지출증빙없는 양도자산 대지조성비용의 필요경비인정여부

심사청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 답 795㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1995. 4. 18. 취득하여 1998. 2. 9. 양도한 후 같은 해 2. 28. 취득가액 320,000,000원, 양도가액 390,000,000원을 실지거래가액으로 하여 산출한 양도차액 60,000,000원에서 대지조성관련 비용인 필요경비 74,632,750원을 빼면 양도차익이 △4,632,750원으로 산출된다하여 과세미달로 자산양도차익예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 제시한 위 필요경비 중 47,883,620원은 그 증빙이 없어 인정할 수 없다고 보아 필요경비에서 차감하여 양도소득세 13,300,340원을 1999. 1. 4. 자로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인은 이 사건 토지를 1995. 4. 18. 논으로 취득한 후 3m 이상을 복토하여 지목을 대지로 변경하고 사무실용 건물(49.8㎡)을 신축하여 사용하다가 1998. 2. 9. 양도하였는데 청구인이 이 사건 토지의 자산양도차익 예정신고 때 필요경비로 신고한 대지조성공사금액 74.632,752원은 청구인이 개발이익 환수에 관한 법률시행령 제10조 에 따라 개발비용산정기관인 청구외 사단법인 ○○연구소(이하 위 연구소라 한다)에 의뢰하여 회신받은 공사원가계산 보고서상의 총공사원가이므로 토지부분에 관한 양도차익을 계산할 때 필요경비로 인정하여야 하는데도 처분청은 위 보고서가 실제로 자금이 지출되었다는 개별적인 지출 증거서류에 따라 작성된 것이 아니라 청구인이 제시한 도면과 사양서를 근거로 예정가격작성준칙에 의한 건설공사 표준품셈에 따라 작성되었고 또 지출 증거서류를 제시하지 않는다 하여 그 중 지출 영수증이 있는 농지조성비ㆍ전용부담금(이하 위 농지전용부담금이라 한다) 21,942,000원과 개발부담금 4,807,130원 계 26,749,130원만 필요경비로 인정하고 나머지 47,883,620원을 필요경비로 인정하지 아니한 것은 공사비를 전혀 인정하지 아니하고 공과금만을 필요경비로 인정한 것으로 이 사건 부과처분은 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙에 위배된 처분이다.

• 가. 다툼 청구인이 제시한 이 사건 토지의 대지조성비를 필요경비로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 지목이 답인 이 사건 토지(795㎡)를 1995. 4. 18. 청구외 김ㅇㅇ으로부터 취득한 후 같은 해 8. 9. 위 농지전용부담금 21,942,000원을 ○○시 ㅇ구청장에게 납부하고 같은 해 9. 5.부터 1996. 3. 9.까지 대지조성공사를 하여 건물 49.8㎡를 신축하고 같은 해 3. 15. 지목을 대지로 변경하였다. 그리고 청구인은 ○○시 ㅇ구청장의 부과 고지에 따라 1996. 10. 28.자로 1,165,180원, 1997. 10. 6.자로 3,641,950원 계 4,807,130원의 개발부담금을 납부하였다. (2)그 후 청구인은 이 사건 토지와 건물을 1998. 2. 9. 청구외 임ㅇㅇ에게 양도하고 같은 해 2. 28. 처분청에 자산양도차익 예정신고를 하면서 이 사건 토지는 매매계약서의 양도가액 390,000,000원에서 매매계약서의 취득가액 320,000,000원을 뺀 70,000,000원에서 다시 필요경비 74,632,750원을 뺀 금액이 △4,632,750원으로, 건물은 양도당시의 기준시가 6,573,600원에서 취득당시의 기준시가 6,474,000원을 뺀 99,600원에서 다시 필요경비 647,400원을 뺀 금액이 △547,800원으로 산출된다하여 과세미달로 자진신고를 하였다.

(3) 청구인이 필요경비의 증빙으로 제시한 위 연구소의 공사원가계산 보고서와 위 연구소 이사장 이ㅇㅇ의 확인서에 의하면 총공사원가는 74,632,752원이고 그 구성은 공사비 48,724,295원, 일반관리비 2,923,457원, 조사설계비 1,043,000원, 기타경비 21,942,000원으로 되어 있으며 그 중 공사비는 재료비 13,396,175원, 노무비 26,260,427원과 경비 9,067,693원으로 구성되어 있다. 그리고 그 주요 부분의 계산근거를 보면 재료비는 설계도면과 현장실측에 의하여 공사물량을 산출한 후 구입실적단가나 물가자료의 단가를 적용하여 산출하였고, 노무비 중 직접노무비 23,035,563원은 정부표준품셈의 일위대가표 노임공수에 정부노임단가를 곱하여 산출하고 간접노무비 3,224,964원과 위 일반관리비는 구 재정경제원 회계예규(1995. 7. 10.개정된 예규 2200, 04-105호)에 따른 요율을 적용(간접노무비: 직접노무비×14%, 일반관리비: 공사비×6%)하였으며 조사설계비는 엔지니어링기술진흥법의 사업대가 기준에 따른 요율을 적용[(공사비+일반관리비) × 2.02%]하여 산출하였던 것으로 실지 지급된 경비를 근거로 하여 산출한 것이 아니며 증빙에 의하여 경비를 계상한 것은 위 농지전용부담금인 기타경비 뿐이다.

(4) 처분청은 이 사건 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비를 위 농지전용부담금 21,942,000원과 개발부담금 4,807,130원 계 26,749,130원만을 인정하여 청구인이 신고한 74,632,750원 중 이를 제외한 47,883,620원을 필요경비로 인정할 수 없다고 보아 양도소득세과세표준을 40,501,870원으로, 납부할 세액을 13,300,348원으로 산출하여 1999. 1. 4.자로 이 사건 부과처분을 하였다.

(5) 한편 ○○시 ㅇ구청장은 위 연구소에서 작성한 공사원가계산 보고서를 그대로 인정하여 위 (1)항의 개발부담금을 부과하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 국세기본법 제14조 제2항 에 따르면 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다라고 규정되어 있다. (2) 소득세법 제96조 제1호 와 제97조 제1항 제1호 (가)목의 규정에 따르면 양도 가액과 양도가액에서 공제할 취득가액은 그 자산의 양도와 취득당시의 기준시가에 의하되 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차액을 계산할 수 있도록 되어 있고, 제97조 제1항에 따르면 거주자의 양도차익계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다라고 규정하면서 제1호에 취득가액, 제2호에 대통령령이 정하는 개량비, 제3호에 대통령령이 정하는 자본적지출액을 열거하고 있다. (3) 소득세법 시행령 제166조 제4항 제3호 와 제5항 제2호의 규정에 따르면 양도 자가 양도소득세 과세표준과 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 신고하는 경우에는 실지거래가액을 적용하여 과세하되 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 실지거래가액 적용대상에서 제외할 수 있도록 되어 있고, 제163조 제3항에 따르면 법 제97조 제1항 제2호에서 대통령령이 정하는 설비비와 개량비라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다라고 규정하면서 제1호에 양도자산의 용도변경을 위하여 지출한 비용, 제2호에 양도자산의 개량을 위하여 지출한 비용, 제3호에 양도자산의 이용편의를 위하여 지출한 비용, 제4호에 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것을 열거하고 있다. (4) 소득세법시행규칙 제79조 제1항 에 따르면 영 제163조 제3항 제4호에서 재정경제부령으로 정하는 것이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다라고 규정하고 제1호에서 하천법ㆍ특정다목적댐법ㆍ기타 법률에 의하여 시행하는 사업으로 인하여 당해 사업구역내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용과 개발이익환수에 관한 법률에 의한 개발부담금을 규정하고 있다.

(5) 개발부담금 부과에 관한 규정 (가) 개발이익환수에 관한 법률 제8조 에 따르면 개발부담금의 부과기준은 부과종료시점의 부과대상토지의 가액에서 다음 각 호의 금액을 뺀 금액으로 한다라고 규정하면서 제1호에 부과개시시점의 부과대상토지의 가액을, 제2호에 부과기간 동안의 정상지가 상승분을, 제3호에 제11조의 규정에 의한 개발비용을 열거하고 있고 제11조 제1항에 따르면 제8조 제3호의 규정에 의한 개발비용은 개발사업의 시행과 관련하여 지출된 다음 각 호의 금액을 합하여 산출한다라고 규정하면서 제1호에 순공사비(제세공과금을 포함한다)ㆍ조사비ㆍ설계비ㆍ일반관리비 및 기타 경비를, 제2호에 관계법령의 규정 또는 인가 등의 조건에 의하여 납부의무자가 공공시설 또는 토지 등을 국가 또는 지방자치단체에 제공하거나 기부한 경우에는 그 가액을, 제3호에 당해 토지의 개량비를 열거하고 있다. (나) 개발이익환수에 관한 법률시행령 제10조 제2항 에 따르면 법 제11조 제1항의 규정에 의한 개발비용은 납부의무자가 당해 사업시행과 관련하여 지출한 제1항 각 호의 개발비용을 합한 금액으로서 그 산출내역서와 증빙서류를 갖추어 제시한 금액으로 한다라고 규정되어 있고, 제3항에 따르면 제2항 본문의 경우에 납부의무자가 제시한 금액 중 제1항 제1호 내지 제3호의 개발비용의 금액이 다음 각 호의 기준에 의하여 산출한 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 금액은 이를 법 제11조 제1항의 규정에 의한 개발비용으로 보지 아니한다라고 규정하면서 제1호에 재료비ㆍ노무비ㆍ경비는 예산회계법시행령 제78조 의 규정에 의한 예정가격결정기준 중 공사원가계산을 위한 재료비ㆍ노무비ㆍ경비의 산출방법을 적용하여 산출하되 정부표준품셈과 단가(정부고시가격이 있는 경우에는 그 금액을 말한다)에 의한 금액을, 제2호에 조사비와 설계비는 엔지니어링기술사업대가의 기준에 의하여 산정한 금액을 열거하고 있으며 제4항 제2호에 따르면 납부의무자가 제시한 개발비용의 금액이 제3항의 규정에 의한 금액을 초과하는 경우로서 납부의무자가 제시한 개발비용의 금액에 대하여 건설교통부장관이 건설기술관리법 제28조의 규정에 의하여 등록된 감리전문회사 또는 구 재정경제원장관이 지정ㆍ고시하는 원가계산용역기관 중 건설교통부장관이 정하는 요건을 갖춘 회사나 기관(이하 개발비용산정기관이라 한다)에 의뢰하여 제3항 각 호의 기준에 적합한 것으로 확인한 경우에는 당해 개발비용을 제3항의 규정에 불구하고 당해 금액을 법 제11조의 규정에 의한 개발비용으로 인정할 수 있다라고 규정되어 있으며 제5항에 따르면 건설교통부장관이 제2항의 규정에 의하여 납부의무자가 제시한 금액의 사실여부 확인과 제3항의 규정에 의한 금액의 산출에 있어 당해 개발사업의 내용ㆍ성질 등이 특수하여 그 확인 또는 금액산출이 곤란한 경우에는 개발비용산정기관에 이를 의뢰할 수 있다라고 규정되어 있다.

• 라. 판단 청구인은 이 사건 토지의 대지조성비를 필요경비로 인정하여 달라면서 그 증거로 위 연구소에서 작성한 공사원가계산 보고서를 제시하고 있고 ○○시 ㅇ구청장도 이 보고서를 인정하여 개발부담금을 부과하였다고 주장한다. 그러나 위 인정사실에서 살펴본 바와 같이 청구인이 제시한 위 연구소의 총공사원가는 그 항목 중 공사비는 청구인이 제시한 도면과 사양서에 따른 공사물량에 정부표준품셈과 정부노임단가를, 일반관리비는 회계예규에 따른 요율을, 조사설계비는 엔지니어링기술진흥법의 사업대가 기준에 따른 요율을 적용하여 산출된 것이고 실지로 자금이 지급된 증거서류에 의하여 산출된 것은 기타경비 뿐이었다. 그리고 개발부담금은 위 관계법령에서 본 바와 같이 개발이익환수에 관한 법률의 규정에 따라 부과하는 것이고 그 산출근거인 개발이익에서 공제되는 개발비용은 납부의무자가 제시한 비용산출 내역서와 실지 자금을 지급한 증빙서류에 의하되 그 금액이 정부표준품셈과 정부노임단가에 의하여 산정한 재료비ㆍ노무비ㆍ경비와 엔지니어링사업대가의 기준에 의하여 산정한 조사설계비의 합계액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 개발비용으로 인정되지 아니하나 예외적으로 개발비용산정기관이 확인하는 경우에는 그 비용을 개발비용으로 인정할 수 있도록 되어 있고 또한 개발부담금 부과관서에서는 납부의무자가 제시한 금액의 사실여부 확인 또는 금액산출이 곤란한 경우에는 개발비용산정기관에 의뢰하여 그 금액을 개발비용으로 할 수 있는 등 자금 지급에 관한 증거서류만을 근거로 개발비용이 산정되는 것은 아니라 할 것이다. 반면 국세기본법 제14조 제2항 의 규정에 따르면 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하도록 되어 있으므로 위 대지조성비도 그 실질내용을 알기 위해서는 공사계약서와 세금계산서 등으로 자금지급 여부와 지급금액을 알 수 있어야 하고 달리 그 금액을 추정하여 필요경비로 인정할 수 있는 근거가 조세법에는 규정되어 있지 아니하다. 따라서 청구인이 이 사건 토지의 용도변경이나 개량 등을 위하여 비용을 지출하였음을 입증하는 객관적인 증거서류를 제시하지 아니하는 한 위 연구소의 공사원가 계산서의 금액을 전액 비용으로 인정할 수 없다할 것이므로 청구주장은 이유 없다 할 것이다.

그렇다면 청구인이 제시한 이 사건 토지의 대지조성비를 믿을 수 없다고 보아 필요경비로 인정하지 아니하고 이 사건 부과처분을 한 것은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.