자료상으로부터 매입한 상품이 손금인정 받을 수 있는지 여부

처분청은 1999. 2. 1.자로 청구인에게 한 종합소득세 20,187,840원의 부과처분에 관하여 필요경비로 인정하지 아니한 별지 매입거래목록기재의 상품의 매출액이 총수입금액에 포함되었는지를 재조사 확인하고 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 청구인은 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에서 ㅇㅇ철망(철망 등의 도매업)을 경영하는 사람으로서 1993년도 종합소득세를 사업소득 11,792,736원에서 소득공제액 1,620,000원을 차감하여 과세표준을 10,172,736원으로 하고 총결정세액을 931,093원으로 산정하여 그 중 중간예납세액 864,210원을 뺀 66,880원을 1994. 5. 31. 자진신고 납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 사업장을 관할하는 ○○세무서장으로 부터 청구인이 청구외 ㅇㅇ기계메탈을 경영하는 이ㅇㅇ(이하 위 ㅇㅇ기계메탈이라 한다)으로부터 받은 6매의 매입세금계산서(이하 이 사건 매입세금계산서라 한다)가 가공매입이라는 사실을 통보받아 이 사건 매입세금계산서상의 공급가액 계 51,649,200원을 필요경비에서 제외하여 1993년도 청구인의 사업소득을 63,441,936원으로 경정하고 1999. 2. 5.자로 종합소득세 20,187,840원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구의 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인이 위 ㅇㅇ기계메탈로부터 받은 이 사건 매입세금계산서상의 거래내용은 청구인이 메탈라스 등을 실제로 구입한 것으로 위 ㅇㅇ기계메탈과 당시 영업사원 강○○의 거래사실확인서들과 어음으로 지급한 대금결제명세 등에 의하여 사실임이 확인되고 위 ㅇㅇ기계메탈로부터 매입한 상품은 청구외 구 (주) ㅇㅇ고속(현재는 ㅇㅇ산업(주)로 상호가 변경되었다, 이하ㅇㅇ산업이라 한다)과 청구외 ㅇㅇ건설(주)(이하ㅇㅇ건설이라 한다)에 매출하고 그 매출금액이 총수입금액으로 계상되었는데도 ○○세무서장은 청구인이 세금계산서 자료상인 위 ㅇㅇ기계메탈과 거래하였다는 ○○세무서장의 통보를 이유로 이 사건 매입세금계산서가 실지 거래인지 여부도 조사하지 아니한 채 이 사건 매입세금계산서에 대한 부가가치세 매입세액공제를 부인하고 처분청에서는 ○○세무서장이 이 사건 매입세금계산서가 가공자료라는 통보를 하자 실지거래 여부를 조사하지 아니한 채 이 사건 매입세금계산서상의 공급가액을 필요경비에서 제외하여 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이다.

• 가. 다툼 이 사건 매입세금계산서상의 공급가액을 사업소득금액 계산때 필요경비로 인정할 수 없는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ㅇㅇ철망이라는 상호로 메탈라스(철망) 등의 판매업(도매)을 영위하는 사업자로서 그 사업장은 1991. 12. 12.부터 1993. 7. 19.까지는 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ유통 ○○번지이고, 1993. 7. 20.부터 1994. 1. 28.까지는 같은 시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지이며, 1994. 1. 29.부터는 같은 시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지이다. 위 협ㅇㅇ망의 1993년도 상품매출액은 182,523,400원이고 상품매입액은 162,359,530원으로 청구인은 부가가치세 계 2,016,387원을 과세기간별로 신고 납부하였고 사업소득을 11,792,736원으로 하여 종합소득세 66,880원을 1994. 5. 31. 자진신고 납부하였다.

(2) ○○세무서장은 1994. 12. 23. 위 ㅇㅇ기계메탈을 자료상혐의자로 보아 세무조사를 하여 여성화장용 브러쉬제작용 기계류를 생산하는 위 ㅇㅇ기계메탈이 건설용 자재인 메탈라스를 판매한 것으로 되어 있는 이 사건 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 확인하여 같은 해 12. 27. 그 사실을 ○○세무서장에게 통보하였다. ○○세무서장은 위 통보된 내용대로 이 사건 매입세금계산서를 실지거래가 없이 발행된 세금계산서로 보고 1993년 제1기 거래분 세금계산서 4매(공급가액 계 35,065,800원)의 매입세액 3,506,580원과 제2기 거래분 세금계산서 2매(공급가액 계 16,583.400원)의 매입세액 1,658,340원을 청구인이 매출세액에서 공제, 신고한 것을 부인하여 1998. 6. 8.자로 부가가치세 계 5,681,300원(가산세 516,380원 포함)을 추가로 고지하고 청구인의 주소지 관할 세무서인 처분청에 소득세결정에 참고하도록 청구인의 가공 세금계산서 수수사실을 통보하였다. 그러자 처분청은 위 통보내용에 따라 이 사건 매입세금계산서상의 공급가액을 필요경비에서 제외하여 1993년도 소득세 과세표준을 10,172,736원에서 61,821,936원으로, 총결정세액을 931,093원에서 21,118,937원으로 하여 1999. 2. 5. 종합소득세 20,187,844원을 증액하는 이 사건 부과처분을 하였다.

(3) 그 후 청구인은 1999. 3. 19. 이 사건 매입세금계산서는 실지거래에 따라 받은 것이라면서 ○○세무서장에게 위 청구이유에서 기재한 위 이ㅇㅇ, 위 강ㅇㅇ의 거래사실확인서와 어음지급명세 등을 첨부하여 진정서를 제출하였고, 이에 대하여 ○○세무서장은 다음과 같은 이유로 당초의 과세내용이 정당하다고 1999. 5. 4. 통보하였다. (가) 청구인이 매입하였다고 주장하는 메탈라스는 건설업체가 사용하는 물품으로서 위 ㅇㅇ기계메탈에서 제조하는 품목이 아니다. (나) 청구인이 제시한 거래사실확인서를 작성한 자 중 위 이ㅇㅇ은 1993. 1. 1. 이후 위 김ㅇㅇ에게 사업을 일임하여 사업내용에 대하여는 잘 알지 못한다고 하면서도 이 사건 매입세금계산서의 거래내용이 사실이라고 확인서를 작성하였고 또 위 강ㅇㅇ은 1993년 이후 메탈라스 제조업체인 청구외 (주) ㅇㅇ산업(이하 위 ㅇㅇ산업이라 한다)의 대표이사 김ㅇㅇ이 위 ㄹㄹ기계메탈을 실제 운영하면서 위 ㅇㅇ산업에서 제조한 메탈라스를 청구인에게 공급하였다고 하는 등 거래사실확인서 내용과도 다르게 진술하고 있어 청구인이 위 거래사실확인서를 근거로 실지거래라고 주장하는 것은 사실로 믿을 수 없다. (다) 청구인이 이 사건 매입세금계산서상의 거래대금을 결제하였다는 별지3 󰡒지급어음 명세󰡓의 지급어음 배서내용을 보면 2건(지급금액 계 22,486,200원)은 위 ㅇㅇ기계메탈의 배서는 없고 (주) ㅇㅇㅇ관광과 김○○이 1매씩 배서하였고 다른 어음 2건은 위 ㅇㅇ기계메탈의 배서사실은 확인되나 세금계산서의 금액과 일치하지 아니하여 연관관계를 찾을 수 없으며 어음 7매 중 3매(지급금액 계 20,248,965원)의 사본은 제시도 되지 아니하여 청구인이 제시하는 어음 등이 이 사건 매입세금계산서와 관련된 것으로 인정할 수 없다.

(5) 청구인이 제시하는 청구인의 1993년도 매입매출장에 의하면 청구인은 별지1 󰡒1993년도 중 매입ㆍ매출명세󰡓의 기재내용과 같이 위 ㅇㅇ기계메탈로부터 6회에 걸쳐 계 51,649,200원의 메탈라스를 구입하는 등 메탈라스, 와이어메쉬 등 총 161,359,230원 상당의 상품을 매입하고 총 182,523,400원 상당의 상품을 매출한 것으로 되어 있다. 그 매출처에는 ㅇㅇ산업과 ㅇㅇ건설이 포함되어 있는데 청구인은 위 ㅇㅇ기계메탈로부터 매입한 메탈라스가 별지2 󰡒메탈라스 매입ㆍ매출 명세󰡓의 기재와 같이 ○○산업과 ○○건설에 판매한 것이라고 주장하면서 다음과 같은 증거를 제시하고 있다. (가) 1993. 3. 31.부터 같은 해 9. 25. 사이에 청구인으로부터 메탈라스 총 61,847,050원(부가가치세 6,184,705원 별도)을 구매하였다는 ㅇㅇ산업의 거래사실확인서 (나) 1993. 1. 29.부터 같은 해 12. 30.사이에 지급어음 11매(어음금액 계 172,941,670원)를 발행하였다는 ㅇㅇ산업의 지급어음발행사실확인서[청구인이 ㅇㅇ기계메탈에 지급하였다는 별지3 지급어음명세 기재 중 1993. 10. 14.자 발행어음(어음금액 6,342,000원)과 같은 해 11. 10.자 발행 어음(어음금액 19,560,200원)이 포함되어 있다] (다) 1993. 5. 10. 및 같은 해 9. 2. 지급어음 2매(어음금액 계 3,733,653원)를 발행하였다는 ○○건설의 어음지급사실확인서

(6) 청구인이 1994. 5. 31. 종합소득세 확정신고때 제출한 1993년도 손익계산서에 의하면 매출액은 182,523,400원(메탈라스분 377,526㎡, 112,662,230원)이고 매출원가는 기초상품재고액 7,228,990원(메탈라스분 17,217㎡, 4,648,590원)과 당기매입액 161,359,230원(메탈라스분 378,635㎡, 101,480,250원)을 합한 금액에서 기말상품재고액 11,877,520원(메탈라스분 18,326㎡, 7,330,400원)을 차감한 156,710,700원으로 되어 있다.

• 다. 판단 청구인은 이 사건 매입세금계산서의 상품을 위 ㅇㅇ기계메탈로부터 실지 정상적인 거래로 매입하여 ○○산업과 ㅇㅇ건설에 매출하고 그 내용을 상품매입매출장에 기재하여 그 합계액으로 손익계산서를 작성하였고 그 매입대금은 거래처에서 받은 어음으로 지급하였다고 주장한다. 위 인정사실에 의하면 위 ㅇㅇ기계메탈은 메탈라스를 제조하는 업체가 아니므로 이 사건 매입세금계산서의 거래내용이 사실과 부합되는 것으로 볼 수 없으나 청구인이 제시한 상품매입장에 이 사건 매입세금계산서의 공급가액 상당의 상품이 당기매입금액으로 기장되어 있고 기말상품재고액이 11,877,520원으로 이 사건 매입세금계산서의 공급가액보다 적어 이 사건 매입세금계산서와 관련된 메탈라스가 매출액으로 계상되었다고 판단하는 것이 상당하다 할 것이다. 따라서 청구인이 위 ㅇㅇ기계메탈로부터 메탈라스를 실지 매입하여 매출하고 그 상품의 매출액에 대하여는 부가가치세를 신고, 납부하였다는 것이니 그 상품매입때 교부받은 세금계산서가 세금계산서 자료상으로 받은 것으로 사실과 일치하지 아니하였다는 등의 사유에 해당한다 하여 부가가치세 경정결정때 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는 것은 별론으로 하더라도 청구인은 메탈라스 기초재고수량 17,217㎡에 당기매입수량 378,635㎡를 합한 395,852㎡ 중 377,526㎡를 당기에 매출하고 그 나머지 18,326㎡는 기말재고로 보유하고 있다는 것이므로 그 내용을 자세히 조사ㆍ확인할 필요성이 있는데도 처분청은 이에 대한 자세한 조사ㆍ확인없이 이 사건 세금계산서를 자료상으로 확인된 위 ㅇㅇ기계메탈로부터 교부받았고 청구인이 제시하는 대금결제용 어음이 세금계산서의 금액과 일치하지 아니하여 그 연관성을 찾을 수 없다는 사유 등으로 이 사건 세금계산서 기재의 매입상품을 실물매입없는 가공거래라고 단정하고 그 매입금액을 필요경비로 인정하지 아니한 것은 조사 미진의 잘못이 있다고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 1993년도 종합소득세를 경정결정하면서 위 ㅇㅇ기계메탈로부터 교부받은 세금계산서상의 상품이 과연 실물거래없는 가공매입인지 여부를 자세히 조사ㆍ확인하지 않고 그 금액을 필요경비에서 제외하여 익금가산한 후 이 사건 부과처분을 한 것은 과세요건에 대한 조사미진의 잘못을 범한 것이라고 할 것이므로 처분청으로 하여금 위 사업연도 중 매입ㆍ매출한 내용을 연계하여 재조사, 확인하고 그 결과에 따라 이 사건 부과처분에 대한 경정여부를 결정, 시정하게 하는 것이 상당하다고 할 것이어서 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.