양도소득세 결정 후 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 경정할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998. 12. 5.(소유권이전등기일 1998. 12. 31) 처분청에 청구외 한ㅇㅇ과 공동으로 소유하던 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 404.4㎡와 건물 1,964.25㎡(지하 2층 지상 7층, 이하 이 사건 관련 부동산이라 한다) 중 청구인지분(토지 2분의1, 건물 1,964.25분의 1,762.29, 이하 이 사건 부동산이라 한다)을 청구외 김ㅇㅇ에게 양도한다는 내용의 부동산양도신고를 하고 같은 날 납세안내를 받았으나 양도소득세를 자진납부하지 않았다.
• 나. 처분청은 청구인이 위와 같이 부동산양도신고를 하고도 양도소득세를 자진납부하지 않은데 대하여 이 사건 부동산 양도에 대한 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하여 1999. 5. 12.자로 양도소득세 319,828,263원을 부과, 고지하는 처분(이하 이 사건 당초 부과처분이라 한다)을 하였다.
• 다. 처분청은, 청구인이 이 사건 부동산 중 토지 332.7㎡의 청구인지분 2분지1을 취득한 날은 잔금청산일인 1988. 10. 25.이고 양도한 날은 역시 잔금청산일인 1998. 12. 10.로서 그 보유기간이 10년 이상 되므로 이 부분 양도에 대한 양도소득 산정에 있어서 장기보유특별공제율은 100분의 30을 적용하여야 하는데도 5년 이상 10년 미만 보유한 경우에 적용하는 100분의 15를 적용한 것은 부당하다는 민원을 1999. 9. 11. 제기한 데 대하여, 이를 인정하여 장기보유특별공제율을 100분의 30으로 적용하여 이 부분 양도소득을 다시 산정한 다음 같은 해 9. 20. 이 사건 당초 부과처분에서 50,139,095원을 감액하는 것으로 경정하는 처분(이하 이 사건 감액 경정처분이라 하는데 이러한 감액 경정처분은 당초 처분의 일부를 취소하는 효력을 가지는 당초 처분의 변경이라는 법리에 따라 이 사건 실체적 심사청구의 대상은 이 사건 당초 부과처분 중 이 사건 감액 경정처분에 의하여 취소되지 아니하고 남은 부분으로 축소된다고 할 것이어서 이하 이 사건 당초 부과처분에서 50,139,095원을 감액하고 남은 부분인 269,689,168원을 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부동산 양도에 대한 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하여 이 사건 부과처분을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 이 사건 부동산의 취득당시와 양도당시의 실지거래가액이 모두 부동산매매계약서 등에 의하여 확인되는데도 처분청에서 청구인이 양도소득세를 자진납부하지 아니하였다는 이유로 청구인에게 사전예고통지도 없이 이 사건 부동산 양도에 대한 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하여 양도소득세를 부과한 것은 부당하고, 더구나 그 세액이 319,828,263원(이 사건 당초 부과처분의 세액은 319,828,263원이었는데 이 사건 감액 경정처분으로 269,689,168원으로 되었다)으로 별지 청구인이 주장하는 실지거래가액에 의한 양도차익 계산명세 기재와 같이 실지거래가액에 의하여 산정한 양도차익 220,517,976원보다 많게 되어 부당하므로 이 사건 부동산 양도에 대하여는 그 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하여 양도소득세를 부과하여야 한다.(청구인은 당초 심사청구에서는 이 사건 부동산 중 토지 332.7㎡의 청구인지분 양도에 대한 양도소득을 산정함에 있어서는 장기보유특별공제율을 100분의 30으로 적용하여야 한다는 주장을 하였는데 처분청에서 이 사건 감액 경정처분을 함에 따라 1999. 10. 6.자로 이 부분을 취하하였다)

• 가. 다툼 이 사건 부동산 양도에 대하여 그 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하여 양도소득세를 부과하여야 하는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 97.9㎡, 같은 동 ○○번지 대지 93.6㎡, 같은 동 ○○번지 대지 141.2㎡ 계 332.7㎡의 지분 2분의1을 청구외 박ㅇㅇ으로부터 1988. 9. 20. 매매를 원인으로 취득하여 같은 해 12. 31. 소유권이전등기하였다.(위 3필지 나머지 지분 2분의1의 소유자는 청구외 한ㅇㅇ이다)

(2) 청구인은 한ㅇㅇ과 함께 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 71.7㎡(청구인 지분 2분의1)를 청구외 전ㅇㅇ로부터 1989. 4. 20. 매매를 원인으로 취득하여 같은 해 6. 15. 소유권이전등기하였다.

(3) 청구인과 한ㅇㅇ은 1990. 5. 4. 위 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 71.7㎡, ○○번지 대지 93.6㎡, ○○번지 대지 141.2㎡를 위 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 97.9㎡에 합병하였다.(위 ㅇㅇ동 ○○번지의 합병 후 면적은 404.4㎡이다)

(4) 청구인과 한ㅇㅇ은 위 ㅇㅇ동 ○○번지에 근린생활시설을 건축하겠다는 1990. 8. 23. 건축허가를 받아 지하2층 지상7층 연면적 1,964.25㎡(각 층의 용도: 지하2층은 기계실 91.92㎡ 주차장 187.71㎡, 지하1층은 주차장 20.77㎡ 근린생활시설 278.43㎡, 지상1층은 주차장 21.08㎡ 근린생활시설 152.58㎡, 지상2층부터 지상6층까지 각 201.96㎡ 계 1,009.8㎡는 업무시설(사무실), 지상 7층은 주택 201.96㎡)의 건물을 1992. 9. 26. 준공하고 같은 해 10. 10. 청구인 지분을 1,964.25분의 1,762.29, 한ㅇㅇ 지분을 1,964.25분의 201.96으로 하여 소유권보존등기 하였다.

(5) 1998. 10. 27. 청구인은 김ㅇㅇ, 청구외 김ㅇㅇ과 이 사건 관련 부동산을 2,620,000,000원에 양도한다는 부동산매매계약서를 작성한 다음, 같은 해 10. 29. 청구인, 한ㅇㅇ 공동 명의로 김ㅇㅇ, 김ㅇㅇ과 이 사건 관련 부동산 매매에 대한 부동산매매계약서를 추가로 작성하였다.

(6) 1998. 11. 5. 청구인은 청구외 ○○구청장에게 부동산거래신고를 하면서 같은 해 10. 27.이나 같은 해 10. 29. 김ㅇㅇ, 김ㅇㅇ과 작성한 위 부동산매매계약서가 아닌 매매계약서를 작성, 제출하여 검인을 받았는데 그 계약서에는 청구인이 이 사건 부동산을 김ㅇㅇ에게 1,106,000,000원에 양도하는 것으로 되어 있다.

(7) 1998. 12. 5. 청구인은 처분청에 ○○구청장의 검인을 받은 위 부동산매매계약서(이 사건 부동산을 김ㅇㅇ에게 매매대금 1,106,000,000원에 양도한다는 내용의 부동산매매계약서), 이 사건 관련 부동산의 토지대장과 건축물관리대장을 첨부하여 부동산양도신고를 하였고, 처분청은 청구인에게 토지와 건물별로 각각 부동산양도신고확인서를 발급하면서 부동산양도신고에 따른 안내서〔이 안내서도 토지와 건물별로 각각 납세안내를 한 것으로 그 내용은 “납부기한 내에 세액을 납부하면 실지거래가액에 의한 과세대상인 경우를 제외하고 별도 조사 또는 확인 없이 부동산양도에 따른 납세의무가 종결되고, 납부할 양도소득세는 토지에 대한 것이 259,121,138원(공시지가에 의하여 산출된 세액), 건물에 대한 것이 12,732,888원(시가표준액에 의하여 산출된 세액)으로 계 271,854,026원이며, 이를 잔금을 받은 날이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 납부하여야 한다”고 되어 있다〕를 교부하였다.

(8) 청구인은 위와 같은 납세안내를 받고도 이 사건 부동산 양도에 대한 실지거래가액을 신고하지 않고 양도소득세도 자진납부하지 아니하였다.

(9) 청구인은 이 사건 부동산을 위 김ㅇㅇ에게 1998. 11. 5. 매매를 원인으로 같은 해 12. 31. 소유권이전등기 하였다.

(10) 처분청은 청구인에게 이 사건 부동산 양도에 대한 양도소득을 기준시가를 적용, 산정하여 1999. 5. 12.자로 양도소득세 319,828,260원을 부과, 고지하는 이 사건 당초 부과처분을 하였다.

(11) 청구인은 처분청에서 이 사건 당초 부과처분을 하자 이 사건 부동산 중 토지 332.7㎡(위 토지에 합병되기 전의 토지인 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 97.9㎡, 같은 동 ○○번지 대지 93.6㎡, 같은 동 ○○번지 대지 141.2㎡) 소유지분 2분의1의 보유기간은 취득할 때 잔금청산일이 1988. 10. 25.이고 양도할 때의 잔금청산일은 1998. 12. 10.이어서 10년 이상이 되어 장기보유특별공제율을 100분의 30으로 적용하여 양도소득을 산정하여야 하는데도 5년 이상 10년 미만 보유한 경우에 적용하는 100분의 15로 적용한 것은 부당하다는 민원을 1999. 9. 11. 제기하였고, 처분청은 청구인의 민원을 그대로 인정하여 장기보유특별공제율 100분의 30을 적용하여 1999. 9. 20.자로 이 사건 당초 부과처분에서 50,139,095원을 감액하는 처분을 하였다.

(12) 청구인은 이 사건 부동산의 실지거래가액이 입증되는 자료라고 하며 취득당시와 양도당시의 부동산매매계약서 등을 제시하고 있는데 이를 보면 다음과 같다. (가) 취득당시의 실지거래가액이 입증되는 증빙이라며 제시하는 자료

① 합병 전의 토지인 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 97.9㎡, ○○번지 대지 93.6㎡, ○○번지 대지 141.2㎡ 3필지 계 332.7㎡의 소유지분 2분의1 취득 당시의 부동산매매계약서 사본 위 사본에 의하면 청구인은 위 3필지의 소유지분 2분의1을 박ㅇㅇ으로부터 350,000,000원에 매수하는 것으로 1988. 9. 20. 계약을 체결하고 매매대금을 계약시에 계약금으로 40,000,000원, 같은 해 10. 4. 중도금으로 160,000,000원, 같은 해 10. 25. 잔금 150,000,000원을 지급하는 것으로 되어 있다. 그리고, 청구인은 이에 대한 추가 증빙으로 위 박ㅇㅇ이 위 3필지 소유지분 2분의1을 청구인에게 350,000,000원에 양도하였다는 내용으로 1999. 8. 10. 작성한 확인서를 제시하고 있다.

② 합병 전의 필지인 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동○○번지 대지 71.7㎡의 지분 2분의1 취득 당시의 부동산매매계약서 사본 위 사본에 의하면 청구인과 한ㅇㅇ은 공동으로 위 토지를 전ㅇㅇ로부터 90,000,000원에 매수하는 것으로 1989. 4. 20. 계약을 체결하여 계약시에 계약금 10,000,000원, 같은 해 5. 16. 중도금 50,000,000원, 같은 해 5. 31. 잔금 30,000,000원을 지급하는 것으로 되어 있다.

③ 이 사건 부동산 중 건물의 설계감리계약서 사본, 건설공사표준도급계약서 사본, 가스공사계약서 사본 위 건물의 설계감리계약서에 의하면 한ㅇㅇ과 청구외 (주) ㅇㅇ종합건축사무소는 위 건물 설계감리를 13,000,000원에 하는 것으로 1990. 4. 16. 계약하였고, 위 건설공사표준도급계약서 사본에 의하면 한ㅇㅇ과 청구외 ㅇㅇ산업(주)는 위 건물 건축공사를 930,000,000원에 시공하는 것으로 1990. 12. 3. 계약하였으며, 위 건물의 가스공사계약서 사본에 의하면 청구외 김ㅇㅇ과 ㅇㅇ공영은 위 건물의 도시가스시설공사를 11,000,000원에 시공하는 것으로 1991. 12. 12. 계약하였다. (나) 양도당시의 실지거래가액이 입증되는 증빙이라며 제시하는 자료

① 청구인과 김ㅇㅇ, 김ㅇㅇ의 대리인 한ㅇㅇ가 1998. 10. 27.자로 체결한 부동산매매계약서 사본 위 계약서 사본에 의하면 청구인과 김ㅇㅇ, 김ㅇㅇ은 이 사건 관련 부동산을 2,620,000,000원에 매매하는 것으로 1998. 10. 27. 계약을 체결하였다.

② 청구인, 한ㅇㅇ과 김ㅇㅇ, 김ㅇㅇ의 대리인 한ㅇㅇ가 1998. 10. 29.자로 체결한 부동산매매계약서 사본(이하 양도당시의 이 사건 관련 부동산 2차 매매계약서라 한다) 위 계약서 사본에 의하면 그 제1항에 “매도인들(청구인과 한ㅇㅇ)은 이 사건 관련 부동산을 매수인(김ㅇㅇ과 김ㅇㅇ)에게 양도하는 계약을 한ㅇㅇ가 대리하여 1998. 10. 27. 체결하였다”고 되어 있고, 제2항에 “위 매매계약에 기하여 매수인들은 매도인들에게 위 매매대금으로 1998. 10. 27. 2억 원을, 1998. 10. 28. 1억 원을, 1998. 10. 29. 8억 2천만 원을 지불하였다.”고 되어 있고, 제3항에서 “매수인들은 1998. 10. 29. 현재까지 본 계약목적물인 토지 및 건물에 대한 아래 가압류채무 및 담보물권의 피담보채무를 변제하고 그 각 등기의 말소등기 신청 등의 절차를 이행하였다. 아래 1)항, 본 건 토지 및 건물에 대한 이ㅇㅇ의 가압류 60,000,000원(채무자 청구인), ㅇㅇㅇ상호신용금고의 근저당권 750,000,000원(채무자 장ㅇㅇ), ○○은행의 근저당권 104,000,000원(채무자 김ㅇㅇ, 청구인의 아들로 보인다), ○○은행의 근저당권 39,000,000원 3건 계 117,000,000원(채무자 청구인), 김ㅇㅇ의 근저당권 85,000,000원(채무자 청구인), 2)항 본 건 토지에 대한 ○○은행의 근저당권 42,000,000원(채무자 최ㅇㅇ), ㅇㅇ은행의 근저당권 30,000,000원(연대채무자 한ㅇㅇ), 3)항 본 건 건물에 대한 이ㅇㅇ의 전세권 150,000,000원, 이상”(위 금액의 합계액은 1,338,000,000원인데 가압류 및 근저당권 관련 실제 채무액은 나타나 있지 아니하며 이 부분이 매매대금에 포함되는 것인지 여부가 불분명하다)으로 되어 있고, 제4항은 “본 건 건물 임대차 보증금 합계금 1,175,000,000원의 반환 채무를 매수인들이 인수하기로 하며, 매도인(매수인을 매도인으로 잘못 기재한 것으로 보인다)들이 매수인(매도인을 매수인으로 잘못 기재한 것으로 보인다)에게 1998. 11. 10. 지급하여야 할 잔금 15억 원 중 이를 공제하기로 하고, 이 사건 토지 및 건물에 대한 박ㅇㅇ의 1억 원 가압류에 대하여는 현재 본안 소송이 계속 중이므로 매수인들이 잔금 중 1억 원의 지급을 보류하며 매도인들이 위 박ㅇㅇ의 가압류 말소서류를 제공할 때 지급보류 중인 1억 원을 지급하기로 한다. 결국 잔금일인 1998. 11. 10.에 매도인들에게 매수인들이 현실 지급할 돈은 2억 2,500만 원이다”라고 되어 있고, 그 입회인으로 변호사인 청구외 김ㅇㅇ의 서명 날인이 되어 있다.

• 다. 관계법령의 규정

(1) 양도차익의 계산에 관한 관계 규정 소득세법 제94조 는 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다고 규정하여 그 제1호에서 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득이라고 규정하고 있고, 제96조는 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다고 규정하여 그 제1호에서 제94조 제1호․제2호 및 제5호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류․보유기간․거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있으며, 제97조 제1항은 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다고 규정하여 제1호 취득가액 (가)목에서 제94조 제1호․제2호 및 제5호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류․보유기간․거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있다. 그리고, 소득세법시행령 제166조 제4항 은 법 제96조 제1호 단서 및 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서에서 “당해 자산의 종류․보유기간․거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하여 그 제1호로 단기매매차익을 목적으로 다음의 자산을 양도하는 경우, (가)목, 제157조 제3항 제2호의 자산(부동산을 취득할 수 있는 권리), (나)목, 취득 후 1년 이내의 부동산, 제2호로 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성․주민등록의 허위 이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우 및 법 제104조 제3항에 규정된 자산(미등기 양도자산)을 양도하는 경우, 제3호로 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우를 규정하고 있다.

(2) 양도소득세 신고와 양도소득세 결정에 관한 규정 소득세법 제105조 제1항 은 제94조 각 호에 규정하는 자산을 양도한 거주자(제165조의 규정에 의한 부동산양도신고를 한 거주자는 제외한다)는 제95조 제1항의 규정에 의하여 계산한 양도차익을 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있고, 제109조 제1항은 거주자가 자산양도차익예정신고 또는 자산양도차익예정신고 자진납부를 하지 아니하였거나 그 신고한 양도차익이나 납부한 세액에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 즉시 양도차익 또는 세액을 결정하거나 경정하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 거주자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있으며, 제110조 제1항은 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있고, 제113조 제1항은 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제110조의 규정에 의하여 양도소득세 과세표준확정신고를 하여야 할 자에 대하여는 당해 연도의 과세표준과 세액을 다음 연도 7월 31일까지 결정한다고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법(1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제165조 제1항은 거주자가 부동산을 매매하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 부동산의 거래내용을 납세지 관할세무서장에게 신고(이하 이 조에서 “부동산양도신고”라 한다)하여야 한다. 다만, 주택․농지 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정되어 있고, 제2항은 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 따라 부동산양도신고확인서를 교부하여야 한다고 규정하고 있으며, 제3항은 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 따라 납부세액에 관한 안내서를 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 제4항은 거주자가 제3항에서 규정하는 안내서에 따라 세액을 자진 납부하는 때에는 제106조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고 자진납부를 한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 소득세법시행령 제224조 제1항 은 부동산을 매매한 자는 부동산 소유권 이전에 관한 등기를 신청하는 날까지 재정경제부령이 정하는 부동산양도신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 부동산양도신고를 하여야 한다고 규정하여 제1호에서 토지대장, 제2호에서 토지 및 건물등기부등본 등으로 규정하고 있다.

• 라. 판단 살피건대, 위 관계 법령의 규정을 종합하여 보면, 부동산을 양도한 거주자가 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 납부하고자 하면 소득세법 제96조 제1호 단서, 제97조 제1항 단서와 같은 법 시행령 제166조 제4항의 규정에 따라 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일까지 증빙서류를 갖추어 양도당시와 취득당시의 실지거래가액을 관할 세무서장에게 신고하도록 되어 있는데 이러한 규정은 소득세법에서 자산을 양도한 경우에 양도차익을 결정함에 있어 기준시가 과세원칙을 채택함으로써 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 않도록 보완하기 위하여 규정한 것으로 양도한 자산의 양도소득세 과세표준과 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 신고한 경우에 한하여 실지의 양도 및 취득가액에 의하여 양도차익을 결정한다는 것이므로 처분청에서 1998. 12. 5. 청구인의 부동산양도신고에 따라 납부세액에 대한 안내서를 교부하였음에도 청구인이 이 사건 부동산 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 전에 실지거래가액을 신고하지 아니하였고 청구인이 제시하는 양도당시의 계약서는 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 양도가액이 불확실하고 청구인이 제시한 양도 및 취득 당시의 계약서 이외에 이를 뒷받침하는 다른 증거가 없어 이 사건 부동산의 양도당시의 실지거래가액을 객관적으로 확인할 수 없어 처분청에서 기준시가에 의하여 양도차익을 결정한 것을 두고 무슨 잘못이 있다고 할 수 없고 청구 주장은 이유 없다고 할 것이다.

그렇다면 처분청에서 청구인에게 이 사건 부동산 양도에 대하여 그 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하여 이 사건 부과처분을 한 것은 아무런 잘못이 없고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.