건설자금이자를 취득가액에 포함할 수 있는지 여부

처분청은 1999. 5. 12.자로 청구인에 대하여 한 1997사업연도 귀속 법인세 특별부가세 경정거부처분에 관하여 청구인이 1997년도 중 양도한 자산에 대한 건설자금이자 상당액을 조사 확인하여 이를 취득가액에 포함시켜 양도차익을 다시 산출하고 그 결과에 따라 법인세 특별부가세의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 청구인은 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 일대에 1993. 7. 7.부터 1996. 12. 30.까지 건축연면적 308,702.89㎡ 규모의 ○○유통단지를 조합원 분담금 및 금융기관 차입금을 재원으로 신축하여 1996년도부터 총 4,150개의 상가를 조합원 및 일반인에게 분양하여 오던 중 1998. 3. 16. 1997사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 상가분양가액을 양도가액으로 하고 당해 상가의 건설원가를 취득가액(건설자금이자를 포함하지 않은 금액)으로 하여 법인세 특별부가세 과세표준을 산출하여 특별부가세를 824,994,388원으로 신고납부하였다가 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 법인소득금액계산시에는 취득가액에 포함되지 아니한다 하여도 법인세특별부가세 과세표준을 계산할 때에는 취득가액에 포함되어야 한다는 이유로 1999. 3. 13. 건설자금이자 1,893,957,869원을 취득가액에 포함시켜 양도차익을 산출하고 법인세 특별부가세를 446,202,814원으로 경정하여 그 차액 378,791,574원을 환급하여 달라는 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 재고자산의 건설에 사용된 차입금에 대한 지급이자는 취득가액에 산입되는 건설자금이자의 범위에 포함되지 않는다는 이유로 1999. 5. 12. 청구인에게 법인세과세표준 및 세액경정청구서에 의한 세액을 환급할 수 없다고 통지(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 경정거부처분을 취소하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 법인세 특별부가세는 대법원판례에서도 보는 바와 같이 토지 등의 자산의 양도차익에 대하여 개인의 양도소득세와 같은 취지에서 부과되는 조세로서 법인의 각 사업연도 소득에 대하여 부과되는 법인세와 별도로 부과되는 특성으로 인하여 법인세법의 일반규정 원리가 그대로 적용될 수 없는 것으로 특별부가세 과세표준계산에 있어서 양도가액에서 공제할 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 사업용고정자산의 건설에 충당한 차입금의 이자만으로 볼 근거가 없고, 특별부가세 과세표준계산에 있어서 양도가액에서 취득가액, 건설자금이자 및 자본적지출금액을 차감하도록 하여 사업용 고정자산을 양도한 경우에는 취득가액과 건설자금에 충당한 차입금의 이자가 감가상각비로 이미 법인세 과세표준계산에 있어서 전액 손금에 산입되었는데도 취득가액과 건설자금이자를 양도가액에서 공제하여 특별부가세의 과세표준을 계산하고 있음에 비추어 매매용 재고자산인 부동산 양도의 경우에도 건설자금에 충당한 금액의 이자는 특별부가세의 과세표준계산에 있어서 취득가액에 포함되어 양도가액에서 공제되어야 한다.

• 가. 다툼 매매용 재고자산의 법인세특별부가세 과세표준을 계산함에 있어 건설자금이자를 취득원가에 포함하여 양도가액에서 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관계 법령

(1) 구 법인세법(1997. 12. 31. 법률 제5418호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제1항은 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지․건물․부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 ”토지 등“이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”고 규정하고, 그 제3항 본문은 “제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고, 그 제1호 본문은 “취득가액”이라고 규정하고 있고, 구 같은법시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제124조의2 제2항은 “법 제59조의2 제3항에서 ”취득가액“이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다”고 규정하고 있다.

(2) 위 구 법인세법 제17조 제2항 은 “내국법인이 매입․제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다”고 규정하고 그 취득가액에 대하여 위 구 같은법시행령 제37조 제1항 제2호는 “자기가 제조․생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비․노무비․운임․하역비․보험료․수수료․공과금(취득세와 등록세를 포함한다)․설치비 기타 부대비용의 합계액”이라고 규정하고 있다.

(3) 위 구 법인세법 제16조 제11호 의 규정에 의하면 법인의 차입금 중 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자는 이를 손금에 산입하지 아니하도록 되어 있고, 위 구 같은법시행령 제33조 제1항 본문은 “법 제16조 제11호에서 ‘건설자금에 충당한 금액의 이자’라 함은 그 명목여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 매입․제작․건설(기존 고정자산의 증설․개량을 제외하며, 이하 이 조에서 ”건설“이라 한다)에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다”라고 규정하고 있고, 그 제2항은 “제1항의 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날(토지매입의 경우에는 그 대금을 완불한 날 또는 당해 토지를 사업에 직접 제공한 날)까지 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다”고 규정하고 있다.

(4) 위 구 법인세법 제9조 제1항 에는 “내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 제2항에는 “익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다”고 규정하고 제3항에서는 “손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급․잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고는 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다”고 규정하고 있다. 위 구 같은법 시행령 제12조 제1항에서는 “법 제9조 제2항에서 ‘수익’이라 함은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다”고 하면서 그 제3호에 자산의 양도금액이라고 규정하고 같은 조 제2항에서는 “법 제9조 제3항에서 ‘손비’라 함은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다”고 하면서 그 제1호에 양도한 자산의 양도당시의 장부가액이라고 규정하고 있다.

• 다. 인정사실 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 우리 나라 기계부품산업의 건전한 발전과 조합원 상호간의 복리증진을 도모하며 협동화사업을 수행함으로써 조합원의 자주적인 경제발전을 조장하고 경제적 지위향상과 유통구조개선으로 소비자를 보호하여 국민경제의 균형있는 발전을 도모함을 목적으로 ○○조합법에 의하여 설립된 ○○조합으로서 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 100,089.16㎡에 건축연면적 308,702.89㎡ 규모의 ○○유통단지를 조합원분담금과 금융기관 차입금 등 총 234,482,131,274원을 투입하여 1993. 7. 7. 착공하여 1996. 12. 30. 준공하였다.

(2) 청구인은 위 ○○유통단지건설을 위하여 금융기관으로부터 약 625억 원을 차입하였는데 청구인이 제출한 지급이자 연도별명세표에 의하면 위 건물준공 때(1996. 12. 30.)까지 그 차입금에 대하여 지급한 이자는 총 7,445,579,988원으로서 이 이자액은 1993년도부터 1996년까지 각 사업연도 소득금액계산상 손비(사업외 비용)로 처리하였다.

(3) 청구인은 상가 4,150개를 조합원 및 일반인에게 1996년부터 분양하여 오던 중 1998. 3. 16.에 1997사업연도 법인세과세표준 및 세액신고를 할 때 1997년 중 분양한 상가에 대한 특별부가세를 신고납부하면서 양도가액 72,098,395,095원, 취득가액 65,378,846,561원, 양도비용 2,594,576,592원으로 하여 과세표준을 4,124,971,942원으로 산출하여 법인세 특별부가세를 824,994,388원으로 산출한 후 기납부 법인세 636,626,557원을 차감하여 188,367,831원을 신고, 납부하였는데 위 취득가액에는 위 (2)항의 이자 상당액을 가산하지 아니하였다.

(4) 그 후 청구인은 매매용 재고자산의 양도에 대한 법인세 특별부가세 과세표준 계산시 건설자금에 충당한 차입금의 이자가 취득가액에 포함되어야 한다고 하면서 건설자금이자 1,893,957,869원(총이자지급액 중 1997년도 분양한 상가 등에 해당 하는 금액이다)을 취득가액에 포함하여 법인세 특별부가세를 446,202,814원으로 경정하여 법인세 378,791,574원을 환급하여 달라는 내용으로 1999. 3. 13. 국세기본법 제45조의2 규정의 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구서를 처분청에 제출하였다.

(5) 처분청은 위 경정청구에 대하여 건설자금이자는 사업용고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자를 말하는 것으로서 재고자산의 건설에 사용된 차입금에 대한 지급이자는 구 법인세법시행령 제124조의2 제2항 에서 규정하는 취득가액에 포함되는 건설자금이자의 범위에 포함되지 않는다는 이유로 이 사건 경정거부처분을 하였다.

• 라. 판단 건설자금이자라 함은 제작․매입․건설 등에 장기간이 걸리는 유형자산의 건설에 소요되는 자금의 전부 또는 일부를 차입금으로 충당할 경우 그 건설 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 유사한 성질의 지출금을 말하는 것으로서 위 관계법령에서 본 바와 같이 건설자금이자를 당해 사업연도의 소득금액계산상 손금에 산입하지 아니하고 자본적 지출로서 그 고정자산의 원본에 가산하도록 한 것은 건설기간 중에 발생된 건설을 위하여 차입한 금액의 이자를 건설원가에 산입하지 아니하고 기간비용에 계상하게 된다면 그 비용에 대응하는 수익이 없음에도 비용계산을 허용하는 셈이 되어 수익비용대응의 원칙에 위배된다는 점 등에 그 이론적 근거를 두고 있는 것인바 구 법인세법 제16조 제11호, 구 같은법시행령 제33조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 법인세의 과세표준 계산에 있어서 당해 사업용 고정자산의 건설에 소요된 차입금의 이자를 자본적지출로 하여 그 원본에 가산하도록 규정되어 있다. 반면 재고자산의 건설 등에 소요된 차입금의 이자는 당해 사업연도의 손금에 산입하고 있는 바 이는 재고자산이 생산과 판매가 일상․반복적으로 이루어지는 단기적 자산이므로 건설자금이자를 원본에 가산할 실익이 없기 때문이라 할 것이다. 한편 자산의 양도차익에 대한 법인세과세표준은 구 법인세법 제9조, 구 같은법시행령 제12조의 규정에 의하여 자산의 양도금액에서 양도한 자산의 양도당시 장부가액을 공제한 금액으로 하도록 되어 있고 법인세특별부가세의 과세표준은 구 법인세법 제59조의2 제1항, 제3항 제1호 및 구 같은법시행령 제124조의2 제2항의 규정에 의하여 자산의 양도가액에서 취득가액을 공제한 금액으로 하도록 되어 있는데 그 취득가액은 실제 취득가액, 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다고 되어 있을 뿐 건설자금에 충당한 금액의 이자를 특별히 법인의 사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자로 한정하지 아니하고 있는 것을 알 수 있다. 살피건대 법인이 토지 등을 양도한 경우에 그 처분이익은 각 사업연도의 소득에 합산되어 법인세를 납부함과 아울러 당해 토지 등을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 법인세와 별도로 법인세특별부가세를 납부하게 되는 것인데 각 사업연도소득에 포함되어 있는 토지 등의 양도에서 생긴 처분이익과 법인세특별부가세 과세표준으로서의 양도차익을 계산하는 방법이 서로 다르기 때문에 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산하기 위한 법인세에 관한 일반규정의 원리가 법인세특별부가세의 과세표준을 계산할 때에 그대로 적용될 수 없다고 할 것이므로 위 구 법인세법 제16조 제11호, 구 같은법시행령 제33조 제1항 및 제2항의 규정들이 법인세특별부가세의 과세표준의 계산에 있어서도 양도가액에서 공제할 건설자금에 충당한 금액의 이자를 사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자만을 의미한다고 축소해석할 근거는 되지 못한다 할 것이라는 점, 법인세특별부가세 과세표준을 계산함에 있어서도 사업용고정자산의 양도의 경우 취득가액과 건설자금에 충당한 금액의 이자가 그 중 일부는 감가상각비로서 나머지는 장부가액으로서 이미 법인세의 과세표준계산에 있어서 전액 손금산입되었음에도 취득가액과 건설자금이자를 양도가액에서 공제하도록 하고 있음에 비추어 보면 재고자산의 양도의 경우에도 그 건설에 소요되는 차입금에 대한 이자가 당해 사업연도의 영업외 비용으로 손금에 산입되었다고 해서 양도가액에서 공제할 수 없다고 볼 것은 아니라는 점, 주식회사의 외부 감사에 관한 법률 제13조의 규정에 의하여 ○○위원회가 정한 기업회계기준 제55조 제4항에서 제조 또는 건설 등에 장기간이 소요되는 재고자산에 사용된 차입금에 대한 이자비용 등은 당해 자산의 취득원가에 산입하도록 되어 있어 재고자산의 경우에도 건설자금이자를 인정하고 있는 점 등을 비추어 볼 때 법인세특별부가세의 과세표준계산시 건설자금이자를 사업용고정자산의 건설에 소요된 차입금의 이자만으로 볼 것은 아니므로 매매용 재고자산의 양도의 경우에도 건설자금에 충당한 금액의 이자는 특별부가세의 과세표준계산에 있어서 양도가액에서 공제되어야 한다고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 한 이 사건 경정거부처분은 잘못된 것이라 할 것이므로 처분청으로 하여금 청구인이 1997년도에 분양한 상가 등에 대한 건설자금이자상당액을 조사, 확인하여 이를 취득가액에 포함하여 양도차익을 산출하고 그 결과에 따라 법인세특별부가세의 과세표준과 세액을 경정하게 하는 것이 상당하다고 할 것이어서 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.