개발제한구역내 형질변경허가 승인제한으로 시설규모가 축소되고 교환차액에 대한 세출예산확보가 곤란하여 부득이 매각한 경우 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 지급이자 손금불산입대상 비업무용부동산에 해당하지 않음.
개발제한구역내 형질변경허가 승인제한으로 시설규모가 축소되고 교환차액에 대한 세출예산확보가 곤란하여 부득이 매각한 경우 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 지급이자 손금불산입대상 비업무용부동산에 해당하지 않음.
처분청이 2000. 2. 1.자로 청구인에 대하여 한 법인세 등 2,519,263,639원의 부과처분은 취소하고 청구인이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 ○○번지외 2필지 토지를 비업무용부동산으로 보아 손금부인하여 신고한 1997사업연도 및 1998사업연도 귀속 비업무용부동산 관련 지급이자 1,127,542,874원은 이를 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.
(1) 청구취지 이 사건 당초 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
(2) 청구이유 (가) 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전면개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제1호의 규정에 따르면 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 비업무용부동산으로 보도록 규정한 후 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전면개정되기 전의 것) 제43의2 제1항에서 “대통령령이 정하는 것”을 제1호에서 제5호까지 나누어 규정하고 있어, 당해 법인이 업무와 직접 관련하여 취득ㆍ보유하고 있는 것으로 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 부동산이 아니라는 것이 명백하다면 위 시행령 제43조의2에 규정된 비업무용부동산의 적용 여지가 없다. 따라서 이 사건 토지는 청구인이 국가정책에 의하여 보훈병원 설립ㆍ운영이라는 청구인의 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 것일 뿐 아니라 부동산의 이용실태 등을 보더라도 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유한 것이 아니므로 구 법인세법 제18조의3 제1항 제1호 의 규정에 의하여 이 사건 당초부과처분은 취소되어야 한다. (나) 또한 처분청이 비업무용부동산으로 판정한 이 사건 토지는 다음 토지별 고유업무에 직접 사용하지 못한 사유에서 보는 바와 같이 국가정책과 예산, 행정처분 등의 사유로 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이므로 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것)제18조 제2항의 규정에 의한 정당한 사유에 해당되어 비업무용부동산에 해당되지 아니하는 데도 이를 비업무용부동산으로 판정한 것은 부당하다.
1. 갑토지 부분 국가보훈처의 ㅇㅇㅇㅇ병원 신축이전 방침에 따라 ㅇㅇㅇㅇ병원 신축부지로 사용하기 위하여 국가보훈처로부터 유상으로 취득한 약 20,000평 중 병원시설을 하고 남은 자연녹지로서 국가유공자 정양 및 재활환자들의 산책로 및 운동공간으로 사용하고 있어 청구인의 고유업무에 직접 사용하는 토지로 보아야 한다. 설사 고유업무에 직접 사용하는 토지에 해당하지 아니한다고 하더라도 국가보훈처의 고령자 주거시설 건립 사업지침에 따라 국가보훈처에서 위 지상에 주거시설을 신축할 계획으로 있어 청구인은 동 사업이 시행될 때까지는 병원 배후시설로 활용할 수밖에 없으므로 고유업무에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유에 해당되어 비업무용부동산으로 볼 수 없다.
2. 을토지 부분 제14대 대통령령 공약사업(18-05-03-313)인 ㅇㅇㅇㅇ병원 신축을 위하여 국가보훈처장의 지시에 따라 보훈기금을 무상지원받아 취득한 ㅇㅇㅇㅇ병원 부지 중 병원시설을 하고 남은 개발제한구역내 자연녹지(임야)로서 국가유공자 정양과 재활환자들의 산책로 및 운동공간으로 사용하고 있어 청구인의 고유업무에 직접 사용하는 토지로 보아야 한다. 설사 고유업무에 직접 사용하는 토지에 해당하지 아니한다고 하더라도 개발제한구역내 사업시행허가 등에서 자연녹지지역 훼손의 최소화를 위한 시설규모의 축소, 인접토지를 추가 매입하여 ㅇㅇ시에 기부채납하여야 하였던 불가피성, 분할 매도할 경우 잔여부지의 이용가치가 없다는 매도자의 매도 거부로 인하여 토지전체에 대한 토지거래허가 여부를 질의하여 전체를 취득할 수밖에 없었던 점 등 고유업무에 사용하지 아니한 정당한 사유에 해당되어 비업무용부동산으로 볼 수 없다.
3. 병토지 부분
1994. 6. 15. 국가보훈처장이 ㅇㅇㅇㅇ병원을 순시할 때 병원시설확충을 지시함에 따라 병원과 인접한 현 ㅇㅇㅇㅇ보훈청 부지에 정양병동 및 복지시설을 확충 건립하고, ㅇㅇㅇㅇ보훈청은 청구인이 부지를 별도로 확보ㆍ청사를 신축하여 현 ㅇㅇㅇㅇ보훈청과 교환하는 것으로 방침이 결정되어 이를 취득(잔금지급일 1998. 2. 16.)한 후 ㅇㅇㅇㅇ보훈청과 협의하여 청사 신축을 위한 설계 등 제반업무를 추진하였으나, 국가보훈처의 국유재산교환에 따른 차액에 대한 세출예산확보의 어려움으로 청사신축계획이 취소됨으로써 국가보훈처장의 승인을 얻어 새로이 구입한 ㅇㅇ첨단과학산업단지내 ㅇㅇㅇㅇ병원 이전부지 매입 중도금에 충당하기 위하여 1999. 8. 31. 매각하였으므로 청구인이 고유업무에 사용하지 아니한 정당한 사유에 해당될 뿐 아니라, 취득한 후 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제18조 제2항의 규정에 의한 비업무용부동산 판정유예기간(취득일로부터 2년) 이내에 매각하였으므로 비업무용부동산으로 볼 수 없다.
(1) 청구취지 이 사건 당초부과처분을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구
(2) 청구이유 청구인은 1997사업연도 및 1998사업연도 귀속분 법인세과세표준과 세액을 신고하면서 이 사건토지 중 을토지를 건축물 부속토지로 보아 건축물 바닥면적의 7배를 초과하는 면적을 비업무용부동산으로 보아 이에 해당하는 지급이자 1,127,542,874원(1997사업연도 256,932,255원, 1998사업연도 870,610,619원)을 손금부인하여 신고하였다. 따라서 을토지가 비업무용부동산에 해당하지 아니한다면 1997사업연도 및 1998사업연도에 청구인이 손금불산입한 1,127,542,874원은 추가로 손금산입하여 관련 세액을 경정하여야 한다.
(1) 주위적 청구 (가) 이 사건 토지를 “청구인의 업무와 직접 관련이 없거나 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 토지”가 아니라고 보아 비업무용부동산에서 제외할 수 있는지 여부 (나) 청구인이 이 사건 토지를 취득 후 2년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부
(2) 예비적 청구 청구인이 1997사업연도 및 1998사업연도 법인세과세표준 및 세액신고를 할 때 손금부인하여 신고한 을토지 관련 지급이자 1,127,542,874원은 추가로 손금산입하여 관련세액을 경정하여야 하는지 여부
(1) 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ복지공단법 제3조의 규정에 의하여 설립된 법인으로서 같은 법 제6조 및 제7조의 규정에 따라 국가유공자 등의 가료ㆍ보호 및 의학적ㆍ정신적 재활과 진료사업을 수행하기 위한 보훈병원의 운영, 국가유공자 등의 직업재활교육, 국가유공자 등을 위한 복지시설의 운영 등의 사업을 수행하고 있다.
(2) 청구인은 토지ㆍ건물 기타 공단의 재산증감에 중요한 사유가 되는 재산의 양도 또는 담보로 제공하고자 할 때에는 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ공단정관 제39조의 규정에 따라 이사회의 의결을 거쳐 국가보훈처장의 승인을 받도록 되어 있다.
(3) 청구인이 이 사건 토지를 취득ㆍ보유하게 된 경위를 보면 다음과 같다. (가) 갑토지 부분
1. 갑토지는 국가보훈처의 ㅇㅇ보훈병원 신축이전 방침에 따라 1992. 11. 30. 병원신축부지로 사용하기 위하여 청구인이 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지외 1필지 65,940㎡중 병원시설부지 32,646㎡를 제외한 잔여토지(33,294㎡)로서 ㅇㅇㅇㅇ병원 건립기본계획(안)에 따르면 재활체육시설 등 추가 활용방안을 강구하는 것으로 되어 있었다.
2. 그런데 국가보훈처의 고령자 주거시설건립 사업지침(복기 35614-481, 1993. 12. 16.)에 따라 위 잔여토지에 1996. 7월까지 고령 국가유공자 주거시설(4층 연립주택 400세대)을 건립하기로 결정되었다.
3. 그러나 국가보훈처 ‘98주요업무계획, 보훈정책 중장기발전방안 및 위 갑토지 내 고령 국가유공자를 위한 영구임대주택건립 민원에 대한 회신공문 등에 의하면 위 고령 국가유공자 주거시설 건립계획은 자금조달 문제로 인한 사업의 우선순위조정에 따라 계획대로 추진하지 못하고, 재원확보 및 ㅇㅇㅇㅇ병원부지 활용의 적정성 여부 등을 판단하여 2000년 이후 보훈복지타운(주거시설)건립을 계속 추진 중에 있는 사실이 입증된다. (나) 을토지 부분
1. 을토지는 청구인이 취득하기 이전인 1973. 6. 27. 개발제한구역으로 지정고시(건설부고시 제258호)되어 있었다.
2. 그런데 청구인은 14대 대통령령공약사업(18-05-03-313)의 일환으로 추진된 ○○보훈병원(500병상 규모) 신축부지로 사용하기 위하여 1993. 6. 15. 국가보훈처장의 매입지시에 따라 1993. 8. 12. 취득(잔금지급일 1994. 7. 12.)하였다.
3. 그러나 1994. 5. 28. 구 건설부장관으로부터 개발제한구역내 토지형질변경허가 승인시 전체부지 중 40.000㎡만 승인되어, 1995. 1. 26. 국가보훈처장의 신축○○병원 시설규모 조정지시에 따라 병원규모를 500병상(진료병동 300병상, 정양병동 200병상)에서 300병상(진료병동 240병상, 요양병동 60병상)으로 축소조정하고, 정양병동 200병상은 추후 증축이 가능하도록 설계에 반영한 사실이 입증된다.
4. 그리고 청구인은 을토지를 비업무용토지로 보아 이와 관련된 지급이자 등 1,127,542,874원(1997사업연도 256,932,255원, 1998사업연도 870,610,619원)을 손금부인하여 법인세과세표준 및 세액을 신고한 사실이 있다. (다) 병토지 부분
1. 청구인은 국가보훈처장이 1994. 6. 15. ㅇㅇㅇㅇ병원을 순시할 때 병원시설 확충을 지시함에 따라 병원과 인접한 현 ㅇㅇㅇㅇ보훈청 부지에 병원시설을 확충하고, ㅇㅇㅇㅇ보훈청은 청구인이 이전부지를 확보ㆍ청사를 신축한 후 현 ㅇㅇㅇㅇ보훈청과 교환하는 것으로 방침이 결정되어 1994. 11. 25. ㅇㅇㅇㅇ보훈청 이전부지로 사용하기 위하여 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ1지구내 업무시설용지(현재 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지로 지번이 변경됨) 대지 6,612㎡를 취득(잔금 지급일 1998. 2. 16.)하였다.
2. 그런데 청구인은 위 방침에 따라 1996. 9. 17.부터 1998. 10. 12.까지 6차례에 걸쳐 위 토지에 ㅇㅇㅇㅇ보훈청 청사를 신축ㆍ교환하기 위하여 ㅇㅇㅇㅇ보훈청과 청사설계 협의 등을 하였으나 ㅇㅇㅇㅇ보훈청에서 요구한 규모로 청사를 신축할 경우 청구인이 부담하여야 할 교환가액 차액(1,396,722,000원)에 대한 예산확보가 어려워 1999. 6. 25. ㅇㅇ첨단과학산업단지내 연구시설용지에 ㅇㅇ보훈병원을 신축이전하는 것으로 위 방침이 변경됨에 따라 1999. 8. 31. 위 병토지를 매각한 사실이 확인된다.
(2) 이 사건 당초 부과처분을 하게 된 경위를 보면 다음과 같다. (가) 청구외 ㅇㅇㅇㅇ국세청장은 1999. 11. 9.부터 같은 해 12. 27.까지 청구인에 대한 세무조사를 실시한 후 이 사건토지는 청구인이 취득한 후 2년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 비업무용부동산에 해당한다는 사유로 이 사건 토지를 취득ㆍ유지관리하는 데 필요한 비용 및 관련지급이자 등 계 6,994,121,515원을 손금부인하여 법인세 등 계 2,611,792,358원을 부과하도록 2000. 1. 24. 처분청에 세무조사결과를 통보하였다. (나) 처분청은 ㅇㅇㅇㅇ국세청장의 위 세무조사결과 통보에 따라 2000. 2. 1.자로 이 사건 당초 부과처분을 하였다.
(3) 그런데 처분청은 이 사건 당초 부과처분에 대한 심사청구가 제기된 후 2000. 7. 19.자로 ㅇㅇㅇㅇ국세청장의 제세결정상황 통보에 따라 이 사건 당초부과처분에 대하여 을토지 관련 손금부인대상 지급이자 354,680,172원(1995사업연도 59,274,447원, 1997사업연도 295,405,725원) 중 청구인이 이미 손금부인하여 신고한 264,430,281원(1995사업연도 7,498,026원, 1997사업연도 256,932,255원)을 공제하지 아니하여 같은 금액만큼 손금부인액이 중복 계상되었다는 사유로 법인세 90,904,646원(1995사업연도 2,986,596원, 1997사업연도 87,918,050원), 농어촌특별세 1,624,073원(1995사업연도 82,479원, 1997사업연도 1,541,594원) 계 92,528,719원을 이 사건 당초 부과처분에서 직권으로 감액경정하는 이 사건 감액경정처분을 하였다.
(1) 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전면개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제18조의3 제1항은다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다라고 규정한 후 그 제1호에서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고 있다.
(2) 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전면개정되기 전의 것, 이하같다.) 제43조의2 제1항은 법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다. 1. 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산 3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산 4. 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산 5. 업무에 적합한 시설기준을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 적은 부동산으로 규정하고 있고, 제3항은 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 재정경제부령으로 정한다고 규정하고 있다.
(3) 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제18조 제2항 본문은 영 제43조의2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 의한 비업무용부동산 등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년)이내에 도시계획법에 의한 도시계획변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.고 규정하고 있고, 제3항은 제2항의 규정에 의한 법인의 고유업무는 다음 각 호의 업무로 한다. 1.법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무 2. 각 사업연도종료일 현재의 법인등기부상 목적사업(행정관청의 인가ㆍ허가 등을 요하는 사업은 인가ㆍ허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무라고 규정하고 있다. 제4항은다음 각 호의 1에 해당하는 부동산은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다고 규정한 후 그 제2호에서 제24호까지 건축물에 직접 사용되는 건축물의 부속토지로서 기준면적을 초과하는 토지, 매매용부동산 등을 비업무용부동산으로 열거하고 있다. 제5항은다음 각 호의 1에 해당하는 부동산은 제2항 내지 제4항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다.라고 규정한 후 그 제1호에서 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(그 사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)과 문화재보호법에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산(그 지정된 기간에 한한다)을 규정하고 있다.
(1) 주위적 청구에 대하여 살펴본다. (가) 첫째 다툼에 대하여 살펴본다. 위에서 살펴본 구 법인세법 제18조의3 의 규정형식을 보면 마치 거기에서 정하는 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것’ 이라는 개념이 같은 조에서 정하는 ‘대통령령이 정하는 것’ 이라는 개념보다 넓은 상위 개념인 것처럼 보이고, 따라서 위 법 제18조의3의 뜻은 거기에서 정하는 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것’들 가운데에서 다시 대통령령으로 정하는 것에 대하여 그와 관련된 차입금 지급이자를 손금불산입한다는 것으로 볼 소지가 있다. 그러나 위 구 법인세법 제18조의3 은 법인이 비업무용동산을 소유하는 것을 법인의 차입금에 대한 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 조건의 하나로 규정하면서 그 비업무용부동산의 범위를 시행령에서 정하도록 위임하고, 그 위임을 받은 구 법인세법시행령 제43조의2 는 비업무용부동산의 범위에 관한 일반적인 기준을 제시하는 한편 그 구체적인 내용을 재정경제부령에서 정하도록 다시 위임하고, 구 법인세법시행규칙 제18조의3 제2항 과 제4항은 위 시행령 규정의 위임에 따라 비업무용부동산에 해당하는 경우를 개별적으로 열거하고 있는 것으로서 위 구 법인세법과 그 시행령, 시행규칙의 규정 내용을 전체적으로 보면 위 구 법인세법 제18조의3 의 규정은 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것’으로 대통령령이 정하는 것에 대하여는 그와 관련된 차입금의 지급이자를 손금 불산입한다는 취지로 보는 것이 타당하다. 그러므로 어떤 부동산이 구 법인세법시행규칙 제18조 제2항 과 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하면 그것은 바로 구 법인세법 제18조의3 이 정하는 것에 해당한다고 보아야 할 것이다. 따라서 이와 다른 견해를 전제로 하여 청구인은 이 사건 토지를 보훈병원 설립ㆍ운영이라는 청구인의 업무와 직접 관련하여 취득ㆍ보유하고 있어 구 법인세법 제18조 제1항 제1호 에서 규정하고 있는 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 부동산에 해당하지 아니하므로 위 구 법인세법시행령 제43조의2 에 규정된 비업무용부동산의 적용여지가 없다는 이 부분 청구주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다. (나) 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 위에서 살펴본 구 법인세법 제18의3 제1항 제1호, 구 법인세법시행령 제43조의2 제1항 제1호 및 제3항, 구 법인세법시행규칙 제18조 제2항 본문, 제4항 및 제5항 제1호의 각 규정을 종합하여 보면 법인이 업무에 사용하기 위하여 건축물 또는 시설물이 없는 토지를 취득한 후 2년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산과 일정 기준면적을 초과하는 토지, 매매용부동산 등을 비업무용부동산으로 규정하고 있고, 비업무용부동산에 해당한다 하더라도 당해 부동산을 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산은 그 사용이 금지 또는 제한된 기간에 한하여 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정되어 있다. 따라서 위 각 규정취지에 비추어 보면 법인이 토지를 취득한 후 비업무용부동산 판정유예기간내에 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 못하여 비업무용부동산에 해당한다 하더라도 천재ㆍ지변 등 불가항력적인 사유나 관계법령의 규정에 의한 행정관청의 사용금지 등 토지를 고유업무에 사용하지 못한 귀책사유가 당해 법인에 없을 경우에는 비업무용부동산으로는 볼 수는 없다고 할 것이다. 그런데 위 인정사실에 의하면 첫째, 갑토지의 경우 청구인은 국가보훈처의 ㅇㅇ보훈병원 신축이전 방침에 따라 1992. 11. 30. 취득하였으나 1993. 12. 16. 국가보훈처의 고령자 주거시설건립사업지침에 따라 고령 국가유공자 주거시설(연립주택 400세대) 건립부지로 지정되어 1996. 7월까지 동 시설을 준공할 계획으로 있었는데 국가보훈처의 자금조달문제로 인한 사업의 우선순위 조정에 따라 계획대로 추진하지 못하였던 것으로 국가보훈처에서 2000년 이후 재원확보 및 부지 활용의 적정성 여부 등을 판단하여 보훈복지타운(주거시설)건립을 계속 추진 중에 있어 청구인은 부득이 고유목적에 사용하지 못한 사실이 국가보훈처의 1998년도 주요업무계획, 보훈정책 중장기발전방안 등에 의하여 입증된다. 둘째, 을토지의 경우 청구인이 취득하기 이전인 1973. 6. 27. 개발제한구역으로 지정되어 사용이 제한된 토지였으나 1993. 6. 15. 14대 대통령공약사업의 일환으로 추진된 500병상 규모의 ㅇㅇㅇㅇ병원 신축 부지로 사용하기 위하여 국가보훈처장의 매입 지시에 따라 취득하였고, 건설부장관의 개발제한구역내 토지형질변경행위허가 승인과정에서 토지형질변경면적 축소로 병원시설이 500병상 규모에서 300병상규모로 축소ㆍ조정됨에 따라 부득이 고유목적에 사용하지 못하고 있는 사실이 입증된다. 셋째, 병토지의 경우 1994. 6. 15. 국가보훈처장의 ㅇㅇ보훈병원 시설 확충지시에 따라 현 ㅇㅇㅇㅇ보훈청 부지에 병원시설을 확충하고, ㅇㅇㅇㅇ보훈청은 청구인이 새로운 부지를 확보ㆍ청사를 신축하여 현 ○○보훈청 부지와 교환하는 것으로 방침이 결정되어 1994. 11. 25. ㅇㅇㅇㅇ보훈청 이전부지로 사용하기 위하여 취득(잔금지급일 1998. 2. 16.)한 후 1996. 9. 17.부터 1998. 10. 12.까지 6차례에 걸쳐 ㅇㅇㅇㅇ보훈청과 청사설계 협의 등 고유목적에 사용하기 위하여 적극적으로 노력하였으나 ㅇㅇㅇㅇ보훈청에서 요구한 규모의 청사를 신축할 경우 청구인이 부담할 교환에 따른 차액에 대한 예산확보의 곤란으로 1999. 6. 25. ㅇㅇㅇㅇ병원을 ㅇㅇ첨단과학산업단지에 신축이전하는 것으로 위 방침이 변경됨에 따라 부득이 1999. 8. 31. 매각한 사실이 확인된다. 따라서 사실관계가 위와 같다면 이 사건 토지는 청구인이 감독기관인 국가보훈처장의 지시 또는 승인을 받아 취득ㆍ보유하고 있는 것으로서 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 할 것이어서 비업무용부동산에 해당되지 아니한다 할 것이므로 이 부분 청구주장은 이유 있다고 하겠다.
(2) 예비적 청구에 대하여 살펴본다. 살피건대 위 인정사실에 의하면 청구인은 1997사업연도 및 1998사업연도 법인세과세표준 및 세액을 신고하면서 을토지를 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자 1,127,542,874원을 손금부인하여 신고한 사실이 인정된다. 그런데 위 (1)의 (나)항에서 살펴본 바와 같이 을토지는 비업무용부동산에 해당하지 아니하므로 청구인이 손금부인하여 신고한 위 을토지 관련 지급이자 1,127,542,874원(1997사업연도 256,932,255원, 1998사업연도 870,610,619원)은 추가로 손금에 산입하여 각 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것이어서 이 부분 청구주장 또한 이유 있다 할 것이다.
그렇다면 처분청이 이 사건 토지를 비업무용부동산에 해당하는 것으로 보고서 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 잘못이라 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. (별표) 비업무용부동산별 관련 지급이자 등 손금부인 및 고지세액 명세 금액: 원 사업연도별 구분 합계 ‘94 ‘95 ‘96 ‘97 ‘98 합계 (6필지, 113,485㎡) 손금부인액 6,994,121,515 ▲264,430,281 715,511,895 1,052,610,414 ▲7,498,026 1,977,087,853 935,800,834 ▲256,932,255 2,313,110,519 세 액 계 2,611,792,358 ▲92,528,719 315,559,230 430,549,097 ▲3,069,075 725,949,560 348,158,219 ▲89,459,644 791,576,252 법인세 2,548,847,864 ▲90,904,646 304,540,347 418,970,382 ▲2,986,596 713,676,690 320,084,193 ▲87,918,050 791,576,252 농어촌 특별세 62,944,494 ▲1,624,073 11,018,883 11,578,715 ▲82,479 12,272,870 28,074,026 ▲1,541,594
• 갑토지 (ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외1필지, 33,294㎡) 손금부인액 5,084,441,743 715,511,895 993,335,967 1,854,061,652 640,395,109 881,137,110 세 액 소계 1,941,848,667 315,559,230 406,321,346 680,173,069 238,259,390 301,535,632 법인세 1,888,549,062 304,540,347 395,394,650 668,030,897 219,047,536 301,535,632 농어촌 특별세 53,299,605 11,018,883 10,926,696 12,142,172 19,211,854
• 을토지 (ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 ○○번지외 2필지, 73,579㎡) 손금부인액 676,460,736 ▲264,430,281
• 59,274,447 ▲7,498,026 123,026,191 295,405,725 ▲256,932,255 198,754,373 세 액 소계 247,915,390 ▲92,528,719
• 24,227,751 ▲3,069,075 45,776,491 109,898,829 ▲89,459,644 68,012,319 법인세 238,270,501 ▲90,904,646
• 23,575,732 ▲2,986,596 45,645,793 101,036,657 ▲87,918,050 68,012,319 농어촌 특별세 9,644,889 ▲1,624,073
• 652,019 ▲82,479 130,698 8,862,172 ▲1,541,594
• 병토지 (ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지,6,612㎡) 손금부인액 1,233,219,036
• -
• - 1,233,219,036 세 액 소계 422,028,301
• -
• - 422,028,301 법인세 422,028,301
• -
• - 422,028,301 농어촌 특별세
• -
• -
• - (▲표시금액: 2000. 7. 19. 감액경정한 금액임)
결정 내용은 붙임과 같습니다.