매매계약서상의 매매대금 총액을 감정평가법인이 감정평가한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 건물의 공급가액으로 부가가치세를 부과한 것이 정당한지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에서 ㅇㅇ산업사라는 상호로 부동산 임대업을 하면서 임대하던 위 같은 곳 대지 2,429.8㎡ 외 3필지 토지 7,526.8㎡(이하이 사건 토지라 한다)와 이 사건 토지 위의 건물 8,088.85㎡(이하이 사건 건물이라 한다)를 1996. 7. 29. 청구외 ㅇㅇ화학(주)에 4,000,000,000원에 양도하기로 매매계약을 체결하면서 그 대금을 토지대금 3,950,000,000원, 건물대금 50,000,000원으로 구분하여 부동산매매계약서(이하이 사건 매매계약서라 한다)를 작성하였다. 그 후 청구인은 1997. 2. 28. ㅇㅇ산업사를 폐업하고 같은 해 3. 4. 잔금수령과 동시에 이 사건 토지와 이 사건 건물의 소유권이전등기를 하였으나 1997년 제1기분 부가가치세를 신고하면서 이 사건 건물의 공급에 따른 부가가치세를 신고하지 않았다.
• 나. ○○지방국세청에서는 처분청에 대한 자체감사 때 위와 같은 사실을 확인하고 청구인이 이 사건 건물에 대한 부가가치세를 회피할 목적으로 정상거래가액보다 낮은 가액으로 계약서를 작성한 것으로 보아 매매가액 계 4,000,000,000원을 위 ㅇㅇ화학(주)가 대출 담보목적으로 ○○원 ㅇㅇ지점에 감정의뢰하여 받은 1996. 9. 16.자 기준의 이 사건 토지 감정가액 3,913,156,000원과, 이 사건 건물 감정가액 961,154,500원에 비례하여 안분계산한 788,750,818원(부가가치세 포함)을 이 사건 건물의 공급가액으로 하여 과세하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 1999. 6. 2.자로 부가가치세 78,875,080원(가산세 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하 ｢이 사건 부과처분｣이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유

(1) 이 사건 건물을 매입한 위 ㅇㅇ화학(주)는 청구인과 특수관계자가 아니고 매매계약서, 세금계산서, 양수인의 회계장부 등에서 이 사건 건물의 매매가액이 50,000,000원임이 확인되는데도 처분청은 이를 실지거래가액으로 믿을 수 없다하여 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 에 의하여 매수인이 본인과 계약체결 후 금융기관의 대출 담보제공용으로 ○○원에 의뢰하여 감정평가한 금액을 기준으로 안분계산하여 산출된 금액을 이 사건 건물의 매매가액으로 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 국세기본법 제14조 및 제16조의 실질과세원칙과 근거과세원칙에 반하는 것이다.

(2) 그리고 신축한지가 20년 가까이 되는 노후한 공장 및 창고용 건물 2,400여 평을 788,750,818원에 취득할 매수자는 없을 것이고 건물의 가액이 현저하게 낮아 정상적인 거래가액으로 보기 어렵다면 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호의 규정에 의한 자가공급 등에 대한 과세표준계산방법을 적용하여 과세하는 것이 합당하나 이 규정을 적용하더라도 5년이 경과한 노후한 건물이므로 과세표준금액이 없다.

(3) 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 의 규정은 매매계약서상에 토지와 건물 등의 가액이 불분명할 때 토지와 건물의 가액을 안분계산하는 방법을 규정한 것인데 청구인은 매매계약서에 토지와 건물의 가액을 구분하였고 매수인의 회계장부에서도 확인되므로 처분청이 법리적용을 오인한 것으로 보인다.

(4) 매수인인 위 ㅇㅇ화학(주)는 법인사업자이므로 건물 감가상각비 등을 늘리어 법인세부담을 줄이기 위해서도 건물의 가액을 낮출 이유가 없는데도 건물의 가액을 50,000,000원으로 계약체결한 점으로 보아서도 건물의 매매가액은 50,000,000원이 사실이다. 따라서 특수관계자가 아닌 사인간의 실지거래가액을 무시하고 감정가액으로 안분계산하여 산출한 가액을 건물의 공급가액으로 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

• 가. 다툼 이 사건 매매계약서상의 매매대금 총액을 감정평가법인이 감정평가한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 이 사건 건물의 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 것이 정당한지 여부
• 나. 관계 법령의 규정 (1) 부가가치세법 제13조 제1항 은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1.금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가, 2.금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가, 3.부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가, 4.폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가라고 규정하고 있다.

(2) 구 부가가치세법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15563호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조의2 제3항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있고, 제4항은 제3항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각 호의 순에 의한다. 1.주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액, 2.토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다. 3.지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액이라고 규정하고 있다. (3) 부가가치세법 시행령 제49조 제1항 의 규정에 의하면 과세사업에 공한 재화가 소득세법시행령 제62조 또는 법인세법 시행령 제48조 에 규정된 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 각 호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 보도록 되어 있고, 부가가치세법 제6조 제2항 의 규정에 의하면 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용․소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 보도록 되어 있으며, 제3항의 규정에 의하면 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 기타의 목적으로 사용․소비하거나 자기의 고객이나 불특정다수인에게 증여하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 보도록 되어 있고, 제4항의 규정에 의하면 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 보도록 되어 있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ㅇㅇ산업사라는 상호로 이 사건 토지인 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 2,429.8㎡, 같은 동 ○○번지 공장용지 2,039㎡, 같은 동 ○○번지 공장용지 2,992㎡, 같은 동 ○○번지 잡종지 66㎡ 등 계 7,526.8㎡와 이들 토지 위에 있는 이 사건 건물인 공장 등 8,088.85㎡를 청구외 (주) ㅇㅇ보세장치장에 임대하는 업을 해 오다가 1996. 7. 29. 이 사건 토지와 이 사건 건물을 청구외 ㅇㅇ화학(주)에 매매하고 이 사건 매매계약서를 작성하였는데 그 계약서에는 매매대금은 4,000,000,000원으로 기재되어 있고, 제9조 다음에 “단, 토지매매대금 3,950,000,000원 건물매매대금 50,000,000원(VAT별도)”라고 기록되어 있으며 잔금지급일은 1997. 2. 28.로 되어 있다.

(2) 청구인은 이 사건 토지와 이 사건 건물을 1996. 7. 29. 매매를 원인으로 1997. 3. 4.자로 위 ㅇㅇ화학(주)에 소유권을 이전하였다.

(3) 위 ㅇㅇ화학(주)는 ○○은행 ㅇㅇ동지점에 대출용 담보로 제공하기 위하여 ○○원 ㅇㅇ지점에 이 사건 토지와 이 사건 건물의 감정평가를 의뢰하였고, ○○원 ㅇㅇ지점에서는 1996. 9. 16.을 가격시점으로 하여 이 사건 토지는 3,913,156,000원으로, 이 사건 건물은 961,154,500원으로 평가하였다.

(4) 청구인은 1997. 2. 28.을 폐업일로 하여 같은 해 4. 25.자로 부가가치세를 신고하면서 월세 30,000,000원과 보증금에 대한 이자 상당액 2,473,150원 계 32,473,150원만을 과세표준으로 신고하였다.

(5) ○○지방국세청에서는 처분청에 대하여 1998. 4. 12.부터 같은 해 5. 7.까지 자체감사를 실시하였는데 이 때 이 사건 건물의 매매에 따른 부가가치세가 신고납부되지 아니한 사실을 확인하고 ○○원 ㅇㅇ지점의 감정가액인 961,154,500원을 이 사건 건물의 매매가액으로 보아 부가가치세 96,115,440원을 부과하도록 같은 해 5. 28. 처분청에 통보하였다가 청구인의 과세적부심사청구를 받고 매매가액 4,000,000,000원을 위 감정평가액의 비율로 안분 계산한 788,750,818원을 이 사건 건물의 실지거래가액으로 보아 부가가치세를 부과하도록 결정하고 그 결과를 같은 해 7. 11. 처분청에 통보하였고 처분청은 위 공급가액 788,750,818원에서 부가가치세 상당액(매매가액의 110분의 10)을 뺀 717,046,198원을 과세표준으로 하여 1999. 6. 2.자로 부가가치세 78,875,080원(가산세 포함)을 부과, 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

• 라. 판단 위 관계법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 구 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 및 제4항 제3호의 규정에는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 실지거래가액으로 보도록 규정하고 있다. 그리고 위 인정사실에 의하면 청구인은 1996. 7. 29.자로 이 사건 토지와 이 사건 건물을 합하여 4,000,000,000원에 매매계약을 체결하면서 이 사건 토지를 3,950,000,000원으로, 이 사건 건물은 50,000,000원으로 구분하여 계약서에 기재하였으나 ○○원 ㅇㅇ지점에서 감정평가한 1996. 9. 16.을 기준으로 한 감정평가액이 이 사건 토지는 3,913,156,000원, 이 사건 건물은 961,154,500원인 사실을 알 수 있다. 따라서 처분청이 이 사건 토지와 이 사건 건물의 총 매매가액 4,000,000,000원 중 구 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 제3호 의 규정에 따라 감정평가액에 비례하여 안분계산한 788,750,818원을 이 사건 건물의 실지거래가액으로 본 것은 정당하다 할 것으로 이와 같이 조세관계법규에 근거하여 과세한 것을 실질과세원칙과 근거과세원칙에 반한다고 하는 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다. 그리고 청구인은 첫째, 건물의 가액이 현저하게 낮아 정상적인 거래가액으로 보기 어려우면 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 및 구 부가가치세법 시행령 제49조 제1항 제1호 의 규정에 의한 자가공급 등에 대한 과세표준계산방법을 적용하여 과세하는 것이 합당하다고 주장하나, 위 관계법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 구 부가가치세법 시행령 제49조 제1항 의 규정은 부가가치세법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용․소비하거나 그 사용인이 개인적으로 사용한 경우 또는 처분하지 아니한 채 사업을 폐지한 경우에 그 재화를 공급한 것으로 보도록 한 규정이므로 사업용 재산을 처분한 이 건의 경우에는 적용되지 아니한다 할 것이므로 청구인의 주장은 이유 없고, 둘째, 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 의 규정은 매매계약서상에 토지와 건물 등의 가액이 불분명할 때 토지와 건물의 가액을 안분계산하는 방법을 규정한 것이므로 토지와 건물의 가액이 구분된 이 건의 경우에는 적용할 수 없는 것이며, 매수인은 건물가액을 줄이면 불리하므로 매수인이 일부러 줄여서 계약했을 리가 없다고 주장하나, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항 의 규정에 의하여 실지거래가액에 의하는데 제4항의 제1호부터 제3호의 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 가액을 실지거래가액으로 보도록 한 것이지 건물 등의 가액이 불분명할 때에 적용하도록 한 것이 아니며, 따라서 건물의 매수자가 계상한 금액도 그대로 인정할 수 없으므로 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 토지와 그 위에 정착된 이 사건 건물의 총 매매가액을 감정평가법인의 감정가액 중 건물의 감정가액에 비례하여 안분계산한 가액을 이 사건 건물가액의 실지거래가액인 공급가액으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.