8년 이상 자경농지감면 적용 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인이 청구인의 아버지 서ㅇㅇ의 소유이던 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 전 4,538㎡, 같은 동 ○○번지 전 1,025㎡, 같은 동 ○○번지 전 1,131㎡ 등 3필지 계 6,694㎡(이하이 사건 토지라 한다)를 1981. 4. 29.자로 1973. 9. 20. 매매를 원인으로 청구인의 소유로 소유권 이전등기를 하였다가 이 사건 토지가 ○○시장이 시행한 ○○지구택지개발사업지구에 편입되어 1995. 12. 20. 보상금 1,024,856,000원을 받고 양도하였으나 양도소득세 과세표준 확정신고를 하지 아니하였다.
• 나. 처분청은, 청구인이 이 사건 토지를 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업의 시행자에게 양도하였다는 사유를 인정하여 구 조세감면규제법 제63조의 규정에 따라 양도소득세 50%(한도액 1억 원)를 감면하여 1999. 3. 15.자로 양도소득세 240,116,650원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 청구인은 청구인의 아버지가 소유하고 농사를 짓던 이 사건 토지를 청구인의 아버지로부터 1973. 9. 20. 매수하여 농사를 짓기 시작하였으나 소유권이전등기를 하지 못하고 있다가 구 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(1982. 4. 3. 법률 제3562호 부칙2호로 폐지, 이하위 특별조치법이라 한다)의 규정에 따라 1981. 4. 29. 청구인 소유로 소유권 이전등기를 하였다. 그런데 처분청은 청구인이 이 사건 토지를 매수한 때에는 20세로서 매매대금을 지불할 만한 능력이 없고 지불한 근거도 제시하지 못하므로 매매를 원인으로 한 소유권이전을 인정할 수 없어 증여에 의한 취득이 되는 만큼 그 등기접수일인 1981. 4. 29.이 취득일이 된다는 것이나 청구인은 이 사건 토지를 이전등기할 때 위 특별조치법에 따라 부동산 소재지에 계속하여 10년 이상 거주한 자 중에서 시장 또는 읍․면장이 위촉하는 3인 이상의 보증서를 첨부하여 대장 소관청(시장․군수 또는 읍․면장)에 확인서의 발급을 신청하고 그 확인서를 받아 등기를 신청하였으므로 달리 반증이 없는 한 사실상 잔금을 청산하여 청구인의 소유였던 사실이 입증된 것(매매대금 청산 영수증 등을 보증인으로부터 확인을 받아 1981년 4월 시청 및 등기소에 제출하였으나 10년 문서보존연한이 지나 그 문서가 보존되어 있지 않음)이므로 청구인이 매매대금을 지불할 만한 능력이 없다거나 대금을 지불한 확실한 근거를 제시하지 못한다 하여 그 등기원인일을 부정할 수 없고 또한 위 농지의 매도자가 청구인의 아버지라고 하여 이를 달리 볼만한 이유도 없다. 가령 증여에 의한 취득이라고 하더라도 구 소득세법시행령 제53조 제1항 제5호 에서 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날을 취득시기로 규정하고 있으므로 등기일을 증여일로 보는 증여세법의 규정을 원용할 수 없고 일반법인 민법의 규정에 따라 증여계약이 성립되고 증여의 목적물이 인도된 때로 보아야 한다. 이는 등기부상의 소유일자에 불구하고 사실상 8년 이상 자경한 농지의 양도로 인하여 발생한 양도소득에 대하여는 양도소득세 및 그에 따른 방위세를 부과할 수 없다는 대법원 판례(00누0000)를 보아도 알 수 있다.

(2) 처분청은 청구인의 부모가 이 사건 토지를 대리경작하였다고 보고있으나 청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 직접 청구인의 책임과 계산하에 묘목을 계속 경작하여 왔고 부모들은 어디까지나 가족의 일원으로서 도와준 것에 불과한데도 부모가 단순히 청구인의 경작을 도왔다는 사실만으로 대리경작이라고 본 것은 근거 없는 판단이다. 청구인이 농지소재지에 거주하면서 이 사건 토지를 자경한 기간은 1973. 9. 20.부터 1976. 12. 9.까지 3년 2월, 1978. 5. 10.부터 1980. 2. 28.까지 1년 9월, 1990. 8. 29.부터 1995. 12. 20.까지 5년 3월 계 10년 3월이 되므로 8년 이상의 자경요건을 모두 갖추었다. 설령 처분청이 보는 대로 등기접수일인 1981. 4. 29.을 취득시기로 보더라도 구 소득세법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13194호로 개정되기 전의 것) 제14조 제3항에서 자경기간을 계산할 때 반드시 농지소재지에 거주하면서 자경할 것을 요건으로 규정하고 있지 아니하다가 1990. 12. 31. 대통령령 제13194호로 위 시행령 규정이 개정되어 농지소재지에 거주하면서 자경하여야 하는 내용으로 변경되었으므로 1990. 12. 31. 현재 이미 8년 이상 자경하여 비과세 요건을 전부 충족하고 있었다고 보아야 할 것이다. 이는 8년 이상 자경이라는 법적 안정을 이루어 왔고 특단의 사정이 없는 한 그러한 사정을 존중하여 청구인의 권리가 침해받지 아니하도록 하는 것이 당연한 것인데 처분청은 양도일 현재의 법규정만을 적용하여 농지소재지에 거주하면서 자경한 기간만으로 비과세요건을 갖추었는지 여부를 판단함으로써 이미 성립한 법률관계를 합리적인 이유 없이 파괴한 것과 다름없어 조세법률주의 정신과 세법해석의 원칙에 위배한 것이다. 이를 근거로 자경기간을 계산하면 1990. 12. 31. 이전에 9년 8월, 1990. 8. 29.부터 1995. 12. 20.까지 5년 3월 계 14년 11월이 되어 비과세요건을 갖추었다.

(3) 따라서 청구인이 이 사건 토지를 취득하여 양도한 것은 자경농지에 대한 양도소득세 면제 대상이 되는데도 처분청이 이 사건 토지의 취득일에 관한 사실오인은 물론 그에 관한 법리와 자경기간 산정의 법적용을 잘못한 것이므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 이 사건 토지가 구 조세감면규제법 제55조 제1항에 규정한 자경농지에 대한 양도소득세 면제대상이 되는 지 여부
• 나. 관계 법령의 규정

(1) 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제1항의 규정에 의하면 대통령령이 정하는 바에 따라 토지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세․감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하도록 되어 있다.

(2) 구 조세감면규제법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제1항은 법 제55조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 토지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 1. 양도일 현재 특별시․광역시 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도․농복합형태의 시와 읍․면 지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 거주지역․상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 1년이 지난 농지. 2. 환지처분 이전에 농지 외의 토지로서 환지예정지의 지정이 있는 경우의 그 환지예정지 지정일부터 1년이 지난 농지라고 규정하고 있고, 제2항은 법 제55조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 농지 소재지에 거주하는 거주자”라 함은 8년 이상 다음 각 호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 거주자를 말한다. 1. 농지가 소재하는 시․구(특별시와 광역시의 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역. 2. 제1호의 지역과 연접한 시․구․읍․면 안의 지역. 3. 농지로부터 농지임대차관리법 시행령 제23조 제2항 제2호 에 규정된 거리 이내에 있는 지역이라고 규정하고 있으며, 구 농지임대차관리법 시행령(1995. 12. 22. 대통령령 제14835호 농지법 부칙 제2조로 폐지) 제23조 제2항 제2호는 거주하고 있는 시․구․읍 또는 면의 관할 구역밖에 소재하는 농지로서 거주지로부터 20킬로미터 이내의 거리에 소재하는 농지라고 규정하고 있다.

(3) 구 조세감면규제법 시행규칙(1996. 3. 9. 총리령 제551호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제2항은 영 제54조 제1항의 규정에 의한 토지에의 해당 여부의 확인은 다음 각 호에 의한다. 1. 등기부등본 또는 토지대장등본에 의하거나 세무서장의 조사에 의하여 양도자가 8년 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것. 2. 주민등록표등본․농지세납세증명서 기타 시․구․읍․면․동의 장이 발급하는 증명서 또는 세무서장의 조사에 의하여 양도자가 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것이라고 규정하고 있다.

(4) 구 조세감면규제법 제63조 제1항의 규정에 의하면 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도하는 경우 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면하도록 되어 있고, 같은 법 제119조 제1항의 규정에 의하면 개인이 제63조의 규정에 의하여 감면을 받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하도록 되어 있다. (5) 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다라고 규정하고, 구 소득세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다. 2.～4. 생략. 5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날이라고 규정하고 있다.

(6) 증여재산의 취득시기에 대하여는 구 상속세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전문 개정되기 전의 것) 기본통칙 82…29의2에서 증여에 의하여 등기․등록을 요하는 재산을 취득한 경우 그 취득시기는 등기․등록일로 하도록 규정하여 운영하여 오다가 1996. 12. 31.자로 전문 개정된 상속세 및 증여세법 시행령 제23조 제1항 에 권리의 이전이나 그 행사에 등기․등록을 요하는 증여재산의 취득시기는 그 등기․등록일로 하도록 규정하여 1997. 1. 1.부터 시행하였다.

(7) 구 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법 제1조 는 이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행 당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 간이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 제5조의 규정에 의하면 부동산의 사실상의 양수자는 대장상의 소유명의인에 갈음하여 제10조의 규정에 의한 보증서를 첨부하여 시장․군수․구청장 또는 읍장(이하 “대장소관청”이라 한다)에게 토지의 이동 또는 건물표시 변경의 신고나 신청을 할 수 있다고 규정되어 있으며, 제7조의 규정에 의하면 소유권이전등기는 부동산등기법 제28조 의 규정에 불구하고 확인서를 발급받은 사실상의 양수자 또는 그 대리인이 등기소에 출석하여 신청할 수 있고, 이 경우 확인서로서 부동산등기법 제40조 제1항 제2호 의 등기원인을 증명하는 서면에 갈음하도록 되어 있으며, 제10조 제2항의 규정에 의하면 확인서를 발급받으려는 자는 시장 또는 읍․면장이 당해 부동산소재지 리․동에 대통령령으로 정하는 기간 이상 거주하고 있는 자 중에서 위촉하는 3인 이상의 보증서를 첨부하여 대장소관청에 서면으로 신청하여야 하고, 제3항과 제4항의 규정에 의하면 대장소관청은 제2항의 신청서를 접수한 때에는 대통령령이 정하는 사항을 2월 이상 시․읍․면과 리․동사무소의 게시판에 공고한 후 확인서를 발급하도록 되어 있으며 같은 법 시행령 제11조 제1항의 규정에 의하면 법 제10조 제3항의 공고에는 공고의 목적, 부동산의 표시, 대장상명의인, 신청인의 주소․성명․신청사유 및 공고기간을 명시하도록 되어있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 토지는 그 등기부등본에 의하면 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 서ㅇㅇ의 소유였다가 청구인이 1981. 4. 29.자로 “1973. 9. 20. 매매”를 원인으로 위 특별조치법에 의하여 청구인의 소유로 소유권 이전등기를 하였다.

(2) 그 후 청구인은 ○○지구택지개발사업지구에 편입된 이 사건 토지를 양도하고 1995. 12. 20. 보상금 1,024,856,000원을 받았으나 처분청에 양도소득세 과세표준 확정신고를 하지 않았다.

(3) 처분청은 청구인이 이 사건 토지를 1981. 4. 29. 취득하여 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업의 시행자에게 양도한 것으로 보아 구 조세감면규제법 제63조의 규정에 따라 1999. 3. 15.자로 양도소득세 산출세액 300,097,215원 중 100,000,000원을 감면(산출세액의 50%를 감면하여야 하나 한도액이 1억 원이다)하고 240,116,650원(가산세 포함)을 부과, 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

(4) 청구인의 아버지 서ㅇㅇ의 주민등록표에 의하면 청구인은 1953. 3. 11. 출생하였는데 1969. 5. 7. ○○도 ㅇㅇ군(현재는 ○○시)ㅇㅇ 면 ㅇㅇ리에서 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 위 서ㅇㅇ의 주소에 옮겨왔고 1976. 12. 10. ○○시로 퇴거한 것으로 되어 있다.

(5) ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동장이 1998. 10. 28. 발행한 청구인의 주민등록 초본에 의하면 청구인은 1978. 5. 10. ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지에 전입하였다가 1980. 2. 29.자로 ○○시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○가 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호로 전출하였고, 그 후 ○○시, ○○시, ○○도 등에 주소를 옮겼다가 1990. 8. 29.자로 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ파크맨션 ○동 ○호로 주소를 옮긴 후 1998. 10. 28.까지 ○○시 내에 거주한 것으로 되어 있다.

(6) 1999. 8. 13. ○○대학교 총장이 발급한 청구인의 졸업증명서에 의하면 청구인은 1972. 3. 3. ○○대학교에 입학하여 1976. 2. 26. 졸업한 것으로 되어 있다.

• 라. 판단 구 조세감면규제법 제55조에서 규정하고 있었던 자경농지에 대한 양도소득세 면제의 취지는 농업에 종사한 자가 장기간 실질적으로 농작물을 자경하여 온 농지에 대하여는 양도소득세를 면제한다는 특례를 규정한 것으로 특정 토지가 위 규정의 요건에 해당되는지의 여부는 그 요건을 엄격히 적용하여 판단하여야 할 것인데 양도소득세 면제 요건은 위 관계법령검토에서 살펴본 바와 같이 첫째, 구 조세감면규제법 제54조 제1항 제1호 및 제2호의 농지에 해당되지 아니하는 농지이어야 하고, 둘째, 농지가 소재하는 시․구․읍․면 안의 지역 또는 그 지역과 연접한 시․구․읍․면 안의 지역 또는 농지로부터 20킬로미터 이내에 있는 지역(이하농지 소재지라 한다)에서 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 거주하면서, 셋째, 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있어야 한다. 그런데 이 건의 경우 위 요건 중 첫째 요건은 다툼이 없고 둘째와 셋째 요건이 다툼이 된다 하겠으므로 이제 이를 차례로 살펴본다. 먼저, 청구인이 이 사건 토지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 농지소재지에 거주하였는지를 본다.

(1) 먼저 이 사건 토지의 취득시기를 본다. 청구인은 이 사건 토지를 이전등기할 때 위 특별조치법에 따라 시장 또는 읍․면장이 위촉하는 3인 이상의 보증서를 첨부하여 토지대장 소관청으로부터 확인서를 받아 등기를 신청하였으므로 달리 반증이 없는 한 청구인의 소유였던 사실이 입증된 것이라고 주장하고, 이 사건 토지의 부동산등기부등본에도 1973. 9. 20. 매매를 원인으로 청구인에게 소유권이 이전된 것으로 되어 있다. 그러나 위 특별조치법은 1974. 12. 31. 이전에 매매․증여․교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산을 그 대상으로 하여 간이한 절차로 등기부를 정리할 수 있도록 한 간이절차법에 불과하므로 위 특별조치법에 의하여 소유권이전등기 된 것이라고 하여 소유권이전등기가 된 원인이 언제나 사실이라고 보아야 할 이유가 없다할 것이고, 청구인이 이 사건 토지의 등기접수일로부터 7년 7월이나 이전인 20세의 나이에 그것도 학생신분으로서 이 사건 토지를 매입하였다는 것을 인정하는데 도움이 될만한 증거도 없이 아버지로부터 이 사건 토지를 매입하였다는 것은 사회통념상 인정하기 곤란할 뿐 아니라 객관적인 신빙성을 인정하기 어렵다고 할 것이다 따라서 청구인이 이 사건 토지를 청구인의 아버지로부터 증여받은 것으로 볼 수밖에 없고 그 경우 이 사건 토지의 취득시기는 증여받은 날이 된다 할 것인데 따로 증여받은 날이 확인되지 아니하여 그 등기접수일인 1981. 4. 29.을 증여받은 날로 볼 수밖에 없다 할 것이다. 설사 이 사건 토지를 청구인이 매입하였다고 본다하더라고 위 관계법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 매매에 의한 취득시기는 대금청산일, 잔금지급약정일, 등기접수일의 순서대로 확인되는 일자를 적용하도록 되어 있고 청구인이 대금청산일이나 잔금지급일을 확인할 수 있는 자료를 제시하지 못하고 또 확인할 다른 근거도 없으므로 등기접수일인 1981. 4. 29.을 이 사건 토지의 취득일자로 볼 수밖에 없다할 것이다. 따라서 어느 모로 보나 청구인이 이 사건 토지를 취득한 날은 1981. 4. 29.이라 할 것이다.

(2) 다음으로 이 사건 토지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 농지소재지에 거주하였는지를 본다. 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 청구인은 이 사건 토지를 취득하기 전인 1980. 2. 29.자로 ○○시로 전출하였고, 그 후 ○○시, ○○시, ○○도 등에 주소를 옮겼다가 1990. 8. 29.자로 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동으로 주소를 옮긴 후 1998. 10. 28.까지 ○○시 내에 거주하였으므로 청구인이 이 사건 토지를 취득한 1981. 4. 29. 이후에는 1990. 8. 29.부터 이 사건 토지를 양도한 1995. 12. 20.까지 5년 3월 동안 농지소재지에 거주한 것이 된다 하겠다. 따라서 청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 농지소재지에 거주한 기간이 8년이 되지 아니하므로 더 이상 살펴볼 필요 없이 이 사건 토지는 구 조세감면규제법 제55조 제1항의 규정에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 면제대상이 되지 아니한다 할 것이고 이와 다른 견해를 전제로 한 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 토지가 구 조세감면규제법 제55조 제1항의 규정에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 면제대상이 되지 아니한다고 보고 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.