3. 우리 원의 판단
(1) 양도소득세를 신고 납부한지 3년 반쯤 지난 후에 처분청이 양도소득세를 추가로 부과, 고지한 것이 부당한지 여부
(2) 이 사건 토지가 장기보유특별공제 대상이 되는지 여부
- 나. 인정사실 일건기록에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
(1) 청구인은 이 사건 토지를 1977. 11. 16. 취득하여 보유하고 있다가 1995. 5. 31. 양도하였고 같은 해 7. 25. 자산양도차익 예정신고를 하면서 기준시가에 의하여 양도가액을 299,341,000원으로 산정하고 여기서 취득가액 5,915,344원, 필요경비 591,534원, 양도소득특별공제 5,536,761원, 장기보유특별공제 87,850,236원, 양도소득공제 1,500,000원을 차감하여 양도소득금액을 197,947,125원으로 산출한 다음 자진납부할 세액을 89,433,827원으로 계산하여 이를 신고ㆍ납부하였다.
(2) 이 사건 토지는 양도당시 나대지이었다.
(3) 처분청은 청구인의 자산양도차익예정신고 및 자진납부계산서에 이 사건 토지의 1977년도 토지등급을 확인할 수 있는 구 토지대장이 첨부되지 아니하였고 당해 토지위에 지상건물이 있는지 여부가 확인되지 않아 서류보완과 사실확인을 하느라고 시간이 걸렸다고 하면서 1999. 2. 3.에 이르러서 청구인의 신고내용 중 이 사건 토지가 양도 당시 나대지 상태였다는 이유로 위 장기보유특별공제를 부인하고 이 사건 부과처분을 하였다.
- 다. 관계 법령 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제23조 제2항 본문은 양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 ‘양도차익’이라 한다)에서 다시 다음 각 호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다라고 규정하면서 그 제2호에서 제1항 제1호(토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득)에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 ‘장기보유 특별공제액’이라 한다) (가) 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것은 양도차익의 100분의 10, (나) 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것은 양도차익의 100분의 30에 해당하는 금액이라고 규정하고 있으며, 구 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제46조의3의 규정에 의하면 위 구 소득세법 제23조 제2항 제2호 에서 말하는 대통령령이 정하는 토지에 나대지를 규정하여 나대지의 경우 위 장기보유특별공제대상에서 제외하도록 되어 있다. 그런데 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 의하면 미등기양도자산을 제외(나대지는 그 제외대상에서 삭제됨)하고는 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 보유기간에 따라 장기 보유특별공제액을 공제할 수 있도록 되었으나 그 적용시기에 대하여는 위 같은 법률 부칙 제1조와 제8조에서 같은 조문이 1996년 1월 1일부터 시행된 후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있다. 한편 국세기본법 제26조의2 제1항 은 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 ”조세조약“이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다라고 규정하고 그 제1호에서 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간, 제2호에서 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간, 제3호에서 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간이라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호의 규정에 의하면 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한의 다음 날을 국세를 부과할 수 있는 날로 하도록 되어 있다.
- 라. 판단 청구인은 첫째로, 자기가 한 당초 자산양도차익 예정신고내용에 착오가 있었다면 처분청이 이를 즉시 정정하여 양도소득세를 결정하여야 하는데도 3년 반 쯤이 지난 후에야 추가로 이 사건 부과처분을 하여 생활이 어려워진 자신에게 새로운 부담을 주는 것이 부당하다는 취지의 주장을 하나 이는 당초 청구인이 이 사건 토지가 나대지로서 장기보유특별공제 대상이 아닌 것을 그 공제대상으로 오인한 데 따른 결과로서 처분청이 청구인의 잘못된 신고내용을 바로 잡아 부과제척기간이 만료되기 전(이 사건의 경우 과세표준과 세액에 대한 신고기한인 1996. 5. 31.의 다음 날인 같은 해 6. 1.이 국세인 이 사건 양도소득세를 부과할 수 있는 날이어서 그 부과제척기간이 만료되는 날은 2001. 5. 31.이 된다)인 1999. 2. 3.자로 이 사건 부과처분을 한 것에 잘못이 있다고 할 수 없고, 이것이 청구인에게 경제적인 새로운 부담이 되었더라도 어찌할 수 없는 일이며 둘째로, 이 사건 부과처분 당시 세법으로는 나대지에 대하여도 장기보유특별공제하도록 되어 있는데도 장기보유특별공제를 하지 아니하고서 한 이 사건 부과처분이 부당한 것이라는 취지의 주장을 하나 조세부과처분은 과세요건 성립 당시의 관계 법령의 규정에 따라서 하여야 하는 것이고 위에서 본 바와 같이 나대지에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하도록 개정된 법령은 1996. 1. 1. 이후 양도분부터 적용하게 되어 있는 것이므로 청구인의 위 주장들은 모두 받아들일 수 없는 것이라고 하겠다.