수수료 수익은 다른 특별한 규정이 없는 한 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도 또는 수익의 실현시기를 기준으로 하여 익금에 산입하여야하므로 신탁수수료를 현금주의 기준으로 익금에 계상하여 부과처분 한 것은 잘못임.
수수료 수익은 다른 특별한 규정이 없는 한 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도 또는 수익의 실현시기를 기준으로 하여 익금에 산입하여야하므로 신탁수수료를 현금주의 기준으로 익금에 계상하여 부과처분 한 것은 잘못임.
처분청은 1999. 6. 29.자로 청구인에 대하여 한 1996사업연도 법인세 2,341,595,570원 및 1997사업연도 법인세 998,337,710원의 부과처분에 관하여 각 사업연도의 과세소득금액에서 수입수수료 7,099,871,602원 및 1,623,436,113원을 각 공제하여 각 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.
(1) 청구인은 신탁업법 제3조 에 의하여 설립된 부동산신탁전업회사로서 청구인의 수익인 신탁수수료는 다음과 같은 사유로 현금주의 기준으로 귀속 사업연도를 인식할 수 없다. (가) 청구인의 주요 판매상품은 주된 업무인 토지신탁, 부동산관리신탁, 부동산처분신탁업무와 부수업무인 부동산컨설팅업무 등으로 구성되어 있는데 상품 종류별 성격상 진행기준 등에 의하여 귀속 사업연도를 인식하는 것이 타당하다.
① 토지신탁은 위탁자로 부터 위탁받은 토지에 청구인이 유효시설(건물, 택지, 공장용지 등)을 조성한 다음 토지와 건물을 신탁재산으로 하여 처분(분양 등), 임대 등 부동산 사업을 시행하고 그 성과를 위탁자에게 교부하는 신탁이다. 청구인은 토지신탁에 대한 수수료로 공사기간 중의 개발업무보수와 분양기간 중의 분양업무보수를 받고 있다. 그 중 개발업무보수는 공사비의 3~5%를 받는데 각 사업별 신탁계약의 특약에 따라 공사선급급 및 공사비를 지급할 때 지급받은 후 공사기성율에 따라 정산하고 있고, 분양업무보수는 분양(임대)수입금의 1~2%를 그 수입금 입금 후 익월 10일 이내에 받고 있으나 분양 때 총보수의 50%를 수령하기도 한다. 그리고 대부분의 토지신탁은 그 신탁기간이 2~3년이며 공사기간과 거의 일치하고 있다. 토지신탁의 성격이 위와 같으므로 장기간이 소요되는 용역의 매출액은 진행기준에 따라 실현된다는 기업회계기준 제42조 제1항이나 구 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호, 구 법인세법 기본통칙 2-11…39에서 규정하고 있는 진행기준에 따라 수익을 인식하여 공사착수 전에 공사선급금을 먼저 지급한 경우에 받은 수수료나 분양수입금을 받을 때 미리 받은 총보수의 50% 중 분양율을 초과하여 받은 수수료를 선수수수료로 보아야 한다.
② 부동산관리신탁은 위탁자가 특정부동산의 소유권을 청구인에게 이전하고 신탁등기를 한 후 청구인이 관리행위의 일체(임대수입금 관리, 임차인들의 민원사항 처리, 종업원 관리, 제 세금업무처리 등)를 수행하는 신탁으로 그 신탁기간은 보통 1~5년이다. 그리고 그 관리신탁보수는 신탁계약에서 정하는 바에 따라 매월, 매분기, 1년 납이나 5년 일시납으로 납부받고 있다. 그러므로 관리신탁수수료는 관리기간의 경과에 따라 수익을 인식하여 당해 사업연도의 관리기간을 초과하여 받은 수수료는 선수수수료로 보아야 한다.
③ 부동산처분신탁은 위탁자가 특정부동산의 소유권을 청구인에게 이전하고 신탁등기를 한 후 청구인이 처분행위를 하는 것을 말하고 신탁기간은 대부분 신탁재산의 처분 종료일까지 이다. 그리고 그 처분신탁보수는 각 신탁부동산별 신탁계약서의 특약에 따라 신탁계약체결 때이거나 신탁부동산 처분 후에 납부받고 있다. 그러므로 처분신탁수수료는 처분 종료 때를 수익인식시기로 보아 신탁계약체결 때 받은 수수료 중 당해 사업연도에 처분되지 아니한 것은 선수신탁수수료로 보아야 한다.
④ 부동산컨설팅이란 의뢰인에게 부동산에 관한 개발계획, 매매, 임대차, 관리, 금융 등 다양한 영역에 대하여 적절한 조언, 전문적인 지도, 판단자료의 제공을 통하여 의뢰인이 최선의 의사결정을 할 수 있도록 권고안을 제공하는 전문적 용역업무로서 부동산컨설팅보고서를 인도하는 시점에서 용역이 종료되는 것으로 그 보고서를 인도한 때 수익을 인식하는 것이 타당하다. (나) 처분청은 청구인이 신탁업법 제3조 에 의한 인가를 받아 신탁업을 영위하는 법인으로서 구 법인세법시행령 제19조 제3항 의 규정에 의한 금융기관 등에 해당되므로 같은 법 시행규칙 제14조의4 제1항의 규정에 따라 수입하는 수수료 등은 실제로 수입된 사업연도로 하여 수익을 인식(현금주의)하여야 한다고 하나 청구인은 위탁자로부터 토지 등을 위탁받아 그 소유권을 청구인 앞으로 이전하고 그 재산을 효율적으로 관리, 처분하거나 개발하여 그 성과를 위탁자에게 되돌려 주고 그에 대한 대가를 받는 업무를 취급함으로써 은행법에 의한 은행이나 기타 금융기관과는 업무의 성격과 제공하는 서비스가 일반적인 금융기관과는 다르므로 현금주의로 수익을 인식하는 것은 부당하며 설령 청구인이 위 금융기관에 해당한다 하더라도 같은 법 시행규칙 제14조의4 제1항 단서에서 선수입이자 등은 현금주의에서 제외하도록 규정하고 있어 신탁용역의 진행정도보다 과다하게 수령한 수수료는 선수입이자 등에 포함되므로 현금주의 적용이 배제될 수 밖에 없다. 위와 같이 청구인이 적정하게 수익을 인식하였다는 사실은 아래와 같이 외부기관의 의견으로도 입증이 된다.
① 청구인의 외부회계감사법인인 청구외 ㅇㅇ회계법인은 1996회계연도에 대해서는 진행기준에 의해 회계처리하지 않아서 수입수수료가 과대계상되었다는 “한정의견”을 주었으나 1997회계연도에 대해서는 진행기준에 의해 회계처리하였기에 ‘일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정된 기업회계기준에 따라 적정하게 처리하였다’는 “적정의견”을 주었다.
② 1998. 5. 6.부터 같은 해 5. 22.까지의 기간 중에 실시된 감사원 감사에서 승계신탁사업에 대한 토지신탁수수료 수익인식시 공정율(청구인이 적용한 진행기준율과 같다) 적용오류로 토지신탁수수료를 과대계상하였다는 지적을 받은 바 있어 감사원도 청구인이 토지신탁수수료를 진행기준으로 수익인식하여 회계처리하는 것에 대해서는 그 적정성을 인정하고 있다.
③ 그리고 청구인의 감독기관인 ㅇㅇㅇㅇ위원회는 1998. 12. 28.자로 “신탁업 감독업무 시행세칙”을 개정하여 토지신탁수수료에 대한 수익인식을 진행기준에 의해 처리하도록 “부동산신탁회사 회계처리기준”을 제정 통보한 바 있다.
(2) 또 처분청은 청구인이 1996사업연도 현금주의로 수익을 인식하였다가 진행기준으로 변경한 것은 회계원칙의 변경으로 경정청구의 대상이 될 수 없다고 하나 처분청이 경정청구에 대한 경정결정을 함으로써 경정청구의 하자 유무에 불구하고 정당한 신고로 확정되었기 때문에 경정청구의 하자 유무에 대한 추가적인 검토는 필요가 없는 것이다.
(3) 청구인은 처분청에서 청구인의 1996사업연도 귀속 법인세 경정청구를 받아들이고 이에 따른 법인세를 환급하여 주었기에 처분청이 청구인의 진행기준 등에 의한 회계처리를 인정하는 것으로 판단하여 1997사업연도에도 진행기준으로 회계처리하여 법인세를 신고하였는데도 1997년 사업연도에 대한 법인세 신고납부가 종료된 시점에서 1996사업연도에 대한 경정청구에 의한 환급을 부인하여 환급세액에 가산세를 가산하여 법인세를 추가 결정하고 1997사업연도 법인세신고에 대하여도 신고내용을 부인하여 법인세 및 가산세를 부과하는 것은 국세기본법 제15조 규정의 신의성실의 원칙에도 위배되는 것이다.
(1) 부동산신탁전업회사의 수입수수료를 진행기준 등에 따라 귀속 사업연도를 인 식하여야 하는지 여부.
(2) 법인세 과세표준신고 때의 수익 인식기준을 변경하여 경정청구 할 수 있는지 여부
(3) 경정청구에 따라 경정결정하여 환급하였던 세액을 다시 부과하고 경정결정의 내용과 같은 기준대로 다음 사업연도의 법인세 과세표준을 신고한 것을 부인하여 이 사건 부과처분을 할 때 가산세를 부과한 것이 신의성실의 원칙에 위배되는 것인지 여부
(1) 청구인은 신탁업법 제3조 에 의하여 1991. 4. 13.자로 구 재무부장관(현 재정경제부장관)의 인가를 받아 설립되어 토지신탁, 부동산관리신탁, 부동산처분신탁과 부동산컨설팅업무 등을 주요 업무로 하는 부동산신탁전업회사로서 ○○은행의 자회사인 ○○공사가 99.9%이상 출자한 법인이다.
(2) 청구인이 구 재정경제원(현 재정경제부)의 부동산신탁업무운용요강에 따라 자체규정으로 정한 부동산신탁업무보수규정(1991. 6. 27.제정되어 1996. 12. 30.까지 5회에 걸쳐 개정되었으나 아래 규정은 1996년과 1997년도 적용 규정이다) 중 신탁보수에 관한 규정을 보면 (가) 제4조 및 별표 제1호에서 제3호까지 에서는
① 부동산관리신탁은 부동산갑종관리신탁과 부동산을종관리신탁으로 나누고 부동산갑종관리신탁의 보수는 위 신탁업무운용요강의 규정과 같이 3가지 방법 중 택일 하도록하고 연간 총수익에 따른 보수요율은 5,000,000원 이하의 10/100에서 100,000,000원 초과의 6/100까지 5단계로 나누며 수탁재산가격도 50,000,000원 이하의 연 10/1000에서 1,000,000,000원 초과의 연 6/1000까지 5단계로 나누어 적용하도록 하였고 부동산을종관리신탁의 보수는 수탁재산가격만으로 산출하되 그 가격에 따른 보수요율은 50,000,000원 이하의 연 30/10,000에서 1,000,000,000원 초과의 연 10/10,000까지 5단계로 나누어 적용하도록 하고 있다.
② 부동산처분신탁의 보수는 위 신탁운용요강의 규정에 의한 3가지 방법 중 처분가격을 기준으로 하는 경우만 적용하되 처분가격에 따른 보수요율은 100,000,000원 이하의 16/1,000에서 50,000,000,000원 초과의 4/1,000까지 7단계로 나누어 적용하도록 하고 있다.
③ 토지신탁의 보수는 개발업무와 분양 또는 임대업무의 경우로 나누고 개발업무의 보수는 건설비를 기준으로 보수요율 5/100를 적용하고 분양 또는 임대업무의 보수는 분양 또는 임대가액을 기준으로 보수요율 5/100를 적용하도록 하고 있다. (나) 제7조에서는 수탁재산가격을 기준으로 하여 보수액을 산정하는 경우에는 매 3차년도 계산기일 마다 수탁재산가격을 재산정하도록 하고 있다. (다) 제8조에서는 신탁보수는 매 계산기일 또는 신탁종료일에, 계산기일 이전에 위탁자와 수익자가 합의하여 가정산기를 둔 경우에는 가정산기일마다 신탁재산에서 공제ㆍ수취하고 신탁재산이 부족한 경우에는 납부기한을 정하여 사전에 수익자에게 청구하도록 하고 있다.
(3) 청구인이 토지신탁의 사무처리방법과 절차에 관한 사항을 정한 ‘토지신탁업무규정(1992. 5. 18. 제정되어 1998. 12. 31.까지 4회 개정되었으나 아래 규정은 1996년과 1997년도 적용 규정이다)’ 제70조의27 제1항은 신탁사업 소관부서는 다음 각호의 요건을 충족하는 경우 계약상대자가 선급금의 지급을 요청할 때에는 계약금액의 100분의 30을 초과하지 아니하는 범위 내에서 선급금을 지급할 수 있다고 규정하고 제1호에 계약금액이 10,000,000원 이상인 건설공사계약ㆍ설계용역계약ㆍ감리용역계약을, 제2호에 계약금액 5,000,000원 이상인 물품 제조계약 기타 신탁사업 수행에 부수되는 용역계약을, 제3호에 계약의 이행기간이 30일 이상인 계약을 규정하고 있고 제2항은 제1항의 규정에 불구하고 건설공사계약의 계약금액이 1,000,000,000원 이상인 경우는 계약금액의 10% 범위 내에서 지급할 수 있다고 규정하고 있다. 또 같은 규정 제70조의30은 선급금은 기성부분의 대가 지급시마다 다음 방식에 의하여 산출한 선급금 정산액 이상을 정산하여야 하고 그 방식을선급금정산액=선급금×기성부분의 대가상당액/계약금액으로 규정하고 있다.
(4) 청구인의 상품 종류별 신탁업무계약, 수수료 수입, 회계처리 및 법인세 신고실태를 사례를 들어보면 다음과 같다. (가) 청구인이 1996. 10. 25. 청구외 ○○건설(주)로부터 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 9필지 24,778.7㎡를 신탁받아 그 지상에 건물을 건설하고 위 토지와 건물을 신탁재산으로 하여 이를 분양하는 목적의 토지신탁계약을 체결하여 신탁업무를 수행하고 있는ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ빌딩신축사업의 경우를 보면 다음과 같다.
① 신탁보수에 대한 계약내용은 분양형 토지신탁계약서 제21조에 의하면 ㉮ 건물준공 등 개발 종료시까지의 공사기간 중의 개발업무보수는 총건설비(공사비, 설계감리비, 공사간접비)를 기준으로 100분의 3에 해당하는 금액으로 하며 건설비를 지급할 때마다 지급된 건설비를 기준으로 하여 신탁재산에서 수시 받는 것을 원칙으로 하되 신탁재산에서 받을 수 없는 경우에는 위탁자에게 청구하여 받는 것으로 되어 있다. ㉯ 분양(처분)기간 중의 분양업무보수는 분양(처분, 임대포함)가격의 100분의 1에 해당하는 금액으로 하며 월 단위로 분양대금 수납액을 기준으로 지급함을 원칙으로 하고 임대의 경우 잔금수납 후 지급받고 이 경우 청구인은 신탁보수를 신탁재산에서 받는 것으로 하고 신탁재산에서 받을 수 없는 경우에는 위탁자에게 청구하여 받는 것으로 되어 있다. ㉰ 미 분양물건은 임대할 때 임대보증금을 기준으로 위 ㉯항에 의한 요율로 잔금수납 후 지급받는 것으로 되어 있다. ㉱ 신탁기간 종료 후 신탁재산을 관리하는 경우에는 관리신탁보수를 별도로 산정하고 이 경우 보수의 청구는 위 ㉯항의 후단과 같다고 되어 있다. ㉲ 경제사정의 급격한 변동이 발생하거나 신탁사무처리에 현저한 노력이 필요한 경우 기타 상당한 사유가 발생한 경우에는 청구인과 위탁자가 협의하여 위 각항의 신탁보수를 변경하거나 별도로 받을 수 있도록 되어 있다.
② 건물신축공사는 1996. 10. 29. 위 ○○건설(주)와 공사도급계약(계약금액은 87,595,000,000원으로 계약하였다가 1997. 7. 24. 104,855,000,000원으로 증액하였다)을 체결하였는데 그 계약서에 따르면 청구인은 계약체결일로부터 10일 이내에 선금을 지급하고 매 3개월마다 기성고 검사완료 후 14일 이내에 기성 부분금을 지급하도록 되어 있다.
③ 회계처리 및 법인세 신고내용을 보면 ㉮ 1996사업연도에는 공사선급금 26,124,349,836원(1996. 10. 30.지급), 기성공사비 7,097,000,000원(1996. 12. 20.지급), 설계비 1,519,260,000원(1996. 10. 30.지급) 계 34,740,609,836원을 지급하고 그 지급일자에 개발업무보수로 1,046,842,800원(34,740,609,836원×보수율 3%=1,042,218,295원인데 4,624,505원을 더 받은 것으로 되어 있다)을 받아 당해 사업연도의 수익으로 회계처리 하여 법인세를 신고 하였다{그러나 진행기준에 의하여 수익을 인식하면 당해 사업연도의 개발업무보수는 419,417,466원[총공사비 107,542,940,000원(공사비 104,855,000,000원+설계비 1,677,940,000원+감리비 1,010,000,000원)×13%(진행율)×3%(보수율)=419,417,466원]이 되고 나머지 627,425,334원은 다음 사업연도 이후의 수익으로 선수수익이 된다하여 이 금액을 과세표준에서 차감하여 법인세 경정청구를 한 것이다}. ㉯ 1997사업연도에는 공사비 20,816,248,135원(1997. 8. 1.-같은 해 11. 11까지 3회 지급), 설계비 1,328,220,000원(1997. 1. 21.-같은 해 10. 20.까지 3회 지급)과 감리비 402,396,000원(1997. 1. 21.-같은 해 8. 27.까지 3회 지급) 계 22,546,864,135원을 지급하고 그 지급일자에 개발업무보수로 계 676,378,100원(22,546,864,135원×보수율 3%=676,405,924원인데 27,824원 적게 받은 것으로 되어 있다)을 받았고 전년도로부터 이월된 627,425,334원과 합하면 계 1,303,803,434원이 되나 진행기준에 의하여 수익을 인식하면 당해 사업연도의 개발업무보수는 1,374,194,184원[총공사비 105,865,000,000원(공사비 104,855,000,000원+감리비 1,010,000,000원)×53.5%(진행율)×3%(보수율)+설계비 3,499,200,000원×90%(진행율)×3%(보수율) =1,793,611,650원, 1,793,611,650원-419,417,466원=1,374,194,184원, 이건 설계비가 1997년도에 1,821,260,000원이 더 많은 이유는 1996년도 신탁보수계산 때 위탁자가 지급한 설계비를 누락한데 기인한 것이라고 한다]으로 산출 되어 청구인은 진행기준으로 산출한 이 금액을 당해 사업연도의 수익으로 회계처리하여 법인세를 신고하였다. ㉰ 분양업무보수(1997년도에 분양업무가 시작되었다)는 1997사업연도 분양수입금 2,441,202,096원(1997. 4. 17.자 1,207,500,000원+같은 해 7. 31.자 1,233,702,096원)에 보수율 (1%)를 곱한 24,412,010원(1997. 4. 18.자 12,075,000원+같은 해 8. 16.자 12,337,010원)을 수령하여 이 금액을 1997사업연도의 수익으로 회계처리하여 법인세를 신고하였다(토지신탁의 경우와 같은 방법으로 1996사업연도에는 위 사업 등 37개 사업에 대한 수입수수료를 현금주의로 수익을 인식하여 회계처리하였고 1997사업연도에는 위 사업 등 72개 사업에 대한 수입수수료를 진행기준을 적용하여 수익을 인식하여 회계처리한 것이다. 한편 청구인은 위 사업의 경우와 달리 공사진행율과 관계없이 계약체결 때, 분양수입금 입금 때나 공사준공 때를 기준으로 하여 신탁보수의 50%를 일시에 받거나 일정금액을 받는 것으로 계약을 체결한 경우가 1996년 말까지 23개 사업이고 그 중 19개 사업이 1996년에 계약체결된 것이다). (나) 청구인이 1996. 2. 13. 청구외 ㅇㅇ건설(주)로부터 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호 외 8채의 아파트와 상가 2채(재산가액 2,958,818,000원) 의 관리신탁을 받아 이를 관리ㆍ처분하는 신탁계약(신탁기간 1996. 2. 13.~2001. 2. 12.)을 체결하여 신탁업무를 수행하고 있는 경우를 보면 다음과 같다.
① 신탁보수에 대한 계약내용은 부동산 관리ㆍ처분신탁 계약서 제11조에 의하면 위탁자는 관리신탁보수 17,752,900원을 계약체결일에 청구인에게 지급하는 것으로 되어 있고 신탁부동산의 처분에 따른 신탁보수는 처분금액을 기준으로 별도로 산출하여 지급하는 것으로 되어 있다.
② 회계처리 및 법인세 신고내용을 보면 1996사업연도에는 1996. 2. 27. 관리신탁수수료 17,752,900원을 지급받아 이를 모두 당기 수익으로 회계처리하여 법인세를 신고하였고[관리기간을 기준으로 하면 당기 수익은 3,254,698원(17,752,900원×11/60=3,254,698원)이 되나 법인세 경정청구를 하면서 325,698원으로 오기하여 2,929,000원을 적게 인식하였다], 1997사업연도에는 관리기간을 기준으로 산출한 금액 3,550,580원(17,752,900원×12/60=3,550,580원)과 전년도 적게 인식한 금액 2,929,000원을 더한 계 6,479,580원을 당기 수익으로 회계처리하여 법인세를 신고하였다. (다) 청구인이 1996. 8. 9. 청구외 ㅇㅇㅇ으로부터 ○○시 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ동 ○○번지 대지 1,998.1㎡와 건물 2,937.79㎡(지하 1층, 지상 4층)를 위탁받아 이를 처분하는 신탁계약을 체결하여 신탁업무를 수행하고 있는 경우를 보면 다음과 같다.
① 신탁보수에 대한 계약내용은 부동산 처분신탁 계약서 제14조에 의하면 신탁보수는 재정경제부장관이 정하는 보수요율의 범위 내에서 청구인이 정하는 방법과 시기에 신탁재산으로 충당하거나 수익자에게 청구할 수 있도록 되어 있으나 구체적인 보수요율은 명시되어 있지 아니 하다.
② 회계처리 및 법인세 신고를 보면 1996사업연도에는 청구인이 1996. 8. 24. 처분신탁수수료 22,900,000원을 지급받아 이를 모두 당기의 수익으로 회계처리하여 법인세를 신고하였고(처분종료 시기를 기준으로 하면 당기의 수익이 산출되지 아니하여 위 처분신탁수수료를 모두 선수수익으로 하여 법인세 경정청구를 하였다), 1997사업연도에는 1997. 4. 30. 신탁부동산을 처분종료 하였으므로 이월된 위 처분신탁수수료를 당기의 수익으로 회계처리하여 법인세를 신고하였다. (라) 청구인이 1996. 8. 1. 청구외 학교법인 ㅇㅇ대학교로부터 ㅇㅇ대학교 ○○캠퍼스 남측토지 개발방안 수립을 위탁받아 이를 수행하는 부동산컨설팅계약을 체결(청구외 (주) ㅇㅇ컨설팅그룹과 공동으로 수탁계약한 것이다)하여 신탁업무를 수행하고 있는 경우를 보면 다음과 같다.
① 신탁보수에 대한 계약내용은 용역계약서 제3조에 의하면 보수는 200,000,000원으로 하고 위탁자는 계약체결일에 계약금 60,000,000원, 중간보고서 제출 후에 중도금 60,000,000원, 최종 보고서 인도 후에 잔금 80,000,000원을 현금으로 지급하도록 되어 있으나 공동 수탁에 관한 지분표시는 없다.
② 회계처리 및 법인세 신고를 보면 1996사업연도에는 청구인이 1996. 8. 12. 계약금 30,000,000원, 같은 해 12. 24. 중도금 30,000,000원 계 60,000,000원을 지급받아 이를 모두 당기의 수익으로 회계처리하여 법인세를 신고하였고(인도 시기를 기준으로 하면 당기의 수익이 산출되지 아니하여 위 수수료를 모두 선수수익으로 하여 법인세 경정청구를 하였다), 1997사업연도에는 1997. 2. 14. 보고서를 인도하고 같은 해6. 5. 잔금 40,000,000원을 지급받았으므로 이 금액과 이월된 위 부동산컨설팅수수료를 합한 계 100,000,000원을 당기의 수익으로 회계처리하여 법인세를 신고하였다.
(5) 청구인은 1996사업연도 법인세 과세표준신고 때에 현금주의에 의하여 토지신탁수수료 10,953,015,024원, 관리신탁수수료 421,131,964원, 처분신탁수수료 118,098,135원, 부동산컨설팅수수료 477,900,000원 계 11,970,145,123원을 수입수수료로 과세소득금액에 계상하여 신고하였다.
(6) 위 ㅇㅇ회계법인이 1997. 2. 24.자로 청구인에게 제출한 1996사업연도 감사보고서에 의하면 청구인은 토지신탁수수료 4,941,748,397원, 관리신탁수수료 292,447,462원과 사업기획수수료 81,000,000원을 과대계상하였고 당좌수표 1,390,511,640원을 미 계상함으로써 기업회계기준에 따라 회계처리하였을 경우보다 유동자산은 1,390,511,640원이 과소표시되었고 유동부채는 6,782,647,499원이 과소표시되어 당기순이익이 5,392,135,859원 과대표시된 것으로 되어 있다는 내용으로 되어 있다. 그런데 그 후 위 ㅇㅇ회계법인이 1997. 12. 9.자로 청구인에게 제출한 ‘97회계연도 중간감사 결과통보에 의하면 청구인의 1996회계연도 매출액은 일반적으로 인정된 기업회계기준에 따랐을 경우에 비하여 토지신탁수수료는 6,603,021,060원, 관리신탁수수료는 338,910,542원, 처분신탁수수료는 76,940,000원, 사업기획수수료는 81,000,000원 계 7,099,871,602원이 과대계상[위 감사보고서 내용보다 토지신탁수수료는 1,661,272,663원, 관리신탁수수료는 46,463,080원, 처분신탁수수료가 76,940,000원이 각각 더 과대계상되었다는 것인데 청구인은 그 이유를 위 ㅇㅇ회계법인이 1996사업연도를 처음으로 회계감사를 담당함에 따라 그 당시 진행율 등 계산을 정확히 하지 못한 것을 1997사업연도 회계감사시 진행율 등 계산을 정확히 한데 기인된 것이라 하고 있다]하였다고 되어 있다. 위 ㅇㅇ회계법인이 과대계상되었다는 수입수수료의 산정기준은 다음과 같다. (가) 토지신탁의 개발업무에 대한 진행율은 공정율(공정율=총투입비/총공사예정원가로 산출되는 것으로 기업회계기준상의 공사진행율과 법인세법상의 작업진행율과 같은 개념이다)을 적용하고 공정율은 시공업자가 감리용역업체의 확인을 받아 제시한 기성검사원을 청구인 소속 기술부가 기성검사를 실시하여 확정하고 매년말에는 위 기술부의 확인을 거친 감리용역업체의 감리보고서상의 공정율을 적용하였고 그 수수료는 개발보수 총예정금액에 매년말 기준의 공정율을 적용하여 계산한 금액에서 전기까지 수익인식한 보수 누계액을 차감하여 산정하고 당기에 수령한 보수 중에서 당기에 인식할 금액을 초과한 금액은 선수금으로 회계처리하였으며 또 분양(임대)업무에 대한 진행율은 분양대금 수납율을 적용하고 그 수납율은 총분양계약고에 대한 분양대금회수약정액의 비율로 산출하였고 그 수수료는 위 개발업무와 같은 방법으로 산출하였다. (나) 그 나머지 관리신탁수수료는 관리기간을 기준으로, 처분신탁수수료는 처분종료시기를 기준으로, 부동산컨설팅수수료는 보고서 인도시기를 기준으로 하여 해당 사업연도의 수익을 인식하였다.
(7) 청구인은 위 ㅇㅇ회계법인의 회계감사결과를 토대로 하여 토지신탁수수료 등의 수익인식시기를 진행기준 등을 적용하여 토지신탁수수료는 당초신고금액 10,953,015,024원 중 6,603,021,060원, 관리신탁수수료는 당초신고금액 421,131,964원 중 338,910,542원, 처분신탁수수료는 당초신고금액 118,098,135원 중 76,940,000원, 부동산컨설팅수수료는 당초신고금액 477,900,000원 중 81,000,000원 합계 7,099,871,602원이 과세소득에 과다 계상되어 이 금액에 상당하는 법인세를 많이 납부한 결과가 되었다는 이유로 1997. 12. 29.자로 법인세 1,645,486,700원을 환급해 달라는 내용의 법인세 경정청구를 하였고 처분청은 청구인의 경정청구를 그대로 인정하여 1998. 2. 20.자로 위 법인세액을 환급하였다.
(8) 청구인은 1997사업연도 회계처리는 진행기준 등을 적용하여 토지신탁수수료 14,200,038,547원(전기 이월액 6,603,021,060원+당기 수입액 7,597,017,487원)중 12,576,602,434원(나머지 1,623,436,113원은 선수수익으로 처리하였다), 관리신탁수수료 338,646,644원(전기 이월액 338,910,542원-차기 이월액 263,898원), 처분신탁수수료 317,613,420원(전기 이월액 76,940,000원+당기 수입액 240,673,420원), 부동산컨설팅수수료 175,000,000원(전기 이월액 81,000,000원+당기 수입액 94,000,000원), 기타수수료 503,523,350원 계 13,911,385,848원의 수입수수료를 당해 사업연도 수익으로 계상하여 법인세 과세표준을 신고하였다. 한편 위 ㅇㅇ회계법인은 청구인의 1997사업연도 재무제표가 기업회계기준에 따라 적정하게 표시되어 있다는 의견을 제시하였다.
(9) 처분청은 1999. 2. 3.부터 같은 해 2. 20까지 청구인에 대하여 1996년과 1997년 2개 사업연도의 법인제세 통합조사를 실시한 후 부동산신탁업무와 관련하여 법인세법상 진행기준을 적용하는 장기용역계약에 의한 용역제공은 위탁자와 건설회사간의 수익인식기준일 뿐 청구인이 수입하는 수수료의 수익인식에서 적용할 기준이 아니므로 청구인이 각 사업연도에 받은 수입수수료는 현금주의로 수익을 인식하여야 하는데도 진행기준으로 잘못 적용하였고 또 1996사업연도분에 대한 경정청구는 세법에 의하여 신고하여야할 과세표준과 세액을 초과하는 때 청구할 수 있도록 되어 있는데도 청구인은 1996사업연도에 받은 수입수수료를 법인세법에서 인정하고 있는 현금주의에 따라 정당하게 신고하고도 위 수입수수료를 진행기준으로 다시 산출하여 그 중 선수수수료분에 대한 법인세를 경정청구한 것은 잘못된 것이라는 이유로 위 2개 사업연도에 대한 법인세 과세표준을 계 8,722,309,000원 증액하여 이에 대한 납부할 세액이 계 3,121,718,000원이라는 법인세 결정전 조사결과 통지서를 1999. 5. 4.자로 통보하였다.
(10) 그러자 청구인은 1999. 5. 25.자로 처분청에 과세적부심사청구를 하면서 앞에 설시된 청구이유의 내용을 주장하고 1996과 1997사업연도 위 ㅇㅇ회계법인의 감사보고서 등을 그 증거로 제시(그 내용은 이 건 심사청구 때 더 보완하여 제시되어 다음 항에서 일괄하여 본다)하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 부동산신탁업무는 법인세법상 진행기준을 적용하는 장기용역계약에 의한 용역제공이라고 주장하나 이 기준은 위탁자와 건설회사간의 수익인식기준일 뿐 청구인이 당해 규정에 따라 수익을 인식하는 것이 아니고 설사 부동산신탁업무를 장기용역제공으로 본다 하더라도 용역의 범위가 추상적이고 용역의 제공과 관련한 원가 또는 진행율을 합리적으로 추정할 수 없고 또 청구인은 금융기관에 해당되므로 현금주의를 적용하는 것이 법인세법에서 정한 올바른 수익인식방법이고 이에 따라 1996사업연도 법인세를 신고 하는 등 그 동안 계속 적용해 오던 현금주의를 합리적인 이유없이 진행기준 등으로 변경하여 손익의 귀속 시기를 변경한 것은 경정청구를 할 수 없는 사유인데도 경정청구하여 세액을 환급 받았고 1997사업연도에도 토지신탁수수료의 수익인식은 현금주의를 적용하는 것이 정당한데도 진행기준을 적용하여 당기수익을 적게 산출하였다는 이유로 청구주장을 받아들일 수 없는 것으로 결정하여 1999. 6. 29.자로 통보하였다.
(11) 그리고 처분청은 위 결정전 조사결과 통지서의 내용을 수정하여 1996사업연도분에 대하여는 위 1996년 선수수수료 7,099,871,602원을 익금산입하고 미수 수수료 신고누락금액 등 계 17,095,000원을 익금산입한 5,936,332,366원을 과세표준으로 하여 납부할 세액을 2,341,595,570원(과소신고가산세 165,017,306원, 미납부가산세526,405,206원 계 691,422,512원 포함)으로, 1997사업연도분에 대하여는 위 1997년 선수수수료 1,623,436,113원과 복리후생비 과다계상금액 등 계 834,500원을 익금산입하고 많이 신고한 접대비 3,363,371원을 손금산입하여 7,042,048,623원을 과세표준으로 하여 납부할 세액을 998,337,710원(과소신고가산세 77,522,628원, 미납부가산세 141,783,710원 계 219,306,338원 포함, 산출세액은 998,337,720원이나 10원 적게 고지되었다)으로 하여 1999. 6. 29.자로 이 사건 부과처분을 하는 한편 1998사업연도분에 대하여는 수입수수료 과대계상액 5,342,205,250원(수수료를 산출받지 아니 하였으나 진행기준에 의하여 수익을 인식한 금액으로 보인다)을 손금으로 가산하여 과세표준을 △2,400,936,915원(당초신고 과세표준은 2,621,698,320원이다)으로 산출, 기납부 법인세액 794,059,673원을 환급결정하였다.
(12) 한편 청구인은 1996사업연도의 선수수수료(7,099,871,602원)가 1997사업연도의 선수수수료 (1,623,436,113원)보다 5,476,435,489원이나 더 많이 계상된 사유를 제시하였는데 그 내용에 따르면 청구인은 1995사업연도까지 영업부진으로 자본잠식상태(1995년 이익잉여금 처분결과 이월결손금 2,088,000,073원이 발생하였다)에 이르러 유동성자금이 부족하였기 때문에 이를 해소하기 위하여 1996사업연도부터는 위 토지신탁업무규정을 위배하여 토지신탁사업 등에 대한 신탁보수를 신탁계약체결 후 바로 총예정신탁보수의 50%까지 지급받는 것으로 계약을 체결한 경우가 많았고 또 공사진척도가 낮아 선수수수료가 많이 발생한 것이나 1997사업연도부터는 위 토지신탁업무규정을 준수하여 공사선급금(공사도급금액의 30%이내)과 공사비 등을 지급할 때 신탁보수를 지급받음에 따라 위와 같이 연도별로 심한 차이가 발생한 것으로 되어 있다.
(13) 또한 감사원이 ‘공기업 경영구조 실태’ 감사결과로 ○○위원회 위원장에게 1998. 6. 22.자로 통보한 권고내용에 의하면 청구인은 1997사업연도 결산을 하면서 공사가 진행중인 상태에서 토지신탁계약을 체결하여 승계한 11개 공사의 토지신탁수수료를 산정할 때 승계 후 공정율을 적용하여야 하는데도 공사승계 당시의 기성부분을 포함한 전체 공정율을 기준함으로써 공정율을 최저 1.95% 내지 최고 48.26% 과다산정하여 토지신탁수수료 572,260,000원을 과다계상하고 전기에 과다계상한 토지신탁수수료 704,070,000원을 전기오류손실로 처리하지 아니하여 계 1,276,330,000원의 당기순이익을 과대표시한 것으로 되어 있다.
(1) 첫째 다툼에 관하여 살펴본다. (가) 관계법령 등의 규정
① 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있고 제3항은 내국법인이 익금과 손금의 귀속 사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정되기 전에는내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속 사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다라고 규정되어 있었다). 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며 제4항은 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속 사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산ㆍ부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.
② 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제36조 제1항은 법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다고 규정하고 제8호는 제1호 내지 제7호 외의 경우에 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 재정경제부령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있다. 또 제19조 제3항 제10호의 규정에 따르면 신탁업법에 의한 인가를 받아 신탁업을 영위하는 법인을 ‘금융기관 등’의 범위에 포함시키고 있다.
③ 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제41호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조의4 제1항에 따르면 영 제36조 제1항 제8호의 규정을 적용함에 있어서 영 제19조 제3항 각호의 ‘금융기관 등’이 수입하는 이자ㆍ보험료ㆍ부금ㆍ보증료 또는 수수료(이하 이 항에서 “이자 등”이라 한다)의 귀속 사업연도는 이자 등이 실제로 수입된 사업연도로 하되 선수입이자 등은 제외한다고 규정되어 있다. 또 제15조의3은 영 제37조의2 제2항의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행은 다음 각호의 1에 해당하는 회계처리기준으로 한다고 하면서 제1호에 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조의 규정에 의한 기업회계기준, 제2호에 ○○위원회가 재정경제부장관의 승인을 얻어 정한 업종별 회계처리기준, 제3호에 정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관 회계규정, 제4호에 은행법 또는 한국은행법의 규정에 의하여 제정된 금융기관에 대한 회계처리기준, 제5호에 기타 법령의 규정에 의하여 제정된 회계처리기준으로서 재정경제부장관의 승인을 얻은 것으로 규정하고 있다.
④ 구 기업회계기준(1998. 12. 11.개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항에 따르면 손익계산서는 기업의 경영성과를 명확히 보고하기 위하여 그 회계기간에 속하는 모든 수익과 이에 대응하는 모든 비용을 적정하게 표시하여야 한다고 되어 있고 제40조 제1호에 따르면 모든 수익과 비용은 그것이 발생한 기간에 정당하게 배분되도록 처리하여야 한다. 다만, 수익은 실현시기를 기준으로 계상하고 미실현수익은 당기의 손익계산서에 산입하지 아니함을 원칙으로 한다고 되어 있으며(1997. 12. 24. 개정되기 전에는 위 제39조는 제64조로 되어 있었고 위 제40조는 제65조로 되어 있었으나 내용은 동일하다) 제42조 제1항에 따르면 매출액은 상품 등의 판매 또는 용역의 제공에 의하여 실현되는 것으로 하고 장기간이 소요되는 용역의 매출액 및 공사기간 또는 제조기간이 장기인 예약매출액은 진행기준(기업회계기준에는 진행기준에 관한 정의가 되어 있지 아니하나 기업회계기준에서 위임하여 ○○위원회가 제정한 업종별 회계처리기준인 건설업회계처리기준을 보면 그 산식은공사수익=도급금액×공사진행율,공사진행율=실제공사비발생액/공사 총예정원가로 되어 있어 위 법인세법의 규정과 같다)에 따라 실현되는 것으로 한다고 되어 있다(1997. 12. 24. 개정되기 전에는 위 제42조가 제67조로 되어 있어 1996사업연도에 적용되었는데 그 내용은 제1항에 따르면 매출액은 상품 등의 판매 또는 용역의 제공에 의하여 실현되는 것으로 하고 위탁ㆍ할부ㆍ시용ㆍ예약판매 및 도급공사의 경우에는 다음 각호에 의한다고 하면서 제4호에는 예약매출액은 상품 등을 인도한 날 또는 용역을 제공한 날에 실현되는 것으로 한다. 다만, 제조기간 또는 공사기간이 장기인 예약매출의 경우에는 공사진행기준에 따라 수익이 실현되는 것으로 할 수 있다고 되어 있고, 제5호에는 도급공사의 수익은 공사진행기준 또는 공사완성기준에 따라 실현되는 것으로 한다고 되어 있었다).
⑤ 부동산신탁업무 운용요강(1991. 5. 10. 재무부 은행 22220-415로 제정되어 1997. 1. 14. 재경원 금융45231-12로 3회 개정되었으나 아래 규정은 1996년과 1997년도 적용 규정이다)에 따르면 부동산신탁의 종류는 부동산관리신탁, 부동산처분신탁, 토지신탁으로 나누고 토지신탁은 임대형 토지신탁과 분양형 토지신탁으로 구분하고 있다. ㉮ 부동산관리신탁은 신탁재산으로 인수한 부동산을 보존 또는 개량하고 임대 등의 부동산사업을 시행하여 그 수익을 수익자에게 교부하여 주거나 수탁재산의 소유권을 관리하여 주는 것으로서 그 기간은 1년 이상 30년 이내로 하고 그 신탁보수는 총수익을 기준으로 하는 경우(연간 총수익×15/100 이내…㉠), 수탁재산을 기준으로 하는 경우(수탁재산가격×연 15/1,000 이내…㉡)와 총수익 및 수탁재산을 기준으로 하는 경우[(㉠+㉡)×1/2 이내] 중 택일하여 적용하도록 하고 있다. ㉯ 부동산처분신탁은 신탁재산으로 인수한 부동산을 처분하고 그 처분대금을 수익자에게 교부하는 것으로서 그 기간은 처분시까지로 하되 5년을 초과할 수 없고 그 신탁보수는 처분가격을 기준으로 하는 경우(처분가격×5/100 이내…㉢), 처분이익을 기준으로 하는 경우(처분이익×20/100 이내…㉣)및 처분가격과 처분이익을 기준으로 하는 경우[(㉢+㉣)×1/2 이내] 중 택일하여 적용하도록 하고 있다. ㉰ 임대형 토지신탁은 신탁한 토지 등 위에 건축물을 건설하거나 택지조성 등의 사업을 시행한 후 일정기간 임대하여 발생한 수익을 수익자에게 교부하고 신탁기간 종료시에는 처분하여 현금으로 교부하거나 운용현상 그대로 교부하는 것으로서 그 기간은 5년 이상 30년 이내로 하고 그 신탁보수는 공사기간 중[(수탁재산가격+건설비)×5/100 이내]과 임대관리운용기간 중(연간 임대료수입×10/100 이내)으로 나누어 적용하도록 하고 있다. ㉱ 분양형 토지신탁은 신탁한 토지 등 위에 건축물을 건설하거나 택지조성 등의 사업을 시행한 후 이를 분양하여 발생한 수익을 수익자에게 교부하는 것으로서 그 기간은 분양 종료시까지 하되 5년을 초과할 수 없고 그 신탁보수는 공사기간 중[(수탁재산가격+건설비)×5/100 이내]과 분양기간 중(처분가격×5/100 이내)으로 나누어 적용하도록 하고 있다.
⑥ 1998. 12. 28.자로 개정 통보된 신탁업감독업무시행세칙(1998. 4. 1. 금융감독원 감기9011-341로 제정되어 1999. 3. 16.까지 2회 개정되었다) 제9조 제1항의 <별표1> 부동산신탁회사 회계처리기준 제9조에 의하면 토지신탁의 공사기간 중 기본보수 및 분양기간 중 보수는 진행기준에 따라 공사진행율 및 분양율을 각각 적용하여 인식하되 공사진행율은 공사예정원가에 대한 실제공사비 발생액의 비율로 하며 분양율은 분양계약고에 대한 분양대금 회수약정액(회수액이 약정액을 초과할 경우에는 회수액)의 비율로 하도록 되어 있으며 관리신탁의 보수는 관리기간의 경과에 따라, 처분신탁의 보수는 처분한 날에 각각 인식하도록 되어 있다(개정되기 전에는 같은 세칙 제16조에서 부동산신탁회사의 회계처리기준은 별도 제정시까지 ○○위원회가 정한 기업회계기준 등을 준용한다고 되어 있었다). (나) 판단 살피건대, 위 인정사실에 의하면 청구인은 토지신탁, 부동산관리신탁, 부동산처분신탁 및 부동산컨설팅업무를 주업으로 하는 부동산신탁전업회사로서, 그 중 위탁자로부터 위탁받은 토지에 청구인이 유휴시설을 조성한 다음 토지와 건물을 신탁재산으로 하여 처분, 임대 등 부동산사업을 시행하고 그 성과를 위탁자에게 교부하는 토지신탁에 대하여는 사업별 신탁계약의 특약에 따라 공사선급금 및 공사비를 지급할 때 그 수수료로 지급받은 후 공사기성률에 따라 정산하여 받는 개발업무보수와 분양(임대)수입금의 일부를 그 수입금 입금 후 익월 10일 이내에 또는 분양 때 총보수의 50%로 받는 분양업무보수를 지급받고 있고, 위탁자가 특정부동산의 소유권을 청구인에게 이전하고 신탁등기를 한 후 청구인이 관리행위의 일체를 수행하는 부동산관리신탁에 대하여는 신탁계약에서 정하는 바에 따라 매월, 매분기 또는 1년납이나 5년 일시납으로 관리신탁보수를 받고 있으며, 위탁자가 특정 부동산의 소유권을 청구인에게 이전하고 신탁등기를 한 후 청구인이 처분행위를 하는 부동산처분신탁에 대하여는 각 신탁부동산별 신탁계약서의 특약에 따라 신탁계약체결 때 또는 신탁부동산 처분 후 처분신탁보수를 받고 있고, 의뢰인에게 부동산에 관한 개발계획, 매매, 임대차, 관리, 금융 등 영역에 대하여 적절한 조언, 전문적인 지도, 판단자료의 제공을 통하여 의뢰인이 최선의 의사결정을 할 수 있도록 권고안을 제공하는 전문적 용역업무인 부동산컨설팅에 대하여는 부동산컨설팅보고서를 인도하는 시점에서 수수료를 받고 있음을 알 수 있다. 그리고 이러한 청구인의 수수료 수익은 다른 특별한 규정이 없는 한 구 법인세법 제17조 제1항 의 규정에 따라 그 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도 또는 구 법인세법 제17조 제3항, 구 기업회계기준 제40조 제1호의 규정에 따라 그 수익의 실현시기를 기준으로 하여 이를 익금에 산입하여야 할 것인데, 위에서 구 법인세법 제17조 제1항 의 규정취지는 과세소득이 귀속되는 사업연도를 그 소득을 수입할 금액 및 권리가 확정된 때 즉 법률상 그 권리를 행사할 수 있게 된 연도로 하는 데 있다고 할 것이고 구체적인 사안에 있어서 익금의 귀속시기는 그 소득에 대한 관리ㆍ지배와 발생 소득의 객관화 정도, 납세자금의 확보시기 등까지도 함께 고려하여 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙ㆍ확정되었는지 여부를 기준으로 판단하여야 할 것이며, 위 구 기업회계기준 제40조 제1호의 규정은 수익창출활동이 완료되거나 실질적으로 거의 완료되고 수익획득과정으로 인한 현금수입을 큰 오차없이 합리적으로 측정할 수 있을 때 수익을 인식한다는 의미로서 이러한 실현주의에 따르는 경우 수익을 받을 권리의 실현이 가능하게 된 때에 수익을 인식하는 것이므로 위 구 법인세법 제17조 제1항 에 규정된 권리의무확정주의에 의하여 익금의 귀속시기를 정하는 것과 다르지 않다 할 것이어서, 결국 위 구 법인세법과 구 기업회계기준의 규정에 따르면 청구인이 받은 수수료 수익은 구체적인 계약내용에 따라 그 수수료를 받을 권리가 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것이 정당하다 할 것이고, 나아가 청구인은 구체적인 계약에 따라 그 수수료를 진행기준 등에 따라 받고 있으니 그 수수료 수익도 진행기준 등에 따라 익금으로 계상하는 것이 정당하다 할 것이고, 이러한 점은 1996년도와 1997년도에 청구인에 대한 외부회계감사를 담당하여 ㅇㅇ회계법인이 수수료 수익을 진행기준으로 인식한 경우에만 적정의견을 주었던 점과 토지신탁수수료는 공정률을 기준으로 수익 인식함을 전제로 하여 공정률 적용오류로 과대계상된 수익을 시정하도록 조치한 당원 감사 지적사항 및 토지신탁과 관리신탁의 보수를 진행기준 등으로 수익인식하도록 규정한 신탁업감독업무시행세칙 제9조 제1항 <별표1> 부동산신탁회사 회계처리기준 제9조의 규정을 보더라도 명백한 것인데도 처분청에서 신탁수수료를 현금주의 기준으로 익금에 계상하여야 함을 전제로 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이다. 한편, 처분청은 청구인이 구 법인세법시행령 제19조 제3항 제10호 의 규정에 정한 금융기관 등에 해당하므로 구 법인세법시행규칙 제14조의4 제1항 의 규정에 따라 청구인이 받은 신탁수수료의 귀속 사업연도는 실제로 수입된 사업연도라고 보는 것이 정당하다고 하나, 구 법인세법령의 각 규정에서 금융기관 등이 수입하는 수수료 등을 실제로 수입된 사업연도의 익금에 산입하도록 한 것은 권리확정주의나 실현주의의 예외로서 금융기관의 회계처리의 건전성을 도모하기 위하여 미수수익을 당기의 수익으로 계상하지 않도록 한 취지로서 위 규정에서 보더라도 선수입이자 등은 다시 현금주의의 예외로 규정하고 있으므로 청구인이 실제로 받은 수입수수료 중 선수수익에 해당하는 수수료 상당액을 익금에서 제외한 것은 정당한 것이라 하겠다.
(2) 둘째 다툼에 관하여 살펴본다. (가) 관계법령의 규정 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 의 규정에 따르면 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 신고한 과세표준과 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있도록 되어 있고 제3항은 위 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날로부터 2월 이내에 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 판단 살피건대, 위 인정사실에 의하면 청구인은 1996사업연도분 법인세 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자로서 신고한 과세표준과 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과하였음을 이유로 법정신고기한으로부터 1년 이내인 1997. 12. 29. 처분청에 법인세 경정청구를 하고 1998. 2. 20. 법인세 1,645,486,700원을 환급받았음을 알 수 있는바, 이러한 청구인의 경정청구를 받아들여 환급까지 하고서도 처분청에서 수익인식기준의 변경은 경정청구의 대상이 될 수 없다고 주장하는 것은 아무런 근거가 없는 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 수용한 것이 잘못되었다 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 이러한 점에서도 잘못된 것이라 할 것이다. 그리고 앞에서 본 바와 같이 처분청에서 청구인이 받은 선수수수료를 당해 연도 익금에 산입하여 이 사건 부과처분을 한 것은 위법한 것이고 같은 이유로 이 사건 부과처분에 가산하여 부과된 가산세 부분도 위법한 것임이 명백하므로 셋째 다툼에 대하여는 따로 더 나아가 살필 필요도 없이 청구인의 주장은 이유 있는 것으로 돌아간다 할 것이다.
그렇다면 처분청에서 부동산신탁업무관련 선수수수료를 현금주의로 수익인식하여 1996사업연도와 1997사업연도의 소득금액 계산상 익금에 귀속되는 것이라고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라 하겠고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.