세액을 경정・환급한 후 기각으로 변경하고 환급세액을 다시 부과할 수 있는지 여부

처분청은 1999. 3. 9. 청구인에 대하여 한 각 양도소득세 1993 년 귀속분 27,633,520원(가산세 6,178,180원 포함)과 1994년 귀속분 67,263,620원(가산세 22,630,234원 포함)의 부과처분을 각 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 1986. 1. 30. ㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 전 1,200㎡를 취득하였다가 토지구획정리사업의 시행으로 1991. 4. 23. 위 토지를 같은 동 ㅇㅇ번지 대지 197.9㎡(이하 ‘이 사건 ①토지’라 한다)와 같은 동 ○○번지 대지 389.7㎡(이하 ‘이 사건 ②토지’라 한다)로 환지받은 후 이 사건 ①토지는 1993. 8. 2.에, 이 사건 ②토지는 1994. 1. 8.에 각 양도하고 1993. 9. 11.과 1994. 1. 27. 각 자산양도차익 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 양도차익을 다시 계산하여 1998. 9. 25. 청구인에게 이 사건 ① 토지의 양도에 대하여는 1993년 귀속분 양도소득세 37,562,850원(가산세 7,894,938원 포함)을, 이 사건 ② 토지의 양도에 대하여는 1994년 귀속분 양도소득세 138,815,710원(가산세 22,630,234원 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 당초 부과처분’이라 한다)을 하였다가 국세청에서 청구인이 1998. 11. 26. 이 사건 당초 부과처분에 대한 심사청구를 제기하여 이 사건 ①과 ② 토지의 취득가액 계산이 잘못되었다고 주장한 것을 받아들여 1999. 1. 22. 이 사건 당초 부과처분을 일부 경정하도록 하는 결정(심사 양도 00-000호, 이하 ‘이 사건 심사결정’이라 한다)을 하자 처분청은 같은 해 2. 12. 이 사건 당초 부과처분 가운데 위 1993년 귀속분 양도소득세 중 27,633,520원과 위 1994년 귀속분 양도소득세 중 67,263,620원의 세액을 청구인에게 환급하여 주었다.
• 다. 그 후 국세청이 1999. 2. 23. 청구인과 처분청에게 이 사건 심사결정의 내용 중 취득가액 계산식 적용 등에 오류가 발견되어 국세심사사무처리규정 제15조의2의 규정에 따라 이 사건 심사결정의 내용을 심사청구를 전부 기각한다는 것으로 정정하였다는 내용의 심사결정 오류정정 통지(이하 ‘위 심사결정 오류정정 통지’라 한다)를 하자 처분청은 같은 해 3. 9. 청구인에게 1993년 귀속분 양도소득세 27,633,520원과 1994년 귀속분 양도소득세 67,263,620원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구.
• 나. 청구이유

(1) 처분청은 국세심사사무처리규정 제15조의2에 근거하여 위 심사결정 오류정정 통지를 한 것이라고 하나 위 규정은 일반국민에 대하여는 아무런 구속력이 없는 단순한 국세청 내부규정이고 나아가 위 규정에서는 단순한 계산의 착오, 오자 등 형식상의 명백한 오류를 정정할 수 있도록 한 것이지 결정의 이유나 내용을 변경할 수 있도록 한 것은 아니며 더욱이 위 심사결정 오류정정 통지는 ○○위원회의 심의도 거치지 않은 채 국세청장이 단독으로 한 것이어서 위법한 것이다.

(2) 또한, 국세청에서 조세 부과처분 등에 대한 불복 심사청구를 제기받아 쟁송절차를 거쳐 심사결정을 하게 되면 그 심사결정은 불가변력을 가지게 되어 그 결정을 한 국세청은 그 결정에 하자가 있다 하더라도 스스로 이를 취소 또는 변경할 수 없게 되고 그 결정을 받은 세무서장은 그 결정에 반하여 동일한 사실관계에서 동일한 당사자에게 동일한 내용의 처분을 하여서는 안 되는 구속을 받게 되는데도 이에 위반하여 심사결정의 내용을 변경하고 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다.

• 가. 다툼 심사청구를 인용하는 국세청 심사결정에 따라 세액을 환급한 후 그 번복결정을 이유로 다시 이 사건 부과처분을 한 것이 적법한지 여부.
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음 사실이 인정된다.

(1) 청구인이 1986. 1. 30. 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 전 1,200㎡는 1986. 12. 11. ○○시 제4토지구획정리사업지구에 편입되어 1987. 5. 20.자 환지계획 인가 및 환지예정지 지정공고를 거쳐 1991. 4. 23. 이 사건 ①토지 197.9㎡와 이 사건 ②토지 389.7㎡로 환지되었다.

(2) 청구인은 이 사건 ① 토지를 1993. 8. 2.에, 이 사건 ② 토지는 1994. 1. 8.에 양도하고 각각 1993. 9. 11.과 1994. 1. 27. 자산양도차익 예정신고를 하였다.

(3) 처분청은 청구인이 이 사건 ① 토지와 이 사건 ② 토지에 관하여 신고한 양도차익을 다시 계산하면서 그 취득가액을 종전면적.×

1990. 1. 1.기준 개별공시지가 × 취득당시 과세시가표준액 (이하 ‘위 산식①’이라 한다) ‘90. 8. 30. 현재 과세시가표준액 의 산식을 적용하여 계산하는 등으로 1998. 9. 25. 청구인에 대하여 이 사건 ① 토지의 양도에 대하여는 37,562,850원의 양도소득세를(그 취득가액은 404.16㎡ × 450,000원 × 9,020원/40,900원 = 40,109,646원으로 계산되었다), 이 사건 ② 토지의 양도에 대하여는 138,815,710원의 양도소득세를(그 취득가액은 795.84㎡ × 600,000원 × 9,020원/52,200원 = 82,511,099원으로 계산되었다) 추가로 부과, 고지하는 이 사건 당초 부과처분을 하였다.

(4) 그러자 청구인은 1998. 11. 26. 국세청에 이 사건 당초 부과처분에 대한 심사청구를 제기하면서 환지는 종전토지와 환지 후 토지의 등가교환을 전제로 하는 것이므로 종전토지를 단위당 가치가 높은 대신 면적이 줄어든 토지로 교환받은 경우에 그 취득가액은 환지 전후의 면적의 증감을 반영하여 종전면적 ×

1990. 1. 1.기준 개별공시지가 × 취득당시 면적 × 취득당시 과세시가표준액 (이하 ‘위 산식②’라 한다)

1990. 8. 30. 현재 면적 ×1990. 8. 30. 현재 과세시가표준액 의 산식으로 계산하는 것이 정당한데도 처분청이 이 사건 ①토지와 이 사건 ② 토지의 환지 전후의 면적의 변화를 전혀 고려하지 않고 단순히 토지의 단위당 가액만을 고려한 위 산식①을 적용하여 취득가액을 계산한 것은 잘못이라는 등의 주장을 하였다.

(5) 국세청에서는 1999. 1. 22. 위 심사청구에 대한 심사결정을 하면서 그 결정서 주문에는 “1. ㅇㅇㅇ세무서장이 청구인에게 1998. 10. 15.을 납부기한으로 하여 1998. 9. 25. 고지한 ‘98년 9월 수시분 양도소득세 ’93년분 37,562,850원과 ‘94년분 138,815,710원(계 176,378,560원)은 각 연도별 과세대상 토지의 취득가액을 [종전토지의 면적 × {’90. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × (취득당시의 넓이 × 취득당시의 단위당 과세시가표준액) ÷ (‘90. 8. 30. 현재의 넓이 × ’90. 8. 30. 현재의 과세시가표준액)}] (위 산식 ②를 가리킴)의 산식으로 계산한 가액으로 양도차익을 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 2. 나머지 청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.“라고 기재하고, 그 이유로는 ”‘90. 8. 30. 전에 취득한 토지로서 구 시행령 부칙 제3항과 환지예정지 등의 취득가액의 계산 규정에 따라서 계산하는 취득당시의 단위당 기준시가는 환지가 아닌 토지로서 취득당시와 ’90. 8. 30. 현재의 넓이 변동이 없는 경우에 적용하는 ‘90. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액 ÷ ’90. 8. 30. 현재의 과세시가표준액의 산식(위 산식①을 가리킴)으로는 계산되지 아니하고, ’90. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × (취득당시의 넓이 × 취득당시의 단위당 과세시가표준액) ÷ (‘90. 8. 30. 현재의 넓이 × ’90. 8. 30. 현재의 과세시가표준액)(위 산식②를 가리킴)의 산식으로 계산하여야 취득당시의 단위당 기준시가가 산출되므로, 쟁점 1, 2 토지(이 사건 ① 토지와 이 사건 ② 토지를 가리킴)는 환지로서, 취득당시와 ‘90. 8. 30. 현재의 넓이가 바뀐 경우이므로 처분청의 당초 처분은 잘못되었음을 알 수 있다.“라고 하여 이 사건 ①과 ② 토지의 취득가액을 계산하면서 처분청이 적용한 계산방법의 부당함을 인정하고 이 사건 당초 부과처분을 일부 경정하는 이 사건 심사결정을 하였다.

(6) 이에 처분청은 위 산식②를 적용하여 이 사건 ① 토지의 취득가액은 81,913,307원[81,913,307원 = 404.16㎡ × 450,000원 × (404.16㎡ × 9,020원)/(198㎡ × 40,500원)]으로, 이 사건 ② 토지의 취득가액은 168,503,298원[168,503,298원 = 795.84㎡ × 600,000원 × (795.84㎡ × 9,020원)/(389.7㎡ × 52,200원)]으로 다시 계산하여 1999. 2. 12. 이 사건 당초 부과처분 중 1993년 귀속분 양도소득세 가운데 27,633,520원의 세액과 1994년 귀속분 양도소득세 가운데 67,263,620원의 세액을 청구인에게 환급하여 주었다.

(7) 그런 뒤 국세청은 1999. 2. 23. 위 심사결정의 주문을 “이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다”라는 것으로 변경하고 그 이유를 “쟁점 1, 2 토지는 ‘90. 9. 1. 전에 취득한 토지로서, 구 시행령 부칙 제3항의 규정에 따라 취득당시의 기준시가를 ’90. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액 ÷ ‘90. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 고시일 현재의 과세시가표준액으로 계산하여 과세한 당초의 처분은 정당하다고 판단된다.(같은 뜻: 재일 46014-134호, ’99. 1. 22.)”라는 것으로 변경한 다음(○○위원회의 심의는 거치지 아니하였다) 처분청과 청구인에게 위 심사결정의 내용 중 취득가액의 계산식 적용 등에 오류가 발견되어 국세심사사무처리규정 제15조의2의 규정에 따라 정정하여 결정하였음을 통지한다는 내용의 위 심사결정 오류정정 통지를 하였다.

(8) 처분청은 위 심사결정 오류정정 통지에 따라 1999. 3. 9. 청구인에게 위 환급한 세액에 해당하는 1993년 귀속분 양도소득세 27,633,520원과 1994년 귀속분 양도소득세 67,263,620원을 부과, 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제23조 제1항 제1호, 제45조 제1항 제1호 (가)목 본문의 규정에 의하면 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득의 경우에 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 취득가액은 취득 당시의 기준시가에 의하도록 되어 있고, 제60조 및 구 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것) 제115조 제1항 제1호의 규정에 의하면 토지의 기준시가는 국세청장이 지정하는 지역에 있어서 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의하는 경우를 제외하고는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가에 의하고 다만, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 하도록 되어 있다. 그리고 구 같은 법 시행규칙(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항 본문 제1호의 규정에 의하면 실지거래가액이 불분명한 경우의 양도차익계산에 있어서 토지구획정리사업법 또는 농촌근대화촉진법에 의한 환지지구내의 토지를 양도한 경우에 그 양도차익의 계산은 종전의 토지소유자가 환지예정지구내의 토지 또는 환지처분된 토지를 양도한 경우에는 환지예정(교부)평수 × 양도시의 평당가액 - (종전토지의 평수 × 취득시의 평당가액 + 기타의 필요경비 = 양도차익의 산식에 의하여 계산하도록 되어 있다.

(2) 또한, 1990. 5. 1. 대통령령 제12994호로 개정된 구 소득세법시행령 부칙 제3항의 규정에 의하면 이 영 시행(1990. 9. 1.) 전에 취득한 토지의 취득 당시의 기준시가는

1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액

1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 고시일 현재의 과세시가표준액 의 산식에 의하여 환산한 가액으로 하도록 되어 있다. 한편, 1996. 1. 1. 이후에 양도하는 토지의 경우에는 구 소득세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 신설되어 1996. 4. 27. 대통령령 제14988호로 개정되기 전의 것) 제164조 제10항에서 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990. 8. 30. 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득 당시의 기준시가는

1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액

1990. 8. 30. 현재의 과세시가표준액과 그 직전에 결정된 과세시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액 의 산식에 의하여 계산한 가액으로 하도록 되어 있다.

(3) 또, 국세기본법 제64조 제1항 은 심사청구가 있는 때에는 국세청장은 ○○위원회의 심의를 거쳐 이를 결정하여야 한다고 규정하고 제65조 제1항은 심사청구에 대한 결정은 심사청구가 청구기간이 경과한 후에 있었거나 심사청구 후 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 하고 심사청구가 이유 없다고 인정되는 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 하며 심사청구가 이유 있다고 인정되는 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분의 결정을 하도록 되어 있다.

(4) 그리고 국세심사사무처리규정(1998. 8. 13. 개정 국세청훈령 제1322호) 제15조의2 제1항의 규정에 의하면 국세기본법 제65조 및 제66조의 규정에 의하여 이의신청 또는 심사청구에 대한 결정서가 관계인에게 송달된 후 결정서의 내용에 잘못된 기재 또는 계산이 있는 것이 명백한 때에는 직권 또는 청구인과 관계인의 신청에 의하여 이를 정정할 수 있다고 되어 있다.

• 라. 판단 살피건대, 위 인정사실에 의하면 처분청은 국세심사사무처리규정 제15조의2 제1항을 근거로 하여 이 사건 심사결정을 정정 또는 변경한 것임을 알 수 있는바, 위 국세심사사무처리규정 제15조의2 제1항은 심사청구에 대한 결정서를 정정할 수 있는 경우를 규정하고 있으나 위 규정은 일반 국민에 대한 구속력이 없는 국세청 내부의 훈령에 불과한 것일 뿐 아니라 그 내용에 의하더라도 위 규정의 취지는 결정서의 표현상의 기재 잘못이나 계산의 착오 기타 이와 유사한 잘못을 국세청 스스로가 정정 또는 보충하도록 하는 데 있는 것으로서 그 결정서를 정정할 수 있는 범위는 그 결정의 내용을 실질적으로 변경하지 않는 한도에서 허용되는 것이라고 보여진다. 그런데 이 사건 심사결정과 위 심사결정 오류정정 통지의 내용을 비교하여 보면 사건 심사결정을 정정 또는 변경한 것은 단순한 계산의 착오를 바로잡은 것이 아니라 그 결정의 내용을 실질적으로 변경한 것이라고 판단되므로 위 심사결정 오류정정 통지는 위 규정에서 규정한 결정서를 정정할 수 있는 한도를 벗어난 것이라 할 것이다. 나아가 국세청에 대한 심사청구는 국세기본법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법․부당한 처분 또는 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자 등이 국세청에 그 처분의 취소․변경이나 필요한 처분을 청구하는 일종의 행정상 쟁송으로서 그에 대한 국세청의 심사결정은 일반 행정처분과는 달리 재심 기타 특별한 규정이 없는 한 결정을 한 국세청 자신이 스스로 취소․ 변경할 수 없고 그 처분청 자신에 의해서도 취소․변경될 수는 없는 것이라고 보아야 할 것이다. 따라서 설령 이 사건 ①과 ② 토지의 취득당시 기준시가를 불필요한 면적변화를 감안하여 환산하도록 하였던 이 사건 심사결정을 다시 바로잡은 위 심사결정 오류정정 통지의 내용이 정당한 것이라 하더라도 국세청에서 재심 기타 심사결정의 변경에 관한 법령상의 근거도 없이 당초 심사결정의 내용을 실질적으로 변경하는 위 심사결정 오류정정 통지를 한 것은 위법하다 할 것이다. 또한, 과세처분에 관한 불복과정에서 그 불복사유가 이유 있는 것으로 인정되어 그 부과처분이 일단 취소된 경우에 동일한 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전과 같은 내용의 부과처분을 되풀이하는 것은 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 반하는 것이어서 허용되지 않는다 할 것인데 위에서 살핀 바와 같이 위 심사결정 오류정정 통지는 위법한 것이고 이 사건 심사결정이 환지된 토지의 취득가액 계산식에 관한 판단을 잘못함으로써 그 내용에 오류가 있었다는 사정이 이 사건 당초 부과처분을 되풀이할 특별한 사유가 된다고 할 수 없으며 달리 처분청에서 이 사건 부과처분을 되풀이한 것을 정당화할 수 있는 특별한 사유가 있다고 보여지지 아니하므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 하지 않을 수 없다.

그렇다면 처분청이 이 사건 당초 부과처분을 일부 경정하는 이 사건 심사결정에 따라 그 경정세액을 청구인에게 환급하여 준 뒤 그 경정, 환급한 세액을 다시 부과 하는 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다 할 것이어서 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.