비상장법인의 주식평가시 근저당권 설정 재산을 그 채권최고액으로 평가할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(주)(1996. 7. 31.자로 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(주)에 합병되고 ㅇㅇㅇㅇ(주)는 1996. 8. 27.자로 ㅇㅇㅇㅇㅇ(주)로 명의변경하였으며 1998. 6. 9.자로 청구인에게 합병되었다. 이하 위 ㅇㅇㅇㅇ라 한다)는 1995. 5. 10.자로 주주(출자지분 7.4%)인 청구외 ㅇㅇㅇ으로부터 청구외 (주) ㅇㅇㅇㅇ개발(이하 위 ㅇㅇㅇㅇ개발이라 한다)의 주식 150,000주(이하 이 사건 주식이라 한다)를 720,000,000원(1주당 4,800원)에 취득하였다.
• 나. 처분청은 위 ㅇㅇㅇㅇ가 이 사건 주식을 상속세법상의 평가방법으로 평가하면 293,250,000원(1주당 1,955원)인데도 주주로서 특수관계있는 자인 위 ㅇㅇㅇ으로부터 720,000,000원에 고가매입하여 그 차액 426,750,000원(이하 위 고가매입액이라 한다)의 소득에 대한 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정하여 이를 위 ㅇㅇㅇㅇ의 소득금액에 가산하는 한편, 이를 위 ㅇㅇㅇ에게 배당한 것으로 보아 1999. 5. 24.자로 위 ㅇㅇㅇㅇ에게 소득세를 원천징수하여 납부하도록 소득금액변동사항을 통지(이하 이 사건 통지처분이라 한다)하였다(피합병법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 합병법인의 소재지로 납세지를 변경신고하지 아니한 경우에는 피합병법인의 납세지로 한다는 1986. 7. 15.자 국세청의 예규에 따라 위 ㅇㅇㅇㅇ에 통지한 것으로 이 사건 통지처분을 할 때에는 위 ㅇㅇㅇㅇ가 없어진 법인이므로 통지행위에 하자가 있는 것으로 보이나 청구인이 이 사건 통지처분을 받아들여 심사청구를 하였으므로 그 하자가 치유된 것으로 보아 그대로 심리한다).

• 가. 청구의 취지 이 사건 소득금액변동사항 통지처분을 취소하게 하여달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 구 상속세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항에 의하면 재산의 가액은 시가에 의하여 평가하는 것을 원칙으로 하고 시가산정이 어려울 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가하도록 하였고 이를 받은 구 상속세법시행령 제5조에 의하면 토지는 공시지가로, 건물은 지방세과세시가표준액으로 평가하도록 하였으나 같은 법 제9조 제4항과 같은 법 시행령 제5조의2에 의하면 저당권이 설정되어 있는 재산의 경우 당해 재산이 담보하는 채권액이 같은 법 시행령 제5조에 의하여 평가한 금액보다 클 경우에는 그 채권액을 평가액으로 하도록 되어 있다. 이와 같이 규정한 것은 같은 법 시행령 제5조에 의한 평가액보다는 당해 재산이 담보하고 있는 채권액이 시가에 보다 더 가깝기 때문이라고 보이며 예규, 심사결정례와 심판결정례에서도 담보하고 있는 채권액을 시가로 인정하고 있다. 따라서 이 사건 주식가액을 평가함에 있어서는 위 ㅇㅇㅇㅇ개발소유 부동산 중 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○가 ○○번지 및 ○○번지의 토지 계 21,379㎡와 2층 공장 등 건물 연면적 15,317.64㎡(이하 토지 2필지와 건물을 합하여 이 사건 부동산이라 한다)의 가액을 1994. 7. 20.자로 ○○은행이 근저당권을 설정한 채권최고액 18,000,000,000원으로 하여 순재산가액이 21,096,497,610원이 되면 1주당 가격이 5,527원[(순재산가액 21,096,497,610원/총발행주식 2,099,000주+1주당 수익가치 0원)÷2=5,025원, 5,025원×1.1(지배주주 소유지분 가산율 10% 가산)=5,527원]으로 산출되어 매입가격(1주당 4,800원)은 비싼 것이 아니다.

(2) 그런데도 처분청은 이 사건 부동산 중 토지는 공시지가에 의하여 2,328,898,600원으로 평가하고, 건물은 지방세과세시가표준액에 의하여 2,040,309,648원으로 평가하여 합계 4,369,208,248원을 이 사건 부동산의 가액으로 하여 위 ㅇㅇㅇㅇ개발의 순재산가액을 7,465,705,858원으로 평가하여 1주당 가격을 1,955원으로 산출하였는바, 법인세법상 부당행위계산부인에 관한 규정은 시가에 비하여 저가 또는 고가로 거래가격을 조작함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 행위를 방지하기 위함을 목적으로 한다 할 것이고 청구인은 위에서 본 바와 같이 거래가격을 조작한 것도 아니고 시가에 비하여 저가로 거래한 것도 아닌데도 부당행위계산으로 보아 이 사건 통지처분을 한 것은 잘못이다.

• 가. 다툼 이 사건 주식을 평가함에 있어 이 사건 부동산의 가액을 근저당권이 설정등기된 채권최고액으로 평가하여야 하는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 위 ㅇㅇㅇㅇ를 1996. 7. 31.자로 합병한 청구외 ㅇㅇㅇㅇㅇ(주) (1996. 8. 27.자로 ㅇㅇㅇㅇ(주)에서 명의변경되었다. 이하ㅇㅇㅇㅇㅇ라 한다)를 1998. 6. 9.자로 합병하였다.

(2) 위 ㅇㅇㅇㅇ는 1995. 5. 10.자로 위 ㅇㅇㅇ으로부터 위 ㅇㅇㅇㅇ개발의 주식 150,000주를 매입하였는데 그 매입가액은 720,000,000원(1주당 4,800원)이고 매입당시 ㅇㅇㅇ은 위 ㅇㅇㅇㅇ의 주식 444,000주(지분율 7.4%)를 보유하고 있었다.

(3) 위 ㅇㅇㅇㅇ개발은 1993. 12. 1.자로 청구외 (주) ㅇㅇㅇㅇ를 합병하면서 이 사건 부동산을 취득하여 보유하고 있었는데 이 사건 부동산에는 1990. 8. 11.자와 1991. 12. 30.자로 위 ○○은행 ○○지점이 위 ㅇㅇㅇㅇ의 상호변경 전인 청구외 (주) ㅇㅇㅇㅇ와 위 ㅇㅇㅇㅇ를 채무자로 하고 채권최고액을 12,000,000,000원으로 하여 근저당권이 설정되어 있었고 이에 추가하여 1994. 7. 20.자로 ○○은행(취급지점: ○○지점)이 위 ㅇㅇㅇㅇ개발을 채무자로 하고 채권최고액을 18,000,000,000원으로 하여 근저당권을 설정등기한 것으로 되어 있다.

(4) ○○지방국세청장(당초 ○○지방국세청장이었는데 1999. 7. 6. 대통령령 제16467호로 개정된 국세청과 그 소속기관직제규정에 의하여 ○○지방국세청장으로 변경되었다. 이하 ○○지방국세청장이라 한다)은 1998. 5. 1.부터 같은 해 5. 20.까지 위 ㅇㅇㅇㅇ개발의 주식변동조사를 실시하고 위 ㅇㅇㅇㅇ에서 1995. 5. 10. 주주(출자지분 7.4%)인 위 ㅇㅇㅇ으로부터 이 사건 주식인 위 ㅇㅇㅇㅇ개발의 주식 150,000주를 1주당 적정평가액 3,845원[(순자산가액 10,494,196,712원÷총발행주식수 2,099,000원+1주당 수익가치 1,993원)÷2=3,496원, 3,496원×1.1(지배주주 소유지분에 대한 가산율 10% 가산)=3,845원]보다 955원이 많은 4,800원에 매입하여 총매입가액 720,000,000원 중 143,250,000원을 고가매입한 것으로 조사하여 처분청으로 하여금 위 고가매입에 대한 부당행위계산을 부인하여 소득금액을 조정하고 그 내용을 과세자료로 활용하도록 통보하였다.

(5) 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 위 과세자료를 1998. 7. 3.자로 통보받아 위 ㅇㅇㅇㅇ의 1994. 7. 1.부터 1995. 6. 30.까지 사업연도의 소득금액에 위 143,250,000원을 익금산입하면서 기타사외유출로 처분하였다.

(6) 그 후 우리 원은 ○○지방국세청에 대하여 감사를 실시하고 이 사건 주식을 평가할 때 이 사건 부동산 중 토지는 공시지가에 의하여 1,857,581,000원과 471,317,600원 계 2,328,898,600원으로 평가하고, 건물은 지방세과세시가표준액에 의하여 2,040,309,648원으로 평가하여 합계 4,369,208,248원을 이 사건 부동산의 가액으로 하여 위 ㅇㅇㅇㅇ개발의 순재산가액을 7,465,705,858원으로 한 1주당 가격인 1,955원[(순재산가액 7,465,705,858원/총발행주식 2,099,000주+1주당 수익가치 0원)÷2=1,778원, 1,778원×1.1(지배주주 소유지분에 대한 가산율 10% 가산)=1,955원]을 적용하여 위 고가매입액(426,750,000원)을 산출하는 것이 정당한데도 위 (4)항과 같이 순자산가액과 1주당 수익가치를 잘못 산출한 1주당 가격인 3,845원을 적용하여 고가매입액을 143,250,000원으로 적게 산출하였을 뿐 아니라 이 고가매입액을 위 ㅇㅇㅇ에게 배당으로 처분하지 아니하였다 하여 위 고가매입액(426,750,000원)을 배당으로 처분하여 위 ㅇㅇㅇ에 대한 소득세(원천분) 106,687,500원을 추가 징수결정하도록 처분청에 통보하라는 내용으로 1999. 2. 25.자로 ○○지방국세청장에게 시정을 요구하였다.

(7) 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 위 ㅇㅇㅇ의 1995년 귀속 배당소득에 대한 원천징수 및 이에 따른 소득금액을 주소지 관할 세무서에 통지하고 위 ㅇㅇㅇㅇ의 1995. 7. 1.부터 1996. 6. 30.까지 사업연도의 소득금액이 위 고가매입액만큼 증가되어 결손금액이 감소되었으므로 그 사후관리를 철저히 하라는 과세자료 통지를 1998. 12. 19. 접수하고 1999. 5. 10.자로 사후관리부분은 위 ㅇㅇㅇㅇ의 합병법인인 청구인 관할 ○○세무서장에게 과세자료로 통보하는 한편 같은 해 5. 25.자로 위 ㅇㅇㅇ의 1995년 귀속 배당소득이 426,750,000원이라는 내용의 소득금액변동통지서를 위 ㅇㅇㅇㅇ에 교부하는 이 사건 통지처분을 하였다.

(8) 이 사건 주식을 평가함에 있어 이 사건 부동산의 가액을 청구인이 주장하는 대로 근저당권설정 채권최고액으로 하면 1주당 가격이 5,527원[(순재산가액 21,096,497,610원/총발행주식 2,099,000주+1주당 수익가치 0원)÷2=5,025원, 5,025원×1.1(지배주주 소유지분 가산율 10% 가산)=5,527원]으로 계산된다. 그러나 청구인은 위 근저당권을 설정하기 위하여 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가업자가 감정한 가액에 대하여는 아무런 자료를 제시한 바 없다.

• 다. 관계법령의 규정

(1) 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15192호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1항은 법 제20조에서 ‘특수관계 있는 자’라 함은 다음 각호의 관계 있는 자를 말한다고 규정하고 제1호에 출자자(소액주주를 제외한다, 이하 같다)와 그 친족을, 제2호에 법인의 임원ㆍ사용인 또는 출자자의 사용인을 규정하고 있고 제2항은 법 제20조에서 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하고 제4호에 출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때를 규정하고 있다.

(3) 구 법인세법시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조의2의 규정에 따르면 영 제46조의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하고, 다만 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세법시행령 제5조 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하도록 되어 있다.

(4) 구 상속세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 상속세 및 증여세법으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항은 상속재산의 가액 및 상속재산의 가액 중에서 공제할 공과 또는 채무는 상속개시 당시의 현황에 의한다고 규정하고 제2항은 제1항의 규정에 의한 상속개시 당시의 현황에 의한 상속재산의 가액은 그 당시의 시가에 의하되, 시가를 산정하기 어려울 때는 당해 상속재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의한다고 규정하고 있으며 제4항은 다음 각호의 1에 해당하는 상속재산은 제2항의 규정에 불구하고 당해 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령이 정하는 바에 의하여 평가한 가액과 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다고 규정하고 제1호에 저당권 또는 질권이 설정된 재산, 제2호에 양도담보재산, 제3호에 전세권이 등기된 재산 등을 규정하고 있다.

(5) 구 상속세법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15193호로 상속세 및 증여세법시행령으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항은 법 제9조 제2항에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 제2항 내지 제7항의 규정에 의하여 상속재산을 평가하는 것을 말한다고 규정하고 제2항 제1호 (가)목의 규정에 따르면 토지의 평가는 (나)목인 국세청장이 지정하는 지역에 있어서 배율방법에 의하여 평가하는 경우를 제외하고는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가를 적용하도록 되어 있고 제1의2호의 규정에 따르면 건물의 평가는 (나)목인 국세청장이 지정하는 지역안에 있는 공동주택 및 특수용도의 건물에 대하여는 재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 참작하여 국세청장이 평가하여 고시한 가액에 의하는 경우를 제외하고는 지방세법시행령 제80조 의 규정에 의한 과세시가표준액에 의한 가액에 의하도록 되어 있다. 또 같은 조 제6항 제1호 (나)목의 규정에 따르면 증권거래소에 상장되지 아니한 주식과 출자지분의 평가는 사업개시 전 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인과 휴업ㆍ폐업 또는 청산 중에 있는 법인 외의 법인의 주식에 대하여는 다음 산식[1주당 가액=(당해 법인의 순자산가액/발행주식총수+1주당 최근 3년간 순손익액의 가중 평균액/금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 총리령이 정하는 율)÷2]에 의하여 계산한 가액으로 하도록 되어 있고, (다)목의 규정에 따르면 (나)목의 순자산가액은 상속개시일 현재의 재산을 이 영이 정하는 바에 의하여 평가한 가액에서 부채를 공제한 것으로 하되 그 평가는 총리령이 정하는 공신력 있는 감정기관의 시가감정서에 의할 수 있고 이 경우 법인세법 제17조 제10항 의 규정에 의한 이연자산과 법인세법시행령 제38조의2 의 규정에 의한 환율조정계정의 금액은 각각 자산과 부채에 포함하지 아니한다고 되어 있으며, (사)목의 규정에 따르면 (나)목의 규정에 의한 평가에 있어서 법인세법시행령 제46조의2 제2항 및 제3항의 규정에 의한 지배주주 및 그와 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식에 대하여는 (나)목에 의하여 계산한 가액에 그 가액의 100분의 10을 가산하도록 되어 있다. 그리고 제5조의2는 법 제9조 제4항에서 대통령령이 정하는 바에 따라 평가한 가액이라 함은 다음의 금액을 말한다고 규정하고 제1호에 저당권(공동저당권 및 근저당권을 제외한다)이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액, 제2호에 공동저당권이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액을 공동저당된 재산의 상속개시 당시 가액으로 안분하여 계산한 금액, 제3호에 근저당권이 설정된 재산으로서 당해 근저당권을 설정하기 위하여 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가업자가 감정한 가액(2인 이상의 감정가액이 있을 때에는 최고의 가액)이 있는 경우에는 그 가액 등을 규정하고 있다(위 제3호가 1990. 12. 31. 대통령령 제13196호로 개정되기 전에는 근저당권이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권의 최고액으로 규정되어 있었다).

• 라. 판단 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 법인세법상 특수관계자로부터 증권거래소에 상장되지 아니한 주식을 시가를 초과하여 매입함으로써 부당행위계산 대상이 되는지 여부는 구 상속세법시행령 제5조 제6항을 준용하여 평가한 가액에 의하여 판단하도록 규정되어 있는 바 구 상속세법시행령 제5조 제6항 제1호 (나)목과 (다)목에 의하면 비상장주식의 1주당 가액은 당해 법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나눈 금액과 1주당 최근 3년간 순손익액의 가중평균액을 금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 총리령이 정하는 율로 나눈 금액을 합한 금액을 2로 나눈 금액으로 평가하도록 되어 있으며 이때 순자산가액은 이 영이 정하는 바에 의하여 평가한 가액에서 부채를 공제한 것으로 하되 그 평가는 공신력있는 감정기관의 시가감정서에 의할 수 있다고 규정되어 있고 구 상속세법 제9조 제4항 제1호와 구 상속세법시행령 제5조의2 제3호의 규정에 의하면 근저당권이 설정된 재산으로서 당해 근저당권을 설정하기 위하여 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우에 그 가액과 구 상속세법 제9조 제2항의 평가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 하도록 되어 있다. 그러나 위 인정사실에 의하면 청구인은 이 사건 부동산에 근저당권을 설정하기 위하여 감정한 가액을 제시하지 아니하고 있을 뿐 아니라 근저당권의 채권최고액 18,000,000,000원은 공시지가나 지방세과세시가표준액으로 평가한 4,369,208,248원의 4배 이상이 되어 이 사건 부동산의 가액으로 평가하기에 부적당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 주식을 평가함에 있어 이 사건 부동산의 가액을 구 상속세법시행령 제5조 제6항 제1호 (나)목의 규정에 따라 평가하고 그 금액으로 위 ㅇㅇㅇㅇ개발의 순자산가액을 산정한 데 무슨 잘못이 있다고 할 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청에서 위 ㅇㅇㅇㅇ가 이 사건 주식을 고가매입하였다고 보아 이 사건 통지처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.