양도소득세가 면제되는 8년 이상 자경농지에 해당된다고 볼 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1974. 11. 18.과 같은 해 12. 30. 취득한 ○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 3필지의 답 계 2,254㎡(이하 이 사건 농지라 한다)를 1997. 6. 27. 양도하고 같은 해 8. 28. 납부할 양도소득세액을 102,180,077원으로 하여 자산양도차익예정신고와 함께 자진납부하였다.
• 나. 이에 처분청은 청구인의 예정신고 내용 중 취득가액이 2,732,530원 상당 과다 계상되었다는 이유로 총 세액을 103,136,449원으로 결정하고 그 총결정세액에서 자진납부세액 102,180,191원(청구인은 102,180,077원을 자진납부하였으나 처분청에서 102,180,191으로 처리하여 114원의 차이가 있다)을 공제한 양도소득세 956,250원을 1998. 4. 13.자로 청구인에게 부과, 고지하였고, 청구인은 같은 해 4. 30. 처분청에 위 세액을 납부하였다.
• 다. 그 후 청구인은 1998. 6. 1. 이 사건 농지가 양도소득세가 면제되는 8년 이상 자경농지에 해당된다는 이유로 산출세액 전액을 감면세액으로 하고 위 기납부세액 계 103,136,327원을 환급세액으로 기재한 양도소득세 과세표준 확정신고서(처분청이 양도소득세 과세표준 및 세액을 결정, 고지한 후에 그 세액이 과다 계산된 것이라 하여 제출된 이러한 확정신고서는 국세기본법 제45조의2 제1항 의 규정에 따라 처분청에 양도소득세 과세표준 및 세액의 경정을 청구한 것으로 보아야 할 것이므로 이하 이 사건 경정청구라 한다)를 처분청에 제출하였다.
• 라. 그리고 처분청은 1999. 4. 13. 청구인에게 이 사건 농지가 도시계획법에 의한 주거지역에 편입된 후 3년이 지나 양도된 것이어서 양도소득세가 면제되는 8년 이상 자경농지에 해당되지 않아 위 확정신고내용을 받아들이지 아니한다는 내용의 양도소득세 수정신고서에 대한 결과 통지(이 통지는 처분청이 국세기본법 제45조의2 제3항 의 규정에 따라 이 사건 양도소득세의 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지한 것으로서 이하 이 사건 경정거부처분이라 한다)를 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 경정거부처분을 취소하고 기납부세액의 환급결정을 하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전면 개정되기 전의 것) 제55조와 같은 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전면 개정되기 전의 것) 제54조 규정의 취지는 농지 소재지에 거주하면서 8년 이상 자경한 농지에 대하여는 양도소득세를 감면해 주고 8년 이상 자경한 농지일지라도 도시계획법에 의하여 주거지역으로 편입된 후 3년이 경과한 경우에는 지가상승으로 인한 부동산 투기를 억제하기 위하여 양도소득세를 과세하도록 한 것이다. 그러나 1992. 2. 11. ○○시에서 이 사건 농지를 도시계획상 주거지역으로 고시만 한 후 구체적인 조성계획도 수립함이 없이 그대로 둔 채 도시계획입안 중이라는 이유로 개발행위를 억제하여 청구인은 이 사건 농지를 양도할 때까지 23년여 간 농지로만 이용하였는데도 주거지역에 편입되었다는 이유만으로 양도소득세가 면제되는 8년 이상 자경농지로 인정하지 아니하는 것은 조세법의 대원칙인 공평과세의 원칙에 어긋나는 처분이다. 또 이 사건 농지가 있는 ○○도는 수도권신공항개발이라는 일련의 계획아래 도시계획이 된 것으로 구 조세감면규제법시행령 제54조 규정에 따라 양도소득세가 감면되는 대규모 개발사업지역에 해당될 것인데도 처분청이 이를 검토하지 아니한 채 이 사건 경정거부처분을 한 것은 잘못이다.

• 가. 다툼 이 사건 농지를 양도소득세가 면제되는 8년 이상 자경농지에 해당된다고 볼 수 있는지 여부.
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 농지인 ○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 답 330㎡, 같은 동 ○○번지 답 383㎡, 같은 동 ○○번지 답 1,349㎡, 같은 동 ○○번지 답 192㎡ 등 4필지 계 2,254㎡는 ○○도시기본계획에 따라 1992. 2. 11. 도시계획상 일반주거지역으로 결정(○○고시 제00-00호)되었고 1998. 7. 3. 토지구획정리사업을 위한 도시계획결정고시(○○시 고시 제0000-000호)에 따라 ○○지구토지구획사업지역(사업면적 484,620㎡)에 포함되어 개발 중에 있다.

(2) 청구인은 이 사건 농지를 1974. 11. 18.과 같은 해 12. 30. 취득하여 직접 경작하다가 1997. 6. 27. 청구외 박ㅇㅇ와 청구외 박ㅇㅇ에게 양도하였다.

(3) 청구인은 이 사건 농지를 양도한 후 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하여 1997. 8. 28. 자산양도차익 예정신고를 하고 납부할 양도소득세 102,180.077원 중 51,180,077원은 같은 해 9. 1.납부하고, 나머지 51백만 원은 같은 해 10. 14.에 납부하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 취득가액을 산정할 때 이 사건 농지의 토지등급을 잘못 적용(132등급을 적용하여야 하는데도 114등급을 적용하였다)하였다 하여 1998. 4. 30.자로 양도소득세 956,250원을 추가로 부과, 고지하였다.

(4) 그 후 청구인은 이 사건 농지가 양도소득세가 면제되는 8년 이상 자경농지에 해당되므로 위 자진납부한 세액과 추가납부한 세액 계 103,136,327원을 잘못 납부하였던 것이라는 이유로 이를 환급받아야 한다는 내용으로 1998. 6. 1. 이 사건 경정청구를 하였다.

(5) 처분청은 이 사건 농지는 1992. 2. 11. 도시계획법에 의한 주거지역에 편입된 농지로서 주거지역에 편입된 후 3년이 지난 1997. 6. 27.에 양도된 것이어서 구 조세감면규제법 제54조 제1항 제1호의 규정에 따라 양도소득세가 면제되는 8년 이상 자경농지에 해당되지 아니 한다 하여 청구인의 이 사건 경정청구를 받아들이지 아니하고 1999. 4. 13.자로 이 사건 경정거부처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전면 개정되기 전의 것) 제55조 제1항은 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다라고 규정하고, 제1호에 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자, 제2호에 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인 또는 영농조합법인을 규정하고 있다.

(2) 구 조세감면규제법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호 조세특례제한법시행령으로 전면 개정되기 전의 것) 제54조 제1항에는 법 제55조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 토지라 함은 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 토지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다라고 규정하고 제1호에서 양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 사업시행지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)내에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다라고 규정하고 ‘가’목에는 사업시행지역내의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 ‘나’목에는 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역을 규정하고 있다.

(3) 구 조세감면규제법시행규칙(1999. 4. 26. 재정경제부령 제76호 조세특례제한법 시행규칙으로 전면 개정되기 전의 것) 제26조 제3항에서는 영 제54조 제1항 제1호 ‘나’목에서 총리령이 정하는 규모라 함은 100만㎡로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택건설촉진법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만㎡로 한다라고 규정하고 있다.

• 라. 판 단 위에서 살펴 본 관계법령의 규정을 종합하여 보면 8년 이상 자경한 농지라 하더라도 도시계획상 주거지역에 편입된 농지를 편입된 날로부터 3년이 지나서 양도한 경우에는 양도소득세를 과세하되 다만 양도한 농지가 토지소유자가 1천명 이상이고 사업시행면적이 100만㎡인 대규모 사업시행지역이나 10만㎡ 이상의 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택건설촉진법에 의한 대지조성사업지역 내에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행이나 보상지연 등 사업시행자의 귀책사유로 주거지역에 편입된 후 3년이 지나도록 양도하지 못한 8년 이상 자경한 농지는 양도소득세를 면제한다는 것이라 하겠다. 그러나 위 인정사실에 의하면 이 사건 농지는 ○○도시기본계획에 따라 1992. 2. 11. 주거지역으로 편입된 것으로 구 조세감면규제법시행령 제54조 제1항 단서에서 규정하고 있는 대규모 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 것이 아니므로 주거지역으로 편입된 후 3년이 지나 양도한 이 사건 농지는 양도소득세 면제대상이 될 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 농지를 양도소득세 면제대상이 아닌 것으로 보아 이 사건 경정거부처분을 한 것은 정당하고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.