비수리센터, 영농자재창고 용도로 사용하므로 각 건물이 합하여져 1개의 생산공정을 이루는 일반제조업체의 사업장과는 다른 점 등을 종합하여 보면 청구인이 위 사업장을 취득하여 그대로 농어민지원시설로 사용하는 것이 아니라 위험건물 등은 철거하고 건축가능지역에 일부건물을 다시 신축하기 위하여 위 부동산을 취득한 것이고 위 건물 3동은 사업장의 증ㆍ개축이 아니라 신축에 해당하므로 건물신축부분은 신시설의 준공으로 보는 것이 상당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 건물신축비용과 그 부속토지가액을 신시설의 취득가액으로 인정하지 않고 과세이연한 세액을 전액 추징한 것은 잘못이라 할 것이다.
그렇다면 처분청이 기존건물을 철거하고 그 대지 내에 건물을 신축한 부분을 사업장의 증ㆍ개축으로 보고서 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 위에서 본 바와 같이 잘못된 것이라 하겠고 이 사건 심사청구는 일부 이유있다고 인정되고 나머지는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.