청구인은 매입세금계산서상의 거래가 정당하다고 주장하였으나 그 거래를 입증할 만한 증거를 제시하지 못할 뿐만 아니라 청구인의 주장이 일관성이 없어 신뢰하기 어려우므로, 그 주장을 그대로 받아들이기는 어렵다 할 것임.
청구인은 매입세금계산서상의 거래가 정당하다고 주장하였으나 그 거래를 입증할 만한 증거를 제시하지 못할 뿐만 아니라 청구인의 주장이 일관성이 없어 신뢰하기 어려우므로, 그 주장을 그대로 받아들이기는 어렵다 할 것임.
심사청구를 기각한다
(1) 청구인은 도로화물운송업을 영위하는 영세기업으로서 영업형태는 다음과 같다. (가) 청구인은 주 거래처인 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(주)(이하위 ㅇㅇㅇㅇ라 한다) 와 장기 운송계약을 체결하고 위 ㅇㅇㅇㅇ ㅇㅇ공장의 제품(자동차부품, 자동차용 에어컨과 냉장고 등)을 전국 각 대리점 등에 운송하는데 일정한 물량을 계획적 연속적으로 운송하는 것이 아니라 통상 1일전 위 ㅇㅇㅇㅇ로부터 운송의뢰가 오면 즉시 각지에 산재해 있거나 현지 대기 중인 청구인과 운송계약을 체결한 차주들에게 연락하여 운송하게 하고 있으며 긴급하거나 물량이 과다한 경우에는 운송계약된 차주 외에 임시로 불특정차량의 차주로 하여금 운송하게 하고 있다. (나) 운송을 완료한 차주들이 화물수령증을 청구인에게 제출하고 청구인은 이를 근거로 월 2회 거래명세표 및 세금계산서를 작성하여 위 ㅇㅇㅇㅇ에 운반비를 청구하면 위 ㅇㅇㅇㅇ는 통상 1개월 뒤에 2~3개월 후의 지급어음을 발행하는데 청구인은 어음지급일에 어음결제를 받아 일정한 수수료(약 10~15%)를 공제하고 그 나머지를 각 차주들에게 금융기관의 온라인으로 송금하고 있다. (다) 그런데 각 차주들은 전국에 산재해 있는 영세사업자로 사업자등록이 없거나 과세특례자 또는 간이과세자들이 대부분이고 계약된 차주가 아닌 경우 그 차주의 인적사항을 면밀히 파악할 수도 없으며 특히 실제대금은 운송일로부터 3~4개월 뒤에 지급되므로 운송일에 맞게 세금계산서를 수취하기는 어려운 실정이다.
(2) 그리하여 청구인은 실제로 각 차주들에게 운반비(이를 청구인은 운송료, 운송비, 운반비로 기재하고 있으나 이하운반비라 한다)를 지급하였으나 그 세금계산서를 받지 못한 것에 대하여는 위 ㅇㅇ주유소로부터 별지1 “가공세금계산서 명세”와 같이 실물거래없이 10매의 세금계산서를 교부받았고 그 세금계산서의 공급가액을 운반비로 계상하여야 하는데도 차량유지비로 잘못 계상하여 비용처리한 것이나 운반비로 지급한 사실은 다음과 같이 증명된다. (가) 1997년 제2기에 청구인이 위 ㅇㅇ주유소로부터 교부받은 세금계산서 공급가액 20,397,273원 중 20,297,030원은 별지2 “1997년 운반비 지급명세”와 같이 차주인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 7인(이하위 ㅇㅇㅇ 등이라 한다)에게 금융기관의 온라인으로 송금하였으며 그 사실은 청구인과 거래한 은행의 입금확인증 및 무통장입금증으로 증명된다. (나) 1998년 제1기에 청구인이 위 ㅇㅇ주유소로부터 교부받은 세금계산서 공급가액 184,169,274원 중 176,945,736원은 별지3 “1998년 운반비 지급명세”와 같이 차주인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 25인(이하위 ㅇㅇㅇ 등이라 한다)에게 금융기관의 온라인으로 송금하였으며 그 사실은 청구인과 거래한 은행의 입금확인증 및 무통장입금증으로 증명된다. (다) 또 위 (가)와 (나)항의 차주들이 실제로 운송용역을 수행한 사실은 청구인이 위 ㅇㅇㅇㅇ에 운송용역의 대금을 청구할 때 첨부한 거래명세표와 화물수령증에 의하여 구체적인 운송일자, 운송지역과 운송비 등이 확인된다.
(3) 그러므로 실물거래없이 받은 가공세금계산서에 대하여 부가가치세를 추징하는데는 아무런 의의가 없으나 위 (2)항에서 본 바와 같이 실제 차주들에게 운반비로 지급한 것이 금융자료에 의하여 확인되는 금액까지 전액 가공경비로 보아 이 사건 부과처분과 이 사건 소득금액변동 통지처분을 한 것은 잘못이다.
(1) 청구인은 도로화물운송업을 영위하기 위하여 1995. 1. 1. 설립된 법인으로서 화물자동차를 소유하고 있지 아니하나 화물자동차를 소유하고 있는 차주와 계약을 체결하여 위 ㅇㅇㅇㅇ 외 14개 업체(이는 1997년의 경우이고 1998년도에는 12개 업체와 거래하였다)의 화물을 운송하였다. 그리고 위 ㅇㅇㅇ는 청구인의 대표이사로서 자본금(100,000,000원)의 57%를 출자하였다.
(2) 청구인은 운송용역을 공급하기 위하여 그 용역 수요업체들과 운송계약을 체결하고 있다는 증거의 한 예로 위 ㅇㅇㅇㅇ와 1998. 3. 1. 계약 체결한 운송계약서를 증거로 제시하였는데 그 계약서에 의하면 (가) 계약기간은 계약일로부터 만 1년간 유효한 것으로 하며 쌍방의 계약해지 의사가 없으면 본 계약만료 익일부터 자동적으로 1년간씩 연장한 것으로 간주하고 계약해지의 의사는 만료일 3개월 전에 쌍방에게 통보하도록 되어 있다. (나) 운송료의 결정과 지급방법 등은 다음과 같다.
① 운송료는 별첨 ‘운송 요율표’에 의하며 운송료의 인상이나 인하요인이 발생할 때는 쌍방 합의로 변경한다고 되어 있고 그 운송 요율표에는 차량종류(1톤~11톤)별, 운송지역(○○~○○,○○ 등 전국 각 지역)별, 회수(편도~왕복)별로 운송료가 최저 16,000원(1톤, ○○, 편도의 경우)에서 최고 470,000원(11톤, ○○, 왕복의 경우)으로 되어 있다.
② ‘운송 요율표’상에 명시되지 않은 지역의 운송료는 유사 지역의 요율에 준하고 특수지역의 경우에는 쌍방 합의에 의하여 결정한다고 되어 있다.
③ 청구인은 제반 증빙서류를 완비하여 운송료를 청구하고 위 ㅇㅇㅇㅇ는 청구에 의하여 매월 2회 정기적으로 지불한다.
④ 청구인의 관리차량 알선료(현행 12.5%)가 운송료의 11%를 초과하여서는 아니되고 운송사고가 발생한 경우 그 발생일의 해당차량 운송료는 지급하지 아니하는 것으로 되어 있다. (다) 그러나 청구인이 운송용역을 공급한 업체가 1997년에는 15개 업체이고 1998년에는 12개 업체인데도 위 ㅇㅇㅇㅇ의 1998년도 운송계약서만 제시하여 다른 업체와의 계약내용은 구체적으로 확인되지 아니한다.
(3) 또 청구인은 화물자동차를 소유하고 있는 차주와 운송계약을 체결하고 있다는 증거의 한 예로 청구외 ㅇㅇㅇ(○○ㅇㅇ아 ㅇㅇㅇㅇ호 차주)과 1996. 12. 1. 체결한 운송계약서를 제시하였는데 그 계약서의 주요내용을 보면 (가) 계약기간은 계약일로부터 만 1년간 유효한 것으로 하며 쌍방의 계약해지 의사가 없으면 본 계약만료 익일부터 자동적으로 1년간씩 연장한 것으로 간주하고 계약해지의 의사는 만료일 3개월 전에 쌍방에게 통보하도록 되어 있다. (나) 운송료는 ‘사전에 정하여둔 운송료’를 적용하되 운송료의 인상이나 인하요인이 발생할 때는 쌍방 협의에 의하여 정하고 운송료지급은 차주가 제반 증빙서류를 완비하여 운송료를 청구하면 청구인은 매월 마감 익월 결재 후 다음달 20일 지급함을 원칙으로 하며 청구인은 차주의 요청이 있을 경우 차주가 운행하는데 직접 필요한 주유대, 타이어 구입비 등 부대비용을 부담한 후 차주에게 지급할 운송료에서 상계처리할 수 있도록 되어 있다. (다) 위 사전에 정하여둔 운송료는 계약서에 첨부되어 있지 아니하나 청구인이 위 ㅇㅇㅇd 등과 운송계약 때 정한 운송 요율표를 적용하여 수령한 금액에서 일정한 비율의 수수료를 공제한 금액을 말한다고 하면서 청구인이 제시한 1998. 3월분의 송금내역에 의하면 운송용역 매출액의 10%에서 15%까지 비율로 수수료를 징수한 것으로 되어 있다. (라) 그러나 청구인이 운송용역을 의뢰하였다는 업체가 1997년에는 8개 업체이고 1998년에는 26개 업체인데도 위 ㅇㅇd과의 1997년도 적용 용역계약서만 제시하여 다른 업체와의 계약내용은 구체적으로 확인되지 아니한다.
(4) 청구인은 위 ㅇd주유소로부터 유류를 매입한 것으로 하여 위 별지1과 같이 1997년 제2기분에 1매(공급가액 20,397,273원), 1998년 제1기분에 9매(공급가액 184,169,274원) 계 10매의 세금계산서를 교부받은 후 그에 따른 부가가치세를 매입세액으로 하여 부가가치세를 신고하는 한편 그 공급가액을 각 사업연도의 차량유지비로 손금계상하여 1998.3. 31.자 및 1999. 3. 31.자로 1997사업연도와 1998사업연도의 법인세과세표준과 세액을 신고하였다.
(5) 그 후 처분청은 위 ㅇㅇ주유소가 청구인에게 가공세금계산서를 발행하였다는 자료를 접수한 후 1999. 7. 12.부터 같은 해 7. 15까지 청구인에 대한 부가가치세 경정조사를 실시하여 위 (4)항에서 본 세금계산서 10매를 다음과 같은 이유로 가공거래로 보았다. (가) 청구인 소유의 화물자동차가 1대도 없어 유류 매입비용이 많이 발생할 수 없다. (나) 청구인은 개인화물 차주들이 유류주입을 안해주면 운행을 거부하기 때문에 대신 유류주입을 해주고 나중에 운반비 지급 때 정산하였다고 주장하면서도 차량별 주입물량과 대금정산서류 등 근거서류를 제시하지 아니 하였다. (다) 또 청구인은 거래명세표, 입금표와 대금결제에 대한 자금원 등을 구체적으로 제시하지 못할 뿐 아니라 유류대금을 직접 방문하여 지급하였다고 주장하나 그 지급처인 청구외 ㅇㅇ석유(주)는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동에 있어 위 ㅇㅇ주유소의 본점 소재지인 같은 시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지과 그 위치가 다르므로 청구인의 주장은 신뢰성이 없다.
(6) 처분청은 위 부가가치세 경정조사 결과에 따라 1999. 7. 16자로 결정전 조사결과통지(통지내용은 결정내용과 동일하다)를 하였으나 청구인이 이의를 제기하지 아니하자 같은 해 8.7.자로 1997년 제2기 부가가치세 2,651,640원, 1998년 제1기 부가가치세 23,942,000원을 부과, 고지하였다. 그리고 처분청은 법인세의 경우 1997사업연도에는 손금계상된 차량유지비 20,397.273원과 그 부가가치세 2,039,727원 계 22,437,000원을 익금가산(부가가치세 2,039,727원은 다시 손금가산하였다)한 과세표준 56,026,831원에 대한 총결정세액 9,927,695원에서 기납부세액 5,700,729원을 차감하여 법인세 4,226,960원을, 1998사업연도에는 손금계상된 차량유지비 184,169,274원과 그 부가가치세 18,416,927원 계 202,586,201원을 익금가산(부가가치세 18,416,927원은 다시 손금가산하였다)한 과세표준 206,249,763원에 대한 총결정세액 54,056,846원에서 기납부세액 3,532,878원을 차감하여 법인세 50,523,960원을 1999. 8. 2.자로 각각 부과, 고지한 이 사건 부과처분을 하였다. 또 처분청은 청구인이 위 ㅇㅇㅇ에게 위 익금가산한 금액에 상당하는 금액을 위 각 사업연도에 상여로 지급한 것으로 보아 청구인에게 소득세를 원천징수하여 납부하도록 199. 8. 10.자로 이 사건 소득금액변동 통지처분을 하였다.
(7) 그런데 청구인은 이 건 심사청구를 하면서 처분청의 부가가치세 경정조사 때의 주장과는 다르게 실제로는 이 사건 매입세금계산서상의 공급가액 상당은 각 차주들에게 운반비로 지급한 금액이라고 하면서 다음과 같은 내용의 증거서류를 제시하였다. (가) 청구인은 1997년 하반기 운반분에 대하여 위 별지2와 같이 같은 해 10. 27.부터 같은 해 12. 30.까지 위 ㅇㅇㅇ 등에게 운반비 계 20,297,030원(송금수수료 원 포함)을 지급하였는데도 세금계산서를 받지 못하여 그 운반비를 비용처리하기 위하여 1997. 9. 30.자로 가공세금계산서 1매(공급가액 20,397,273원)를 교부받아 차량유지비로 손금계상한 것이라고 하면서 운반비를 지급하였다는 증거로 위 ㅇㅇㅇ 등에게 송금한 금융기관의 입금확인증과 무통장입금증을 제시하였다. (나) 또 청구인은 1998년 상반기 운반분에 대하여 위 별지3과 같이 같은 해 3. 20.부터 같은 해 10. 28.까지 위 ㅇㅇㅇ 등에게 1회에서 12회에 걸쳐 운반비 계 388,545,736원(송금수수료 포함)을 지급하고 그 중 211,600,000원에 대하여는 세금계산서를 교부받았으나 나머지 176,945,736원에 대하여는 세금계산서를 받지못하여 그 운반비를 비용처리하기 위하여 위 별지1과 같이 같은 해 1. 31.부터 같은 해 6. 30.까지 가공세금계산서 9매(공금가액 계 204,566,547원)를 교부받아 차량유지비로 손금계상한 것이라고 하면서 운반비를 지급하였다는 증거로 위 ㅇㅇㅇ 등에게 송금한 금융기관의 입금확인증, 무통장입금증과 그 자금을 인출한 예금통장을 제시하였다. (다) 그러나 위 (가)와 (나)항에서 본 가공세금계산서 10매에는 대금결제란(현금, 수표, 어음과 외상미수금란이 있다)이 모두 공란으로 되어 있어 그 대금결제 자금과 위 운반비로 지급하였다는 자금간에 상호 관련성을 확인할 수 없고 또 위 운반비 지급액이 운반비계정에 계상되지 아니하였다는 사실을 청구인이 제시한 운반비계정만으로는 정확히 확인할 수 없다. (라) 그리고 청구인은 1998년 3월분에 대한 차주들의 운송거래명세표와 위 ㅇㅇㅇㅇ로부터 받은 용역매출 세금계산서를 제시하였는데 그 중 청구인이 세금계산서를 받지 못하여 가공세금계산서로 차량유지비로 손금계상하였다는 ○○oo아oooo호의 차주인 위 ㅇㅇㅇ(개별화물 운송업자이다)의 화물운송 및 그 운송대금 정산내역과 청구인의 회계처리를 예로 보면 다음과 같다.
① 위 ㅇㅇㅇ의 차량이 1998. 3. 6.부터 같은 해 3. 13.까지 5회에 걸쳐 위 ㅇㅇㅇㅇ의 화물을 운송한데 대하여 청구인은 그 운반비 계 1,091.000원을 기재한 거래명세표와 같은 해 3. 15.자로 작성된 세금계산서를 위 ㅇㅇㅇㅇ에 교부한 후 그 대금을 수령하여 수수료 163,650원(15%), 차주의 보험료 가지급금 공제액 309,190원, 송금수수료 1,500원 계 474,340원을 차감한 616,660원을 같은 해 5. 2.자로 ○○은행 ○○동지점에서 ○○은행 ○○동지점의 위 ㅇㅇㅇ 계좌로 입금한 것으로 되어 있다.
② 또 위 차량이 1998. 3. 16.부터 같은 해 3. 31.까지 12회에 걸쳐 위 ㅇㅇㅇㅇ의 화물을 운송한데 대하여도 청구인은 그 운반비 계 3,173.000원을 기재한 거래명세표와 같은 해 3. 31.자로 작성된 세금계산서를 위 ㅇㅇㅇㅇ에 교부한 후 그 대금을 수령하여 수수료 475,950원(15%), 송금수수료 1,800원 계 477,750원을 차감한 2,695,250원을 같은 해 5. 14.자로 ○○은행 ○○동지점에서 ○○은행 ○○동지점의 위 ㅇㅇㅇ 계좌로 입금한 것으로 되어 있다.
③ 그러나 위 (2)항 (나)의④에서 알선 수수료는 운반비의 11%를 초과하지 못하도록 되어 있는데도 15%의 수수료를 징수한 것으로 되어 있고 또 위 ①항의 보험료 가지급액 309,190원에 대하여는 이 금액이 출금되었다는 전표만 제시하고 지급영수증은 제시하지 않아 위 정산내역이 진실된 것인지 여부가 확인되지 아니한다.
(8) 한편 청구인이 제시한 손익계산서에 의하면 1997사업연도에는 용역수입 3,775,233,400원에 대하여 운반비 3,270,488,154원, 차량유지비 204,121,336원 등이 비용으로 계상되어 있고 1998사업연도에는 용역수입 2,610,487,300원에 대하여 운반비 1,982,133,441원, 차량유지비 406,992,266원 등이 비용으로 계상되어 있다. 그러나 청구인은 위 차주들에게 운반비로 송금하였다는 금액의 비용에 대응하는 매출이 위 각 사업연도의 용역수입에 포함되어 있다는 매출액장부 등의 증거를 제시하지 아니 하였다.
(1) 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전면 개정되기 전의 것) 제9조 제1항은 내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 제3항은 제1항에서 손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급ㆍ잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있다. 또 제32조 제5항은 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다고 규정하고 있다.
(2) 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전면 개정되기 전의 것) 제94조의2 제1항 제1호의 규정에 따르면 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여ㆍ배당ㆍ기타소득ㆍ기타사외유출로 처분하되 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정되어 있으며 그 귀속자가 출자자(임원인 출자자를 제외한다)인 경우에는 배당으로 하고 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 하도록 규정되어 있다.
그렇다면 처분청이 청구인의 1997사업연도와 1998사업연도 법인세를 경정결정하면서 위 ㅇㅇ주유소로부터 교부받은 세금계산서상의 공급가액을 필요경비에서 제외하여 이 사건 부과처분과 이 사건 소득금액변동 통지처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.