조세심판원 심사청구 부가가치세

항만시설관리권의 공급시기 및 사실과 다른 세금계산서인지 여부

사건번호 감심-1999-0269 선고일 1999.08.18

항만시설관리권은 물권으로 권리변동은 항만시설관리권등록부에 등록함으로써 효력이 발생하며 세금계산서의 작성일과 공급시기의 과세기간이 다른 경우는 사실과 다른 세금계산서에 해당함.

주문

심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지
  • 가. 청구인은 ○○시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ○○번지과 ○○번지에 있는 항만시설인 안벽 210m, 호안 85m, 야적장 17,870㎡, 건물 2동 294㎡에 대한 항만시설관리권(이하 위 항만시설을 이 사건 항만시설이라 하고 이 사건 항만시설에 대한 관리권을 이 사건 항만시설관리권이라 한다)을 청구외 ㅇㅇ화학공업 (주)로부터 취득하기로 하고 1993. 11. 2. 항만시설관리권등록부에 청구인을 권리자로 등록하고 1994. 7. 22. 상법의 규정에 따라 현물출자(6,072,240,635원) 이행 완료에 대한 법원의 확인을 받은 다음 같은 달 26.자로 이 사건 항만시설관리권의 현물 출자 후의 잔액(520,170,860원)에 대한 매매계약을 체결하고 현물출자가액을 포함한 전체금액에 대한 세금계산서(공급가액 6,527,170,860원, 부가가치세 652,717,086원 이하 이 사건 세금계산서라 한다)를 위 ○○화학공업 (주)로부터 교부받아 1994년도 2기분 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 세금계산서상의 부가가치세액을 매입세액으로 공제하였다.
  • 나. 처분청은 청구인에 대한 법인세 정기조사를 실시하여 이 사건 항만시설관리권의 공급시기는 항만시설관리권등록부에 청구인을 권리자로 등록한 1993. 11. 2.로 보아야 하는데도 이 사건 세금계산서는 1994. 7. 26.자로 발행되었으므로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 인정하여 매입세액으로 공제받은 이 사건 세금계산서상의 부가가치세 652,717,086원을 매입세액으로 공제하지 아니하고 여기에 가산세를 더하여 1999. 1. 2.자로 부가가치세 717,988,790원을 부과, 고지하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.
2. 청구의 취지와 이유
  • 가. 청구취지 이 사건 당초 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
  • 나. 청구이유

(1) 청구인은 항만법 제19조 제3항 에서 항만시설관리권에 대한 권리를 변동할 때에는 해양수산부장관의 승인을 얻도록 규정하고 있고 상법 제422조 제1항 에서 현물출자를 하는 경우에는 법원에 선임한 검사인의 심사를 받아 법원의 확인을 받도록 규정하고 있으며 부가가치세법 제9조 제1항 제3호 와 같은 법 시행령 제21조 제1항 제3호에서 조건부로 재화를 공급하는 경우에는 그 조건이 성취된 때를 재화의 공급시기로 본다고 규정하고 있으므로 1993. 11. 2. 항만시설관리권등록부에 이 사건 항만시설관리권의 권리자를 청구인으로 등록한 것은 이 사건 항만시설관리권의 변동을 승인받기 위한 준비단계일 뿐 현물출자가 완료된 것은 법원의 확인이라는 조건이 성취된 때로 보아야 하므로 이 사건 항만시설관리권의 공급시기는 법원에서 현물출자의 이행을 심사하여 확인한 날인 1994. 7. 22.로 보아야 한다.

(2) 청구인은 설령 이 사건 항만시설관리권의 공급시기를 항만시설관리권등록부에 그 권리자를 청구인으로 등록한 1993. 11. 2.로 본다고 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 와 같은 법 시행령 제60조 제2항에 의하면 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에도 거래사실이 확인되는 때에는 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다고 규정하고 있고 이 사건 세금계산서는 항만시설관리권의 공급시기만이 다를 뿐 그 거래내용은 사실임이 명백하므로 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하여 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

3. 우리 원의 판단
  • 가. 다툼

(1) 이 사건 항만시설관리권의 공급시기를 법원에서 출자내용을 심사하여 확인한 날인 1994. 7. 22.로 보아야 하는지 여부

(2) 이 사건 항만시설관리권을 공급받고 교부받은 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는 것인지 여부

  • 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구외 ㅇㅇ화학공업 (주)(이하 위 ㅇㅇ화학이라 한다)는 이 사건 항만시설을 총 공사금액 6,072,240,635원으로 건설하여 해양수산부에 기부채납하고 1993. 8. 9. 자로 이 사건 항만시설에 대한 항만시설관리권 설정등록을 하였다.

(2) 청구인은 1993. 9. 1.에 이사회를 열고 같은 달 9. 임시 주주총회를 열어 위 ㅇㅇ화학으로부터 이 사건 항만시설관리권의 가액을 6,072,240,635원으로 하여 현물출자받기로 의결하였다. 위 이사회와 주주총회에서는 이 사건 항만시설관리권을 위 ㅇㅇ화학으로부터 현물출자받는 데 대하여는 그 가액을 6,072,240,635원으로 한다는 것 이외에는 다른 조건에 관하여 논의한 바는 없다.

(3) 청구인은 항만시설관리권등록부에 1993. 11. 2.자로 자신을 이 사건 항만시설관리권의 권리자로 관리권을 설정하였다.

(4) 위 ㅇㅇ화학은 1993. 11. 2. 해운항만청장(해운항만청은 그 이후에 해양수산부로 되었다)에게 이 사건 항만시설관리권을 청구인에게 출자에 의한 관리권이전으로 처분하는 데 대한 승인을 신청을 하였고, 행운항만청장은 1993. 11. 23. 이를 승인하였다.

(5) 청구인과 위 ○○화학은 ○○지방해운항만청장에게 위 ○○화학이 이 사건 항만시설에서 하던 항만운송사업(항만하역업)의 양도ㆍ양수 인가신청을 하였고 ○○지방해운항만청장은 1994. 2. 24.자로 이를 인가하였다.

(6) 처분청은 청구인에 대한 법인세 정기조사 실시과정에서 청구인이 위 ㅇㅇ화학으로부터 항만운송사업을 양수받은 이후인 1994. 5월과 6월에 이 사건 항만시설을 사용하여 항만운송사업을 하면서 부두사용료, 하역료, 하역운송료 등을 받았음을 확인하였다.

(7) 청구인은 이 사건 항만시설관리권의 가액을 청구외 ○○원 ○○지점에 감정평가의뢰 하였고, 위 ○○원 ○○지점의 감정평가사 청구외 서○○은 조사시점을 1994. 2. 14.자로 작성일자를 같은 달 23.자로 하여 이 사건 항만시설관리권의 평가가격을 6,007,048,000원으로 평가하였다.

(8) 청구인은 이 사건 항만시설관리권의 가액을 6,007,000,000원으로 하여 위 ○○화학으로부터 현물출자 받고 청구인의 보통주식 600,700주(1주당 액면가액 10,000원)을 교부하는 데 대하여 ○○지방법원 ○○지원에 검사인의 선임을 청구하였다. 위 ○○지방법원 ○○지원에서는 1994. 7. 9. 변호사 청구외 류ㅇㅇ을 검사인으로 선임하였다. 위 변호사 류ㅇㅇ은 위 ㅇㅇ화학이 현물출자한 이 사건 항만시설관리권의 가액은 6,007,048,000원으로 확인되고 청구인이 위 ㅇㅇ화학의 현물출자에 대한 대가로 교부하는 보통주식 600,700주(1주당 액면가액 10,000원)도 정당하다고 확인한 조사보고서를 작성하여 1994. 7. 21. 위 ○○지방법원 ○○지원에 제출하였고 위 지원의 판사 청구외 이○○ 등 3인은 같은 달 22. 이를 확인하였다.

(9) 청구인은 1994. 7. 26.자로 보통주식 600,700주(1주당 액면가액 10,000원)를 발행하여 발행주식의 총수를 보통주식 80,000주에서 680,700주로 변경하는 것으로 청구인의 법인등기부를 변경 등기하였다.(청구인의 1994사업연도 주식이동상황명세서에 의하면 청구인은 위 보통주식 600,700주를 위 ㅇㅇ화학에게 교부하였는데 교부한 날짜가 언제인지에 관한 증빙은 제출하지 아니하였다.)

(10) 청구인은 1994. 7. 26. 위 ㅇㅇ화학과 항만시설관리권 현물출자 후 잔액 520,170,860원(부가가치세 별도)을 1995. 1월부터 1999. 8월까지 매월 15일에 10,000,000원씩 받고 최종잔액 12,187,946원은 1999. 10. 15.에 위 ㅇㅇ화학에 지급하는 내용의 매매계약을 체결하였다.〔청구인은 위 현물출자 후 잔액 520,170,860원의 매매 대상물건이 무엇인지에 관하여 아무런 증빙을 제시하지 아니하여 이를 알 수 없다〕

(11) 청구인은 위 ㅇㅇ화학으로부터 공급물품을 이 사건 항만시설관리권, 공급가액을 6,527,170,860원(이 사건 항만시설관리권의 가액 6,007,000,000원과 이 사건 항만시설관리권 현물출자 후의 잔액 520,170,860원을 합한 금액), 부가가치세액을 652,717,086원, 작성일을 1994. 7. 26.로 하여 발행한 이 사건 세금계산서를 교부받았다.

(12) 청구인은 1994. 10. 25. 1994년도 2기분 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 세금계산서상의 부가가치세액 652,717,086원을 매입세액으로 공제하여 신고하였다.

(13) 처분청은 1998년에 청구인에 대한 법인세 정기조사를 실시하여 이 사건 항만시설관리권의 공급시기는 청구인이 항만시설관리권등록원부에 이 사건 항만시설관리권의 권리자를 자신으로 등록한 1993. 11. 2.인데도 이에 대한 세금계산서로서 위 ○○화학에서 1994. 7. 26.자로 발행한 이 사건 세금계산서를 교부받았으므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아서 그 부가가치세액 652,717,086원을 공제대상에서 제외하고 여기에 가산세 65,271,708원을 더하여 1999. 1. 2.자로 부가가치세액 717,988,790원을 추가 징수하는 이 사건 부과처분을 하였다.

  • 다. 관계법령의 규정

(1) 재화의 공급시기에 관한 관계 규정을 보면 다음과 같다. (가) 부가가치세법 제9조 제1항 은 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다고 규정하여 제1호에서 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때, 제2호에서 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게 되는 때, 제3호에서 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 간이세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다. (나) 부가가치세법시행령 제21조 제1항 에 의하면 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다고 규정하여 그 제3호에서 반환조건부판매․동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때라고 규정되어 있다.

(2) 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 관한 규정을 보면 다음과 같다. (가) 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제17조 제1항의 규정에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 되어 있다. (나) 구 부가가치세법(1994. 12. 22. 법률 제4808호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하면 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제출하지 아니한 경우, 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하나 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정되어 있다. (다) 구 부가가치세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14471호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제2항의 규정에 의하면 교부하였거나 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 법 제17조 제2항 제1호에서 규정하는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다고 규정되어 있다.

(3) 항만시설관리권에 관한 규정을 보면 다음과 같다. 구 항만법(1997. 12. 13. 법률 제5454호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 항만시설관리권은 이를 물권으로 보며, 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 민법 중 부동산에 관한 규정을 준용한다, 제2항은 항만시설관리권은 법인의 합병, 상속 기타의 포괄승계와 출자 및 저당권 설정을 목적으로 하는 경우 외에는 이를 처분하지 못한다, 제3항은 항만시설관리권을 분할 또는 합병하거나 제2항의 규정에 의한 처분을 하고자 하는 때에는 해운항만청장(1997. 12. 13. 항만법 개정으로 해양수산부장관으로 개정되었다)의 승인을 얻어야 한다고 규정되어 있고, 제21조 제1항은 항만시설관리권 또는 항만시설관리권을 목적으로 하는 저당권의 설정․변경․소멸 및 처분의 제한은 해운항만청에 비치하는 항만시설관리권등록원부에 등록함으로써 그 효력이 발생한다고 규정되어 있다.

(4) 현물출자에 관한 관계 규정을 보면 다음과 같다. (가) 상법 제416조 는 회사가 그 성립 후에 주식을 발행하는 경우에는 다음의 사항으로서 정관에 규정이 없는 것은 이사회가 이를 결정한다 그러나 본 법에 다른 규정이 있거나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 한 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하여 그 제4호에서 현물출자를 하는 자의 성명과 그 목적인 재산의 종류, 가액과 이에 대하여 납부할 주식의 종류와 수라고 규정하고 있다. (나) 구 상법(1998. 12. 28. 법률 제5591호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제422조 제1항은 현물출자를 하는 자가 있는 경우에는 이사는 제416조 제4호에 게기한 사항을 검사하게 하기 위하여 검사인의 선임을 법원에 청구하여야 한다고 규정하고 있고, 제2항은 법원은 검사인의 보고서를 심사하여 전항에 게기한 사항을 부당하다고 인정한 때에는 이를 변경하여 이사와 현물출자를 한 자에게 통고할 수 있다고 규정하고 있으며, 제3항은 전항의 변경에 불복하는 현물출자를 한 자는 그 주식의 인수를 취소할 수 있다고 규정하고 있고, 제4항은 법원의 통고가 있는 후 2주간 내에 주식의 인수를 취소한 현물출자를 한 자가 없는 때에는 제1항의 사항은 통고에 따라 변경된 것으로 본다고 규정하고 있다.

  • 라. 판단

(1) 첫째 다툼에 대하여 살펴본다. 청구인은 이 사건 항만시설관리권을 항만시설관리권등록부에 청구인을 권리자로 등록한 것은 이 사건 항만시설관리권의 변동을 승인받기 위한 준비단계이고 현물출자의 이행이 완료되려면 법원의 확인이라는 조건이 성취되어야 하므로 이 사건 항만시설관리권의 공급시기는 항만시설관리권등록부에 청구인을 권리자로 등록한 1993. 11. 2.이 아닌 법원에서 현물출자의 이행을 심사하여 확인한 날인 1994. 7. 22.로 보아야 한다고 주장한다. 살피건대, 먼저 위 인정사실에 의하면 위 ○○화학은 이 사건 항만시설을 건축하고 이를 국가에 기부채납한 후 이에 대한 사용권으로서 이 사건 항만시설관리권을 설정등록한 것으로 이 사건 항만시설관리권은 이동이 가능한 재화는 아니라 할 것이고, 청구인은 이사회에서 이 사건 항만시설관리권을 위 ㅇㅇ화학으로부터 현물출자받는 것으로 의결하였으나 현물출자에 대한 조건은 없으며 항만시설관리권등록부에 1993. 11. 2.자로 자신을 이 사건 항만시설관리권의 권리자로 관리권을 설정등록하고 1994. 2. 24.자로 위 ㅇㅇ화학으로부터 항만운송사업(항만하역업)을 양수받아 1994. 5월과 6월에 이 사건 항만시설에서 항만운송사업을 하였으며, 이 사건 항만시설관리권의 가액을 ○○원 ○○지원에서 같은 해 2. 23.자로 평가받아 ○○지방법원 ○○지원에 검사인의 선임을 청구하고 같은 해 7. 22. 위 지원으로부터 그 조사보고서를 확인받은 다음 같은 해 7. 26.자로 법인등기부상의 발행주식 총수를 보통주식 80,000주에서 680,700주로 변경하여 추가 발행한 600,700주를 위 ㅇㅇ화학에게 교부하였다는 것이다. 다음으로 관계 법령을 보면, 부가가치세법 제9조 제1항 과 같은 법 시행령 제21조 제1항의 규정에서는 재화의 공급시기를 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때이고 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게 되는 때라고 규정하고 있으며 조건부판매의 경우에는 그 조건이 성취되는 때라고 규정하고 있고, 항만법 제19조 와 제21조의 규정에서는 항만시설관리권은 물권으로서 그 권리의 변동은 항만시설관리권 등록부에 등록함으로써 효력이 발생한다고 규정하고 있다. 그렇다면 청구인은 이 사건 항만시설관리권을 현물출자에 따른 신주를 교부하는 조건으로 사전에 인수한 것이라 할 것으로 자신을 이 사건 항만시설관리권의 권리자로 등록한 때부터 그 관리권을 이용가능한 상태에 있었다고 할 것이고 항만시설관리권은 이동 가능한 재화도 아니어서 그 공급시기는 항만시설관리권등록부에 청구인을 권리자로 등록할 때로 보아야 할 것이다. 더구나 청구인은 이 사건 세금계산서를 교부받기 이전인 1994. 2. 24. 이 사건 항만시설관리권을 이용하는 항만운송사업을 위 ㅇㅇ화학으로부터 양수받아 1994. 5월과 6월에 이 사건 항만시설에서 항만운송사업을 하여 하역료나 야적장 사용료를 받는 등 이 사건 항만시설관리권을 1994. 7. 22. 법원의 현물출자확인을 받기 전부터 이용한 사실도 있다. 따라서 이 사건 항만시설관리권의 공급시기를 법원의 현물출자 확인을 받은 날로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

(2) 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 청구인은 설령 이 사건 항만시설관리권의 공급시기를 항만시설관리권등록부에 청구인을 권리자로 등록한 1993. 11. 2.로 본다고 하더라도 이 사건 항만시설관리권은 그 공급시기만이 다를 뿐 거래사실은 명백하므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하여 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다. 살피건대, 구 부가가치세법 제17조 제1항 은 납부할 부가가치세는 자기가 공급한 매출세액에서 그 과세기간의 매입세액을 공제한 금액으로 한다는 규정하고 있는데 이 것은 매입세액은 그 매입거래가 있는 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서만 공제된다는 것이고, 구 부가가치세법시행령 제60조 제2항 은 제출된 세금계산서의 내용이 사실과 다른 경우라도 당해 세금계산서의 내용으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 않는다고 규정하고 있으나 이 것은 어디까지나 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 할 것이다. 이는 전의 과세기간에 속한 날에 매입한 거래에 대하여 후의 과세기간에 속한 날에 작성된 세금계산서를 제출한다면 그 세금계산서는 당해 과세기간 내의 거래를 나타내는 것이 아님이 분명하고 만약 이를 정당한 세금계산서로 받아들인다면 전의 과세기간에 대한 매입세액을 후의 과세기간의 매출세액에서 공제하는 결과를 가져오게 되기 때문이다. 따라서 위 인정사실에 의하면 청구인은 이 사건 항만시설관리권을 위 ㅇㅇ화학으로부터 1993. 11. 2. 이전받았는데 이에 대한 세금계산서는 1994. 7. 26.자로 발행하였다는 것이니 이 사건 항만시설관리권의 공급시기와 이 사건 세금계산서의 발행시기의 과세기간이 달라 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 것이고 청구인의 주장은 이유 없다고 할 것이다.

4. 결 론

그렇다면 처분청에서 이 사건 항만시설관리권의 공급시기를 1993. 11. 2.로 보아 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 인정하여 청구인에게 이 사건 부과처분을 한 것은 아무런 잘못이 없고 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)