시지역에 있는 농지가 상업지역으로 편입된 후 3년이 지나 양도된 경우에 양도소득세를 감면할 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1988. 6. 28.자 취득시효 완성에 의하여 ○○시(구 ○○시, 이하 같다) ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 2필지의 답 계 1,296㎡(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)를 1968. 6. 28.에 소급하여 취득하였다가 이 사건 농지가 ○○시에서 1993. 7. 19. 사업인정 고시한 ㅇㅇ종합유통단지 조성사업 시행지역에 편입되어 도시계획법에 의한 자연녹지지역에서 유통상업지역으로 용도변경된 다음 ○○시에서 1996. 11. 29. 이 사건 토지에 대한 보상금을 공탁하고 이를 수용하였으나 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 면제대상이라 하여 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 농지가 도시계획법에 의한 상업지역에 편입된 후 3년이 지난 경우에는 양도소득세 면제대상에서 제외되는 것인데 이 사건 농지는 유통상업지역에 편입된 후 3년이 지난 위 보상금 공탁일에 양도된 것이어서 8년 이상 자경농지에 해당되지 않는다고 보아 1999. 2. 3. 청구인에게 양도소득세 38,062,270원(가산세 6,343,712원 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유 이 사건 농지는 ○○시에서 1993. 7. 19. 위 ㅇㅇ종합유통단지 조성사업의 사업인정 고시를 하고 이 사건 농지 등의 용도변경을 한 후 토지수용재결절차도 거치지 않은 채 1994. 5월 이 사건 농지를 무단점유하여 단지조성공사를 시작하고서 1996. 11. 30.에야 보상금을 공탁하고 이 사건 농지를 수용하였기 때문에 그 소유권 이전이 지체되었던 것이다. 당시 청구인은 1994. 1월경 보상금 수령신청을 하였으나 ○○시(○○구)에서 이 사건 농지의 소유권이전등기가 청구인 명의로 되어 있지 않았다 하여 보상금 지급을 미루다 신청일로부터 1년 6개월이 경과한 뒤에야 청구인 명의로 소유권이전등기절차를 마친 후 보상금을 수령하도록 통보하여 수용절차가 지연되었던 것이니 ○○시에서 정상적인 수용절차를 밟은 후 사업시행을 하였더라면 과세감면기한이 경과하지 않았을 것이고 또한, ○○시에서 1994. 5월경 단지조성공사를 착공함으로써 이 사건 농지에 대한 청구인의 재산권은 상실되었다 할 것이니 이 사건 농지의 양도시기는 ○○시에서 점유를 개시한 1994. 5월로 보아야 할 것이어서 처분청이 이 사건 농지의 양도시기를 위 보상금 공탁일로 보고 나아가 사업시행자의 귀책사유로 수용절차가 지연되었던 사정을 감안하지 않고서 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이다.

• 가. 다툼 이 사건 농지의 양도시기를 언제로 보아야 하는지, 그리고 이 사건 농지의 수용절차가 지연되었던 사정을 감안하여 이 사건 농지를 8년 이상 자경농지에 해당된다고 볼 수 있는지 여부.
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 농지 3필지 계 1,296㎡(○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 답 1,125㎡, 같은 동 ○○번지 답 132㎡, 같은 동 ○○번지 답 39㎡)는 청구인이 1968. 6. 28. 점유를 개시한 이래 20년이 지난 1988. 6. 28. 취득시효가 완성되어 취득(이 사건 농지는 1968. 7. 6. 청구외 ○○토지개량조합 명의로 소유권보존등기된 후 1975. 11. 22. 청구외 ㅇㅇ농지개량조합으로 등기명의인표시변경이 되었다가 1995. 11. 22. 청구인 명의로 소유권이전등기 되었다)하게 된 토지로서 ○○시장이 1993. 7. 19. 사업인정 고시한 ㅇㅇ종합유통단지 조성사업 시행지역에 편입되어 도시계획법에 의한 용도지역이 자연녹지지역에서 유통상업지역으로 변경되었다.

(2) ○○시장은 1993. 12. 24. 위 단지 조성사업의 실시계획을 인가하여 1994. 1. 3.자로 그 내용을 고시하였다. 그 실시계획의 내용을 보면 사업 시행지는 ○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동과 ㅇㅇ동 일원으로, 사업의 종류는 도시계획사업(유통업무설비)으로, 사업의 명칭은 ㅇㅇ종합유통단지로, 사업 규모는 시행대지 면적 및 부지조성 면적이 842,518㎡(908필지)로, 사업 착수일은 1993. 12월 인가일로, 준공예정일은 1995. 12. 30.로 되어 있으며 사업 시행자는 ○○시장으로 되어 있다.

(3) 그 후 청구인과 ○○시장 사이에서 이 사건 농지의 수용가능 여부와 그 보상금액 등에 대한 협의가 이루어지지 아니함에 따라 ○○위원회에서 1996. 11. 1. 위 기업자인 ○○시장의 재결신청을 받아 이 사건 농지의 수용시기를 같은 해 11. 30.로 하되 그 보상금은 364,564,800원으로 산정, 지급하도록 하였고, ○○시장은 같은 해 11. 29. 위 보상금을 ○○지방법원에 공탁한 후 같은 해 12. 4. 이 사건 농지에 관한 ○○시장 명의의 소유권이전등기를 하였다.

(4) 한편, ○○위원회에서 산정한 위 보상금액은 2개 감정평가기관이 평가한 금액을 산술평균한 것인데 그 감정평가기관의 이 사건 농지에 대한 평가내용을 보면, 각 가격시점을 1996. 8. 30.로 하여 청구외 ㅇㅇ감정평가법인에서는 1㎡에 282,500원인 계 366,120,000원으로, 청구외 ㅇㅇㅇ감정평가법인에서는 1㎡에 280,100원인 계 363,009,600원으로 평가하였던 것으로 되어 있다.

(5) 그리고 처분청에서는 이 사건 농지의 양도시기가 보상금 공탁일인 1996. 11. 30.이라고 보고 이 사건 농지가 도시계획법에 의한 상업지역에 편입된 후 3년이 경과된 후에 양도됨으로써 양도소득세 면제대상에서 제외되는 것으로 되었다고 보아 1999. 2. 3. 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 소득세법(1996. 12. 30. 법률 제5191호로 개정되기 전의 것) 제98조와 구 같은 법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15191호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항 제1호, 제2호의 각 규정에 의하면 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하고 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우 및 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 하도록 되어 있다.

(2) 또한, 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 제1호의 규정에 의하면 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하도록 되어 있고, 구 같은 법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정되기 전의 것) 제54조 제1항 제1호의 규정에 의하면 위 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 토지로서 양도일 현재 특별시∙광역시 또는 시에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역∙상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지 등을 제외한 것을 말한다고 되어 있으며, 제2항의 규정에 의하면 위 “대통령령이 정하는 바에 따라 농지 소재지에 거주하는 거주자”라 함은 8년 이상 농지가 소재하는 시∙군∙구 안의 지역 또는 그와 연접한 시∙군∙구 안의 지역에 거주하면서 경작한 자를 말한다고 되어 있다.

(3) 한편, 구 조세감면규제법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제1항 단서 및 구 같은 법 시행규칙(1999. 4. 26. 재정경제부령 제76호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제3항의 규정에 의하면 사업시행지역내의 토지소유자가 1천 명 이상이고 사업시행면적이 100만㎡(택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택건설촉진법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만㎡) 이상인 지역내에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역∙상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 8년 이상 자경농지로 볼 수 있도록 되어 있다. 그리고 위 구 조세감면규제법시행령의 부칙 제3조 제1항 단서의 규정에 의하면 위 제54조 제1항 제1호의 개정규정은 이 영 시행(1997. 1. 1.) 후 최초로 결정하는 분부터 적용한다고 되어 있다.

• 라. 판 단 살피건대, 청구인은 ○○시에서 1994. 5월부터 이 사건 농지를 점유하여 위 단지 조성사업을 시행하였으므로 이 사건 농지의 양도시기는 1994. 5월로 보아야 한다고 주장하나, 위 관계 법령의 규정을 보면 수용에 의하여 자산을 양도한 경우에도 그 양도시기는 보상금 수령일 또는 공탁일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 된다고 할 것이고 이 사건 농지는 ○○시장 명의로 소유권이전등기를 하기 이전에 그 보상금이 공탁되었으므로 이 사건 농지의 양도시기는 그 보상금 공탁일인 1996. 11. 29.이 된다고 보아야 할 것이다.(또한, 이 사건 농지에 대한 보상금액은 1996. 8. 30.을 가격시점으로 하여 평가한 가액을 기준으로 산정된 것이고 ○○위원회에서 정한 이 사건 농지의 수용시기도 1996. 11. 30.이었던 점에서 보면 이 사건 농지가 1994. 5월에 양도되었던 것으로 볼 수는 없다 하겠다) 따라서 이 사건 농지는 그 용도지역이 도시계획법에 의한 상업지역으로 변경된 날인 1993. 7. 19.로부터 3년이 지나서 양도되었으므로 양도소득세 면제대상이 되는 8년 이상 자경농지에 해당되지 않는 것으로 되었다 할 것인바, 나아가 위 구 조세감면규제법시행령 제54조 제1항 단서 및 구 같은 법 시행규칙 제26조 제3항의 규정에서는 위 3년의 기한이 경과된 경우라 하더라도 사업시행지역내의 토지소유자가 1천 명 이상이고 사업시행면적이 100만㎡(택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택건설촉진법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만㎡) 이상인 지역내에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 상업지역 등으로 편입된 농지의 경우에 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인하여 위 3년의 기간이 경과한 때에는 이를 8년 이상 자경농지로 볼 수 있도록 규정하고 있으나 ○○시에서 시행한 위 ㅇㅇ종합유통단지 조성사업은 사업면적이 842,518㎡(908필지)로서 위 규정에서 정한 개발사업의 범위에 포함되지 아니하므로 이 사건 농지의 양도가 지연되었던 사유가 비록 ○○시에서 보상업무를 지연처리하였기 때문이라 하더라도 이 사건 농지를 8년 이상 자경농지에 포함된다고 볼 수 있는 근거는 없다고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 농지가 도시계획법에 의한 상업지역에 편입된 1993. 7. 19.부터 3년이 지난 1996. 11. 30.(처분청에서 보상금 공탁일로 인정하였던 날로서 실제 보상금 공탁일은 1996. 11. 29.이나, 위와 같은 착오가 이 사건 부과처분의 과세표준이나 세액에 어떠한 영향을 끼치는 것은 아니라고 판단된다) 양도되어 양도소득세 면제대상이 되는 8년 이상 자경농지에 해당되지 않는 것으로 되었다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하다 할 것이고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.