토지의 취득시기가 언제인지 여부

처분청은 1999. 3. 4.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 5,907,170원에 관하여 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지 대지 253.2㎡ 중 251㎡의 취득시기는 1988. 7. 28.로 하고 나머지인 2.2㎡의 취득시기는 1991. 4. 16.로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 청구인은 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지 대지 253.2㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 1995. 12. 7. 양도하고 이에 대한 자산양도차익예정신고 및 자진납부계산서를 제출하면서 그 취득시기를 이 사건 토지 취득 때의 소유권이전등기일인 1991. 4. 16.로 하여 납부할 양도소득세액이 없는 것으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 이 사건 토지의 취득시기를 잔금청산일인 1988. 7. 28.로 하여 1999. 3. 4.자로 양도소득세 5,907,170원을 부과, 고지(이하 이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 이 사건 토지를 ○○공사로부터 1987. 8. 8. 분양받아 1988. 7. 28. 대금을 완납하고 1991. 4. 16. 소유권이전등기하여 주택 건축에 착수하였으나 자금 부족으로 부득이 양도하게 된 것으로 양도소득세를 자진신고하면서 취득시기를 소유권이전등기일인 1991. 4. 16.로 하여 양도소득세액을 6,346,795원으로 계산하고 여기에서 이미 납부한 토지초과이득세 6,713,020원을 공제하여 납부할 양도소득세는 없는 것으로 신고하였다. 그런데 처분청에서 이 사건 토지를 1988. 7. 28. 취득한 것으로 보아 이 사건 부과처분을 하였는데 1988. 7. 28. 취득하여 1995. 12. 7. 양도한 장기보유거래인 경우에는 과세되고 1991. 4. 16. 취득하여 1995. 12. 7. 양도한 단기보유거래는 과세되지 않는다는 것은 합리성이 없으며 단기보유거래인 경우에는 이득이 되고 장기보유거래인 경우에는 손해가 된다는 것은 과세면에서 공평성이 없는 것이므로 이 사건 부과처분은 부당하여 취소되어야 한다.

• 가. 다툼 이 사건 토지의 취득시기를 분양대금의 잔금청산일로 본 것이 적정한지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구외 ○○공사(이하 위 공사라 한다)는 ○○도 ㅇㅇ시 지역에 ○○신도시 택지조성공사를 하여 분양하였는데 청구인은 그 중 1필지인 ㅇㅇ시 156 가구 ○○번지 대지 251㎡(이하 이 사건 토지의 분양당시 면적이라 한다)를 1987. 8. 8. 분양받았다.

(2) 이 사건 토지 분양계약서(이하 위 계약서라 한다)에 의하면 청구인은 ○○공사와 1987. 8. 8. 이 사건 토지의 분양당시 면적에 대한 분양계약을 체결하여 ○○공사(위 공사의 전 명칭)를 “갑” 청구인을 “을”로 하고, 분양대금 총액을 14,901,117원로 하였는데 위 계약서 제2조에서는 대금 납부는 계약일에 계약보증금 5,000,000원, 1988. 2. 7. 중도금 5,960,000원, 같은 해 8. 7. 잔금 3,941,117원을 납부하는 것으로 되어 있으며, 제4조에서는 “갑”은 분양토지에 대하여 확정측량을 실시하여 면적을 확정한 후 증감된 토지에 대하여는 계약시의 ㎡당 가격으로 정산한다고 되어 있으며, 제5조에서는 “갑”은 분양토지에 대하여 건설부장관(현, 건설교통부장관)의 준공인가를 받은 후 지적 정리를 완료하여 “을”에게 소유권을 이전하여야 한다고 되어 있다.

(3) 청구인은 위 계약에 따라 1987. 8. 8. 계약금 5,000,000원, 1988. 2. 8. 중도금 5,960,000원, 같은 해 7. 28. 잔금 3,941,117원을 위 공사에 납부하였다.

(4) 위 공사는 택지조성공사가 준공되고 이 사건 토지의 지번이 ○○도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지로 부여되자 이를 측량하여 그 면적이 분양 때의 면적보다 2.2㎡ 증가된 데 대하여 1991. 4. 16. 그 대금 130,607원을 청구인으로부터 받아 정산하고 같은 날 이 사건 토지를 청구인에게 소유권이전등기 하였다.

(5) 청구인은 이 사건 토지를 1995. 12. 7. 청구외 김ㅇㅇ에게 양도하고, 처분청에 자산양도차익예정신고 및 자진납부계산서를 제출하면서 양도소득금액계산명세서를 첨부하였는데 여기에 이 사건 토지의 취득가액을 이 사건 토지의 소유권이전등기일인 1991. 4. 16. 당시의 개별공시지가인 37,980,000원으로 평가하여 양도소득세액을 6,346,795원으로 산출하고 여기에서 이미 납부한 토지초과이득세 6,713,020원을 공제하여 납부할 세액이 없다는 내용으로 자산양도차익예정신고 및 자진납부계산서작성하여 같은 해 12. 15. 처분청에 제출하였다.

(6) 처분청은 이에 대하여 소득세법 제98조 와 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 의하면 자산의 양도와 취득시기는 잔금청산일로 함을 원칙으로 한다고 되어 있고, 이 사건 토지는 소유권이전등기를 1991. 4. 16. 하였으나 그 잔금을 1988. 7. 28. 청산하였으므로 이 사건 토지의 취득시기는 잔금청산일인 1988. 7. 28.이라고 하여 이 사건 토지의 취득가액을 잔금청산일 당시 개별공시지가 환산금액인 4,449,498원으로 평가하여 양도소득세액을 11,635,667원으로 산출한 다음 여기에서 토지초과이득세 6,731,020원을 공제하고, 신고불성실가산세 492,264원, 납부불성실가산세 492,264원을 가산한 5,907,175원을 납부할 세액으로 산출하여 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.

(2) 구 소득세법시행령(1998. 4. 1. 대통령령 제15747호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항 본문은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하여 제1호에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있고, 제2호에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일이라고 규정하고 있고, 제3호에서 총리령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일. 다만, 첫회 부불금의 지급일 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있고, 제4호에서 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증 교부일. 다만, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다고 규정하고 있으며, 제5호에서 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날이라고 규정하고 있다.

• 라. 판단 청구인은 이 사건 토지 양도에 대하여 그 취득시기를 소유권이전등기일인 1991. 4. 16.로 하는 경우에는 납부할 세액이 없고, 대금청산일인 1988. 7. 28.로 하는 경우에는 양도소득세 5,907,170원을 납부하여야 한다는 것은 장기보유거래는 과세되고 단기보유거래는 과세되지 않는다는 것으로 합리성과 공평성이 없는 것이라고 주장한다. 살피건대, 소득세법 제98조 와 이에 근거한 구 소득세법시행령 제162조 제1항 본문의 규정에 의하면 자산의 양도와 취득시기는 잔금청산일로 함을 원칙으로 하고 있다. 그리고, 위 인정사실에 의하면 위 공사는 이 사건 토지를 택지조성공사 준공검사 후에 면적을 측량하여 확정하고 분양면적과 측량면적의 차이를 정산한 다음 소유권이전등기 하는 것으로 분양한 것으로 청구인은 이 사건 토지의 분양당시 면적 251㎡를 1987. 8. 8. 분양받아 1988. 7. 28. 잔금을 청산하고 그 후 확정 측량결과 그 면적이 분양면적보다 2.2㎡ 증가되어 그 대가 130,607원을 1991. 4. 16. 정산금으로 납부하고 같은 날 이 사건 토지를 소유권이전등기한 것임을 알 수 있다. 따라서 이 사건 토지 중 분양당시의 면적 251㎡의 취득시기는 그 잔금청산일인 1988. 7. 28.이라 할 것이고 그 나머지인 2.2㎡의 취득시기는 그 대가를 정산한 1991. 4. 16.이라 할 것이므로 처분청에서 이 사건 토지 전체 면적 253.2㎡의 취득시기를 1988. 7. 28.로 보아서 한 이 사건 부과처분은 잘못된 것이라고 할 것이다.

그렇다면 처분청은 이 사건 부과처분을 이 사건 토지 전체면적에 대한 잔금이 1988. 7. 28. 청산된 것으로 보고서 한 잘못이 있고 이러한 사유로 이 사건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.