필요경비에 위장매입세금계산서 금액이 포함되어 있을 경우 추계조사방법을 적용할 것인지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ㅇㅇ인터내셔널이라는 상호로 의류 등 수출업을 하는 자로서 1998. 5. 31. 1997년 귀속 종합소득세 신고를 하면서 총수입금액을 1,380,115,994원, 필요경비를 1,318,700,398원으로 하여 과세표준을 57,815,596원으로 계산하고 중간예납액 6,072,330원을 제외한 6,272,348원을 자진 납부할 세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 위 필요경비로 신고한 금액 가운데 허위로 작성된 것임이 판명된 매입세금계산서 금액 817,793,400원을 필요경비에 불산입하여 그 과세표준을 875,608,996원으로 경정하고 1999. 6. 28.자로 청구인에게 1997년 귀속 종합소득세 420,126,020원(가산세 95,854,334원 포함, 이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 추가로 경정 부과, 고지하는 처분을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하고 청구인의 1997년 귀속 종합소득세를 추계조사에 의하여 결정하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인이 영위하고 있는 의류유통업에는 사업자등록이 되어 있지 아니한 중간유통 상인이 많이 있어 실물거래에 따라 세금계산서를 수취하더라도 결과적으로 위장사업자가 교부한 허위세금계산서인 경우가 많이 있고 청구인도 실물거래에 의하여 수출할 물품을 매입하였으나 그 수취한 세금계산서가 가공의 거래처 명의로 된 것이었다는 사실을 과세관청의 부가가치세 경정조사에 의하여 알게 된 것인바, 청구인의 비치장부와 증빙서류는 위와 같은 세금계산서에 맞추어 작성한 것이기 때문에 그 수취한 세금계산서가 허위라면 달리 거래내용을 사실대로 기장한 장부나 증빙서류를 제시할 수 없고, 처분청이 청구인의 매출액은 전부 사실로 인정하면서 그에 대응하여 필요경비에 산입하여야 할 매입금액에 대하여는 세금계산서를 교부한 거래상대방을 입증하지 못한다 하여 그 금액 817,793,400원 전부를 필요경비에 불산입하고 이 사건 부과처분을 한 것은 합리적이고 타당한 과세처분이라 할 수 없다. 또한, 청구인이 당초 필요경비로 신고한 금액은 1,318,700,398원으로서 처분청이 종합소득세 실지조사를 하여 허위세금계산서 금액을 제외하고 필요경비로 인정한 금액인 500,906,998원과 비교해 볼 때 장부상 허위로 기장된 비율이 62%나 되어 장부나 증빙서류의 기재내용이 전체적으로 미비 또는 허위인 경우이어서 추계조사결정대상에 해당되고, 국세청이 정한 1997년도 업종별 표준소득률에 의하더라도 청구인의 사업소득에 대한 표준소득률은 5.2%인데 처분청이 실지조사결정에 의하여 이러한 표준소득률을 적용하여 계산한 종합소득금액(71,766,031,688원 상당)보다 12배 이상 많은 879,208,996원을 종합소득금액으로 결정한 것은 부당한 것이다. 따라서 청구인의 1997년 귀속 종합소득세는 과세표준의 결정에 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하여 그 과세표준과 세액을 실지조사에 의하여 결정한 것은 위법하므로 추계조사에 의하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 다툼 납세의무자가 신고한 필요경비 중 일부 금액에 관한 세금계산서가 허위로 작성된 것임이 판명된 경우에 과세표준과 세액을 추계조사결정하여야 하는지 여부.
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 ㅇㅇ인터내셔널이라는 상호로 의류 등 수출업을 하는 자로서 1998. 5. 31. 처분청에 1997년 귀속 종합소득세의 총수입금액을 1,380,115,994원, 필요경비를 1,318,700,398원, 종합소득금액을 61,415,596원, 과세표준을 57,815,596원, 총결정세액을 12,344,678원으로 신고하였다.

(2) 한편, 청구인은 필요경비로 신고한 위 1,318,700,398원의 증빙으로서 (주)ㅇㅇ물산 명의로 된 공급가액 계 29,806,250원의 매입세금계산서를 제출한 것을 비롯하여 별지, 허위세금계산서 수취 명세(이하 ‘별지 명세’라 한다) 기재와 같이 10개 거래처 명의로 된 공급가액 계 817,793,400원의 매입세금계산서 등을 제출하였다.

(3) 그런데 청구인이 1998. 8. 27. 및 1999. 4. 21.자로 작성한 확인서에 따르면 청구인은 별지 명세에 기재된 거래처와는 실물 거래를 하지 아니한 채 매입세금계산서만 수취한 것인데 청구인은 위 ㅇㅇ인터내셔널의 수출물품을 인적사항을 알 수 없는 중간상으로부터 매입하면서 그 공급자가 가져온 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 것으로 별지 명세 기재의 거래처와는 직접 거래를 하거나 대금지급을 한 사실이 없다고 되어 있다.

(4) 처분청은 청구인이 필요경비로 신고한 위 금액 가운데 실물거래의 증빙이 없이 허위로 작성된 것임이 판명된 매입세금계산서 금액 817,793,400원을 청구인의 1997년도 종합소득금액 계산상 필요경비에 불산입하여 그 종합소득금액을 879,208,996원, 과세표준을 875,608,996원, 총결정세액을 433,097,932원으로 경정하고 1999. 6. 28.자로 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 소득세법(1997. 12. 13. 법률 제5454호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제2항의 규정에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 또는 제163조의 규정에 의한 매출․매입처별계산서합계표 또는 제164조의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때에는 당해 연도의 과세표준과 세액을 경정한다고 되어 있고, 제3항의 규정에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해 연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하고 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다고 되어 있다.

(2) 그리고 구 같은 법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15565호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제142조 제1항의 규정에 의하면 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다고 되어 있고, 제143조 제1항의 규정에 의하면 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 등을 말한다고 되어 있으며, 제3항의 규정에 의하면 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 그 소득금액으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법 등의 방법에 의한다고 되어 있다.

• 라. 판단 살피건대, 청구인은 그 수취한 세금계산서가 허위의 것이라면 청구인이 비치․기장한 장부나 증빙서류는 중요부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당되고 또한, 처분청이 종합소득세 실지조사를 하여 산출한 종합소득금액은 표준소득률을 적용하여 산출한 종합소득금액보다 훨씬 큰 금액이므로 실지조사결정에 의한 이 사건 부과처분은 부당하다는 취지의 주장을 한다. 그러나 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 경우라야 할 것인데 이 경우 납세의무자가 비치․기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사 방법에 의할 수는 없다 할 것이므로 청구인이 비치․기장한 장부나 증빙서류에 위와 같이 허위세금계산서의 거래분에 상당하는 금액이 허위로 계상되었다 하더라도 그 나머지 부분은 사실에 부합하는 자료임이 인정되는 이상 처분청에서 실지조사의 방법에 의하여 그 허위세금계산서 거래분의 필요경비를 불산입조치하여 그 과세표준과 세액을 실지조사의 방법으로 산정하여 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다 할 것이고, 나아가 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계조사에 의한 부과처분보다 청구인에게 불리하게 되었다는 사유만으로는 추계과세의 요건이 갖추어진 것이라고 볼 수 없다 할 것이므로 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다.

그렇다면 처분청에서 실지조사에 의하여 청구인이 필요경비로 신고한 금액 가운데 허위로 작성된 것임이 판명된 매입세금계산서 금액을 필요경비에 불산입하고 그 과세표준과 세액을 경정하여 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.