과세유형 전환통지 없이 재고납부세액을 부과한 처분의 당부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1996. 12. 12. 일반과세자로 사업자등록을 하여 최초 매출이 발생한 1997년 2기분 부가가치세 과세표준을 1,226,000원으로 신고함과 아울러 1996년 2기부터 1997년 2기 사이에 취득한 고정자산 72,727,020원에 대한 매입세액을 공제, 환급받았다.
• 나. 처분청은 위 1997년 2기분 부가가치세 과세표준을 기준으로 환산한 1역년의 공급대가가 일반과세자 기준금액에 미달되고 청구인이 과세특례포기신고도 하지 않았으므로 1998년 2기부터 과세특례자로 과세유형이 전환된 것으로 보아 1999. 7. 16.자로 1998년 2기분 재고납부세액으로 부가가치세 5,759,970원(가산세 523,634원 포함)을 청구인에게 부과, 고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 청구인은 1996. 12월 일반과세자로 사업자등록을 한 뒤 계속하여 일반과세자로서 부가가치세를 신고, 납부하여 왔고 처분청에서도 청구인의 과세유형을 과세특례자로 전환하는 통지를 하지 아니한 채 계속하여 청구인을 일반과세자로 관리하여 왔다. 이러한 과세유형 전환에 관한 과세관청의 통지는 납세순응력이 부족한 일반 납세자가 세법을 숙지하여 스스로 과세유형이 변경된 것을 알고 세금을 신고 납부하는 것을 기대하기 어려울 뿐 아니라 과세유형 전환으로 인한 뜻밖의 손실을 방지하기 위한 제도라 할 것이고, 한편, 구 부가가치세법시행령 제74조의2 제3항 의 규정에 의하면 일반과세자에서 간이과세자 또는 과세특례자로 전환되는 것은 과세유형 전환의 통지에 관계없이 전환되는 것으로 되어 있으나 이는 과세특례제도가 일반적으로 납세자에게 유리한 제도이기 때문에 납세자보호를 위하여 통지 유무에 관계없이 과세특례를 적용하여 주기 위한 조항으로 해석되어야 하고 청구인과 같이 과세특례의 적용이 오히려 불리한 경우에까지 아무런 통지도 없이 일방적으로 과세유형이 전환되는 것으로 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구인에게 과세유형 전환의 통지도 해 주지 아니한 채 과세특례자로 과세유형이 전환되었다 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 것은 물론 행정편의주의에 기초하여 납세자의 권익을 부당하게 침해한 위법한 처분이다.

• 가. 다툼 청구인에게 과세유형 전환통지를 하지 아니한 채 일반사업자에서 과세특례자로 과세유형이 전환되었다 하여 재고납부세액을 부과한 것이 정당한지 여부.
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 1996. 12. 12. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇㅇㅇ동 ○단지 ○호에서 부동산업을 하는 것으로 사업자등록을 한 후 1997. 10. 1. 개업을 하였다.

(2) 그리고 청구인은 처분청에 부가가치세 신고를 하면서 1996년 2기에서 1997년 2기 사이에 취득한 고정자산 72,727,020원에 대한 매입세액을 공제, 환급받았고, 최초 매출이 발생한 1997년 2기에는 매출 과세표준을 1,226,000원으로 신고하였다.

(3) 처분청은 청구인의 1997년 2기분 공급대가를 12월로 환산한 금액이 48,000,000원에 미달되고 따로 과세특례포기신고도 하지 아니하였으므로 1998년 2기부터 과세특례자로 과세유형이 전환되었다고 보아 위 청구인이 취득한 고정자산에 대한 재고납부세액을 5,236,345원으로 계산하여 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 부가가치세법(1998. 12. 28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조(간이과세 및 과세특례) 제1항 제2호, 제2항, 제3항, 구 같은 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15973호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제74조(간이과세 및 과세특례의 범위) 제1항 제1호의 규정에 따르면 대리ㆍ중개ㆍ주선ㆍ위탁매매 및 도급 이외의 개인사업자가 공급대가의 합계액이 4,800만 원에 미달하는 때, 그리고 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자가 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 위 4,800만 원에 미달하는 때에는 그 개인사업자를 과세특례자로 하고 신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 위 4,800만 원에 미달될 것으로 예상되는 때에는 그 사업자등록과 함께 사업장 관할세무서장에게 과세특례적용 신고를 하도록 되어 있다.

(2) 또한, 구 같은 법 시행령 제74조의2(간이과세ㆍ과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제1항의 규정에 따르면 법 제25조의 규정에 의하여 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 위 4,800만 원에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 하고, 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다고 되어 있고, 제2항의 규정에 따르면 제1항의 경우에 당해 사업자의 관할 세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시 전일까지 교부하여야 한다고 되어 있고, 제3항의 규정에 따르면 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 과세특례자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다고 되어 있다.

(3) 그리고 구 부가가치세법 제26조의2 (재고매입세액 가산)의 규정에 따르면 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 매입세액을 공제받은 경우에 한하여 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다고 되어 있고, 구 같은 법 시행령 제74조의4(간이과세 및 과세특례 전환시의 세액계산특례) 제3항 전문의 규정에 따르면 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 그 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하도록 되어 있다.

• 라. 판단 살피건대, 부가가치세법상 과세특례에 관한 규정의 적용요건은 위 구 부가가치세법 제25조 제1항, 제2항에 법정되어 있으므로 그 적용 여부는 위 법정된 요건에 해당하는지 여부에 의하여 결정된다 할 것인데 청구인은 최초 매출을 신고한 과세기간(1997년 2기)의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 48,000,000원에 미달하여 위 법정의 과세특례 적용요건에 해당됨이 명백하므로 처분청이 그 다음 해의 제2과세기간에 해당하는 1998년 2기부터 청구인이 과세특례자로 전환되었다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다 할 것이다. 이에 대하여 청구인은 처분청이 구 부가가치세법시행령 제74조의2 제2항 의 규정에 따른 과세유형 전환의 통지도 하지 아니한 채 이 사건 부과처분을 한 것은 위법이라고 주장하나, 같은 조 제3항은 일반과세자에서 과세특례자로 전환될 경우 위 통지에 관계없이 과세특례자에 관한 규정을 적용하도록 규정하고 있고 이는 과세특례의 적용이 납세의무자에게 유리한지 여부에 관계없이 일률적으로 적용되는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 과세유형 전환통지를 하지 아니한 채 이 사건 부과처분을 하였다 하여 위법이라 할 수 없다 할 것이니 청구인의 위 주장은 이유 없다 할 것이다. 또한, 청구인은 처분청에 계속하여 일반과세자로 부가가치세를 신고, 납부하여 왔고 처분청도 계속하여 청구인의 사업자등록을 유지하고 있으면서 이 사건 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반한다는 취지의 주장을 하나, 어느 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배되어 위법한 것이 되기 위하여는 먼저 과세관청이 납세의무자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 할 것인데, 과세관청이 납세의무자인 사업자로부터 부가가치세의 예정 및 확정신고를 받은 행위나 사업자의 사업자등록을 유지한 행위만으로서는 부가가치세의 과세에 관하여 납세의무자를 일반과세자로 인정할 것을 시사하는 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없고 그 후에 이르러 처분청이 청구인을 과세특례자로 보아 재고납부세액을 추징한 것은 법령의 규정에 의한 것이지 법령의 해석적용에 관하여 종전에 표명한 견해를 변경한 것에 따른 것이 아니라 할 것이므로 청구인의 위 주장도 이유 없는 것이라 할 것이다.

그렇다면 처분청에서 청구인이 과세특례자로 과세유형이 전환되었음을 이유로 하여 이미 공제받았던 고정자산에 대한 매입세액에 대하여 재고납부세액을 부과, 징수하는 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.