조세심판원 심사청구 법인세

사립학교의과대학 부속병원의 설치・운영이 교육사업에 해당하는지 여부

사건번호 감심-2000-0232 선고일 2000.06.30

사립학교법에 의과대학 부속병원은 학교교육에 직접 사용되는 재산으로 규정되어 있고 학교법인의 정관에도 교육용 기본재산으로 구분・등록되어있어 그 부속병원을 설치・운영하는것은 교육사업으로 보는 것이 타당함.

주문

처분청은 1999. 8. 20. 청구인에 대하여 한 법인세 특별부가세 2,313,702,790원의 부과처분에 관하여 이 사건 토지의 양도대금 중 의과대학 부속병원 신축에 소요된 차입금을 상환하는데 사용된 금액은 그 부과처분을 취소하고 대학교 차입금을 상환하는데 사용된 금액은 그 차입금의 사용용도를 조사ㆍ확인하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

1. 원처분의 요지
  • 가. 청구인은 1997사업연도(1997. 3. 1.~1998. 2. 28.) 중 학교법인의 기본재산인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 27필지의 임야 등 195,308.8㎡를 합계 33,741,319,750원에 양도하고 1998. 5. 31. 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 조세감면규제법”이라 한다) 제73조의 규정에 따라 학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세 6,655,682,892원의 세액면제신청서를 처분청에 제출하였다.
  • 나. 처분청은 청구인이 양도한 토지대금 33,741,319,750원 중 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 외 10필지 임야 등 34,354㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)의 양도대금 9,948,868,000원은 청구법인이 경영하는 수익사업용재산인 의과대학 ㅇㅇ캠퍼스 부속병원신축 등과 관련하여 발생한 부채상환에 사용되어 그 양도대금이 교육사업에 사용된 것으로 볼 수 없다는 이유로 이 부분에 대한 특별부가세 면제를 제외하여 1999. 8. 20.자로 법인세 특별부가세 2,313,702,790원을 부과, 고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.
2. 청구취지 및 이유
  • 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
  • 나. 청구이유 구 조세감면규제법 제73조 제1항의 규정에 의하면 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 법인세 특별부가세를 면제한다고 되어 있어 학교법인이 기본재산교육용사업에 사용할 목적으로 양도한 것은 감면대상이 된다고 할 것이다. 그런데 사립학교법시행령 제4조 제2항 에 의하면 학교법인의 재산을 기본재산과 보통재산으로 구분하고, 기본재산은 다시 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분하고 있으므로 조세감면규제법상의 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산 모두를 포함하는 개념이 명백하고, 더구나 사립학교법 시행령 제5조 (재산의 구분)에서 부동산은 반드시 기본재산으로 구분토록 되어 있어 청구인이 양도한 이 사건 토지는 기본재산임이 분명하다. 또한 의과대학 및 의과대학 부속병원은 사립학교법 제28조 제2항 및 같은 법 시행령 제12조 제1항 제2호(교사), 대학설립ㆍ운영규정 제4조에 따른 별표2 등에서 보는 바와 같이 교육에 직접 사용되는 재산으로서 교육용 기본재산이고 의과대학과 의과대학 부속병원의 관계는 임상교육 등에 따른 실습장으로서 양자를 분리할 수 없기 때문에 의과대학 부속병원의 운영이 교육사업임이 명백하다. 이 사건 토지는 의과대학 및 의과대학 부속병원 건축비 등에 관련하여 차입한 부채상환을 위하여 교육부장관의 처분허가를 받아 양도하였고 그 양도대금 9,948,868,000원 중 4,179,409,079원을 허가내용대로 사용하였고 나머지 5,769,458,921원은 ○○ 신캠퍼스 신축에 소요된 차입금을 상환하는데 사용하였으므로 교육사업에 사용한 것이 명백한데도 처분청이 의과대학 부속병원을 수익용재산으로 보고 병원의 시설ㆍ운영 등을 교육사업이 아니라는 이유로 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이다. 또한 조세법은 다른 법률 등에서 사용하고 있는 개념들을 광범위하게 사용하고 있는데 조세법이 “용어의 정의” 등으로 다른 법률 등에서 사용되는 의미와 다르게 해석할 것을 특별히 규정하고 있지 않는 한 납세자의 법적안정성과 예측가능성을 보장하고, 나아가서 과세요건을 명확히 하기 위하여 다른 법률 등에서 고정성을 가지고 사용되는 의미와 동일하게 해석하여야 할 것으로 판단된다. 그리고 사립학교법 제29조 의 규정에 의하면 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분하도록 되어 있고 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있으며 법인의 업무에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 사립학교법 제6조 의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다고 되어 있으므로 의과대학이나 의과대학 부속병원은 모두 교육사업으로 보아야 할 것이다. 한편 수익용 재산이라 함은 법인세법 제1조 에 열거된 임대부동산 등 순수한 수익사업용 재산을 의미하며 극히 일부는 조세 정책적인 차원에서 수익사업용과 교육사업용이 중복될 수 있으나 이는 교육사업용 재산에도 포함시키는 것으로 해석함이 타당하다. 따라서 의과대학 부속병원이나 각 대학연구소 등이 교육용 재산을 통하여 얻는 수익이 법인세법 제1조 에 열거된 수익이라 하여도 이 같은 사업을 설치ㆍ운영하는 것은 조세감면규제법 제73조 제1항 제1호의 “교육사업”이라는 용어의 정의에 포함하는 것이 타당하며 그 양도대금을 의과대학과 그 부속병원 신축비 등의 부채상환에 사용한 이 사건 토지는 교육사업에 사용할 목적으로 양도한 것이므로 특별부가세 면제대상으로 보아야 할 것이다.
3. 우리 원의 판단
  • 가. 다툼 의과대학 부속병원을 설치하여 운영하는 것이 교육사업에 해당하는지 여부
  • 나. 관계법령 등의 규정

(1) 구 조세감면규제법 제73조 제1항의 규정에 따르면 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각 호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다고 규정하고 그 1호에 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득을, 그 2호에 학교법인이 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용재산 등을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득이라고 규정하고 있다. 그리고 구 조세감면규제법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호에 의하여 조세제한특례법시행령으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 “구 조세감면규제법시행령”이라 한다) 제70조 제1항의 규정에 따르면 같은 법 제73조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다라고 규정하고 그 1호에 교육사업에 직접 사용되는 토지 등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지 등을 양도하는 경우를, 그 2호에 기본재산인 토지 등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우를, 그 3호에는 법 제73조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날부터 1년 이내에 재정경제부령이 정하는 수익용재산의 취득에 사용하는 경우를 각각 규정하고 있다. 또한 구 조세감면규제법시행규칙(1999. 4. 26. 재정경제부령 제76호에 의하여 조세제한특례법시행규칙으로 전면개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제2호 본문의 규정에 따르면 ”총리령이 정하는 수익용재산“이라 함은 법인세법 제1조 제1항 각 호의 1에 규정된 수익사업에 사용하는 고정자산이라고 규정하고 있다. (2) 사립학교법 제5조 제1항 의 규정에 따르면 학교법인은 그 설치ㆍ경영하는 사립학교에 필요한 시설ㆍ설비와 당해 학교의 경영에 필요한 재산을 갖추어야 한다고 규정하고 있다. 그리고 사립학교법시행령 제4조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 학교법인의 설립허가신청시 제출하는 재산목록은 기본재산과 보통재산으로 구분하여 작성하되 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분하도록 되어 있다. 같은 법 시행령 제5조 제1항은 학교법인의 재산 중 다음 각 호의 1에 해당하는 재산은 기본재산으로 한다고 규정하고 그 1호에 부동산을, 그 2호에 기본재산으로 되는 재산을, 그 3호에 이사회의 결의에 의하여 기본재산에 편입되는 재산을, 그 4호에 학교법인에 속하는 회계의 매년도 세계잉여금 중 적립금을 규정하고 있고 그 제2항에서는 학교법인의 자산 중 제1항 각 호 이외의 재산은 보통재산으로 한다고 규정하고 있다. (3) 사립학교법 제28조 제1항 본문의 규정에 따르면 학교법인이 그 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다고 규정하고 그 제2항은 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제12조 제1항 본문은 법 제28조 제2항의 규정에 의하여 학교법인이 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산은 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다고 규정하고 그 1호에 교지를, 그 2호에 교사(강당을 포함한다)를, 그 3호에 체육장(실내체육장을 포함한다)을, 그 4호에 실습 또는 연구시설을, 그 5호에 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구를 규정하고 있다. 또한 대학설립ㆍ운영규정 제4조 제1항은 교사는 별표 2의 구분에 의한다고 규정하고 그 별표2에서 교사의 구분을 교육기본시설, 지원시설, 연구시설, 부속시설로 구분하고 있으며, 같은 조 제2항 단서에서 의학ㆍ한의학 및 치의학에 관한 학과를 두는 의학계열이 있는 대학의 경우에는 부속시설 중 부속병원을 갖추어야 한다고 규정하고 있다. (4) 사립학교법 제6조 제1항 에서 학교법인은 그가 설치한 사립학교의 교육에 지장이 없는 범위안에서 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업(이하 “수익사업”이라 한다)을 할 수 있다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제29조 제1항의 규정에 따르면 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다고 규정하고 있고 그 제2항에서는 제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있으며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다고 규정하고 있다. 또한 그 제3항의 규정에 따르면 제1항의 규정에 의한 법인에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 제6조의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다고 규정하고 있다.

  • 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 이 사건 토지를 학교법인의 교육용 기본재산(의과대학 부속병원부지)으로 취득하기 위하여 1988. 4. 22. 교육부장관(당시 문교부장관)으로부터 교육용 기본재산 취득예정증명원을 발급받아 같은 해 5. 12. 이 사건 토지를 취득한 뒤 같은 해 7. 19. 교육부장관에게 기본재산증자보고를 필하였다.

(2) 청구인은 이 사건 토지(청구인은 이곳에 부속병원을 신축할 계획이었으나 부지가 협소하여 ○○ 캠퍼스 내에 신축하는 것으로 계획을 변경하였다)를 ㅇㅇ 캠퍼스(의과대학, 의과대학 부속병원), ○○ 캠퍼스(주차장, 서관, 사회과학전시관) 시설에 필요한 자금을 차입하는데 담보로 제공하기 위하여 1990. 12. 19. 교육부장관으로부터 기본재산용도변경허가를 받아 이를 수익용 기본재산으로 용도변경하였다.

(3) 청구인은 의과대학, 의과대학 부속병원, 주차장 및 서관, 사회과학전시관 등의 신축에 소요되는 자금을 조달하기 위하여 사립학교법 제28조 의 규정에 의하여 교육부장관으로부터 1990. 9. 18. 기채처를 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점, 기채한도액을 720 억 원으로 하는 기채허가를 받았는데 1991. 12. 27. 기채처를 ㅇㅇㅇㅇ은행외 3개 금융기관(ㅇㅇㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점 540억 원, ㅇㅇ투자금융 50억 원, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ중앙회 ㅇㅇ군지부 30억 원, ㅇㅇ투자금융 100억 원)으로 변경허가를 받았다. 그 때 청구인이 금융기관으로부터 차입한 기존 차입금 잔액은 39,285,800,000원이었고 그 후 차입과 반제를 거듭하던 중 의과대학 부속병원이 준공된 1995. 5. 31.자로 차입금 잔액 65,000,000,000원을 법인회계에서 부속병원회계로 대체하였다. 그리고 1995. 12. 28.에는 교육부장관으로부터 기채처를 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점, 기채목적을 의과대학 부속병원을 신축하는데 발생한 부채상환 및 운영자금 충당으로 하여 13,000,000,000원의 기채허가를 받아 같은 해 12. 30. ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점으로부터 위 금액을 차입하였다. 한편 청구인의 1997. 7. 31. 현재 부채현황에 의하면 위 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금 잔액이 58,941,000,000원이고 그 외 종합금융회사, 리스회사, 신용금고, ○○은행 등 금융기관의 채무를 합한 총 채무액은 192,856,000,000원이다.

(4) 청구인은 1997. 4. 29. 이 사건 토지 34,354㎡ 중 29,590㎡를 법인 부채상환 목적으로, 같은 해 6. 3. 나머지 4,764㎡를 위 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 기채 상환목적으로 사립학교법 제28조 제1항 의 규정에 따라 교육부장관으로부터 수익용 기본재산 처분허가를 받았다.

(5) 청구인은 이 사건 토지를 1997. 3. 20. 및 같은 해 4. 25. ㅇㅇㅇㅇ(주) 외 5인과 계약금액 합계 9,948,868,000원에 매매계약을 체결하고 그 대금을 같은 해 3. 20.부터 7. 8.까지 모두 수령하였다.

(6) 청구인은 1997사업년도 중 이 사건 토지를 포함하여 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 외 51필지의 토지를 10,541,319,750원에 양도하고 ○○캠퍼스 부지(○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 22필지)의 매각대금 287,024,471,400원 중 23,200,000,000원을 수령하는 등 모두 33,741,319,750원을 수령하였다.

(7) 청구인은 1998. 5. 31. 처분청에 1997사업년도(1997. 3. 1.~1998. 2. 28.) 법인세과세표준 및 세액신고를 하였고 이 때 이 사건 토지를 포함하여 1997사업년도 중에 양도한 토지 등 양도대금 합계 33,741,319,750원에 대한 법인세 특별부가세 세액감면신청서를 제출하였다. 그 세액감면신청서에 첨부된 교육사업명세서에 의하면 그 사용내역이 새 캠퍼스 건물신축으로 되어 있으나 구체적인 세부 사용명세는 없다.

(8) 청구인이 이 사건 심사청구시 제출한 토지 등 양도대금 33,741,319,750원의 사용명세서에 의하면 23,200,000,000원은 새 캠퍼스(ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 소재) 건설공사비 지급에, 4,179,409,079원은 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금 상환 및 이자지급에, 134,804,676원은 토지양도대금으로 받은 어음의 할인료 지급에, 360,140,000원은 ○○공고 증축공사비 지급에, 232,311,750원은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회 차입금 상환에, 5,634,654,245원은 청구인이 대학교(교비회계)로부터 차입한 차입금(청구인의 장부상 가수금)상환에 사용된 것으로 되어 있다. 한편 이 사건 토지의 매매시점인 1997. 3월말 현재의 대학교로부터의 차입금 잔액은 26,848,500,000원이었는데 청구인은 대학교로부터 차입한 가수금에 의해 신캠퍼스 건설비(설계감리비등)를 집행하고 이 사건 토지의 양도대금의 일부로 그 차입금을 상환한 것이라고 주장하나 그 입증자료는 제시하지 못하고 있다.

(9) 처분청은 청구인이 세액감면 신청한 토지의 양도대금 33,741,319,750원 중 이 사건 토지의 양도대금 9,948,868,000원은 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금 상환 등에 4,179,409,079원, 어음할인료 및 법인채무(대학교로부터 차입한 가수금)상환 등에 5,769,458,921원을 사용하는 등 수익사업용 재산인 ㅇㅇ캠퍼스 부속병원 신축과 관련하여 발생한 부채상환에 사용되었다는 이유로 이 사건 토지의 양도금액에 해당하는 부분에 대하여는 특별부가세 면제신청을 거부하고 1999. 8. 20.자로 이 사건 부과처분을 하였다.

(10) 한편 위 청구법인의 정관 제7조 제1항의 규정에 의하면 법인의 자산은 기본재산과 보통재산으로 구분하되 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분하여 관리하도록 되어 있는데 의과대학 부속병원은 교육용 기본재산으로 구분되어 있다.

  • 라. 판단 위 관계법령 등에서 본 바와 같이 구 조세감면규제법 제73조 제1항 제1호에서 학교법인이 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 같은 법 시행령 제70조 제1항에서 “교육사업에 직접 사용되는 토지 등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지 등을 양도하는 경우, 기본재산인 토지 등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우”라고 규정되어 있다. 이러한 면제규정은 학교법인이 교육사업에 직접 사용하지 않는 토지의 양도대금을 교육사업에 사용하는 경우 그 양도로 인한 소득에 대하여 특별부가세 면제혜택을 줌으로써 학교법인으로 하여금 그가 설치하는 사립학교에 필요한 시설과 설비를 확보하는 등 사립학교의 건전한 발전을 도모하자는데 그 입법취지가 있다고 할 것이다. 그러나 구 조세감면규제법에서는 교육사업의 정의에 대하여도 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 일반적으로 교육사업이라 함은 교육을 위한 시설ㆍ설비ㆍ재정 및 교원 등을 확보하고 이를 운용ㆍ관리하는 사업을 총칭한다고 할 것이다. 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 이 사건 토지의 대부분(34,354㎡ 중 29,590㎡)을 용도가 특정되지 아니한 청구인의 부채상환 목적으로, 나머지(34,354㎡ 중 4,764㎡)는 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금(의과대학 부속병원 시설 및 운영자금) 상환을 목적으로 교육부장관으로부터 수익용 기본재산 처분허가를 받았음을 알 수 있고, 이 사건 토지의 양도대금이 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금 상환(이자 포함) 및 어음할인료, 부채상환(대학교로부터 차입한 가수금의 반제) 등에 사용되었음을 알 수 있다. 그런데 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금을 상환한 것이 교육사업에 해당하는지 여부를 살펴보면 사립학교법 제28조 제2항, 같은 법 시행령 제12조 제1항, 대학설립ㆍ운영규정 제4조 등의 규정에 따르면 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산으로서 교지, 교사(강당을 포함한다), 체육장, 실습 또는 연구시설 등을 열거하고 있고 그 중 교사는 교육기본시설, 지원시설, 부속시설로 구분하는데 의학계열이 있는 대학의 경우에는 부속시설 중 부속병원을 갖추어야 한다고 되어 있어 부속병원은 의학계열이 설치된 대학의 교육연구 및 학생실습을 위한 필수적 부속시설임을 알 수 있다. 그리고 사립학교법 제29조 의 규정에 의하면 부속병원의 회계는 학교에 속하는 회계로 명시되어 있을 뿐 아니라 청구법인의 정관에도 의과대학 부속병원이 교육용 기본재산으로 구분되어 있음을 비추어 볼 때 의과대학 부속병원운영은 교육사업이라고 할 것이다. 따라서 그 병원 시설 및 운영에 소요된 차입금을 상환한 것은 교육사업에 해당한다고 할 것이고 비록 그 운영에 부수적으로 발생하는 수입이 세법상 과세대상이 된다 할지라도 의과대학 부속병원을 설치ㆍ운영하는 것이 교육사업에 해당되지 않는다고 볼 수는 없다고 할 것이다. 또한 어음할인료도 부채상환자금 또는 학교시설비 등을 조달하기 위한 필요적 경비라고 할 것이다. 그리고 대학교의 차입금을 상환(가수금 반제)한 것이 교육사업에 사용되었다고 볼 수 있는지 여부는 그 차입금이 청구인의 주장대로 신캠퍼스 건설비에 사용되었는지를 우선 규명하여야 할 것인데 그 부분에 대하여는 처분청에서 조사한 내용을 찾아 볼 수 없다. 살피건대, 이 사건 토지의 양도대금 중 적어도 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금 및 이자상환, 어음할인료 등의 부분에 대하여는 위에서 본 바와 같이 교육사업에 사용되었다고 할 것이고 대학교의 차입금 상환부분에 대하여는 그 차입금을 신캠퍼스 건설비 등 교육사업에 사용하였는지 확인한 후 그 결과에 따라 감면여부를 결정하였어야 함에도 처분청이 이를 확인하지 아니하고 이 사건 토지의 양도대금이 모두 의과대학 부속병원의 신축에 소요된 부채를 상환하기 위하여 차입한 그 차입금을 상환하는데 사용되었다는 이유로 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못된 것이라 할 것이다.
4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 양도대금이 의과대학 부속병원을 취득하는데 사용되었음을 전제로 한 이 사건 부과처분은 잘못된 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 할 것이나 다만, 대학교 차입금을 상환한 부분에 대하여는 처분청으로 하여금 그 차입금이 신캠퍼스 건설비 등 교육사업에 사용되었는지 여부를 조사하여 그 결과에 따라 특별부가세의 과세표준과 세액을 경정하도록 함이 타당하다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)