제조업소득을 원천으로 하여 발생한 수입이자를 중소제조업에 대한 특별세액감면 대상 소득으로 볼 것인지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 섬유류 제품 등의 제조판매업과 부동산임대업 등을 겸영하는 중소기업체로서 1998사업연도(1998. 1. 1. ～ 1998. 12. 31.) 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서 당해 사업연도 소득금액 337,609,921원 전액을 제조업소득으로 하여 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 “구 조감법”이라 한다) 제7조 제1항의 규정에 따라 위 소득금액에 대한 법인세의 100분의 20에 해당하는 16,506,155원을 감면세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 손익계산서상 수입이자와 할인료 명목의 176,166,646원(이하 “위 수입이자”라 한다)은 제조업에서 발생한 소득이 아닌 기타 사업의 개별익금에 해당하는 것으로 보고 이를 기타분 개별익금으로 구분계산하는 등으로 위 1998사업연도 소득금액 337,609,921원 가운데 150,162,192원만을 제조업에서 발생한 감면대상 소득으로, 나머지 187,447,729원을 기타분 소득으로 구분하고 감면세액을 7,341,610원으로 다시 계산하여 1999. 7. 12.자로 청구인에게 법인세 10,080,990원(가산세 916,454원 포함)을 경정 부과, 고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 구 조감법 제7조의 규정이 중소제조업 등에 대한 조세지원의 목적으로 제정된 것이라면 수입이자에 대하여 세액을 감면할 것인지 여부는 그 수입이자의 자금원천에 따라 판단하여야 할 것이고 그 원천을 파악하지도 아니한 채 일률적으로 과세사업의 소득으로 구분하는 것은 관계 법령의 규정취지에 어긋나는 것이다. 따라서 수입이자가 정상적인 기업 운용 과정에서 발생한 여유자금을 통상적인 금융활동으로서 금융기관에 예치 또는 활용함에 따라 발생한 것이라면 이는 감면대상 소득으로 구분하는 것이 합리적이라 할 것이고 청구인의 위 수입이자도 정상적인 제조업의 운용과정에서 발생된 것이므로 감면대상 소득에 포함하여 중소제조업에 대한 특별세액감면을 적용하여야 한다.

• 가. 다툼 제조업 소득을 원천으로 하여 발생한 수입이자를 중소제조업에 대한 특별세액감면 대상 소득으로 볼 수 있는지 여부.
• 나. 관계 법령의 규정

(1) 구 조감법 제7조(중소제조업 등에 대한 특별세액감면) 제1항의 규정에 의하면 제조업․부가통신업․연구 및 개발업․방송업․엔지니어링 사업․정보처리 및 컴퓨터운용 관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다고 되어 있다.

(2) 또한, 구 조감법 제116조(구분경리)의 규정에 의하면 내국인은 제7조 등의 규정의 적용을 받는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다고 되어 있고 구 같은 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호 조세특례제한법시행령으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조(구분경리) 제1항의 규정에 의하면 법 제116조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법시행령의 규정을 준용한다고 되어 있다.

(3) 한편, 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조(공통손익의 계산등) 제1항의 규정에 의하면 법 및 다른 법률의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 그 사업과 기타의 사업별로 구분할 수 없는 공통손금과 그 공통손금에 대응하는 공통익금을 총리령이 정하는 바에 의하여 구분계산하여야 한다고 되어 있고, 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조는 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 경우 또는 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금의 구분계산방법에 대하여 규정하고 있다.

(4) 그리고 구 법인세법기본통칙 2-1-14․․․8(개별손익․공통손익 등의 계산)에서는 규칙 제25조 제3항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다고 규정하면서 영업외수익과 특별이익 중 수입배당금, 수입이자, 수입임대료, 가지급금인정이자 등은 과세사업의 개별익금으로 구분하는 것으로 규정하고 있다.

• 다. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 섬유류 제품 등의 제조판매업과 부동산 임대업 등을 영위하는 중소기업체로서 처분청에 1998사업연도 법인세 과세표준과 세액 신고를 하면서 당해 사업연도의 소득금액 337,609,921원을 과세표준으로 하여 산출한 법인세 산출세액 82,530,777원에 100분의 20을 곱한 16,506,155원을 제조업소득에 대한 법인세 공제감면세액으로 계산하여 법인세 신고를 하였다.

(2) 처분청은 청구인의 1998사업연도 소득금액 계산상 수입이자와 할인료 항목에 55,131,571원을 익금산입하고 20,540,492원을 익금불산입하는 등으로 당해 사업연도 소득금액을 조정한 다음 위 익금산입 및 불산입한 수입이자와 할인료의 차액 34,591,079원과 청구인이 당초 손익계산서상 수입이자와 할인료로 계상하였던 위 수입이자 176,166,646원을 합친 금액 210,757,725원을 감면대상이 아닌 기타분 소득으로 구분하는 등 당해 사업연도의 수익과 비용을 감면분과 기타분으로 구분하여 청구인이 신고한 소득금액 337,609,921원 중 150,162,192원을 감면분 소득금액으로, 나머지 187,447,729원을 기타분 소득금액으로 구분하고 이에 따라 제조업소득에 대한 감면세액을 7,341,610원으로 재계산하여 이 사건 부과처분을 하였다.

• 라. 판단 청구인은 제조업을 운영하는 과정에서 발생한 여유자금을 금융기관에 예치 또는 활용함에 따라 발생한 위 수입이자는 감면대상인 제조업소득으로 보아야 할 것이어서 이를 감면대상 소득금액에서 제외하는 등으로 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다는 취지의 주장을 한다. 살피건대, 중소제조업에 대한 특별세액감면제도에 관하여 위 구 조감법 제7조 제1항은 제조업을 영위하는 중소기업에 대하여 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는바, 면세소득의 범위는 엄격히 해석하여야 할 것이므로 제조업에서 발생하는 소득이라 함은 제조업을 장려할 목적으로 그 제조업 자체로 인하여 정상적으로 발생하는 소득만을 의미한다고 보아야 할 것이고 제조업을 영위하는 법인이 제조업에서 발생한 소득을 금융기관에 예치하는 등으로 발생한 이자소득은 그 원본이 면세소득에 해당하는 것으로서 운영자금의 일시적 보관에 따른 자연적 법정과실이라 하더라도 그것을 제조업을 목적으로 하는 정상적인 업무에서 발생하는 소득이라고 볼 수는 없다 할 것이다. 한편, 제조업에서 발생한 소득 이외에 다른 소득이 있는 법인이 제조업에서 발생한 소득과 기타 소득을 구분하여 경리하는 방법에 관하여는 위 구 조감법 제116조와 구 같은 법 시행령 제105조 제1항의 규정에 따라 법인세법시행령의 관련 규정에 따라야 할 것인데 위 구 법인세법시행령 제69조 와 구 같은 법 시행규칙 제25조는 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 방법을 포괄적으로 규정하고 있고 구 법인세법기본통칙 2-1-14․․․8에서는 영업외수익 중 수입이자 등은 과세사업의 개별익금으로 구분경리하도록 규정하고 있는바, 이러한 구 법인세법령과 기본통칙의 구분경리방법에 관한 규정내용은 법인이 법인세법이나 조세특례제한법(구 조세감면규제법) 등에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 일반적으로 적용되는 것이니 청구인에 대하여 제조업소득에 대한 특별세액공제를 적용함에 있어 위 수입이자를 감면대상 소득의 범위에서 제외하였다 하여 특별히 부당한 점이 있다고 할 수도 없을 것이므로 결국 청구인의 위 주장은 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 위 수입이자는 제조업에서 발생한 소득이 아니라고 보아 이를 감면대상 소득금액에서 제외하는 등으로 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.