신고기한 내에 신청서를 제출하는 경우에만 결손금 소급공제에 의한 환급이 가능한지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구외 ㅇㅇㅇㅇㅇ(주)(대표이사 김ㅇㅇ, 이하위 ㅇㅇㅇㅇㅇ이라 한다)는 1997. 3. 31.자로 1996. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 사업연도(이하1996 사업연도라 한다) 법인세과세표준 및 세액을 신고하면서 관계회사인 청구외 (주) ㅇㅇ개발(이하위 ㅇㅇ개발이라 한다)에 대한 대여금․미수이자․보증채무대위변제액 등 계 1,829,429,804원(이하이 사건 대손금액이라 한다)을 대손금으로 손금계상하였으나, 처분청이 1997. 9. 16.자로 위 ㅇㅇ케미칼의 1996 사업연도 법인세과세표준 및 세액을 경정결정하면서 이 사건 대손금액은 민법상 소멸시효가 도래되지 않았다는 사유로 손금불산입하는 등으로 법인세 640,021,050원을 부과, 고지하였다.
• 나. 그 후 1998. 2. 13.자로 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ에 대하여 ㅇㅇ지방법원의 정리절차 개시결정이 있어 같은 달 26.자로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호에 사는 권ㅇㅇ이 관리인으로 등기되었고, 청구인은 위 처분청의 처분에 불복하여 국세심판을 청구한 결과 이 사건 대손금액을 회수할 수 없는 채권으로 확정할 수 있는 시기는 최소한 1997. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 사업연도(이하1997 사업연도라 한다) 이후라고 할 수 있으며 1996 사업연도 귀속 대손금액으로는 볼 수 없다는 1999. 2. 23.자 결정을 1999. 2. 27.자로 통보받았다.
• 다. 그러자 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ은 위 국세심판 결정을 근거로 1999. 3. 29.자로 1997 사업연도 법인세 과세표준을 당초 결손금 587,748,777원에 이 사건 대손금액을 보태어 결손금 2,417,178,581원으로 수정신고하고 이 결손금 중 2,348,244,926원에 대하여 1996 사업연도의 소득에 부과된 법인세액 645,508,578원을 환급하여 달라는 소급공제법인세액환급신청서(이하이 사건 환급신청이라 한다)를 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 구 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 내에 이 사건 환급신청을 하지 아니하였다는 사유로 1999. 4. 20.자로 이 사건 환급신청에 대한 환급을 거부하는 처분(이하이 사건 환급거부처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 환급거부처분을 취소하고 이 사건 환급신청에 의하여 1996 사업연도 법인세 645,508,578원을 환급하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 청구인은 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 결손금이 발생한 1997 사업연도와 그 직전인 1996 사업연도의 소득에 대한 법인세과세표준 및 세액을 구 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 내에 신고하였으므로 구 같은 법 제38조의2 제4항 소정의 법인세 환급 대상 요건을 충족하였고, 구 같은 법 제26조의 규정에 의한 신고기한 내에 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에 결손금 소급공제를 인정하도록 한 구 같은 법 제38조의2 제2항 및 구 같은 법 시행령 제100조의2 제3항의 규정은 훈시적 규정임에도 처분청이 이를 오해하고 확대해석하여 단지 환급신청서를 제출하지 않았다는 이유만으로 결손금 소급공제를 배제하려는 것은 부당하다.

(2) 설사 구 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 내에 소급공제법인세액환급신청서를 제출하여야 결손금 소급공제에 의한 환급이 가능하다는 처분청의 주장이 타당하다 하더라도, 1999. 2. 23.자 국세심판결정에 따라 이 사건 대손금액의 손금 귀속연도가 1997 사업연도로 확정되었으므로 1997 사업연도 법인세 과세표준 신고시에는 소급공제법인세액환급신청서를 제출할 수 없었고, 따라서 1999. 2. 23.자 국세심판 결정을 근거로 1997 사업연도의 결손금액을 확정하고 이에 따라 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 및 제4호의 규정에 의하여 1999. 3. 29.자로 경정청구를 신청하였으므로 이러한 경우까지도 구 법인세법 제38조의2 제2항 및 구 같은 법 시행령 제100조의2 제3항의 규정을 이유로 결손금 소급공제에 의한 환급을 거부하는 것은 부당하다.

• 가. 다툼 소급공제법인세액환급신청서를 구 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 내에 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 결손금 소급공제에 의한 환급을 할 수 있는 지 여부
• 나. 관계 법령의 규정

(1) 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항은 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법 제38조의2 제1항 의 규정에 따르면 대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있도록 되어 있고, 제2항은 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 법인은 제26조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다고 규정하고 있으며, 제3항은 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 하도록 규정하고 있고, 제4항은 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 법인이 제26조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있으며, 제5항은 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조의2 제3항은 법 제38조의2 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 재정경제부령이 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있고, 제6항의 규정에 따르면 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 하도록 되어 있다.

(3) 구 법인세법 제8조 제1항 제1호 의 규정에 따르면 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 결정할 때 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 각 사업연도 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 소득금액 또는 과세표준계산상 공제되지 아니한 금액을 공제하도록 되어 있다. (4) 국세기본법 제45조의2 제2항 본문은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고, 그 제1호는 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때라고 규정하고, 그 제4호는 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때라고 규정하고 있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ은 관계회사인 위 ㅇㅇ개발이 1996. 12. 28.자로 부도처리되자 위 ㅇㅇ개발에 대여한 416,682,096원과 그에 대한 미수이자 143,945,708원 및 보증채무 대위변제액 1,268,802,000원 등 계 1,829,429,804원의 이 사건 대손금액을 1996 사업연도 대손금으로 계상하여 1997. 3. 31.자로 1996 사업연도 법인세과세표준 및 세액을 서면으로 신고하였다.

(2) 처분청에서는 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ의 1996 사업연도 법인세를 조사하면서 이 사건 대손금액 1,829,429,804원은 손금확정시기가 도래하지 않았다는 이유로 손금불산입하는 등으로 법인세 640,021,050원을 1997. 9. 16.자로 추가로 부과, 고지 하였다.

(3) 그 후 1998. 2. 13.자로 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ에 대하여 ㅇㅇ지방법원의 정리절차 개시결정이 있어 같은 달 26.자로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호에 사는 권ㅇㅇ이 관리인으로 등기되었으며, 청구인은 처분청이 이 사건 대손금액을 손금불산입한 데 불복하여 1998. 5. 14.자로 국세심판을 청구하였고, 그 결과 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 이 사건 대손금액을 회수할 수 없는 채권으로 확정할 수 있는 시기는 최소한 1997년 이후라고 할 수 있으며 따라서 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 이 사건 대손금액을 1996 사업연도에 대손금으로 계상하여 법인세를 신고한 것은 잘못이라는 1999. 2. 23.자 심판결정을 같은 달 27.자로 통보받았다.

(4) 그리고 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ은 위 국세심판청구를 하기 전인 1998. 3. 31.자로 1997 사업연도 법인세과세표준을 신고하면서 결손금 587,748,777원을 신고하였고 그 후 위 심판결정에 따라 이 사건 대손금액을 1997 사업연도 손금에 산입하여 1997 사업연도 법인세과세표준을 결손금 2,417,178,581원으로 하여 1999. 3. 29.자로 1997 사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구를 하면서 이 결손금 중 2,348,244,926원에 대하여 1996 사업연도의 소득에 부과된 법인세액 645,508,578원을 환급하여 달라는 이 사건 환급신청을 하였다.

(5) 이 사건 환급신청을 받은 처분청은 위 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 구 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 내에 이 사건 환급신청을 하지 아니하였다는 이유로 환급을 거부하는 이 사건 환급거부처분을 하였다

• 라. 판단 위 관계법령의 규정에 의하면 법인세법상 결손금의 공제방법에는 이월공제방법과 소급공제방법이 있는데, 이월공제방법은 내국법인의 각 사업연도의 법인세 과세표준을 계산할 때에 각 사업연도의 소득에서 각 사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 별도의 신청이 없어도 당연히 공제해 주는 것이고, 소급공제방법은 중소기업이 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액을 한도로 법인세액을 환급해 주는 것이다. 따라서 일반적으로 이월공제방법이 적용되고 소급공제방법은 특례로서 결손이 발생한 중소기업의 긴급한 자금난을 세제면에서 지원하기 위하여 직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액을 한도로 하여 신청에 의하여 환급받을 수 있도록 한 제도이므로 법인세법에서 규정하고 있는 신청이 없는 경우에는 자동적으로 이월결손금 공제를 받게 되는 것이며 신청시한이 지난 후에 소급공제신청을 한 경우까지 소급공제를 받을 수 있다고 할 수 없다 할 것이다. 그런데도 청구인은 1997 사업연도에 발생한 결손금에 대하여 1996 사업연도의 소득에 부과된 법인세액을 환급해 달라는 소급공제법인세액환급신청서를 1997 사업연도 법인세과세표준 신고기한인 1998. 3. 31.을 지난 1999. 3. 29.에 제출하였으므로 청구인이 요구하는 환급을 할 수 없다 할 것이고 구 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 내에 소급공제법인세액환급신청서를 제출하도록 한 규정은 훈시적 규정이라는 청구인의 주장은 이유 없다 하겠다. 그리고 청구인은 설사 구 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 내에 소급공제법인세액환급신청서를 제출하여야 결손금 소급공제에 의한 환급이 가능하다는 처분청의 주장이 타당하다 하더라도, 1997 사업연도 법인세 과세표준 신고 기한이 지나서 이 사건 대손금액의 손금 귀속연도가 1997 사업연도로 확정되었으므로 1997사업연도 법인세 신고 때에는 소급공제법인세액환급신청서를 제출할 수 없었고, 따라서 1999. 2. 23.자 국세심판 결정을 근거로 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 및 제4호의 규정에 의하여 1999. 3. 29.자로 경정청구를 신청하였으므로 이러한 경우까지도 구 법인세법 제38조의2 제2항 및 구 같은 법 시행령 제100조의2 제3항의 규정을 이유로 결손금 소급공제에 의한 환급을 거부하는 것은 부당하다고 주장하나, 국세기본법 제45조의2 제2항 의 규정에 의한 경정청구에 의하여 결손금을 증액신고하였다 하더라도 소급공제의 요건인 소급공제법인세액환급신청을 법인세과세표준 신고기한 내에 하지 아니하였고, 더욱이 청구인이 1998. 3. 31.자로 1997 사업연도 법인세 과세표준으로 결손금 587,748,777원을 신고하면서 이 결손금에 대하여 소급공제법인세액환급신청을 할 수 있었는데도 그 신청을 하지 아니하였으므로 청구인의 주장은 이유 없다 하겠다.

그렇다면 처분청이 이 사건 환급신청이 구 법인세법 제26조 의 규정에 의한 신고기한 내에 제출되지 않았다는 이유로 한 이 사건 환급거부처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.