차선확장공사는 유료도로관리권을 지출액만큼 신규로 취득한 것으로 보아 기존공사비와 확장공사비를 분리하여 감가상각비를 계상하며, 청사건립비출연금은 지정기부금의 종류가 법정되어 있으므로 국가기증기부금으로 볼수 없고,민간업체에는 유상임대하면서 자회사에게 무상임대한 것은 조세부담을 부당하게 경감시킨 것으로 부당행위부인대상임
차선확장공사는 유료도로관리권을 지출액만큼 신규로 취득한 것으로 보아 기존공사비와 확장공사비를 분리하여 감가상각비를 계상하며, 청사건립비출연금은 지정기부금의 종류가 법정되어 있으므로 국가기증기부금으로 볼수 없고,민간업체에는 유상임대하면서 자회사에게 무상임대한 것은 조세부담을 부당하게 경감시킨 것으로 부당행위부인대상임
심사청구를 기각한다.
(1) 유료도로관리권 감가상각비 중 차선확장공사비와 관련하여 감가상각비를 손금 부인한 부분 처분청은 고속국도의 노선을 확장하는 경우 이는 차선을 새로이 설치하는 것으로 그 차선확장공사비는 기존차선에 대한 자본적지출이 아니므로 확장 차선은 신규 취득 자산에 해당하여 유료도로관리권에 대한 감가상각비를 산정함에 있어서는 감가상각 기초가액을 기존차선건설공사비와 확장차선공사비를 구분하여야 하고 기존차선건설공사비 중 8개 기존차선의 건설공사비 917,128,242,000원은 이미 감가상각이 완료되어 감가상각 기초가액에서 제외되어야 하므로 유료도로관리권에 대한 감가상각비 계 92,025,620,000원이 과다 계상된 것으로 보았다. 그러나 청구인은 고속국도를 설치하고 이를 유료도로관리권으로 건설교통부장관에게 등록하는데 전국의 모든 고속국도 노선을 일괄하여 하나의 유료도로관리권으로 등록하였고 노선확장공사는 기존 노선을 개량하는 것일 뿐이어서 차선확장공사비는 기존 노선에 대한 자본적지출에 해당하므로 유료도로관리권의 감가상각비를 계상함에 있어서 그 감가상각 기초가액을 기존차선건설공사비와 차선확장공사비를 합산한 금액으로 하여 감가상각비를 산정, 신고한 청구인의 계산방식은 정당하다.
(2) ㅇㅇㅇㅇ기술연구원 청사건립비 출연금을 손금부인한 부분 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원에 출연금을 내게 된 것은 청구인에 대한 업무감독권과 예산편성 권고권을 가지고 있는 건설교통부와 재정경제부(구 재정경제원)의 지시에 의하여 청구인의 의사와는 무관하게 내게 된 것으로서 정부에서 부담하여야 할 비용을 청구인이 대신하여 부담한 것이므로 국가에 기증한 기부금으로 보아 손금으로 인정하여야 한다.
(3) 기부채납 받기로 한 “고속도로정보안내판”의 자산수증이익을 준공 당시 사업연도의 익금으로 산입한 부분 처분청은 광고업체가 청구인에게 기부채납을 조건으로 1993사업연도와 1994사업연도에 설치한 “고속도로정보안내판”(설치가액 계 3,412,799,792원, 이하 위 광고시설물이라 한다)의 자산수증이익을 준공시기별로 위 2개 사업연도의 익금으로 보았다. 그러나 위 광고시설물은 청구외 (주) ㅇㅇ전장(이하 “ㅇㅇ전장”이라 한다)과 당초 계약체결 때 시설물의 소유권이 준공과 동시에 청구인에게 귀속되는 것으로 약정하였으나 계약기간 중의 시설물 유지관리와 중도철거 및 이설 비용을 광고업체가 부담하는 것으로 약정되어 있어 계약기간 중에 광고업체가 실질적인 소유권을 갖게 되는 모순을 시정하기 위하여 소유권 귀속시기를 계약기간 만료일이나 계약해지시점으로 변경하였으므로 위 광고시설물의 수증이익은 계약기간 만료일이나 계약해지시점에 청구인의 익금으로 계상되어야 하는 것으로 그 준공시기가 속하는 사업연도별로 소득금액에 산입한 것은 잘못이다.
(4) ○○공단에 고속도로휴게소와 주유소를 무상 임대함에 따라 수입에 이르지 못한 임대료 상당액을 부당행위계산부인한 부분 처분청은 청구인이 자회사인 (주) ○○공단(이하 ○○공단이라 한다)에 고속도로휴게소를 운영하게 하면서 임대보증금과 임대료를 면제한 것을 부당행위계산으로 보아 임대료 상당액 계 3,375,092,890원(민간업체에 임대한 다른 고속도로휴게소에 대한 임대료를 기준으로 산출한 금액)을 익금 산입하였다. 그러나 법인세법에서 부당행위계산부인이란 법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 그 법인과 특수관계 있는 자와 거래에 있어서 조세의 부담을 부당히 감소시키기 위한 것으로 인정되는 경우라고 규정하고 있는데 이는 납세자가 경제적인 합리성이 없는 비정상적인 거래형식을 취하여 조세의 부담을 회피하거나 경감시키는 경우에 그 거래행위나 계산을 부인하는 것으로서 여기에서 경제적인 합리성의 유무에 대한 판단은 제반사정을 구체적으로 고려하여 판단하여야 할 것으로 청구인의 경우 정부의 방침에 따라 1994년도부터 고속도로휴게소를 민영화하였으나 적자가 나서 반납되거나 신설되어 운영상태가 정상에 이르지 못하여 민영화되지 않고 있는 고속도로휴게소와 주유소를 공익상 운영을 중단할 수 없어 운영상태가 흑자가 되어 민영화될 때까지 한시적으로 ○○공단에게 강제적으로 운영하도록 하기 위하여 임대료를 면제한 것으로서 조세의 부담을 부당히 감소시키기 위한 것이 아니므로 이를 부당행위계산부인 대상으로는 볼 수 없다.
(1) 유료도로관리권의 감가상각비를 산정할 때 고속국도 노선의 차선을 확장하는데 소요된 공사비를 기존차선에 대한 자본적지출로 보아 기존차선건설공사비와 차선확장공사비를 합산한 금액을 감가상각 기초가액으로 보아야 하는지 여부
(2) ㅇㅇㅇㅇ기술연구원 청사건립비 출연금 2,500,000,000원을 국가에 기증한 기부금으로 볼 수 있는지 여부
(3) 고속도로정보안내판의 자산수증이익 계상 시기를 사용계약기간 만료시점으로 보아야 하는지 여부
(4) 청구인이 자회사인 ○○공단에 고속도로휴게소와 주유소를 무상 임대한 것이 부당행위계산부인 대상이 되는 것인지 여부
(1) 첫째 다툼에 대하여 살펴본다. (가) 인정 사실
① 청구인은 한국도로공사법 제1조 의 규정에 의하여 도로의 설치․관리 기타 이에 관련된 사업을 행하게 함으로써 도로의 정비를 촉진하고 도로교통의 발달에 이바지 하게 함을 목적으로 설치된 법인으로 고속국도를 신설․개축․관리하는 업무를 하고 있고 이를 통행하거나 이용하는 자로부터 받는 통행료를 주수입으로 하고 있다.
② 청구인은 ○○선 등 20개 고속국도 노선에 대한 유료도로관리권을 구간별로 등록하고 있다가 1999. 9. 7. 유료도로 통합운영 및 통행료 징수기간을 변경한다는 사유로 건설교통부장관에게 일괄 등록 신청하였고 건설교통부장관은 이를 받아들여 같은 해 10. 21. 등록필증을 교부하였다.
③ 청구인은 유료도로관리권을 고속국도 건설에 소요된 투자비로 평가하고 각 사업연도별로 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 86호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항 별표 4 “무형고정자산의 내용연수표” 상의 내용연수 10년의 상각율을 적용하여 감가상각을 하면서 차선확장공사비를 기존차선에 대한 자본적지출에 해당한다고 보아 기존차선건설공사비에 차선확장공사비를 가산한 금액을 감가상각 기초가액(이러한 계산방식은 상각이 완료된 기존차선건설공사비 부분이 상각 완료된 사업연도 이후에도 계속하여 감가상각 기초가액이 되게 된다)으로 하여 매년 10%의 상각율을 적용하여 별지 3 차선확장공사비 관련 유료도로관리권 감가상각비에 대한 청구인과 처분청 계산내역의 “청구인 계상내역” 기재와 같이 감가상각비를 산정하였다.(청구인의 차선확장공사를 보면, 기존 차선의 폭을 넓히거나 상태를 개량한 것이 아니라 2차선 또는 3차선이던 기존 고속국도 옆에 새로운 차선을 추가로 건설하여 고속국도 노선을 3차선 또는 4차선으로 만든 것이다.)
④ ㅇㅇ지방국세청은 1998. 9. 28.부터 같은 해 11. 25.까지 청구인의 1993사업연도부터 1997사업연도까지의 법인세과세표준 신고내용에 대한 세무조사를 하여 별지 1세무조사결과 소득금액 누락명세기재와 같이 청구인이 위 5개 사업연도 동안에 모두 163,205,061,181원의 소득금액을 누락하였다고 보아 이 사건 부과처분을 하였는데 위 163,205,061,181원 중 유료도로관리권에 대한 감가상각비 손금부인액은 142,828,894,168원(손금부인액 내역: 용지비 관련 금액 39,016,641,409원, 수선유지비 관련 금액 3,346,384,969원, 잔여지 관련 금액 763,782,678원, 노선확장공사비 관련 금액 92,025,620,000원, 사채할인건설자금이자 관련 금액 6,966,465,112원, ○○교차로 관련 금액 1,710,000,000원)으로 그 중 노선확장공사비와 관련한 유료도로관리권 감가상각비는 92,025,620,000원이다.
⑤ 처분청은, 차선확장공사는 추가되는 도로부지상에 공사비를 투입하여 도로라는 구축물을 새로이 건설하고 이를 근거로 별도의 유료도로관리권을 취득하는 것으로 이는 사실상 새로운 도로를 건설하고 차선확장 부분에 대하여 별도의 유료도로관리권을 신규 취득하는 것으로 보아야 하므로 유료도로관리권의 감가상각 기초가액은 기존차선건설공사비와 차선확장공사비를 분리하여 계상하여야 한다는 이유로 청구인이 감가상각 기초가액으로 한 누적투자가액(기존차선건설공사비에 차선확장공사비를 가산한 금액) 중 상각이 완료된 기존차선건설공사비를 제외하여 (기존차선건설공사비는 확장차선 준공시점의 사업연도부터 10년의 내용연수 내에 있는 부분만을 감가상각 기초가액으로 하였다) 별지 4 감가상각비 손금부인명세(별지 4 감가상각비 손금부인 명세내용: ㅇㅇ지방국세청장은 “○○선”, “○○선”, “○○선”, “○○선”, “○○로”의 기존차선공사비는 1993사업연도 이전에 상각 완료되었다고 보아 기존차선공사비를 감가상각 기초가액에서 제외하여 이에 대한 감가상각비를 모두 부인하고, “○○선”의 기존차선공사비는 45,008,735,000원 중 40,395,275,000원이 1993사업연도 이전에 감가상각 완료되었다고 보아 1993사업연도에 위 금액을 감가상각 기초가액에서 제외하여 이에 대한 감가상각비 4,039,528,000원을 부인하고 1994사업연도 이후에는 기존차선공사비에 대한 감가상각비를 모두 부인하며, “○○선”의 기존차선공사비는 3,944,291,000원이 1993사업연도 이전에 감가상각 완료되었다고 보아 1993사업연도부터 1997사업연도까지의 감가상각 기초가액에서 위 금액을 제외하여 이에 대한 감가상각비를 부인하고, “88선”의 기존차선공사비 206,889,484,000원은 1996사업연도까지 186,513,331,000원이 감가상각되어 1997사업연도에 계상할 수 있는 감가상각비는 20,376,153,000원이라고 보아 청구인이 1997사업연도에 ○○선에 대하여 계상한 감가상각비 20,688,948,000원 중 312,795,000원을 부인하였다.) 기재와 같이 ○○선 등 8개 노선의 기존차선건설공사비 917,128,242,000원은 감가상각이 완료되어 감가상각 기초가액에서 제외하여야 하는데도 청구인이 이를 감가상각 기초가액에 포함한 결과 별지 3 노선확장공사비 관련 유료도로관리권 감가상각비에 대한 청구인과 처분청 계산내역의 “처분청 계상내역” 기재와 같이 감가상각비 92,025,620,000원을 과다 계상하였다고 보아 이를 손금부인 하였다. (나) 관계법령의 규정
① 감가상각비에 관한 규정 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조에 의하면 다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하여 그 제12호에서 법인의 각 사업연도에 계상한 고정자산의 감가상각비로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 초과하는 부분의 금액이라고 규정되어 있고, 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항에 의하면 감가상각비의 계산은 법인이 고정자산의 상각액을 손금에 계상하였을 경우에 고정자산의 내용연수에 따른 상각비율에 의하여 계상한 액을 한도로 하여 이를 소득금액상 손금으로 계산한다고 규정되어 있으며 제49조 제1항에 의하면 총리령이 정하는 무형고정자산은 총리령이 정하는 내용연수와 그에 따른 총리령이 정하는 상각방법별 상각비율에 의하여 상각한다고 규정되어 있다.(구 법인세법시행령 제49조 제1항 은 1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전에는 “고정자산의 내용연수와 상각비율은 재무부령이 정하는 바에 의한다”라고 규정되어 있다가 1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 “제48조 제1항의 규정에 의한 고정자산의 내용연수와 상각비율은 자산별․업종별로 총리령이 정하는 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 25에 상당하는 연수를 가감하여 총리령이 정하는 내용연수범위 내에서 법인이 선택 적용하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수와 그에 따른 상각비율에 의한다”라고 개정되었다가 1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 위와 같이 개정되고 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정된 것이다) 그리고 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항에 의하면 무형고정자산의 내용연수와 상각비율은 별표 4에 규정된 바에 의한다고 규정하고 있고 별표 4 “무형고정자산의 내용연수표”에 의하면 유료도로관리권의 내용연수는 10년으로 규정되어 있다.
② 자본적지출에 관한 규정 구 법인세법 시행령 제57조 는 법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 수선비는 수익적 지출로 하고 당해 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비는 이를 자본적 지출로 본다. 이 경우에 수익적 지출과 자본적 지출의 구분이 분명하지 아니한 경우에는 총리령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있고, 구 법인세법시행규칙 제33조 제1항 은 수익적 지출과 자본적 지출의 구분이 분명하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 예에 의하여 이를 구분한다고 규정하여 제1호에서 다음에 게기하는 것에 대한 지출은 수익적 지출로 한다고 규정하여 (가)목, 건물 또는 벽의 도장, (나)목, 파손된 유리나 기와의 대체, (다)목, 기계의 소모된 부속품의 대체와 벨트의 대체, (라)목, 자동차의 타이어튜브의 대체, (마)목, 재해를 입은 자산에 대한 외장의 복구, 도장, 유리의 삽입, (바)목, 기타 조업가능한 상태의 유지 등 전 각 호와 유사한 성질의 것이라고 규정하고 있고, 제2호에서 다음에 게기하는 것에 대한 지출은 자본적 지출로 한다고 규정하여 (가)목, 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, (나)목, 엘리베이터 또는 냉․난방장치의 설치, (다)목, 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치, (라)목, 재해 등으로 인하여 건물․기계․설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래의 용도에 이용가치가 없는 것의 복구, (마)목, 기타 개량․확장․증설 등 전 각 호와 유사한 성질의 것이라고 규정하고 있다.
③ 유료도로관리권에 관한 규정 유료도로법 제2조 제3항 은 이 법에서 “유료도로관리권”이라 함은 유료도로를 유지․관리하고 유료도로를 통행하거나 이용하는 자로부터 통행료 또는 점용료 등을 징수하는 권리를 말한다고 규정하고 있고, 제3조의2는 유료도로관리권을 설정하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 도로관리청(1997. 12. 13. 법률 제5454호로 개정되기 전에는 건설교통부장관으로 되어 있었다)에 등록하여야 한다고 규정되어 있고, 제9조 제2항은 징수기간을 통하여 징수되는 통행료의 총액은 당해 유료도로의 신설․개축․유지․수선․기타 관리에 요하는 비용의 원리금의 총액을 초과할 수 없다고 규정하고 제3항은 고속국도에 대하여 제1항 및 제2항의 규정에 의한 통행료의 액과 징수기간의 기준을 적용함에 있어서 2 이상의 도로가 다음 각 호의 요건에 해당하는 경우에는 건설교통부장관의 승인을 얻어 이들 도로를 하나의 도로로 하여 통행료를 징수할 수 있다고 규정하여 그 제1호에서 당해 둘 이상의 도로에 대한 유료도로관리권자가 동일할 것, 제2호에서 당해 둘 이상의 도로가 교통상 관련을 가지고 있을 것, 당해 둘 이상의 도로에 대한 통행료의 징수를 통합하여 행하여야 할 특별한 사유가 있을 것이라고 규정하고 있다.
④ 정부투자기관회계규정의 유료도로관리권에 관한 규정 정부투자기관회계규정 제267조 제1항에 의하면 유료도로관리권의 감가상각은 당해 연도 도로부문 수입에서 비용을 차감한 잔액을 상각하되 도로투자가액 회수시까지 상각한다고 규정되어 있다. (다) 판단 위 관계 법령에 의하면 유료도로관리권은 무형고정자산으로 10년간 감가상각하도록 되어 있고 위 인정 사실에 의하면 청구인은 유료도로관리권의 가액을 고속국도 건설에 소요된 투자비로 평가하고 있는바, 고속국도에 대한 유료도로관리권의 평가액은 당해 고속국도 건설에 소요된 최초의 공사비와 자본적지출 그리고 차선확장공사비가 된다고 할 것이고, 차선확장은 기존차선 옆에 새로운 차선을 건설하는 것으로 차선확장 전의 기존차선이 준공 후 10년의 감가상각 기간이 지난 경우에는 이에 대한 유료도로관리권의 감가상각 기초가액은 차선확장공사비만이 된다고 할 것이므로 이러한 경우 차선확장공사는 그 가액 상당의 유료도로관리권을 신규로 취득한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것인데도 청구인은 차선확장공사비가 자본적지출이라는 사유로 감가상각 기간이 지난 기존차선건설공사비가 있는 도로의 경우에도 그 기존차선건설공사비에 차선확장공사비를 가산한 금액을 감가상각 기초가액으로 하여 감가상각비를 계산하였다는 것이니 처분청에서 유료도로관리권에 대한 감가상각 기초가액을 기존차선건설공사비와 차선확장공사비를 분리하고 기존차선건설공사비 중 감가상각이 완료된 부분을 제외하여 감가상각비를 계산하여 과다 계산된 감가상각비를 손금 부인한 것에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없어 이 부분 청구 주장은 이유 없다고 할 것이다.
(2) 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. (가) 인정 사실
① 건설교통부장관은 청구인에게 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원 청사 건축을 위한 출연금으로 1995. 5. 10. 5억 원을 출연요청하였고, 같은 해 5. 26.에는 위 같은 용도로의 출연금으로 1996사업연도와 1997사업연도 예산에 각 10억 원씩을 반영하여 달라는 요청을 하였다.〔건설교통부의 “ㅇㅇㅇㅇ기술연구원 청사건립 추진현황”(1995. 5. 25. 작성)에 의하면 건설교통부는 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원 건립비 총 200억여 원을 1994년도부터 1998년도까지 정부에서 89억 원을 출연하고 나머지는 청구인 등 정부투자기관으로부터 출연받는데 청구인으로부터는 모두 20억 원을 출연받는 것으로 되어 있다.〕
② 청구인은 1994사업연도에 700,000,000원, 1995사업연도에 800,000,000원, 1996사업연도에 1,000,000,000원 계 2,500,000,000원을 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원에 청사건립비로 출연하고 이를 위 3개 사업연도의 법인세과세표준을 신고하면서 국가에 기증한 기부금으로 하여 손금 계상하였다.
② 처분청은 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원은 국가기관에 해당하지 아니하여 위 기부금을 국가에 기증한 기부금으로 볼 수 없고 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원에 대한 청사건립비 지원금은 법인세법에서 지정기부금으로 규정하고 있지 아니하므로 위 기부금은 전액 손금산입 대상이 되지 아니한다고 보아 위 기부금을 청구인의 위 3개 사업연도 소득금액에 익금산입 하였다. (나) 관계법령의 규정
1997. 12. 31.까지 시행된 구 법인세법(1997. 12. 13. 법률 5418호로 개정되기 전의 것, 이하 1997. 12. 31.까지 시행된 법인세법이라 한다) 제18조 제1항에 의하면 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지․문화․예술․교육․종교․자산 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(지정기부금) 중 당해 사업연도의 소득금액(제3항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 결손금을 차감한 금액에 100분의 7을 곱하여 산출한 금액을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 제3항에 의하면 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액, 국방헌금과 휼병금, 천재․지변으로 생긴 이재민을 위한 구호금품의 가액은 당해 사업연도의 소득금액에서 결손금을 차감한 금액을 초과하지 않는 범위 내에서 전액 기부금으로 인정한다고 규정되어 있으며, 구 법인세법시행령 제42조 와 구 법인세법시행규칙 제17조 에서 법 제18조 제1항에서 대통령령이 정하는 기부금의 범위를 열거하여 규정하였는데 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원에 대하여는 아무런 규정이 없다. (다) 판단 살피건대, 위 관계 법령의 규정에 의하면 국가나 지방자치단체에 기증한 금품, 국방헌금, 휼병금, 이재민 구호금품은 당해 사업연도 소득금액에서 결손금을 차감한 금액을 초과하지 않는 범위에서 전액 인정된다고 규정하고 있고, 일정 범위내에서 손금 인정되는 지정기부금의 종류를 명시하여 규정하고 있으나 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원에 대하여는 아무런 규정이 없다. 그리고 청구인이 청구인에 대하여 업무감독을 하는 건설교통부장관의 권유에 의하여 ㅇㅇㅇㅇ기술연구원에 청사건립비 2,500,000,000원을 출연한 사실은 인정되나 그 출연이 국가기관의 권유에 따라 행하여진 것이라 하여 국가를 출연의 상대방으로 본다거나 실질적인 수혜자로 보아 이를 국가 등에 출연한 기부금과 같이 취급할 수는 없다고 할 것이므로 이 부분 청구 주장은 이유 없다고 할 것이다.
(3) 셋째 다툼에 대하여 살펴본다. (가) 인정 사실
① 청구인은 1992. 7. 6. ㅇㅇ전장과 고속도로 정보안내판 설치운영 계약을 체결하였는 바 그 계약서에 의하면 제3조에는 ㅇㅇ전장에서 ○○선 등 고속도로 상에 “고속도로정보 안내판”(고속국도 차선 위 일정 높이에 도로를 가로질러 전광판을 설치한 것으로 고속국도 상태에 관한 정보, 홍보문안과 광고업체의 광고를 전광판에 자막으로 나타내는 시설물) 3개소를 설치하고, 제4조에는 계약기간은 시설물 준공 후 10년간으로 하고, 제7조에는 유지보수는 계약기간 중 ㅇㅇ전장의 부담으로 하며, 제8조에는 ㅇㅇ전장이 설치하는 시설물의 소유권은 준공과 동시에 청구인에게 무상 귀속되며, 제11조에는 ㅇㅇ전장은 시설물을 이용하여 게첨하는 광고에 대한 광고료를 청구인에게 납부하고, 제13조에는 청구인이 시설물 철거 또는 이설의 요구가 있을 때에는 ㅇㅇ전장은 즉시 철거 또는 이설을 하는 것으로 약정되어 있다.
② ㅇㅇ전장은 “고속도로정보 안내판”을 1993사업연도와 1994사업연도에 각각 준공하였고 그 설치가액은 1993사업연도에 설치한 것이 1,769,210,384원이고, 1994사업연도에 설치한 것이 1,643,589,408원이다.
③ 청구인은 ㅇㅇ전장이 위 광고시설물을 준공하고 이를 이용하여 광고영업을 한 데 대하여 위 “고속도로 정보안내판 설치운영 계약” 제11조의 약정에 따라 광고료를 받아 1993사업연도와 1994사업연도의 수입으로 계상하였다.
④ 청구인은 ㅇㅇ전장이 위와 같이 “고속도로정보 안내판”을 준공하였으나 그 설치가액을 1993사업연도와 1994사업연도의 자산수증이익으로 계상하지 아니하였다.
⑤ 청구인은 1995. 6. 23. ㅇㅇ전장과 “계약변경합의서”를 작성하여 위 “고속도로정보 안내판”의 소유권이 청구인에게 귀속되는 시기를 계약기간 만료 및 계약해지시로 변경하였다.
⑥ 처분청은 청구인이 ㅇㅇ전장과 체결한 고속도로 정보안내판 설치운영계약에 의하면 ㅇㅇ전장이 고속국도 상에 설치하는 “고속도로정보 안내판”은 준공과 동시에 그 소유권을 청구인에게 무상으로 귀속시킨다고 약정되었고 위 광고시설물은 1993사업연도와 1994사업연도에 각각 준공되었으므로 1993사업연도와 1994사업연도에 자산으로 계상되어야 한다고 보아 청구인이 위 광고시설물을 위 2개 사업연도에 자산과 수증이익으로 계상하지 아니한 데 대하여 그 설치가액 계 3,412,799,792원을 위 2개 사업연도의 수증이익으로 보아 익금 산입하였다. (나) 관계법령의 규정 구 법인세법 제9조 제1항 은 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 제17조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법시행령 제12조 제1항 은 법 제9조 제2항에서 “수익”이라 함은 법 및 이 영에서 규정하는 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다고 규정하여 그 제6호에서 무상으로 받은 자산의 가액이라고 규정하고 있다. (다) 판단 살피건대, 법인세법상 익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 그리고 법인세법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생한 수익의 금액을 말하므로 청구인이 ㅇㅇ전장으로부터 무상으로 받은 고속도로정보안내판의 가액은 수익으로 인식하여야 할 것이고 이 점에 대하여는 청구인도 아무런 이의가 없으나 청구인은 그 수익의 시기에 관하여 위 1995. 6. 23. 위 광고시설물의 소유권이전 시기를 계약기간 만료 및 계약해지시로 변경하였기 때문에 처분청에서 위 광고시설물의 준공시기인 1993사업연도와 1994사업연도에 위 광고시설물 설치가액을 자산의 수증이익으로 익금 산입한 것은 부당하다는 것이다. 그러나 위 관계 법령에서 본 바와 같이 무상으로 받는 자산의 익금 확정시기는 그 수증 재산을 받을 권리가 확정된 때에 속하는 사업연도라고 풀이하여야 할 것이므로 그에 관한 등기나 등록 등을 마치지 아니하였다고 하더라도 사실상 그 소유권이 확정된 사업연도의 익금으로 확정되었다고 할 것이다. 그리고 위 인정사실에 의하면 청구인은 1992. 7. 6. ㅇㅇ전장과의 약정에 따라 위 광고시설물을 이용하여 광고영업을 하는 데 대하여 그 광고료를 준공 시기인 1993사업연도와 1994사업연도부터 받아 그 권리를 행사한 사실이 인정되므로 소유권이전에 관한 약정내용변경 여부에 불구하고 청구인은 위 광고시설물을 1993사업연도와 1994사업연도에 사실상 취득한 것이라고 할 것이어서 처분청에서 그 설치가액 3,412,799,792원을 준공시기에 따라 각각 1993사업연도와 1994사업연도 자산 수증이익으로 익금 산입한 것은 아무런 잘못이 없고 청구인의 주장은 이유 없다고 할 것이다.
(4) 넷째 다툼에 대하여 살펴본다. (가) 인정사실
① ○○공단은 청구인이 납입자본금의 88.5%를 출자하고 있는 법인으로 청구인의 자회사이므로 청구인과는 특수관계에 있는 자에 해당한다.
② 청구인은 ○○공단에게 청구인 소유인 고속도로휴게소와 주유소를 1996사업연도에 휴게소 10개소와 주유소 6개소를 모두 무상으로 임대하고, 1997사업연도에 휴게소 13개소와 주유소 9개소를 무상으로 임대하고 주유소 1개소는 유상으로 임대하였다.
○○공단에 무상으로 임대한 휴게소와 주유소는 모두 신설시설이고 유상으로 임대한 주유소는 민간업체가 중도에 운영을 포기한 것이다.
③ 청구인이 무상으로 임대한 고속도로휴게소와 주유소의 매출액을 보면, 별지 5 부당행위계산부인대상 휴게소․주유소 명세기재와 같이 1996사업연도에 최저 253,584,000원(○○강 휴게소의 8월간의 매출액으로서 1997년도의 연간 매출액은 404,329,000원이다)에서 최고 1,064,977,000원(○○ 휴게소의 연간 매출액), 1997사업연도에 최저 388,414,000원(○○ 휴게소의 연간 매출액)에서 최고 3,875,676,000원 (○○ 주유소의 연간 매출액)이다.
④ 청구인은 휴게소와 주유소를 민간업체에 임대한 경우에는 매출액을 기준으로 임대료를 받고 있다.
⑤ 처분청은 청구인이 ○○공단에 휴게소와 주유소를 무상으로 임대한 것은 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보아 ○○공단이 무상 임차하여 운영한 시설 중 연간 6월 이상 운영한 휴게소와 주유소(1996사업연도에 휴게소 5개소, 1997사업연도에 휴게소 13개소와 주유소 5개소)에 대한 임대료를 별지 5 부당행위계산부인대상 휴게소, 주유소 명세기재와 같이 대상 휴게소와 주유소의 매출액 규모가 비슷한 민간업체 운영 고속도로휴게소와 주유소에 대한 임대료를 적용하여 계 3,375,092,890원(1996사업연도 254,800,190원, 1997사업연도 3,120,292,700원)으로 산정하여 위 금액을 부당행위계산 부인하여 1996사업연도와 1997사업연도의 소득금액으로 각각 익금산입하였다. (다) 관계법령의 규정 구 법인세법 제20조 는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있다. 구 법인세법시행령 제46조 제1항 은 법 제20조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각 호의 관계 있는 자를 말한다라고 규정하여 제3호에서 출자자가 총발행주식 또는 총출자지분의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인이라고 규정하고 있고, 제2항에서 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다라고 규정하여 그 제7호에서 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때라고 규정하고 있다. (라) 판단 살피건대, 구 법인세법 제20조 에서 규정하고 있는 부당행위계산부인이라 함은 납세자가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 정상적인 경제인의 합리적 거래형식을 취하지 아니함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위를 부인하는 것으로서 구 법인세법시행령 제46조 제2항 은 부당행위계산부인 대상이 되는 거래의 형태를 정하고 있으며 과세관청은 이러한 거래를 조세 법적인 측면에서 부당한 것으로 보아 그 거래를 부인하고 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것이라고 할 것이다. 위 인정사실에 의하면 청구인이 고속도로휴게소와 주유소를 민간업체에 임대한 데 대하여는 매출액을 기준으로 임대료를 받으면서 ○○공단에 임대한 데 대하여는 무상 임대하였다는 것이고, 처분청에서 부당행위계산부인 대상으로 본 휴게소와 주유소의 매출액의 규모를 보면 민간업체에 유상 임대한 휴게소와 주유소의 매출액과 별 차이가 없으며, 적자 운영이어서 무상으로 운영하도록 할 수 밖에 없었다는 데 대하여는 아무런 입증이 없다. 그렇다면 민간업체에게 휴게소와 주유소를 임대한 데 대하여는 임대료를 받으면서 매출액 규모가 비슷한데도 ○○공단에게 임대한 시설에 대하여는 임대료를 받지 않은 것은 합리적인 거래행위라고 볼 수 없고 청구인이 위와 같이 무상 임대하게 된 것에 무슨 합리적인 이유나 불가피하였던 사정도 입증되지 아니하므로 처분청에서 청구인이 1996사업연도와 1997사업연도에 고속도로 휴게소와 주유소를 ○○공단에 무상으로 임대한 데 대하여 그 매출액이 비슷한 민간업체에 임대한 고속도로휴게소와 주유소의 매출액과 임대료를 기준으로 수입에 이르지 못한 임대료를 산출하여 이를 부당행위계산부인한 것은 정당하고 이 부분 청구 주장은 이유 없다고 할 것이다.
그렇다면 처분청에서 청구인이 유료도로관리권의 감가상각비를 계상함에 있어 노선확장공사비를 기존노선에 대한 자본적지출로 보아 감가상각비를 계상함으로써 감가상각비 92,025,620,000원을 과다 계상한 것으로 보아 손금부인하고, ㅇㅇㅇㅇ기술연구원에 출연한 건립지원금 2,500,000,000원을 손금불산입하며 “고속도로정보 안내판” 설치가액을 준공 당시의 사업연도 수증이익으로 익금 산입하고, ○○공단에 고속도로 휴게소와 주유소를 무상 임대하여 수입에 이르지 못한 임대료 상당액을 부당행위계산부인하여 그 금액을 익금 산입한 것은 아무런 잘못이 없고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.