청구인이 신고한 취득가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부

처분청은 1999. 4. 12.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 130,925,000원의 부과처분에 관하여 청구인이 신고한 ○○도 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 5필지의 토지의 취득가액 및 양도가액이 실지거래가액인지 여부를 재조사하고 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 청구인은 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 5필지의 토지 계 6,415㎡(이하이 사건 토지라 한다)를 1996. 6. 26.부터 같은 해 10. 17.까지 사이에 취득하여 1998. 1. 20. 양도한 후 같은 달 23. 취득가액 630,500,000원, 양도가액 630,000,000원을 실지거래가액으로 하여 처분청에 자산양도차익 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 1998. 4월 청구인이 신고한 실지거래가액을 인정하였다가, 신고한 취득가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 않는다는 이유로 기준시가를 적용하여 취득가액을 498,903,000원으로, 양도가액을 778,220,200원으로 각 산정하여 1999. 4. 12.자로 청구인에게 양도소득세 130,925,000원을 부과, 고지하는 처분(이하이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인이 자산양도차익 예정신고를 할 때에 제출한 청구외 우ㅇㅇ과 사이에 체결한 매매계약서, 부동산 거래사실확인서 및 관련 금융거래자료에 의하여 취득가액이 확인되는데도 처분청은 위 매매계약서가 부동산 중개인이 없이 체결되었고 계약서에 기재된 대금과 그 지급일자가 대금지급증빙서류와 정확히 일치한다는 등의 이유로 위 매매계약서를 진실한 계약서로 인정할 수 없다고 하여 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하였고, 소득세법시행령 제166조 제5항 제2호 및 제6항의 규정에 의하면 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 부동산 감정․평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 양도소득금액 결정의 공정성을 기하도록 되어 있는데도 처분청이 위 자문 등의 절차를 거치지 아니한 채 곧바로 이 사건 토지의 기준시가를 적용하여 과세한 것이므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 청구인이 신고한 취득가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부 등
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1998. 1. 22. 이 사건 토지를 청구외 조ㅇㅇ에게 양도한 후 같은 달 23.자산양도차익예정신고 및 자진납부계산서를 실지거래가액에 의하여 작성, 제출하면서 취득가액을 630,500,000원, 양도가액을 630,000,000원으로 신고하였고, 그 증빙서류로서 이 사건 토지의 취득과 양도할 때의 매매계약서, 매도인의 부동산거래사실확인서 및 대금지급에 관한 금융거래자료를 제출하였는데 그 증빙서류의 내용은 다음과 같다. (가) 이 사건 토지의 취득당시 부동산매매계약서는 청구인은 1996. 5. 13. 위 우ㅇㅇ으로부터 이 사건 토지(면적은 1,940평으로 되어 있다)와 그 지상 가건물 200평을 매매대금 630,500,000원에 매수하기로 하고 그 대금지급은 계약 당일 계약금 1억 원, 같은 해 6. 20.과 같은 해 7. 31. 및 같은 해 10. 14. 3회에 걸쳐 중도금 계 350백만 원, 같은 해 12. 10. 잔금 155,500,000원을 각 지급하는 것으로 되어 있고, 잔액 중 청구외 (주) ㅇㅇ상호신용금고(이하위 ㅇㅇ상호신용금고라고 한다)의 대출금 155,500,000원은 매수인이 인수하기로 한다는 계약조건이 부기되어 있으며, 중개업자 기재란은 공란으로 되어 있다. (나) 1996. 12. 30. 위 우ㅇㅇ이 확인한 이 사건 토지의 취득당시 부동산거래사실확인서는 총거래금액은 630,500,000원으로 1996. 5. 13. 계약금 1억 원을, 같은 해 6. 20. 1차 중도금 1억 원을, 같은 해 7. 31. 2차 중도금 150백만 원을, 같은 해 10. 14. 3차 중도금 125백만 원을, 같은 해 12. 10. 잔금 155,500,000원을 각 수수한 것으로 되어 있고, 1996. 11. 18.자 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동장이 발급한 위 우ㅇㅇ의 인감증명서 1통, 매매계약서 1통이 첨부되어 있다. 그러나, 위 부동산거래사실확인서상의 위 우ㅇㅇ의 인감은 첨부된 인감증명서상의 인감과 다른 것으로 되어 있다. (다) 청구인이 제출한 금융거래자료 중 예금주 명의가 ‘○○폐차산업 이ㅇㅇ’으로 되어 있는 ○○은행 ○○지점의 당좌․가계종합 계정보조원장에 의하면 1996. 5. 13.자로 1억 원(어음번호 0), 같은 해 6. 20.자로 1억 원(어음번호 0), 같은 해 7. 31.자로 150백만 원(어음번호 0), 같은 해 10. 14.자로 1억 원(수표번호 0), 같은 달 22.자로 25백만 원(수표번호 0)을 각 교환지급한 것으로 되어 있고, 청구인이 제출한 어음 및 수표의 사본에 의하면 1996. 5. 9.자로 약속어음 1억 원(어음번호 자가00000000), 같은 해 6. 12.자로 약속어음 1억 원(어음번호 자가00000000)과 약속어음 150백만 원(어음번호 자가00000000), 같은 해 10. 12.자로 당좌수표 1억 원(수표번호 마가00000000), 같은 달 21. 당좌수표 25백만 원(수표번호 마가00000000)을 각 ○○은행 ○○지점을 지급인으로 하여 청구인이 발행한 것으로 되어 있다. (라) 또한, 매매계약서 계약조건에 의하여 청구인이 인수하기로 한 위 ㅇㅇ상호신용금고의 대출금 155,500,000원(이 사건 토지의 등기부등본에 의하면 1995. 10. 10. 이 사건 토지를 담보로 위 우ㅇㅇ을 채무자로 하고 위 ㅇㅇ상호신용금고를 근저당권자로 하여 채권최고금액 215백만 원의 근저당권 설정등기가 되었다가 1996. 12. 11.자로 말소되었다)은 위 우ㅇㅇ이 위 ㅇㅇ상호신용금고로부터 대출 받을 때 가입한 2건의 신용부금의 미납부금액을 청구인이 대납함으로써 대출금 상환 및 이 사건 토지의 잔금청산이 완료되었다고 주장하면서 청구인이 제출한 증빙자료에 의하면, 1996. 12. 11. 청구인 명의로 별단예탁금 141,989,763원(자기앞수표 수표번호 바가00000000)을 위 ○○상호심용금고 ○○지점에 입금한 것으로 되어 있고 같은 날짜로 위 우ㅇㅇ 명의의 신용부금 2건(계좌번호가 00-00-00000-00인 신용부금은 대출원리금액 120,159,669원, 기입금액 9,642,774원, 차감입금액 110,516,895원으로 되어 있고, 계좌번호가 00-00-00000-00인 신용부금은 대출원리금액 46,272,276원, 기입금액 14,799,408원, 차감입금액 31,472,868원으로 되어 있어 2건의 차감입금액 합계는 141,989,763원이다)을 위 우ㅇㅇ이 해약청구한 것으로 되어 있으며, 1996. 12. 10. 위 우ㅇㅇ이 작성하여 청구인에게 교부한 것으로 되어 있는 영수증에 의하면 ㅇㅇ상호신용금고입금액 141,989,763원, 현금입금액13,510,237원 계 155,500,000원을 잔금으로 영수하였다고 되어 있다. (마) 한편, 이 사건 토지의 양도당시 부동산매매계약서는 청구인은 1997. 12. 20. 위 조ㅇㅇ에게 이 사건 토지를 매매대금 630백만 원에 매도하기로 하고 그 대금지급은 계약 당일 계약금 80백만 원을, 1998. 1. 20. 잔금 550백만 원을 지급하는 것으로 되어 있으며, 3년 이내에 경기가 회복 되는대로 이 사건 토지를 청구인이 환매한다는 사항, 위 조ㅇㅇ는 청구인에게 폐차장으로 사용할 수 있도록 이 사건 토지를 의무적으로 임대하도록 한다는 사항이 계약조건으로 명시되어 있고, 중개업자 기재란은 공란으로 되어 있다. (바) 위 양도당시 매매계약서상의 잔금지급일자와 같은 날에 청구인이 확인하여준 이 사건 토지의 부동산거래사실확인서는 총거래금액은 630백만 원으로 계약금 80백만 원, 잔금 550백만 원을 지급(지급일자는 기재되어 있지 아니하다)받은 것으로 되어 있다.

(2) 청구인은 이 사건 토지 중 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 2,198㎡(1996. 10. 17.자로 지목이 잡종지로 변경되었다)의 소유권을 1996. 6. 3.자 매매를 원인으로 하여 같은 달 26.에 청구인 명의로 이전등기 하였고, 위 같은 동 ○○번지 잡종지 988㎡, ○○번지 대지 496㎡, ○○번지 잡종지 229㎡, ○○번지 임야 2,504㎡(1996. 10. 17.자로 같은 동 ○○번지 임야 637㎡가 분할되어 지적이 1,867㎡로 되고 지목이 잡종지로 변경되었다) 등 4필지의 토지 계 4,217㎡의 소유권을 같은 해 10. 5.자 매매를 원인으로 하여 같은 달 17.에 청구인 명의로 이전등기 하였다가, 1998. 1. 22. 이 사건 토지의 소유권을 위 조ㅇㅇ의 명의로 이전등기 하였다.

(3) 이 사건 토지 중 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 2,198㎡는 1995. 12. 18. 주차장 부지조성을 목적으로, 같은 동 ○○번지 임야 2,504㎡ 중 1,867㎡는 1996. 2. 26. 자동차운전학원 부속 코스시험장 설치를 목적으로 하여 위 우ㅇㅇ이 ㅇㅇ시장으로부터 각 산림형질변경허가를 받아 1996. 9. 24.자로 위 형질변경 대상토지 계 4,065㎡에 대하여 형질변경 준공검사를 받았고, 같은 해 10. 17. 같은 동 ○○번지 임야 2,504㎡ 중 형질변경된 1,867㎡가 잡종지로 지목이 변경되고 이를 제외한 나머지 임야 637㎡는 같은 동 ○○번지로 분할등기 되었으며, 1996년부터 1998년까지 사이의 이 사건 토지의 필지별 개별공시지가의 변동내용은 별지 기재 ‘필지별 개별공시지가 변동’과 같다.

(4) 처분청은 1998. 3. 23.부터 같은 달 28.까지 사이에 이 사건 토지에 대한 양도소득세 실지조사를 한 후 같은 해 4월 매매계약서 및 기타증빙서류를 정밀조사한 바 양도차익 목적의 투기성 거래혐의가 없고 금융거래자료 등을 통하여 거래내역이 확인되어 신고된 실지거래가액이 적정하므로 청구인이 신고한 취득가액 630,500,000원 및 양도가액 630,000,000원을 그대로 적용하여 과세미달결정을 하였다.

(5) 그러나, 1998. 10월 국세청에서 처분청에 대하여 실시한 자체감사 후 이 사건 토지의 취득당시 매매계약서의 계약일자는 1996. 5. 13.이나 등기부등본상의 매매 원인일자인 같은 해 10. 5.과는 약 5월의 차이가 있고 위 매매계약서에 부동산 중개인도 없으며 청구인이 취득자금 출처로 제출한 은행 당좌계정보조원장에 표시된 어음의 결제일(1996. 5. 13.: 1억 원, 같은 해 6. 20.: 1억 원, 같은 해 7. 31. 150백만 원, 같은 해 10. 14.: 1억 원 등)과 매매계약서에 기재된 계약일(1996. 5. 13.) 및 중도금의 지급일(1996. 6. 20, 같은 해 7. 31, 같은 해 10. 14.)이 정확히 일치하고 있는 점으로 보아 매매계약서가 사후에 은행 당좌계정보조원장에 맞춰 작성된 혐의가 있다고 지적하고, 1999. 1. 18.자로 이 사건 토지에 대하여 양도가액 및 취득가액을 재조사하여 그 결과에 따라 시정조치 하라는 처분지시를 하였다.

(6) 그러나, 처분청은 국세청장의 위와 같은 지시 후 양도가액 및 취득가액에 대한 실지조사를 실시하지 아니한 채 1999. 2. 16. 이 사건 토지의 취득 및 양도가액을 기준시가로 결정하도록 하는 내용으로 양도소득세공정과세협의회에 부의하여 그대로 의결되자 기준시가에 의하여 취득가액은 498,903,000원, 양도가액은 778,220,100원으로 산출하여 1999. 4. 12.자로 청구인에게 1998년 귀속분 양도소득세 130,925,000원을 부과, 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 제1호와 제96조(양도가액) 본문 및 제1호와 제97조(양도소득의 필요경비계산) 제1항 본문 및 제1호 (가)목의 규정에 의하면 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 양도소득을 산정할 때 취득가액과 양도가액은 당해 자산의 취득당시와 양도당시의 기준시가로 하되 다만, 당해 자산의 종류․보유기간․거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 하고 있다. (가) 같은 법 시행령 제166조(양도차익의 산정) 제4항은 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서에서 “당해 자산의 종류․보유기간․거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 제1호 단기매매차익을 목적으로 부동산을 취득할 수 있는 권리나 취득후 1년 이내의 부동산을 양도하는 경우. 제2호 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우 및 미등기양도자산을 양도하는 경우. 제3호 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우를 말하는 것으로 규정하고 있다. (나) 같은 법 시행령 제166조(양도차익의 산정) 제5항의 규정에 의하면 제4항 제1호 및 제2호의 경우 부동산 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 하지 아니하거나 부정한 방법으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 경우이거나 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있도록 하고 있다. 또한, 같은 조 제6항에서 국세청장은 주소지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 양도소득금액을 결정함에 있어서 필요하다고 인정하는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 부동산 감정․평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 그 결정에 공정성을 기하게 할 수 있다고 규정하고 있고, 소득세법시행규칙 제82조 (양도차익의 산정) 제3항의 규정에 의하면 위의 영 제166조 제6항의 전문가 자문은 당해 세무서 또는 지방국세청의 과장급 공무원 3인 이상과 공무원이 아닌 자로서 부동산 감정평가에 관한 학식․경험이 풍부한 자 3인에게 국세청장이 정하는 절차에 따라 자문하게 할 수 있도록 하고 있으며, 재산제세사무처리규정(1994. 7. 5. 국세청 훈령 제1181호) 제132조(공정과세협의회 설치․운영) 내지 제138조(위원의 수당지급 및 비밀유지 의무)의 규정에 의하면 세무서의 공정과세협의회는 세무서장을 위원장으로 하고 세무서의 관련과장 3인, 공무원 이외의 자로 세무서장이 위촉한 자 3인 등의 위원으로 구성하고 개별공시지가가 없는 토지의 가격평가에 관한 사항, 소득세법령상의 실사대상자료를 기준시가 과세대상으로의 전환에 관한 사항, 양도소득세의 부과에 있어서 실지거래가액의 인정여부에 관한 사항 등을 자문하는 것으로 되어 있다. (2) 소득세법 제100조 (양도차익의 산정) 제1항의 규정에 의하면 양도차익을 산정할 때 원칙적으로 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하도록 되어 있다.
• 라. 판단 이 사건 부과처분을 하는 과정에서 절차상 하자가 있었다는 주장에 관하여는 위 인정사실과 관계법령의 규정에서 본 바와 같이 처분청이 양도소득세공정과세협의회의 의결을 거쳐 기준시가를 적용한 것이 확인되므로 이유 없고 청구인이 신고한 취득가액을 실지거래가액으로 보아야 한다는 주장에 관하여 본다. 위 관계법령의 규정에서 본 바와 같이, 자산의 양도 및 취득에 있어 양도차익의 계산은 기준시가에 의하는 것을 원칙으로 하되, 양도자가 자산양도차익에 대한 신고를 할 때 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 신고하고 당해 실지거래가액이 그 증빙에 의하여 확인될 수 있는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여야 한다고 할 것이다. 청구인은 이 사건 토지의 취득가액은 630,500,000원이고 양도가액은 630,000,000원이어서 납부세액이 없다고 신고하면서 취득당시의 매매계약서, 매도인이 작성한 부동산거래사실확인서 및 매도인의 인감증명서와 청구인의 은행 당좌계정보조원장, 청구인 발행 수표 사본 등 금융자료 등을 그 증빙자료로 제출하였으므로 이 사건 토지의 매매계약서 등이 사실과 다르게 작성된 것임을 인정하기 위하여는 처분청이 이를 입증하여야 한다고 할 것인데, 처분청은 이 사건 토지의 취득가액을 믿을 수 없다고 하면서 그 이유로 (1) 청구인이 이 사건 토지 중 ㅇㅇ동 ○○번지 토지는 1996. 6. 3.자 매매를 원인으로 하여 같은 달 26. 그 소유권을 청구인 명의로 이전등기 하였고 같은 동 ○○번지 외 4필지의 토지는 1996. 10. 5.자 매매를 원인으로 하여 같은 달 17. 청구인 명의로 소유권이전등기 하였는 바, 청구인이 제출한 매매계약서상의 매매계약일자인 1996. 5. 13.과 위 등기부등본상의 매매원인일자인 같은 해 6. 3. 및 10. 5.과는 1월 내지 5월의 차이가 있는 점, 중개인 표시가 없는 점, 일반적으로 잔금이 청산된 후에 소유권이전등기가 이루어지는 부동산 거래관행과는 달리 소유권이전등기가 매매계약서상 잔금지급약정일인 1996. 12. 10.보다도 약 2월 내지 4월 전에 이루어졌는데도 매매계약서에 그와 같은 계약조건이 없는 점으로 보아 이 사건 토지의 취득시 매매계약서가 진실한 것이라 보기 어렵고, (2) 청구인이 취득당시 실지거래가액을 입증하기 위하여 관련 금융거래자료를 제시하고는 있지만 그 자료만으로는 청구인이 이 사건 토지의 매입대금으로 630,500,000원을 위 우○○에게 실제 지급하였다는 사실을 확인할 수 없다는 점을 들고 있다. 살피건대, 위 (1)항의 처분청이 제시한 이유와 위 인정사실에서 본 바와 같이 이 사건 토지 중 ㅇㅇ동 ○○번지 임야 2,198㎡와 같은 동 ○○번지 임야 일부인 1,867㎡는 각 1995. 12. 18.과 1996. 2. 26.에 전 소유자인 위 우ㅇㅇ의 명의로 산림형질변경허가를 받아 같은 해 9. 24. 동시에 형질변경 준공검사를 받았는데도 위 ㅇㅇ동 ○○번지 토지 2,198㎡만을 별도로 같은 해 6. 26.자로 그 소유권을 청구인 명의로 이전등기하고 위 ○○동 ○○번지 토지 1,867㎡는 다른 토지들과 함께 같은 해 10. 17. 그 소유권을 이전등기한 것으로 보아 이 사건 토지를 청구인의 주장과 같이 한 번에 일괄하여 매매하였음을 믿기 어렵다는 점, 청구인이 제출한 위 우ㅇㅇ이 작성한 것으로 되어 있는 부동산거래사실확인서에 사용된 인영이 그에 첨부된 위 우ㅇㅇ의 인감증명서에 확인된 인감의 인영과 다르다는 점을 볼 때 청구인이 제출한 취득시 매매계약서와 부동산거래사실확인서는 그 진위 여부에 의심이 가고 있으나, 청구인이 취득당시 실지거래가액을 입증하기 위하여 제출한 금융거래자료에 대하여는 단지 금융거래자료상의 거래일자와 매매계약서상의 중도금 등 대금지급약정일자가 정확히 일치한다는 이유만으로 그 진위 여부를 전적으로 부인할 수는 없고 처분청이 그 금융거래내용이 이 사건 토지의 매매대금지급과는 다르다는 것을 처분청이 적극적으로 입증하여야만 한다고 할 수 있을 뿐만 아니라, 이 사건 토지의 실지거래가액에 대하여 처분청은 1998. 3. 23. ～ 28.에 실시한 당초 조사과정에서 청구인이 신고한 실지거래가액이 금융거래 내역에 의하여 확인되어 적정하다고 판단하였으나 국세청의 처분청에 대한 자체감사 후 취득가액을 신뢰할 수 없으니 취득가액 및 양도가액을 실지조사하여 그 결과에 따라 처리하도록 하였으므로 실지조사의 필요성이 있는데도 취득가액 및 양도가액을 다시 확인 조사함이 없이 곧바로 기준시가를 적용한 것은 처분청에 조사미진의 잘못이 있다고 할 것이므로 처분청은 이 사건 토지의 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 재조사하여 그 결과에 따라 이 사건 부과처분을 경정하는 것이 상당하다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 토지의 양도에 대하여 충분한 조사 없이 기준시가를 적용하여 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라고 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 처분청으로 하여금 이를 시정하게 하기 위하여 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.