면세포기 없이 영세율적용 받은 것에 대하여 신고불성실가산세를 부과할 수 있는지 여부

1. 처분청은 1999. 3. 5.자로 청구인에 대하여 한 부가가치세 1998년 제1기분 223,300원과 제2기분 2,654,820원의 각 경정처분에 관하여 가산세 1998년 제1기분 20,300원과 제2기분 1,429,590원을 부과하지 아니하는 것으로 하여 세액을 각 경정하여야 한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 1998. 3. 5.부터 ㅇ․ㅇ․인터내셔날이라는 상호로 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에서 사업을 시작한 후 1998년에 1,745,068,267원(제1기분 확정신고 67,902,974원, 제2기분 예정신고 189,328,704원, 확정신고 1,487,836,589원)상당의 감귤, 토마토 등 농산물을 매입하여 수출한 후 공급가액은 영세율을 적용하고 운반비, 포장비 등 부대비용의 매입세액 계 14,498,913원(제1기분 확정신고 203,005원, 제2기분 예정신고 1.225.238원, 확정신고 13,070,670원)은 환급받는 것으로 부가가치세를 신고(이하이 사건 부가가치세 신고라 한다)하였다.
• 나. 청구외 ○○세무서장은 청구인이 1998년 제1기분 확정신고 때 환급신청한 부가가치세 203,000원은 1998. 7. 30. 환급결정하였고, 처분청은 1998년 제2기분 예정신고 때 청구인이 환급신청한 부가가치세 1,225,230원을 1998. 10. 30. 환급결정(이하 위 두 건의 환급결정을이 사건 환급처분이라 한다)하였는데 처분청은 청구인이 수출한 농산물은 부가가치세가 면제되는 재화인데도 청구인이 면세포기신고서를 제출하지 아니하고 매입세액공제신청을 하였다는 이유로 매입세액공제를 부인하여 1999. 3. 5.자로 1998년 제1기분 부가가치세 223,300원(환급액 203,000원에 신고불성실가산세 20,300원을 더한 금액)과 제2기분 부가가치세 2,654,820원(예정신고분 환급액 1,225,230원과 신고불성실가산세 122,523원, 확정신고 때 환급신청하였으나 환급하지 아니한 13,070,670원에 대한 신고불성실가산세 1,307,067원)을 각 부과, 고지하는 처분(이하 위 제1기분과 제2기분의 처분을 합하여 ｢이 사건 경정처분｣이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부가가치세 신고를 인정하여 이 사건 경정처분을 취소하고 1998년 제2기 확정분 부가가치세 매입세액을 환급하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 (1) 국세기본법 제18조 제1항 은 세법의 해석과 적용은 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있고, 부가가치세법에는 면세재화의 공급에 대한 매출세액은 면제하고 매입세액은 공제하지 않는 면세제도와 수출하는 재화에 대한 매출세액은 영세율을 적용하고 매입세액은 환급하는 영세율제도가 있는데 수출하는 경우에 면세보다 유리한 영세율을 적용받기 위해서는 면세포기신고를 하도록 하고 있는바 면세포기신고제도의 목적은 면세포기신고를 하지 아니한 데 대한 제재를 하기 위한 것이 아니고 다른 규정과의 모순을 없애면서도 거래실질대로 납세자에게 가장 유리한 조세지원을 하여주는데 있다고 판단된다. 그런데 청구인과 같이 취급하는 재화를 전부 수출하는 사업자는 모두 면세포기하는 것이 유리하고 면세포기신고는 납세자의 일방적인 의사표시로 효력이 생기는 것이므로 면세포기신고는 신고를 하고 안하고에 대한 선택의 문제가 없는 당연의 문제임에도 단지 납세자가 사전에 신고하지 않았다는 귀책사유로 거래실질을 무시하고 행정편의적인 해석에 의하여 환급을 받아야 할 세액을 가산세까지 덧붙여 추징하는 것은 부당하다. 그리고 조세부과를 할 때에는 납세자의 신고에 불구하고 거래의 실질대로 과세하면서 조세지원에 대하여는 거래실질을 무시하고 형식상의 작은 흠결을 이유로 지원을 거부하는 것은 규정과 제도를 떠나 사회정의에 맞지 않다 할 것이므로 면세포기신고의 소급효력을 인정하는 것이 타당하다.

(2) 청구인은 사업자등록을 신청할 때 청구인이 하고자 하는 사업(농산물 수출)을 세무공무원에게 구두로 설명하였고 담당자는 사업자등록의 여러 유형 중 면세사업자가 아닌 일반과세자로 발급하여 주었으며 이에 따라 일반과세자는 부가가치세 매입세액을 공제받는다는 일반적인 납세의식에 따라 네 번의 부가가치세신고를 하였고, 1998년 제1기분 확정신고와 제2기분 예정신고 때에 매입세액을 환급신청하여 정상적으로 환급이 되었는바 이는 과세당국의 묵시적 견해표명이라 할 것이고 청구인은 이와 같은 과세관청의 묵시적 승인을 믿고 환급신청을 하였으므로 청구인의 귀책사유는 없다 할 것이며 과세당국이 신뢰에 반하여 본 건을 추징함으로써 청구인의 권익을 침해하였으므로 이는 국세기본법 제18조 제1항 과 제3항, 제15조의 신의칙 내지 금반언의 원칙에 반하는 것이므로 이 사건 경정처분은 취소되어야 한다.

• 가. 다툼

(1) 사업자가 부가가치세 면세물품을 수출하고 영세율을 적용받기 위해서는 미리 면세포기신고를 하여야 하는지 여부

(2) 이 사건 경정처분이 조세법률관계에서 신의성실의 원칙에 반하는 것인지 여부

• 나. 관계 법령 등의 규정 (1) 부가가치세법 제2조 제1항 은 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다라고 규정하고 있다.

(2) 구 부가가치세법(1998. 12. 28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제1항의 규정에 따르면 사업자는 예정신고기간(1월 1일부터 3월 31일까지, 7월 1일부터 9월 30일까지) 종료 후 25일 내에 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 신고(예정신고라고 한다)하여야 하도록 되어 있고, 제19조 제1항의 규정에 따르면 사업자는 각 과세기간(1월 1일부터 6월 30일까지, 7월 1일부터 12월 31일까지)에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간종료 후 25일 내에 사업장 관할세무서장에게 신고(확정신고라고 한다)하도록 되어 있다.

(3) 구 부가가치세법 제22조 제5항 의 규정에 따르면 사업자가 같은 법 제18조 제1항과 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 되어 있다. (4) 부가가치세법 제12조 제1항 의 규정에 따르면 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물․축산물․수산물과 임산물을 포함한다)의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 되어 있고, 제4항은 사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 것의 공급에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다라고 규정하고 있다. (5) 부가가치세법 시행령 제47조 제1항 의 규정에 따르면 법 제12조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조의 규정에 의하여 영세율적용의 대상이 되는 경우에 법 제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 면세포기신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고하고 법 제5조의 규정에 의하여 지체없이 등록하여야 하도록 되어 있고, 제2항은 제1항의 규정에 의하여 신고를 한 사업자는 신고한 날로부터 3년간은 부가가치세의 면제를 받지 못한다라고 규정하고 있으며, 제3항의 규정에 따르면 제1항의 규정에 의하여 신고를 한 사업자가 제2항의 기간경과 후 부가가치세의 면제를 받고자 하는 때에는 면세적용신고서와 함께 제7조 제3항의 규정에 의하여 교부받은 사업자등록증을 제출하여야 하며 면세적용신고서를 제출하지 아니한 경우에는 계속하여 면세를 포기한 것으로 보도록 되어 있고, 같은 법 제11조 제1항의 규정에 따르면 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용하도록 되어 있다. (6) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 의 규정에 따르면 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있다. (7) 국세기본법 제15조 는 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다라고 규정 하고 있고, 제18조 제3항은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다라고 규정하고 있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1998. 3. 5. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지을 사업장소재지로 하여 ㅇ․ㅇ․인터내셔날이라는 상호로 주업태는 도매, 주종목은 무역인 사업을 시작한 것으로 1998. 3. 6. ○○세무서에 사업자등록신청서을 제출하여 일반사업자로 등록(등록번호 000-00-00000)되었다. 청구인은 사업자등록과정에서 ○○세무서로부터 사업자등록신청서상 사업장 시설, 현황 등 주요 사항의 기재누락 또는 기재된 내용이 사실과 다른 사유를 소명하도록 요구받고, 중고 건설장비 및 중고 산업장비를 호주, 아시아 등에 수출할 목적으로 사업을 하고자 하며 앞으로 식품(가공 및 신선식품)도 수출할 계획이라는 내용의 소명서를 제출한 바 있다. 그 후 청구인은 1998. 9. 8. 사업장을 처분청 관할인 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지으로 옮겨 사업을 하고 있다.

(2) 청구인은 사업개시 후 감귤, 토마토 등 농산물을 매입하여 전부 수출하고 있는데 ○○세무서와 처분청에 1998년 제1기분과 제2기분 부가가치세를 신고하면서 공급가액에 대한 매출세액은 영세율을 적용하고 운반비, 포장비 등 수출부대비용의 매입세액(제1기 확정분 203,005원, 제2기 예정분 1,225,238원, 확정분 13,070,670원)은 공제신고하여 제1기 확정분 203,000원과 제2기 예정분 1,225,230원은 1998. 7. 30.과 같은 해 10. 30. 각 환급받았다.

(3) 청구인은 부가가치세법 제12조 제4항 과 같은 법 시행령 제47조 규정의 면세포기신고를 한 사실이 없다.

(4) 처분청은 청구인이 취급하는 재화가 부가가치세 면제대상 물품인데도 청구인이 면세포기신고를 하지 아니한 사실을 확인하고 1999. 3. 5.자로 이 사건 경정처분을 하였다.

• 라. 판단

(1) 먼저 직권으로 살펴본다. 부가가치세법의 면세제도는 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 사용 또는 소비하는 최종소비자의 부가가치세 부담을 경감하여 주기 위한 조치로서 부가가치세가 면제되는 재화에 대하여는 처음부터 납세의무가 성립하지 아니하므로 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역만을 공급하는 면세사업자의 경우에는 부가가치세 납세의무 그 자체도 없으므로 부가가치세 과세표준 및 세액의 신고․납부, 사업자 등록, 세금계산서의 교부 등의 의무가 없다 할 것이다. 따라서 부가가치세가 면제되는 재화만을 공급하고 면세포기신고를 하지 않은 청구인의 경우 부가가치세 과세표준 및 세액의 신고․납부 의무가 없으므로 비록 청구인이 부가가치세의 과세표준과 세액을 신고하였다고 하더라고 구 부가가치세법 제22조 제5항 의 소정의 신고불성실가산세를 납부할 의무가 발생하는 것은 아니라 할 것이므로 처분청이 이 사건 경정처분을 하면서 신고불성실가산세(1998년 제1기분 20,300원, 제2기분 1,429,590원)를 부과한 것은 위법한 것이라 할 것이다.

(2) 첫째 다툼에 관하여 본다. 위에서 살펴본 바와 같이 부가가치세가 면제되는 재화에 대하여는 처음부터 납세의무가 성립하지 아니하므로 부가가치세 납세의무 그 자체가 없고 부가가치세 과세표준 및 세액의 신고의무도 없으며 면제되는 재화와 관련한 매입세액이 있는 경우에도 이를 공제받을 수 없다. 그러나 면제되는 재화의 공급으로서 영세율적용의 대상이 되는 공급을 하는 사업자가 부가가치세 면제를 받지 아니하고자 하는 경우에는 부가가치세법시행령 제47조 제1항 에 따라 면세포기신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고하면 부가가치세 면제를 받지 아니할 수 있다. 따라서 법 소정의 면세포기신고를 한 사업자는 위 관계법령에서 본 바와 같이 일정기간 동안 부가가치세 면제를 받지 못하게 되는 것이므로 면세포기를 할 것인지 여부는 사업자의 의사표시 내지는 절차인 신고가 반드시 있어야 적용될 수 있다. 그런데도 청구인은 면세포기신고서를 처분청에 제출하지 아니한 이상 청구인이 면세를 포기하였음을 확인할 수 없는 것이므로 부가가치세가 면제되는 재화를 공급한 사업자로 볼 수 밖에 없어 그 재화를 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 공제할 수 없음은 분명하고 이와 다른 견해를 전제로 한 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

(3) 둘째 다툼에 관하여 본다. 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이라 할 것이다. 그런데 위에서 살펴본 바와 같이 청구인은 부가가치세법 소정의 면세포기신고를 하지 아니한 채 면세되는 재화만을 공급하였으므로 공급가액에 영세율을 적용하고 매입세액공제신청을 할 수 없는데도 1998년 제1기분 확정신고, 제2기분 예정신고와 확정신고를 하면서 공급가액에는 영세율을 적용하고 매입세액은 공제하여 부가가치세 환급을 신청하였고 ○○세무서와 처분청은 제1기분 확정신고와 제2기분 예정신고를 믿고 각 신청된 부가가치세를 환급하였으나 이는 과세관청의 착오에 불과한 것이지 이와 같은 환급행위 만으로 부가가치세 부과에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없다. 그리고 청구인은 사업자등록을 할 때 세무공무원에게 농산물 수출을 한다고 설명하였는데도 일반사업자로 표기된 사업자등록증을 발급하였고 일반사업자는 매입세액을 공제받는다는 일반적인 납세의식에 따라 부가가치세를 신고하였다고 하나 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 사업자등록증발급신청을 할 때 중고 건설장비와 중고 산업장비 등 부가가치세가 과세되는 물품을 수출하는 것으로 신청하여 일반사업자로 사업자등록이 되었고, 또 일반사업자라 하더라도 면세되는 재화를 공급하는 경우에는 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 부가가치세가 면제되어 재화를 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매입세액공제를 받을 수 없는 것이므로 청구인의 주장과 같이 청구인이 매입세액을 공제받을 수 있다고 신뢰하였다고 하더라도 청구인이 그와 같이 신뢰한 데에 청구인에게 귀책사유가 없었다고도 할 수 없다. 따라서 청구인의 신청에 따라 사업자등록증을 발급하였고, 신고의무가 없는데도 신고된 이 사건 부가가치세신고를 믿고 이 사건 환급처분을 하였다가 다시 이 사건 경정처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인이 면세포기신고를 하지 아니하여 청구인이 수출한 면세물품과 관련한 매입세액을 공제할 수 없다고 본 것은 정당하나 부가가치세 신고․납부 의무가 없는데도 신고불성실가산세를 부과한 것은 잘못된 것으로 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.