매입증빙이 없는 한 재료비 소요 추정금액이라 하여 손금으로 인정할 수 없지만, 중소제조업에 대한 특별세액감면규정의 감면신청은 협조사항으로 볼 수 있으므로 신청이 없어도 감면하여야 할 것으로 판단 됨.
매입증빙이 없는 한 재료비 소요 추정금액이라 하여 손금으로 인정할 수 없지만, 중소제조업에 대한 특별세액감면규정의 감면신청은 협조사항으로 볼 수 있으므로 신청이 없어도 감면하여야 할 것으로 판단 됨.
1. 처분청은 1998. 12. 18.자로 청구인에 대하여 한 법인세 10,999,420원의 경정처분에 관하여 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용하여 그 세액을 재경정하여야 한다.
2. 나머지 청구를 기각한다.
(1) 수의 제조용 삼베 중 공장에서 제조한 삼베를 매입한 경우 정상적으로 세금계산서를 받아 그 매입금액을 장부에 계상하였으나 수공삼베는 지역특산물(예: ○○포, ○○포, ○○포 등)로서 당해 지역 5일장 등 재래장터에서 가내수공업자들로부터 직접 구매하기 때문에 매입관련 증빙서류(입금표, 주민등록증 사본 등)를 갖추기 어려워 장부에 계상하지 못하였는데 ○○포 수의의 경우 청구인이 납품한 거래처에 보관 중인 거래명세서 사본과 동 거래처의 납품확인서에 의하여 수의 매출 수량이 확인되므로 그 제조에 소요된 삼베 소요량에 ○○포 매입단가를 적용, 계산하면 총 76,500,000원(청구인이 이 사건 심사청구서에서 이를 76,200,000원이라고 기재한 것은 오기인 것으로 보인다)인데 그 중 54,500,000원은 ○○포 판매자의 판매확인서를 첨부하여 매입사실을 입증할 수 있었으나 나머지 22,000,000원(청구인은 이 사건 심사청구서에서 이를 21,700,000원이라고 기재한 것은 오기인 것으로 보인다)의 매입사실에 대하여는 위와 같은 사유로 매입처가 100% 확인이 되지 않아 매입관련 증빙서류를 첨부할 수 없었던 것으로서 매출처 보관 거래명세서 및 납품확인서에 의해 어떤 종류의 삼베로 제조된 수의인지가 명확한 경우 이에 해당하는 삼베원단 원재료가 소요된 것은 명약관화하므로 원재료(삼베) 구입사실을 인정할 수 있을 것이며, 이러한 논지를 부인할 경우 구매하지도 않은 물건을 판매하였다는 모순이 발생하기 때문에 처분청이 원가 인정을 부인한 22,000,000원의 매입사실도 인정하여 손금산입하여 주어야 한다.
(2) 청구인이 조세감면규제법 제7조에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면신청을 하지 못한 것은 1997년 귀속 정기 법인세 신고시 결손신고되어 감면신청할 수 없었기 때문이며 같은 법 제7조 제3항에서 세액감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 되어 있으나 이는 납세자가 협조할 사항으로 보아야 하고 감면신청이 없어도 감면규정을 적용하므로 청구인의 경우에도 당연히 적용되어야 할 것이다.
(3) 세무조사시 적출된 매출신고 누락액 상당이 회사로 입금되지 않은 것은 사실이지만 동 매출을 위한 원재료 매입 등 매출원가도 회사의 자금을 사용치 않고 부외 처리하여 누락된 위 매출대금에서 부담하였으며 이러한 사실은 당초 매출신고 누락액이 대표자 개인계좌 입출금 조사에 의해 적출되었고 조사 당시에도 그 출금액은 삼베 등 부외 원재료 매입대금 등으로 사용된 사실을 입증하였고, 또한 그 매입대금을 대표자의 다른 소득으로 부담하거나 제3자가 부담하였다고 볼만한 사유가 없으며, 실제로 매출누락이 있는 경우 그 자금이 회전되어 다음 매입자금 등으로 사용한다고 보는 것이 일반적이라고 본다면, 청구인의 경우 매출신고 누락액 중에서 원재료 매입자금이 지출되었다는 사실은 충분히 입증되는 것이어서 매출신고 누락액을 대표자에게 상여처분할 때에는 부외처리된 원재료 매입액을 차감하여야 한다.
(1) 청구인은 1997. 6. 16. 설립되어 같은 달 19.부터 장의용 목관, 수의, 기타 장의용품을 제조하여 주로 종합병원의 영안실에 납품하여온 중소기업업체로서 1998. 3. 30. 청구인의 1997년 사업연도(1997. 6. 19~1997. 12. 31.) 법인세과세표준 및 세액을 신고할 때 수입금액은 776,803,704원, 과세표준금액은 41,617,362원 결손으로 신고하였으며 이때 구 조세감면규제법 제7조의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면신청서는 제출하지 아니하였다.
(2) 처분청은 청구인에 대하여 1998. 7. 9부터 같은 해 8. 8.까지 특별세무조사를 실시하여 청구인이 ○○대학교 ○○병원 등에 목관, 수의 등 장의용품을 매출하고 매출신고누락한 153,212,273원을 밝혀 내어 이를 익금가산, 대표자에게 상여처분하고 1998. 9. 1.자로 법인세를 29,133,080원으로 결정하여, 고지함과 동시에 위 153,212,273원을 청구인의 대표이사인 청구외 홍ㅇㅇ의 1997년 귀속 근로소득에 추가하도록 소득금액변동통지를 하였다.
(3) 청구인은 그 뒤인 1998. 11. 9. ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 ㅇㅇ의전사(○○병원 내 장례식장인데 이하 ‘위 ㅇㅇ의전사’라고 한다) 대표 한ㅇㅇ과 같은 시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○가 ○○번지에 있는 ○○대학교 ㅇㅇ병원 대표 채ㅇㅇ이 각 작성한 안동포 수의 34벌의 납품확인서(ㅇㅇ의전사 31벌, ○○대학 ㅇㅇ병원 3벌)와 그 수의 1벌당 제조에 소요되는 삼베 원단량(9필/벌)을 기준으로 환산한 삼베원단소요량 총 306필(34벌×9필)을 매입단가(1필당 225만 원)에 곱하여 산출한 76,500,000원을 법인세과세표준 계산시 손금으로 인정해 주고, 구 조세감면규제법 제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액공제도 적용함과 아울러 상여처분에 따른 소득금액변동통지금액도 위 76,500,000원을 차감하여 계산한 금액으로 하여 달라는 내용의 법인세과세표준 및 세액의 경정청구를 처분청에 하였다. (가) 청구인이 위 경정청구시 제시한 매입매출장에 의하면 1997년 중 매출액은 776,803,704원으로서 법인세과세표준 신고서상의 총수입금액과 일치하고 있으며, 그 중 위 ㅇㅇ의전사에 매출한 금액은 계 508,936,510원으로 되어 있는데 청구인은 ○○포 수의 31벌 값(1벌당 2,650,000원)이 그 매출금액에 포함되어 있다는 증빙자료로 위 ○○의전사와 거래한 거래명세서와 위 납품확인서를 제시하고 있고, ○○대학 ○○병원에 납품한 3벌값은 세무조사시에 적출된 위 병원에 대한 매출신고 누락액 중의 일부로서 청구인은 이에 대한 증빙자료로는 위 납품확인서만 제시하고 있다. (나) 청구인의 매입매출장에 의하면 1997년 중 총매입액은 641,432,362원으로서 그 중 원재료 매입액은 560,419,853원으로 되어 있는데 재료원장, 매입세금계산서 등에서 ○○포 원단의 매입사실은 확인되지 아니한다. (다) 청구인은 ○○포 76,500,000원 어치를 매입하였으나 장부에 기재하지 아니하였던 것이라고 하면서 그 매입사실 입증자료로 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지에 사는 박ㅇㅇ 외 3인으로부터 작성해 받은 ○○포 삼베판매확인서(판매금액 합계 54,500,000원, 판매기간: 1997년 7월 ~ 1997년 12월, 판매량 합계 218필, 판매단가: 필당 250,000원)를 제시하고 있으나 나머지 22,000,000원에 대한 매입사실 증빙자료는 제시하지 못하고 있다.
(4) 처분청은 청구인이 경정청구한 내용 중 위 박ㅇㅇ 외 3인으로부터 받은 위 ○○포 삼베판매확인서상의 위 54,500,000원만 부외원가로 인정, 손금산입하고 나머지 청구내용은 받아 들이지 아니한채 이 사건 법인세 경정처분과 이 사건 소득금액변동통지를 하였다.
(1) 첫째 다툼에 대하여 본다. 납세의무자가 과세표준 등을 신고할 때 익금에 산입될 매출의 신고만 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 매출원가에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그 매출원가의 존재와 금액을 조사하여 손비 인정여부를 결정하여야 할 것이다. 그러나 신고 누락한 원가를 손금으로 인정하기 위하여는 원가로 인정할 만한 품목, 수량, 단가, 금액 등이 객관적으로 입증되어야 할 것인데 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인이 제시한 ○○포 삼베원단의 소요량 등은 청구인이 멋대로 산출한 것으로서 전체로서의 객관적이고 정확한 소요량, 매입금액 등을 파악할 수 없어 ○○포로 제조된 수의가 매출되었다는 사실만을 가지고 원재료비소요 추정금액을 모두 원가로 인정할 수 없는 것이므로 처분청이 삼베 판매자의 판매확인서 등 증빙이 있는 부분만 원가로 인정, 손금산입하였고 청구인이 삼베의 구입처, 수량, 단가 등을 입증할 수 있는 객관적인 증빙의 제시를 하지 못하는 부분에 대하여 원가로 인정하지 아니한 것은 잘못된 것이라고 할 수 없으므로 청구인의 위 첫째다툼에 관한 주장은 이유 없다고 할 것이다.
(2) 둘째 다툼에 대하여 본다. 위 관계 법령에서 본 바와 같이 중소제조업 등에 대한 특별세액감면은 중소기업으로서 법령에서 규정된 업종에만 해당하면 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 등을 감면하게 되어 있는 것으로서 다른 특별한 감면요건이 규정되어 있지 아니하므로 감면을 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 소관 세무서장에게 제출하도록 되어 있다 하더라도 이는 훈시적 규정으로 보아서 그 감면신청서를 제출하지 아니하였다 하더라도 위 세액감면 자체가 배제되는 것은 아니라고 보는 것이 상당하다고 할 것인바 위에서 본 바와 같이 제조업을 영위하는 중소기업인 청구인의 경우 당초 법인세 신고시 과세표준금액이 결손으로 되어 있어 감면신청서를 제출하지 못하였지만 법인세 과세표준 및 세액경정 청구시에 감면신청하였던 것인데도 처분청이 위 특별세액감면을 배제한 것은 잘못이라 할 것이어서 청구인의 위 둘째다툼에 관한 주장은 이유 있는 것이라고 할 것이다.
(3) 셋째 다툼에 대하여 본다. 위 인정사실에 의하면 청구인이 1997년 중 매출하였다고 주장하는 ○○포 수의 34벌 중 위 ㅇㅇ의전사에 납품한 31벌은 법인세과세표준 신고시 이미 매출로 신고된 것 가운데 일부이었다는 것이니 처분청이 이 사건 법인세 경정처분시에 손금으로 인정한 ○○포 매입액은 이 사건 매출신고 누락액에 대응하는 원가가 아니며, ○○대학교 ○○병원에 납품한 3벌은 이 사건 매출신고누락액의 일부이나 그 매출에 대응되는 원가가 손금에 산입되지 아니하였다는 객관적인 증빙자료를 청구인이 제시하지 않고 있는 이 사건에 있어서 청구인이 주장하는 위 ○○포 매입액 모두를 매출신고 누락액에 대한 원가로 인정할 수 없으므로 이 사건 소득금액변동통지 금액에서 그 주장의 위 ○○포 매입액을 차감하여야 한다는 청구인의 위 셋째다툼에 관한 주장 또한 이유 없는 것이라고 하겠다.
그렇다면 처분청이 이 사건 법인세 경정처분을 하면서 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 배제한 부분만이 잘못된 것이라 할 것이어서 이 사건 심사청구는 일부만 이유 있고 나머지는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.