기준시가로 산출한 양도차익에 따라 부과처분을 한 것이 적정한지 여부

처분청은 1999. 4. 2.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 130,162,690원(가산세 21,759,279원 포함)의 부과처분에 관하여 청구인이 양도한 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 4,834㎡ 중 4,834분의 783.33 지분의 실지양도가액이 얼마인지를 재조사하고 그 결과에 따라 확인된 실지양도가액의 한도 내에서 양도차익을 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 청구인은 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 4,834㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 중 4,834분의 783.33 지분(이하 ‘이 사건 토지 지분’이라 한다)을 1983. 12. 13. 취득하였다가 양도하고 1995. 6. 1. 그 소유권이전등기를 넘겨 준 후 1997. 7. 4.에야 처분청에 양도소득세 과세표준확정신고 및 자진납부계산서를 제출하면서 양도가액 135,760,280원, 취득가액 9,478,037원을 실지거래가액이라고 하여 자진납부할 양도소득세액을 45,572,740원으로 신고하고 이를 납부하였다.
• 나. 처분청은 이에 대하여 청구인이 법정 신고기간 이내에 양도소득세 신고를 하지 않았을 뿐 아니라 신고한 양도가액이 이 사건 토지의 양도 당시 개별공시지가와 대비하여 현저히 낮은 가액이어서 신빙성이 없다고 보아 기준시가에 의하여 양도가액을 574,180,890원, 취득가액을 110,014,781원, 양도차익을 463,218,288원으로 산출하고 그 양도소득세액을 175,753,430원으로 결정하여 여기에서 위 신고납부세액을 공제한 양도소득세 130,162,690원(가산세 21,759,279원 포함)을 1999. 4. 2.자로 청구인에게 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 이 사건 토지 위에는 청구외 ㅇㅇ진흥(주)가 1980년경 건축한 ○○ 연립이라는 이름의 연립주택 72세대가 있었는데 청구인은 위 건축업체에 대한 채권자로서 위 업체가 분양시점에서 부도가 나자 그 채권을 변제받는 방법으로 다른 채권자들과 공동하여 이 사건 토지를 취득하였다. 이에 따라 위 연립주택을 분양받았던 사람들은 위 채권자들과의 협상을 통해 대지에 대한 권리를 확보하여 왔고 청구인도 당초 이 사건 토지에 관하여 3분의 1 지분을 가지고 있다가 연립주택의 소유자들에게 순차로 조금씩 지분을 이전하여 주면서 이 사건 토지 지분의 양도 당시에는 4,834분의 783.33 지분만 가지고 있었던 것이다. 그러던 중 위 연립주택의 소유자들이 재건축사업을 추진함에 따라 청구인은 이 사건 토지에 대한 지분을 갖고 있던 청구외 장ㅇㅇ, 조ㅇㅇ, 김ㅇ(이하 이 3인을 ‘위 공유자들’이라 한다)과 함께 청구인과 위 공유자들의 지분 계 4,834분의 1,153.99(면적으로 환산하면 1,153.99㎡가 된다. 이를 이하 ‘이 사건 공유 토지’라 한다)를 대금 200,000,000원(173,310원/㎡)에 양도하고 청구인은 지분 비율에 따라 135,760,275원을 받아 처분청에 실지거래가액에 의하여 양도소득세 신고를 하였던 것이다. 처분청은 위 신고한 양도가액이 기준시가에 현저히 미달하는 금액이어서 믿을 수 없다고 하나 첫째, 청구인과 위 공유자들은 당초 그 채권을 변제받는 방법으로 이 사건 토지를 취득하였던 것이고, 둘째, 청구인과 위 공유자들은 이 사건 토지에 관한 지분을 소유하고 있었을 뿐 그 지상에는 연립주택이 들어서 있었기 때문에 토지에 관한 아무런 권리행사도 하지 못한 채 재산세만 납부하고 있는 형편이었으며, 셋째, 연립주택의 소유자들은 분양대금을 내고서도 대지에 관한 권리를 취득하지 못하고 있었기 때문에 원성이 심하였고, 넷째, 청구인과 위 공유자들이 저가로라도 그 지분을 양도하지 않는다면 위 연립주택의 소유자들이 추진하는 재건축사업은 결국 불가능한 것이 될 것이어서 더욱 심한 원성을 듣게 될 부담이 있었으며, 다섯째, 청구인과 위 공유자들은 연립주택의 소유자들이 대지에 관한 권리를 취득하고자 할 경우에 저가로 그 지분을 양도하여 왔기 때문에 결국 청구인과 위 공유자들은 이 사건 공유 토지를 기준시가보다도 현저히 낮은 가격에 매도할 수밖에 없었던 것이다. 그래서 청구인과 위 공유자들은 이 사건 공유 토지의 매매대금을 그 매수인인 위 연립주택의 재건축조합인 ○○연립재건축주택조합(이하 ‘위 재건축조합’이라 한다)으로부터 지급받았는데, 재건축조합의 회계는 다수인의 이해와 관련되는 것이어서 조작하기 어렵고 설사 이를 조작한다 하더라도 실제보다 높은 가격으로 매수한 것처럼 조작할 망정 낮은 가격으로 매수한 것으로 조작할 리는 없는 것인바 위 재건축조합의 회계장부를 보더라도 청구인이 신고한 양도가액이 진실한 것임을 확인할 수 있을 것이다. 또한, 위 재건축조합은 공사 시공업체인 청구외 ㅇㅇ종합건설(주)(이하 ‘위 건설회사’라 한다)로부터 대여받은 자금으로 매매대금을 지급하였는데 위 건설회사가 위 재건축조합에게 보낸 대금청구서를 보더라도 이 사건 공유 토지의 매매가액이 신고내용과 일치함을 확인할 수 있다. 한편, 위 공유자들 중 청구외 장ㅇㅇ과 김ㅇ에 대하여도 기준시가로 산출된 양도차익에 따라 양도소득세가 부과, 고지되었는데 그 처분에 대한 행정소송에서 위 신고한 양도가액이 실제 거래가액임이 인정되어 과세가 일부 취소된 바 있으니 위 어느 점에 비추어 보더라도 이 사건 부과처분은 위법 또는 부당한 것이다.

• 가. 다툼 처분청이 기준시가로 산출한 양도차익에 따라 이 사건 부과처분을 한 것이 적정한지 여부.
• 나. 인정사실 이 사건 일건기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 이 사건 토지는 청구외 ㅇㅇ진흥(주)가 1980. 12. 10. 취득하였던 토지로서 청구인의 어머니인 청구외 장ㅇㅇ과 청구외 손ㅇㅇ, 이ㅇㅇ이 공동으로 1981. 10. 12. 소유권이전청구권 보전을 위한 가등기를 하였다가 1983. 10. 28. 그들 명의로의 그 본등기인 소유권이전등기를 하였던 토지이다. 그 후 위 이ㅇㅇ은 1983. 12. 13. 그의 지분 전부인 공유자 지분 3분의 1을 위 장ㅇㅇ의 제부인 청구외 조ㅇㅇ 및 청구외 임ㅇㅇ 외 1인에게 매도하였고 위 손ㅇㅇ도 같은 날 그의 지분 전부인 공유자 지분 3분의 1을 청구인에게 매도하였으며 다시 위 임ㅇㅇ은 1984. 6. 14. 그의 지분 전부인 공유자지분 9분의 1을 청구인의 형제인 청구외 김ㅇ에게 매도하였다.

(2) 한편, 이 사건 토지 위에는 연립주택이 건립되어 있었는데, 청구인과 위 공유자들 4인은 그 지분 중 일부씩을 위 연립주택의 소유자들에게 수시로 양도하여 오던 중 위 장ㅇㅇ이 위 4인의 대표자(지분권자 본인 및 다른 지분권자의 각 대리인 자격인 것으로 보인다)가 되어 1994. 7. 12. 그 남아 있던 소유 지분 계 4,834분의 1,153.99(청구인 지분은 4,834분의 783.33, 위 김ㅇ의 지분은 4,834분의 154.22, 위 장ㅇㅇ의 지분은 4,834분의 139.33, 위 조ㅇㅇ의 지분은 4,834분의 77.11이었다)을 대금 200,000,000원에 위 연립주택을 재건축하고자 결성된 위 재건축조합의 조합장인 청구외 김ㅇㅇ에게 양도하기로 한다는 내용의 계약을 체결하고 같은 해 11. 18.까지 그 대금을 모두 받았다고 하여 1995. 6. 1. 그 소유권이전등기를 넘겨 주었다.(위 장ㅇㅇ의 지분에 대하여는 같은 날짜로 위 조합원 4인에게 각 지분소유권이전등기가 되었다)

(3) 그런 뒤 청구인은 1997. 7. 4.에 이르러서야 처분청에 실지거래가액에 의한 양도가액이 135,760,280원(위 대금 200,000,000원 중의 지분해당액)이고, 취득가액이 9,478,037원이라고 신고하면서 그 증빙으로서 다음과 같은 서류를 제출하였다. (가) 청구인이 이 사건 토지에 관한 3분의 1 지분을 취득할 당시의 매도증서 (나) 청구인과 위 공유자들이 1994. 7. 12. 위 김ㅇㅇ에게 이 사건 공유 토지를 대금 200,000,000원에 매도하기로 계약한 것으로 되어 있는 양도 당시 부동산 매매계약서(위 건설회사가 입회인으로 기재되어 있다) (다) 위 김ㅇㅇ이 1994. 11. 18. 청구인으로부터 이 사건 토지 중 783.33㎡를 대금 135,760,280원에 매수하였음을 확인한다는 내용으로 된 위 김○○ 작성 명의의 1997. 3. 10.자 거래사실확인서 (라) “○○ 토지대금 인출”이라는 명목으로 215,000,000원을 지출한 것으로 기재되어 있는 위 재건축조합의 1995. 11월분 수입금 및 지출금 장부(토지대로서 청구인 및 위 공유자들에게 200,000,000원, 청구외 최ㅇㅇ 외 2인에 대하여 15,000,000원을 지출한 것으로 기재되어 있다) (마) 위 장ㅇㅇ이 위 건설회사로부터 1994. 7. 12. 20,000,000원, 같은 해 10. 1. 30,000,000원, 같은 해 10. 15. 50,000,000원, 같은 해 11. 18. 100,000,000원을 지급받은 것으로 되어 있는 위 장ㅇㅇ 명의의 ㅇ수증과 위 건설회사 명의의 지출품의서, 예금통장 사본, 지출전표, 무통장입금증, 입금전표 사본들.

(4) 또한, 위 건설회사는 1995. 8. 22. 위 재건축조합에게 1994. 6월부터 1995. 8. 31.까지 기준으로 체당하였던 조합운영비 등과 그에 대한 이자 계 449,425,661원을 정산금조로 지급하여 달라고 청구하는 청구서를 보냈는데 그 내용 중에는 토지매입비 명목으로 원금 계 215,000,000원을 지출한 것으로 기재되어 있다.

(5) 한편, 위 건설회사는 1994. 7. 12. 이 사건 공유 토지의 매매계약 체결 당시 양도소득세 및 주민세는 입회인인 위 건설회사가 부담하기로 한다고 약정하였고 그 후인 같은 해 11. 18.자로 이 사건 공유 토지를 매입함에 있어 발생하는 세금은 위 건설회사에서 납부하는 것을 원칙으로 한다는 내용의 각서를 위 장○○에게 써 주었다.

(6) 처분청은 1999. 2. 18.자 ○○협의회의 의결을 거쳐 이 사건 토지의 1994년도 개별공시지가가 733,000원/㎡으로 되어 있는데 주변 임야의 당해 연도 개별공시지가(13,500 ～ 105,000원/㎡)와 비교하여 볼 때 이 사건 토지가 지적도에는 그 지목이 임야로 표시되어 있으나 실제는 나대지로 생각되고 청구인이 신고한 양도 당시의 매매단가인 173,310원/㎡은 사실이 아닌 것으로 판단된다 하여 기준시가를 적용하여 취득가액은 110,014,781원, 양도가액은 574,180,890원으로 하고 그 양도차익을 463,218,288원으로 산출하여 이 사건 부과처분을 하기에 이르렀다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 소득세법(1994. 12. 31. 법률 제4803호로 전문 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제1항 제1호, 제4항 제1호, 제45조 제1항 제1호 (가)목의 각 규정에 의하면 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 양도소득금액을 계산함에 있어 양도가액과 취득가액은 당해 자산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하되 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 되어 있고, 구 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제170조 제4항 제3호의 규정에 의하면 위 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 양도자가 법 제95조 또는 제100조의 규정에 의한 신고를 할 때 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우라고 되어 있다.

(2) 그리고 구 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의하면 양도소득세 과세대상이 되는 자산을 양도한 거주자는 그 양도차익을 양도일이 속하는 달의 다음달 말일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다고 되어 있고 제100조 제1항의 규정에 의하면 당해 연도의 양도소득금액 등이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준 등을 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다고 되어 있다.

(3) 또한, 구 소득세법 제23조 제2항 본문의 규정에 의하면 양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 같은 항 각 호가 정하고 있는 양도소득특별공제액 등을 순차로 공제한 금액으로 한다고 되어 있다.

• 라. 판단 살피건대 위 인정사실에 의하면 청구인은 이 사건 토지지분의 양도일이라고 보아야 할 그 잔금청산일인 1994. 11. 18.이후 위에서 본 구 소득세법의 관계 규정에 정한 기한 내에 그 소정의 그 양도차익 예정신고나 양도소득세 과세표준 확정신고를 하지 아니하였다는 것이니 처분청이 이 사건 토지 지분의 양도에 따른 양도차익을 기준시가에 의하여 산정한 조치는 정당한 것이라 하겠다. 그러나 이와 같이 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에도 실질과세의 원칙에 비추어 볼 때 그 기준시가에 의한 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘는 경우에는 실지양도가액을 그 한도로 하여야 할 것이다. 그런데 위 인정사실에 의하면 청구인은 이 사건 토지 지분을 위 재건축조합에 양도하고 그 대금으로 135,760,280원을 받았다고 주장하고 있고 처분청은 기준시가에 의하여 이 사건 토지 지분의 양도차익을 463,218,288원으로 산정하였다는 것이므로 처분청으로서는 청구인의 실지 양도가액을 확인하고 위와 같이 산정한 양도차익이 그 실지 양도가액을 넘는 경우인지 여부를 알아 보았어야 할 것인데 이에 이르지 아니한 조사미진의 잘못을 범하였다고 할 것이다. 또, 위 인정사실에 의하면 청구인이 이 사건 토지 지분을 양도함에 있어 발생하는 양도소득세 등을 위 건설회사가 부담하기로 하는 약정도 있었다는 것이니 처분청으로서는 이와 같은 양도소득세 등의 부담약정이 실제로 이행되어 청구인에게 그로 인한 구체적인 소득의 실현이 이루어졌는지 여부를 확인하여 이를 청구인의 실지양도가액에 포함시킬 것인지 여부를 알아 보았어야 할 것인데 이에 이르지 아니한 것도 조사미진의 잘못이라 하겠다. 그러므로 처분청은 청구인이 이 사건 토지지분 양도의 대가로 실제로 취득한 이익이 얼마인지를 재조사, 확인하여 그에 따라 그 실지양도가액을 확정하여야 할 것이다.

그렇다면 처분청으로 하여금 청구인의 이 사건 토지지분 양도에 관하여 그 실지양도가액을 재조사, 확인하고 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 위 확인된 실지양도가액을 넘는지 여부를 알아 본 다음 그 결과에 따라 이 사건 부과처분의 과세표준과 세액을 경정하게 하여야 할 필요가 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.