사업용자산이 아닌 부동산을 매각하여 그 대금으로 부채를 상환한 경우 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998. 11. 20. 임대사업용으로 사용하고 있는 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 토지 및 그 지상건물(이하 ‘위 부동산’이라 한다)을 청구외 ㅇㅇㅇㅇ공사에 양도하여 그 대금 중 일부인 2,179,486,400원(이하 ‘이 사건 매매대금’이라 한다)으로 1998. 12. 3. 청구인의 다른 개인사업체인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(업종: 포장재 제조업, 이하 ‘ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ’라 한다)의 ㅇㅇ은행 외 3개 금융기관에 대한 부채를 상환하여 위 부동산 양도에 따른 양도소득세 330,589,104원을 감면받았다.
• 나. 처분청은 위 부동산이 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 사업용자산에 해당하지 않아 중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 감면대상토지에 해당하지 않는다는 사유로 2000. 1. 6.자로 양도소득세 371,735,552원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 청구인은 위와같이 위 부동산의 양도대금 중 일부로 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 금융기관에 대한 부채를 상환하였는데, 청구인의 개인사업체인 위 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ는 위 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 개시일 전 3년 이내의 각 과세연도에 계속하여 결손금이 발생하였으며 위 부동산은 청구인이 취득일인 1987. 11. 2.부터 양도당시인 1998. 11. 20.까지 임대사업용 자산으로 사용한 토지이므로 구 조세감면규제법상의 중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세의 감면대상토지에 해당하는데도 이를 인정하지 아니한 이 사건 부과처분은 부당하다.

(2) 그리고, 구 조세감면규제법상의 감면토지에 해당하기 위해서는 당해토지를 사업용으로 사용한 사업체만 해당하는 것이 아니라 당해 사업자의 다른 사업체도 해당한다고 보는 것이 위 법의 입법취지에도 부합하고, 또한 구 조세감면규제법상에도 양도소득세 감면 사유에 다른 사업체의 부채를 상환하였을 경우 감면배제를 한다는 명문규정이 없어 이 사건 부과처분은 타당하지 못하다.

• 가. 다툼 당해 사업체의 사업용자산이 아닌 부동산을 매각하여 그 대금으로 당해 사업체의 금융기관부채를 상환한 경우 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ‘ㅇㅇ빌딩’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하고, 또한 ‘ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ’라는 상호로 포장재 제조업을 경영하는 자로서, 1987. 11. 2. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 토지 및 그 지상건물을 취득하여 위 ㅇㅇ빌딩의 임대사업에 제공하다가, 1998. 11. 20. 위 부동산을 ㅇㅇㅇㅇ공사에 3,503,663,850원에 매도하였다. (ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ는 법인체가 아니고 청구인의 개인사업체이다)

(2) 청구인은 1998. 12. 3. 위 매매대금 중 일부인 2,179,486,400원으로 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 금융기관에 대한 부채 계 2,179,486,400원(ㅇㅇ은행에 대한 128,000,000원, ㅇㅇ은행에 대한 70,000,000원, (주) ㅇㅇㅇㅇ금융에 대한 1,463,486,400원, (주) ㅇㅇㅇㅇ보험에 대한 518,000,000원)을 상환하였다.

(3) 청구인은 위 (2)와 같이 매매대금으로 금융기관부채를 상환한 후 1999. 5. 31. 처분청에 양도소득세 감면신청을 하여 위 부동산 양도에 따른 양도소득세 330,589,104원을 감면받았다.

(4) 우리 원은 처분청에 대한 감사를 실시하여 위 부동산은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 사업용 자산에 해당하지 않아 구 조세감면규제법상의 중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부가 불분명하다는 사유로 2000. 1. 18. 처분청에 대하여 청구인이 위와같이 양도소득세를 감면받은 것이 적정한지 여부와 그에 따른 양도소득세 징수여부를 결정하도록 통보하였다.

(5) 이에 대하여 처분청은 ㅇㅇ빌딩의 사업용자산인 위 부동산을 매각하여 그 대금으로 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 금융기관부채를 상환한 것은 양도소득세 감면대상이 아니라는 사유로 2000. 1. 6.자로 양도소득세 371,735,552원을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례제한법으로 전면개정되기 전의 것) 제33조의2 제1항은 대통령령이 정하는 중소사업자가 금융기관의 부채를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있으며, 제2항은 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받은 자가 토지 등의 양도대금을 토지 등을 양도한 날에 대통령령이 정하는 바에 따라 금융기관의 부채상환에 사용하지 아니하는 때에는 감면받은 세액을 추징하도록 규정하면서, 다만 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 때에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있다.

(2) 구 같은 법 시행령 제30조의2 제7항은 법 제33조의2 제2항의 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”에 대하여 당해 사업용고정자산이 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용된 경우, 개인사업으로서 당해 사업자가 사망한 경우 등을 규정하고 있다.

• 라. 판단 위 관계법령을 종합하면 중소사업자가 사업용자산인 토지 등을 매각하여 그 대금으로 금융기관의 부채를 상환한 경우 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있다. 한편, 위 인정사실에 의하면 청구인은 청구인의 부동산임대사업체인 ㅇㅇ빌딩의 사업용자산인 부동산을 매각하고 그 대금으로 청구인이 경영하고 있는 또 다른 사업체인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 금융기관부채를 상환한 후 위 부동산 양도에 따른 양도소득세를 감면받았다. 청구인은 ㅇㅇ빌딩, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ 모두 청구인의 개인사업체이므로 ㅇㅇ빌딩의 부동산을 매각하여 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 부채를 상환하더라도 위 관계법령상의 감면대상에 해당한다고 주장하나, 중소사업자가 당해 사업체의 사업용으로 사용한 토지 등을 양도하여 당해 사업체의 금융기관부채를 상환하는 경우에만 양도소득세를 감면하도록 되어 있는 반면, 청구인은 당해 사업체의 사업용자산에 속하지 않는 토지 등을 매각하여 그 대금으로 당해 사업체의 부채를 상환하였으므로 위 법령상에서 정한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 볼 수 없어 청구인의 위 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인의 부동산양도에 대하여 양도소득세를 감면하지 아니하고 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.