피합병법인이 지출한 기술 및 인력개발비의 합산 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997. 3. 28.자로 1996. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 사업연도(이하1996 사업연도라 한다)분 법인세를 신고납부하면서 별지기술 및 인력개발비 지출액에 대한 세액공제액 계산명세표(이하별지라 한다) 기재와 같이 청구인의 1996 사업연도 기술 및 인력개발비 지출액이 청구인이 과거 2년간 지출한 기술 및 인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 금액의 100분의 50인 4,526,677,185원을 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액으로 신고하였고, 1998. 3. 24.자로 1997. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 사업연도(이하1997 사업연도라 한다)분 법인세를 신고납부하면서도 1996 사업연도와 같은 방법으로 계산한 3,135,824,147원을 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 각 사업연도 기술 및 인력개발비 지출액에 대한 세액공제액은 청구인이 1995. 9. 1.자로 청구외 ㅇㅇ기전주식회사(이하위 ㅇㅇ기전이라 한다)와 ㅇㅇ계전(주)(이하위 ㅇㅇ계전이라 하고, 위 ㅇㅇ기전을 포함하여위 피합병법인들이라 한다)를 흡수합병하였으므로 청구인이 각 사업연도에 지출한 기술 및 인력개발비가 청구인과 위 피합병법인들이 과거 2년간 지출한 기술 및 인력개발비를 합산하여 산출되는 연평균지출액을 초과하는 금액의 50%에 해당하는 금액(1996 사업연도분 0원, 1997 사업연도분 988,059,538원이고, 이와 같은 공제방법을증가지출액에 의한 세액공제방법이라 한다)과 각 사업연도 기술 및 인력개발비 지출액에 100분의 5를 곱한 금액(1996 사업연도분 1,018,843,981원, 1997 사업연도분 1,193,398,211원이고, 이와 같은 공제방법을총지출액에 의한 세액공제방법이라 한다) 중 많은 금액인 총지출액에 의한 세액공제방법에 의한 금액으로 하여야 하는데도 청구인이 피합병법인들이 과거 2년간 지출한 기술 및 인력개발비를 합산하지 아니하고 청구인의 과거 2년간 지출한 금액만으로 연평균지출액을 산정하여 합병 후 청구인의 각 사업연도 지출액과 대비하여 그 초과금액의 50%를 세액공제한 것은 잘못이라는 이유로 1999. 8. 9.자로 법인세 계 4,022,138,780원(1996 사업연도분 1,548,144,500원, 1997 사업연도분 2,473,994,280원)을 부과, 고지하는 처분(이하이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구 나 청구이유

(1) 구 조세감면규제법 제9조 제1항의 규정에 따르면 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액의 계산은 기술 및 인력개발비를 지출한 당해 내국인을 기준으로 하도록 되어 있고, 상법상 피합병법인은 합병법인의 변경등기에 의하여 소멸되므로 피합병법인과 합병법인은 법률상 별개의 인격체이며, 조세법에서도 피합병법인은 청산소득과세절차를 통하여 납세의무를 종결시키므로 피합병법인의 세무관련사항은 원칙적으로 합병에 의하여 소멸되고 별도의 조세 목적상 필요한 특정의 것에 대하여만 명문의 규정을 두어 예외적으로 합병법인이 승계하도록 하고 있고, 피합병법인이 지출한 기술 및 인력개발비를 합병법인이 지출한 금액으로 의제하는 규정을 두고 있지 아니하다. 따라서 피합병법인이 지출한 기술 및 인력개발비를 합병법인이 승계하는 것으로 하여 과세함은 조세법률주의에 위배된다.

(2) 만약 피합병법인의 기술 및 인력개발비 지출액을 합병법인이 승계한다고 가정할 때 피합병법인의 연구소나 연구개발전담부서를 합병법인이 승계하지 아니하는 경우에도 피합병법인이 지출한 기술 및 인력개발비 지출액을 합산하는 것은 모순이고, 분할합병의 경우에는 분할합병의 상대방법인이 승계한 사업부문에 해당하는 기술 및 인력개발비를 안분하여 합산하여야 하나 안분기준이 없어 법적용의 구체성이 모호하다.

(3) 사업을 승계하는 사업양도나 포괄적 현물출자 등의 경우는 사업양수법인 또는 현물출자를 받은 법인이 사업양도인 또는 현물출자자와 인격이 다르므로 사업양도인 또는 현물출자자의 기술 및 인력개발비를 사업양수법인 또는 현물출자를 받은 법인이 승계할 수 없는데, 사업양도나 현물출자와 성격을 같이하는 합병의 경우에만 피합병법인의 기술 및 인력개발비를 합산한다는 것은 법 적용에 형평을 잃은 것이다. 따라서 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 기술 및 인력개발비 세액공제액을 계산할 때 위 피합병법인들이 지출한 기술 및 인력개발비를 청구인이 지출한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관계 법령의 규정

(1) 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것, 이하1996년 조세감면규제법이라 한다) 제9조 제1항의 규정에 의하면 제조업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술ㆍ인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 되어 있고, 제2항의 규정에 의하면 제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 100분의 5에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니하도록 되어 있다.

(2) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것, 이하1997년 조세감면규제법이라 한다) 제9조 제1항은「제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다.

1. 당해 과세연도의 기술ㆍ인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법.

2. 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비에 다음 각목의 율을 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법.

• 가. 중소기업이 지출한 기술ㆍ인력개발비(다른 중소기업에 지출한 기술ㆍ인력개발비를 포함한다)의 경우에는 100분의 15.
• 나. 중소기업 외의 자가 지출한 기술ㆍ인력개발비의 경우에는 100분의 5. 다만, 중소기업에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 경우에는 100분의 10으로 한다.」고 규정하고 있다.

(3) 그리고 1996년 조세감면규제법과 1997년 조세감면규제법에는 기술ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액을 계산할 때 피합병법인의 기술ㆍ인력개발비를 반영하는지 여부에 대하여는 규정된 것이 없었는데, 2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 조세특례제한법 시행령 제9조 (기술 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제4항이 신설되면서 합병법인의 경우 합병을 하기 전에 피합병법인이 지출한 기술ㆍ인력개발비는 합병법인이 지출한 것으로 보도록 하고 부칙 제4조에서 2000. 1. 10. 이후 최초로 세액공제를 신청하는 분부터 적용하도록 되었다.

(4) 한편 1996년 조세감면규제법 제121조의 규정에 의하면 기술ㆍ인력개발비 지출액에 대하여 공제할 세액이 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제118조의 규정에 의한 최저한세(最低限稅)의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제하도록 되어 있고, 피합병법인의 이월공제세액에 대하여는 조세감면규제법령이나 법인세법령에 규정이 없었는데 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 법인세법 시행령이 전문개정되면서 그 제96조 제2항 제2호에서 이월공제가 인정되는 세액공제로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위 안에서 이월공제 잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 이를 공제하도록 규정되었다.

• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 1995. 9. 1.자로 위 ㅇㅇ기전과 위 ㅇㅇ계전을 흡수합병하였다.

(2) 청구인과 위 피합병법인들의 1994 사업연도부터 1997 사업연도까지 기술ㆍ인력개발비 지출액은 별지의기술 및 인력개발비 지출액란 기재와 같고 위 피합병법인들은 1994 사업연도와 1995 사업연도에 기술 및 인력개발비 지출액에 대한 세액공제를 받았다.

(3) 청구인은 1997. 3. 28.자로 1996 사업연도분 법인세를 자진신고하면서 별지의법인세 신고시 기술 및 인력개발비 세액공제액란 기재와 같이 청구인의 1996 사업연도 기술ㆍ인력개발비 지출액에 청구인의 직전 2년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 4,526,677,185원을 기술ㆍ인력개발비 세액공제액으로 계상하였고, 1998. 3. 24.자로 1997 사업연도분 법인세를 자진신고하면서도 1996 사업연도와 같은 방법으로 계산한 3,135,824,147원을 기술ㆍ인력개발비 세액공제액으로 계상하였다.

(4) 그러나 처분청에서는 청구인이 위 피합병법인들을 흡수합병하였다는 이유로 별지의처분청의 기술 및 인력개발비 세액공제액란 기재와 같이 청구인의 직전 2년간 기술ㆍ인력개발비 지출액에 위 피합병법인들의 직전 2년간 기술ㆍ인력개발비 지출액을 더하여 증가지출액에 의한 세액공제방법으로 계산한 금액(1996 사업연도분 0원, 1997 사업연도분 988,059,538원)과 총지출액에 의한 세액공제방법에 의한 금액(1996 사업연도분 1,018,843,981원, 1997 사업연도분 1,193,398,211원) 중 많은 금액(1996 사업연도분 1,018,843,981원, 1997 사업연도분 1,193,398,211원)을 기술ㆍ인력개발비 세액공제액으로 하여 1999. 8. 9.자로 이 사건 부과처분을 하였다.

• 라. 판단 기술ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 내국인의 기술개발과 인력개발을 촉진하기 위한 조세지원제도로서 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 5%를 공제하는 총지출액에 의한 세액공제방법과 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비 중 당해 과세연도 직전 2년간 지출한 연평균 기술ㆍ인력개발비의 초과금액의 50%를 공제하는 증가지출액에 의한 세액공제방법 중 하나를 택하여 적용할 수 있다. 그리고 기술ㆍ인력개발비 세액공제는 그 지출비용이 지출과 동시에 사외로 완전히 유출되고 당해 공제받는 세액에 상당하는 금액만큼 영구히 조세부담을 소멸시키므로 그 세액공제에 신중을 기하여야 하고 더욱이 증가지출액에 의한 세액공제는 기술ㆍ인력개발비지출을 매년 증대해 가도록 유도하기 위하여 증가지출액에 대하여 높은 공제율을 적용하는 만큼 당해 기업의 실질적인 순증가지출액에 한정하여 엄격히 적용하여야 할 것이다. 살피건대 청구인은 위 피합병법인들을 흡수합병하면서 위 피합병법인들을 포괄적으로 승계함으로써 위 피합병법인들이 추진하던 기술ㆍ인력개발사업도 승계하였고 그 승계받은 상태에서 당해 과세연도에 기술ㆍ인력개발비를 지출하였으므로 증가지출액에 의한 세액공제방법으로 공제세액을 계산할 때에는 위 피합병법인들이 지출한 기술ㆍ인력개발비를 청구인이 지출한 것으로 보아야만 청구인이 실질적으로 직전 2년간 지출한 연평균 지출액보다 증가하여 지출한 기술ㆍ인력개발비를 산출할 수 있고, 증가지출액에 의한 세액공제의 취지에도 맞다 할 것이며, 이와 다른 견해를 전제로 한 청구인의 주장은 이유 없다 하겠다.

그렇다면 처분청이 위 피합병법인들이 지출한 기술ㆍ인력개발비를 청구인이 지출한 것으로 보아 기술ㆍ인력개발비 세액공제액을 계산한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.