사립학교법에 의과대학 부속병원은 학교교육에 직접 사용되는 재산으로 규정되어 있고 학교법인의 정관에도 교육용 기본재산으로 구분・등록되어있어 그 부속병원을 설치・운영하는것은 교육사업으로 보는 것이 타당함.
사립학교법에 의과대학 부속병원은 학교교육에 직접 사용되는 재산으로 규정되어 있고 학교법인의 정관에도 교육용 기본재산으로 구분・등록되어있어 그 부속병원을 설치・운영하는것은 교육사업으로 보는 것이 타당함.
처분청은 1999. 8. 20. 청구인에 대하여 한 법인세 특별부가세 2,313,702,790원의 부과처분에 관하여 이 사건 토지의 양도대금 중 의과대학 부속병원 신축에 소요된 차입금을 상환하는데 사용된 금액은 그 부과처분을 취소하고 대학교 차입금을 상환하는데 사용된 금액은 그 차입금의 사용용도를 조사ㆍ확인하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.
(1) 구 조세감면규제법 제73조 제1항의 규정에 따르면 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각 호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다고 규정하고 그 1호에 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득을, 그 2호에 학교법인이 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용재산 등을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득이라고 규정하고 있다. 그리고 구 조세감면규제법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호에 의하여 조세제한특례법시행령으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 “구 조세감면규제법시행령”이라 한다) 제70조 제1항의 규정에 따르면 같은 법 제73조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다라고 규정하고 그 1호에 교육사업에 직접 사용되는 토지 등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지 등을 양도하는 경우를, 그 2호에 기본재산인 토지 등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우를, 그 3호에는 법 제73조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날부터 1년 이내에 재정경제부령이 정하는 수익용재산의 취득에 사용하는 경우를 각각 규정하고 있다. 또한 구 조세감면규제법시행규칙(1999. 4. 26. 재정경제부령 제76호에 의하여 조세제한특례법시행규칙으로 전면개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제2호 본문의 규정에 따르면 ”총리령이 정하는 수익용재산“이라 함은 법인세법 제1조 제1항 각 호의 1에 규정된 수익사업에 사용하는 고정자산이라고 규정하고 있다. (2) 사립학교법 제5조 제1항 의 규정에 따르면 학교법인은 그 설치ㆍ경영하는 사립학교에 필요한 시설ㆍ설비와 당해 학교의 경영에 필요한 재산을 갖추어야 한다고 규정하고 있다. 그리고 사립학교법시행령 제4조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 학교법인의 설립허가신청시 제출하는 재산목록은 기본재산과 보통재산으로 구분하여 작성하되 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분하도록 되어 있다. 같은 법 시행령 제5조 제1항은 학교법인의 재산 중 다음 각 호의 1에 해당하는 재산은 기본재산으로 한다고 규정하고 그 1호에 부동산을, 그 2호에 기본재산으로 되는 재산을, 그 3호에 이사회의 결의에 의하여 기본재산에 편입되는 재산을, 그 4호에 학교법인에 속하는 회계의 매년도 세계잉여금 중 적립금을 규정하고 있고 그 제2항에서는 학교법인의 자산 중 제1항 각 호 이외의 재산은 보통재산으로 한다고 규정하고 있다. (3) 사립학교법 제28조 제1항 본문의 규정에 따르면 학교법인이 그 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다고 규정하고 그 제2항은 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제12조 제1항 본문은 법 제28조 제2항의 규정에 의하여 학교법인이 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산은 당해 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다고 규정하고 그 1호에 교지를, 그 2호에 교사(강당을 포함한다)를, 그 3호에 체육장(실내체육장을 포함한다)을, 그 4호에 실습 또는 연구시설을, 그 5호에 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구를 규정하고 있다. 또한 대학설립ㆍ운영규정 제4조 제1항은 교사는 별표 2의 구분에 의한다고 규정하고 그 별표2에서 교사의 구분을 교육기본시설, 지원시설, 연구시설, 부속시설로 구분하고 있으며, 같은 조 제2항 단서에서 의학ㆍ한의학 및 치의학에 관한 학과를 두는 의학계열이 있는 대학의 경우에는 부속시설 중 부속병원을 갖추어야 한다고 규정하고 있다. (4) 사립학교법 제6조 제1항 에서 학교법인은 그가 설치한 사립학교의 교육에 지장이 없는 범위안에서 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업(이하 “수익사업”이라 한다)을 할 수 있다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제29조 제1항의 규정에 따르면 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다고 규정하고 있고 그 제2항에서는 제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있으며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다고 규정하고 있다. 또한 그 제3항의 규정에 따르면 제1항의 규정에 의한 법인에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 제6조의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다고 규정하고 있다.
(1) 청구인은 이 사건 토지를 학교법인의 교육용 기본재산(의과대학 부속병원부지)으로 취득하기 위하여 1988. 4. 22. 교육부장관(당시 문교부장관)으로부터 교육용 기본재산 취득예정증명원을 발급받아 같은 해 5. 12. 이 사건 토지를 취득한 뒤 같은 해 7. 19. 교육부장관에게 기본재산증자보고를 필하였다.
(2) 청구인은 이 사건 토지(청구인은 이곳에 부속병원을 신축할 계획이었으나 부지가 협소하여 ○○ 캠퍼스 내에 신축하는 것으로 계획을 변경하였다)를 ㅇㅇ 캠퍼스(의과대학, 의과대학 부속병원), ○○ 캠퍼스(주차장, 서관, 사회과학전시관) 시설에 필요한 자금을 차입하는데 담보로 제공하기 위하여 1990. 12. 19. 교육부장관으로부터 기본재산용도변경허가를 받아 이를 수익용 기본재산으로 용도변경하였다.
(3) 청구인은 의과대학, 의과대학 부속병원, 주차장 및 서관, 사회과학전시관 등의 신축에 소요되는 자금을 조달하기 위하여 사립학교법 제28조 의 규정에 의하여 교육부장관으로부터 1990. 9. 18. 기채처를 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점, 기채한도액을 720 억 원으로 하는 기채허가를 받았는데 1991. 12. 27. 기채처를 ㅇㅇㅇㅇ은행외 3개 금융기관(ㅇㅇㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점 540억 원, ㅇㅇ투자금융 50억 원, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ중앙회 ㅇㅇ군지부 30억 원, ㅇㅇ투자금융 100억 원)으로 변경허가를 받았다. 그 때 청구인이 금융기관으로부터 차입한 기존 차입금 잔액은 39,285,800,000원이었고 그 후 차입과 반제를 거듭하던 중 의과대학 부속병원이 준공된 1995. 5. 31.자로 차입금 잔액 65,000,000,000원을 법인회계에서 부속병원회계로 대체하였다. 그리고 1995. 12. 28.에는 교육부장관으로부터 기채처를 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점, 기채목적을 의과대학 부속병원을 신축하는데 발생한 부채상환 및 운영자금 충당으로 하여 13,000,000,000원의 기채허가를 받아 같은 해 12. 30. ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점으로부터 위 금액을 차입하였다. 한편 청구인의 1997. 7. 31. 현재 부채현황에 의하면 위 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금 잔액이 58,941,000,000원이고 그 외 종합금융회사, 리스회사, 신용금고, ○○은행 등 금융기관의 채무를 합한 총 채무액은 192,856,000,000원이다.
(4) 청구인은 1997. 4. 29. 이 사건 토지 34,354㎡ 중 29,590㎡를 법인 부채상환 목적으로, 같은 해 6. 3. 나머지 4,764㎡를 위 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 기채 상환목적으로 사립학교법 제28조 제1항 의 규정에 따라 교육부장관으로부터 수익용 기본재산 처분허가를 받았다.
(5) 청구인은 이 사건 토지를 1997. 3. 20. 및 같은 해 4. 25. ㅇㅇㅇㅇ(주) 외 5인과 계약금액 합계 9,948,868,000원에 매매계약을 체결하고 그 대금을 같은 해 3. 20.부터 7. 8.까지 모두 수령하였다.
(6) 청구인은 1997사업년도 중 이 사건 토지를 포함하여 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 외 51필지의 토지를 10,541,319,750원에 양도하고 ○○캠퍼스 부지(○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 22필지)의 매각대금 287,024,471,400원 중 23,200,000,000원을 수령하는 등 모두 33,741,319,750원을 수령하였다.
(7) 청구인은 1998. 5. 31. 처분청에 1997사업년도(1997. 3. 1.~1998. 2. 28.) 법인세과세표준 및 세액신고를 하였고 이 때 이 사건 토지를 포함하여 1997사업년도 중에 양도한 토지 등 양도대금 합계 33,741,319,750원에 대한 법인세 특별부가세 세액감면신청서를 제출하였다. 그 세액감면신청서에 첨부된 교육사업명세서에 의하면 그 사용내역이 새 캠퍼스 건물신축으로 되어 있으나 구체적인 세부 사용명세는 없다.
(8) 청구인이 이 사건 심사청구시 제출한 토지 등 양도대금 33,741,319,750원의 사용명세서에 의하면 23,200,000,000원은 새 캠퍼스(ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 소재) 건설공사비 지급에, 4,179,409,079원은 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금 상환 및 이자지급에, 134,804,676원은 토지양도대금으로 받은 어음의 할인료 지급에, 360,140,000원은 ○○공고 증축공사비 지급에, 232,311,750원은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ협의회 차입금 상환에, 5,634,654,245원은 청구인이 대학교(교비회계)로부터 차입한 차입금(청구인의 장부상 가수금)상환에 사용된 것으로 되어 있다. 한편 이 사건 토지의 매매시점인 1997. 3월말 현재의 대학교로부터의 차입금 잔액은 26,848,500,000원이었는데 청구인은 대학교로부터 차입한 가수금에 의해 신캠퍼스 건설비(설계감리비등)를 집행하고 이 사건 토지의 양도대금의 일부로 그 차입금을 상환한 것이라고 주장하나 그 입증자료는 제시하지 못하고 있다.
(9) 처분청은 청구인이 세액감면 신청한 토지의 양도대금 33,741,319,750원 중 이 사건 토지의 양도대금 9,948,868,000원은 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ동지점의 차입금 상환 등에 4,179,409,079원, 어음할인료 및 법인채무(대학교로부터 차입한 가수금)상환 등에 5,769,458,921원을 사용하는 등 수익사업용 재산인 ㅇㅇ캠퍼스 부속병원 신축과 관련하여 발생한 부채상환에 사용되었다는 이유로 이 사건 토지의 양도금액에 해당하는 부분에 대하여는 특별부가세 면제신청을 거부하고 1999. 8. 20.자로 이 사건 부과처분을 하였다.
(10) 한편 위 청구법인의 정관 제7조 제1항의 규정에 의하면 법인의 자산은 기본재산과 보통재산으로 구분하되 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분하여 관리하도록 되어 있는데 의과대학 부속병원은 교육용 기본재산으로 구분되어 있다.
그렇다면 처분청이 이 사건 양도대금이 의과대학 부속병원을 취득하는데 사용되었음을 전제로 한 이 사건 부과처분은 잘못된 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 할 것이나 다만, 대학교 차입금을 상환한 부분에 대하여는 처분청으로 하여금 그 차입금이 신캠퍼스 건설비 등 교육사업에 사용되었는지 여부를 조사하여 그 결과에 따라 특별부가세의 과세표준과 세액을 경정하도록 함이 타당하다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.