소유권이전등기의 말소후 재등기한 경우 취득시기결정

1. 처분청이 1998. 7. 13.자로 청구인에 대하여 부과처분한 양도소득세 2,273,332,367원 중 1999. 3. 26. 직권으로 감액 경정한 9,418,660원의 세액에 관한 심사청구부분은 각하한다.

2. 그 나머지 청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 별지 2 “처분청의 양도가액과 취득가액 등 산정명세” 기재 토지 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 등 12필지 69,999.849㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 1997. 10. 14. 청구 외 ㅇㅇ종합건설 (주)에 양도하고 그에 대한 양도소득세 과세표준확정신고를 하면서 이 사건 토지 12필지 중 8필지 만을 그 취득시기를 1985. 1. 1.로 하여 그에 대한 양도소득세 1,913,440,330원을 1997. 12. 31. 자진 신고 납부하였다.
• 나. 처분청은 이 사건 토지의 취득시기를 1987. 12. 17.로 하여 그 양도차익을 다시 계산하고 그에 따른 양도소득세액을 2,273,332,367원(본세 2,212,770,052원, 신고불성실가산세 30,629,344원, 납부불성실가산세 29,932,971원)으로 산정한 다음 기 납부세액 1,913,440,330원을 공제하여 양도소득세 359,892,030원과 농어촌특별세 22,000,000원을 1998. 7. 13. 부과, 고지(이하 위 양도소득세 2,273,332,360원과 농어촌특별세 22,000,000원을 부과, 고지한 처분을이 사건 당초 부과처분이라 한다)하였다.
• 다. 처분청은 이 사건 당초 부과처분을 한 이후에 이 사건 토지 12필지 중 2필지(ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지와 같은 동 ○○번지)의 취득당시의 시가표준액을 산정함에 있어 그 토지등급이 153등급인데 152등급으로 잘못 적용하여 그 취득가액과 필요경비가 적게 산정됨으로써 양도차익이 그 부분만큼 과다하게 되었다 하여 위 2필지의 취득당시의 등급을 153등급으로 하여 그 취득가액과 필요경비를 다시 산정한 다음 이에 따라 감액된 양도차익 18,436,080원에 대한 양도소득세 9,418,660원을 1999. 3. 26. 이 사건 당초 부과처분에서 직권 감액하는 경정처분(이하 이 사건 감액 경정처분이라 하는 데 이러한 감액 경정처분은 당초 처분과 별개의 독립한 부과처분이 아니라 당초 처분의 일부를 취소하는 효력을 가지는 당초 처분의 변경이라는 법리에 따라 이 사건 실체적 심사청구의 대상은 이 사건 당초 부과처분 중 이 사건 감액 경정처분에 의하여 취소되지 아니하고 남은 부분으로 축소된다고 할 것이어서 이 남은 부분을 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 당초 부과처분을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유

(1) 주위적 청구 이 사건 토지는 청구 외 재단법인 ㅇㅇ장학회(이하 ㅇㅇ장학회라 한다)로부터 1987. 12. 17. 소유권이전 받았으나 ㅇㅇ장학회가 이 사건 토지를 청구인에게 소유권 이전한 것은 ㅇㅇ장학회의 ㅇㅇ인 대표 청구 외 정ㅇㅇ이 ㅇㅇ장학회와 청구인을 동시에 쌍방 대리하여 한 것이고 ㅇㅇ회의 의결을 거치지 않아 무효라는 사유로 그 등기 원인을 무효로 1988. 12. 27. 소유권이전등기를 말소하였다가 1990. 8. 29. 다시 소유권이전등기를 하였으므로 이 사건 토지를 양도한데 대한 양도차익의 계산과 관련하여 이 사건 토지의 취득가액을 계산함에 있어서는 그 취득시기를 1990. 8. 29.로 하여 이에 따라 산정된 양도소득세 165,896,910원과 농어촌특별세 19,238,100원을 부과하여야 하는데도 이 사건 토지의 취득시기를 1987. 12. 17.로 하여 이 사건 당초 부과처분을 한 것은 부당하므로 기 납부한 2,295,332,360원(자신 신고 납부한 1,913,440,330원 + 추가 납부 고지에 따라 납부한 381,892,030원)에서 이 사건 토지의 취득시기를 1990. 8. 29.로 하여 계산된 양도소득세 165,896,910원과 농어촌특별세 19,238,100원을 차감한 나머지 2,110,197,350원은 환급되어야 한다.

(2) 예비적 청구 이 사건 토지의 취득시기를 1987. 12. 17.로 본다고 하더라도 이 사건 토지의 취득가액을 소득세법시행령 제164조 제10항 의 규정에 의한 환산식에 의하여 산정함에 있어 이 사건 토지 12필지 중 4필지(ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지, 같은 동 ○○번지, 같은 동 ○○번지, 같은 동 ○○번지. 이하 위 4필지라 한다)는 1990. 8. 30.자의 토지등급이 1989. 1. 1.자 결정된 그대로 이므로 위 환산식의 그 직전에 결정된 시가표준액은 1986. 1. 1.자의 토지등급을 적용하여야 하는데도 1989. 1. 1.자의 토지등급을 적용하였고, 2필지(같은 시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지와 같은 동 ○○번지, 이하 위 2필지라 한다)는 취득당시의 토지등급이 153등급인데도 152등급으로 잘못 적용하여 취득가액과 필요경비가 과소 산정되고 그 결과 양도차익이 과다하게 산정되었으므로 이에 따라 과다 부과된 양도소득세 16,639,200원은 감액되어야 한다.

• 가. 다툼

(1) 주위적 청구 이 사건 토지의 취득시기를 1987. 12. 17.로 보아야 할 것인지 아니면 1990. 8. 29.로 보아야 할 것인지 여부

(2) 예비적 청구 이 사건 토지의 취득당시 기준시가를 환산할 때 소득세법시행령 제164조 제10항 의 규정에 의한 환산식의 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액의 적용이 적정한 지 여부

• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1950. 3. 20. ㅇㅇ장학회를 설립하고 1966년경부터 1967년경까지 사이에 이 사건 토지를 포함한 33필지의 토지 등의 재산을 출연하였는데 ㅇㅇ장학회 정관 제27조에 의하면 ㅇㅇ장학회를 해산하였을 때 그 잔여재산은 청구인에게 귀속하는 것으로 되어 있다.

(2) 문교부 장관(현 교육부 장관, 이하 교육부장관이라 한다)은 ㅇㅇ장학회가 그 주된 목적인 장학금 지급 사실이 없고 기본 재산의 과실 수익이 없다는 등의 이유로 1975. 12. 23. ㅇㅇ장학회에 대한 법인 설립허가를 취소하여 ○○장학회는 1976. 3. 11. 해산등기를 마치고 청산절차에 들어가게 되었다.

(3) ㅇㅇ장학회는 정관 제27조에 따라 법인설립허가 취소일을 소유권이전 등기 원인일로 하여 1987. 12. 17.(이하 제1차 소유권이전 등기라 한다) 이 사건 토지를 청구인에게 소유권이전등기하고 1988. 4. 11. 법인 등기부상 청산 종결 등기를 하였다.

(4) 그러나 ㅇㅇ장학회는 위의 제1차 소유권이전 등기는 대표 청산인인 청구 외 정ㅇㅇ이 ㅇㅇ회의 의결을 거치지 않고 하여 ㅇㅇ장학회 정관에 위배되고, ㅇㅇ장학회와 청구인을 동시에 대표하여 민법 제124조 의 규정에 의한 쌍방 대리 행위에 해당하므로 무효라고 하여 1988년 11월경 청구인을 상대로 ○○지방법원 판결 00가합 00000호로 제1차 소유권이전등기의 말소청구소송을 제기하였다.

(5) 이에 청구인은 1988. 11. 23. ㅇㅇ장학회의 위 청구를 인낙하였고 ㅇㅇ장학회는 같은 해 12. 9. 법인등기부를 부활하고 위 인낙조서에 의하여 제1차 소유권이전등기를 같은 달 27. 말소하였다.

(6) 그 후 ㅇㅇ장학회는 이 사건 토지를 1990. 8. 29.(이하 제2차 소유권이전 등기라 한다) 청구인에게 다시 소유권이전등기를 하였다.

(7) 청구인은 이 사건 토지를 1997. 10. 14. 위 ㅇㅇ종합건설(주)에 양도하고 같은 해 11. 17. 처분청에 이 사건 토지 양도신고를 하고 같은 해 12. 31. 그에 대한 양도소득세를 신고 납부하면서 처분청의 징세 실적을 도와주는 뜻에서 일단 납부하였다가 세액이 정확하게 산정되면 기 납부세액을 환급받겠다는 생각에 이 사건 토지 12필지 중 8필지(ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지, ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지, ○○번지, ○○번지)만을 그 취득시기를 등기원인일인 1975. 12. 23.(ㅇㅇ장학회 법인 설립허가 취소일)의 의제 취득일인 1985. 1. 1.로 하여 그 양도가액을 7,803,829,000원 취득가액을 1,332,400,873원으로 하여 양도차익을 6,461,017,926원으로 산정하고 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것. 이하 같다.) 제66조의 규정에 의한 감면세액을 차감하지 않은 채 양도소득세 1,913,440,330원을 1997. 12. 31. 납부하였다.

(8) 처분청은 이 사건 부과처분을 하면서 이 사건 토지 12필지의 취득가액을 소득세법시행령 제164조 제10항 의 규정에 의한 환산식에 따라 산정함에 있어 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액의 토지등급을 별지 1 “필지별 토지등급 및 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액의 토지등급 적용 비교”와 같이 1989. 12. 31. 현재의 토지등급을 적용하여 별지 2 “처분청의 양도가액과 취득가액 등 산정명세”와 같이 그 양도가액, 취득가액, 필요경비를 산정한 다음 그 양도차익을 6,260,437,625원으로 산정하고 총 결정세액을 2,273,332,367원(산출세액 2,650,435,993원 - 구 조세감면규제법 제66조의 규정에 의한 감면세액 100,000,000원 - 자진신고납부세액공제 337,665,941원 + 신고불성실가산세 30,629,344원 + 납부불성실가산세 29,932,971원)으로 산정하고 여기에서 기납부세액 1,913,440,334원을 차감하여 추가 납부 고지할 양도소득세액을 359,892,033원으로 하고, 농어촌특별세액을 22,000,000원(농어촌특별세법 제5조 제1항 의 의하여 산정된 것으로 조세감면규제법 제66조의 규정에 의한 감면세액 100,000,000원의 100분의 20인 20,000,000원 + 가산세 2,000,000원)으로 하여 1998. 7. 13. 계 381,892,030원을 추가 납부, 고지하는 이 사건 당초 부과처분을 하였다.

(9) 청구인은 처분청에서 추가 납부, 고지한 양도소득세 359,892,030원과 농어촌특별세 22,000,000원을 1998. 7. 31. 납부하였다.

(10) 처분청은 이 사건 당초 부과처분에 대한 심사청구가 제기된 후 이 사건 토지 12필지 중 위 2필지의 취득가액을 산정하면서 취득당시의 토지등급이 153등급인데도 152등급으로 잘못 적용하여 취득가액이 과소 산정되고 그로 인하여 양도차익 18,436,080원이 과다 산정되었다는 사유로 1999. 3. 26. 이에 대한 양도소득세 9,418,660원을 이 사건 당초 부과처분에서 직권으로 감액 경정하는 이 사건 감액경정처분을 하였다.

(11) 한편, 청구외 ㅇㅇ세무서장은 청구인이 ㅇㅇ장학회를 설립하며 출연하였던 이 사건 토지를 포함한 33필지의 토지를 ㅇㅇ장학회의 법인설립허가 취소에 따라 그 정관에 의하여 1987. 12. 17. 소유권이전등기 받은 것을 위 날짜에 증여받은 것으로 보고 1990. 2. 1. 청구인에게 증여세 등의 부과 처분을 한 바가 있다. 청구인은 이에 대하여 이 사건 토지를 포함한 33필지의 토지를 ㅇㅇ장학회로부터 1987. 12. 17. 소유권이전등기 받은 것은 출연하였던 재산을 돌려받은 것이므로 증여가 아니라는 사유로 위 ㅇㅇ세무서장을 상대로 증여세 등 부과처분취소 청구소송을 ○○고등법원에 제기하였고 ㅇㅇ고등법원에서 1991. 9. 4. 이를 기각하는 것으로 판결하자 대법원에 상고하였다. 대법원에서는 위 상고에 대하여 ㅇㅇ장학회가 이 사건 토지를 포함한 33필지의 토지를 1987. 12. 17. 소유권이전등기한 후에 제기한 소유권이전등기 말소청구소송과 청구인의 인낙은 서로 통정하여서 한 허위의 소송과 인낙이라고 인정하여 청구인이 이 사건 토지를 포함한 33필지의 토지를 1987. 12. 17. ㅇㅇ장학회로부터 소유권이전등기 받은 것은 이를 위 날짜에 증여받은 것이라고 1992. 4. 28. 판결(사건번호 00 누 0000) 한 바 있다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 구 소득세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하여 그 제5호에서 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날이라고 규정하고 있다. (2) 소득세법 시행령 제164조 제10항 은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득 당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식 중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액을 말한다라고 규정하여 그 산식을 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 시가표준액/1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액으로 규정하고 있다. 그리고 이 사건 토지 양도 후인 1998. 3. 21. 재정경제부령 제13호로 신설된 소득세법시행규칙 제80조 제7항 에서는 영 제164조 제10항의 규정을 적용함에 있어서 동항 산식 중 “직전에 결정된 시가표준액”이라 함은 1989년 12월 31일 현재의 과세시가표준액을 말한다. 다만, 1990년 1월 1일 이후 1990년 8월 29일 이전에 과세시가표준액이 수시조정된 경우에는 당해 최종수시조정일의 전일의 과세시가표준액을 말한다라고 규정하고 있다.

(3) 과세시가표준액에 대한 지방세법 관계규정을 보면

① 구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제2항은 제1항의 규정에 의한 과세표준액은 조례로 정하는 바에 따라 취득자의 신고에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 대통령령 으로 정하는 바에 의한 과세시가표준액(이하 이 절에서 “시가표준액”이라 한다)에 미달하는 때에는 시가표준액에 의한다고 규정하고 있다.

② 구 지방세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항은 토지ㆍ건물 및 선박의 과세시가표준액은 다음 각호의 가격 또는 가액으로 한다고 규정하여 그 제1호에서 토지는 매년 1회 조례로써 정하는 날 현재 제80조의 2의 규정에 의하여 결정된 토지등급가격(이하 “토지등급가격”이라 한다)으로 하되, 등급이 없는 토지는 그 정황이 현저하게 달라진 토지는 새로이 설정 또는 수정된 토지등급가격이라고 규정하고 있다.

③ 구 ○○시세조례(1996. 6. 14. 조례 3304호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제2항은 영 제80조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 과세시가표준액의 결정기준일은 다음 각호와 같다고 규정하여 그 제1호에서 토지는 매년 1월 1일이라고 규정하고 있다. (4) 민법 제58조 제2항 은 이사가 수인인 경우에는 정관에 다른 규정이 없으면 법인의 사무집행은 이사의 과반수로써 결정한다고 규정하고 있고, 제59조 제2항은 법인의 대표에 관하여는 대리에 관한 규정을 준용한다고 규정하고 있으며, 제64조는 법인과 이사의 이익이 상반하는 사항에 관하여는 이사는 대표권이 없다 이 경우에는 전조의 규정에 의하여 특별대리인을 선임하여야 한다고 규정하고 있고, 제80조 제1항은 해산한 법인의 재산은 정관으로 지정한 자에게 귀속한다고 규정하고 있으며, 제87조 제1항은 청산인의 직무는 다음과 같다고 규정하여 그 제1호에서 현존사무의 종결, 제2호에서 채권의 추심 및 채무의 변제, 제3호에서 잔여재산의 인도로 규정하고 있고, 제96조는 제58조 제2항, 제59조 내지 제62조, 제64조, 제65조 및 제70조의 규정은 청산인에 이를 준용한다고 규정하고 있으며, 제124조는 대리인은 본인의 허락이 없으면 본인을 위하여 자기와 법률행위를 하거나 동일한 법률행위에 관하여 당사자 쌍방을 대리하지 못한다 그러나 채무의 이행은 할 수 있다고 규정하고 있다.

• 라. 판단

(1) 주위적 청구에 대하여 판단한다.

① 청구인은 이 사건 토지의 취득시기를 제2차 소유권이전 등기일인 1990. 8. 29.로 보아야 하는데 제1차 소유권이전 등기일인 1987. 12. 17.로 보아 이를 전제로 양도차익을 계산하여 이 사건 당초 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

② 위 인정 사실에 의하면, ㅇㅇ장학회는 허가취소에 따라 1976. 3. 11. 해산등기를 마치고 청산절차에 들어가서 그 정관 제27조에 따라 이 사건 토지를 1987. 12. 17. 청구인에게 소유권이전등기하고 1988. 4. 11. 법인등기부상 청산종결등기를 한 후에 제1차 소유권이전등기는 위 정ㅇㅇ이 쌍방대리를 하고 ㅇㅇ회의 의결을 거치지 않아 무효라고 하며 청구인을 상대로 소유권이전등기 말소청구소송을 제기하고 청구인이 이를 인낙하자 그 인낙조서에 의하여 제1차 소유권이전등기를 말소하고 법인등기부를 부활한 다음 1990. 8. 29. 이 사건 토지를 다시 청구인에게 소유권이전등기 하였다는 것이고, ㅇㅇ세무서장이 ㅇㅇ장학회가 1987. 12. 17. 이 사건 토지를 청구인에게 소유권이전한 것을 그 날짜에 증여한 것으로 보고서 청구인에게 한 증여세 등 부과처분과 관련하여 청구인이 제기한 증여세 등 부과처분 취소청구 소송에 대한 대법원의 판결을 보면, ㅇㅇ장학회의 소유권이전등기 말소청구소송과 청구인의 인낙은 서로 통정하여 한 것이라고 인정하여 청구인은 이 사건 토지를 1987. 12. 17. ㅇㅇ장학회로부터 증여받은 것이라고 판결하였다.

③ 살피건대, 민법 제80조 제1항 은 해산한 법인의 재산은 정관으로 지정한 자에게 귀속한다고 규정하고 있고, 민법 제124조 는 쌍방대리를 금지하고 있으나 그 단서 규정에서 채무 이행의 경우에는 적용되지 않는다고 규정하고 있으며, ㅇㅇ장학회 정관 제27조에 의하면 해산하였을 때의 그 잔여재산은 청구인에게 귀속한다고 정하고 있으므로 ㅇㅇ장학회가 이 사건 토지를 청구인에게 제1차 소유권이전등기일에 소유권 이전한 것은 그 해산으로 인하여 민법과 위 정관에 따라 그 잔여재산을 청구인에게 귀속시키는 채무를 이행한 데 불과한 것으로 새로운 법률행위에 의하여 소유권 이전한 것은 아니라 할 것이므로 위 정ㅇㅇ이 민법 제124의 규정을 위배하여 한 것이라고는 할 수 없고, ㅇㅇ회의 심의결정 사항인 재산의 취득, 처분 등에 해당되는 것도 아니어서 무효의 행위라고도 할 수 없다할 것이다. 더구나 법인의 청산 종결 및 그에 따른 법인의 소멸ㆍ권리능력의 상실 여부는 당해 법인의 청산 절차가 현실적ㆍ실질적으로 종결되었는지 여부에 따라 결정되는 것이지 청산종결등기 경료 여부에 좌우되는 것은 아니라 할 것이므로 ㅇㅇ장학회가 1976. 3. 11. 해산등기를 마치고 청산절차에 들어가서 이 사건 토지를 청구인에게 소유권이전하는 등으로 청산 절차를 마치어 청산은 사실상 종결된 사실을 볼 때에 ㅇㅇ장학회는 법인이 소멸하고 권리능력을 상실하였다고 보아야 할 것이고, 위 소송 및 인낙 또한 청구인과 ㅇㅇ장학회가 통정하여 한 것이므로 제1차 소유권이전등기를 말소한 것을 들어 이 사건 토지를 ㅇㅇ장학회 소유로 다시 환원한 것이라고는 할 수 없다 하겠다. 따라서 처분청에서 이 사건 토지의 취득시기를 구 소득세법시행령 제162조 제1항 제5호 에 따라 ㅇㅇ장학회가 청구인에게 이 사건 토지를 증여하고 소유권을 이전등기한 날인 1987. 12. 17.로 본 것은 아무런 잘못이 없고 이 부분 청구 주장은 이유 없다고 할 것이다.

(2) 예비적 청구에 대하여 판단한다.

① 청구인은 이 사건 토지의 취득시기를 1987. 12. 17.로 본다고 하더라도 이 사건 토지의 취득가액을 소득세법시행령 제164조 제10항 의 규정에 의한 환산식에 의하여 산정함에 있어 위 4필지는 1990. 8. 30. 현재 토지등급이 1989. 1. 1.자 결정된 그대로 이므로 1990. 8. 30. 현재의 시가표준액으로는 1989. 1. 1.자의 토지등급을 적용하고 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액으로는 1986. 8. 1.자의 토지등급을 적용하여야 하는데도 1989. 1. 1.자의 등급을 적용하고, 위 2필지는 취득당시의 시가표준액의 토지등급은 153등급을 적용하여야 하는데도 152등급으로 잘못 적용하여 그에 따라 양도소득세 16,639,200원이 과다하게 부과되었다고 주장한다.

② 위 인정 사실에 의하면 처분청은 위 4필지의 취득가액을 소득세법시행령 제164조 제10항 의 규정에 의한 산식에 의하여 산정하면서 별지 1 “필지별 토지등급 및 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액의 토지등급 적용 비교”와 같이 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액으로 1989. 12. 31. 현재 토지등급을 적용하였고, 위 2필지는 취득당시의 시가표준액을 153등급으로 하여야 할 것을 152등급으로 잘못 적용하였음을 알 수 있다.

③ 살피건대, 처분청은 이 사건 당초 부과처분에 대한 심사청구가 제기된 후 위 2필지의 양도차익이 18,436,080원 과다 산정되었다고 하여 이를 직권으로 시정하여 양도소득세 9,418,660원을 1999. 3. 26. 감액 경정하는 이 사건 감액경정처분을 하였으므로 이 부분은 심사청구의 대상이 되지 아니하여 부적합하게 되었다고 할 것이므로 각하되어야 할 것이다. 그러나 위 4필지의 취득가액을 소득세법시행령 제164조 제10항 에서 규정한 기준시가 환산식에 따라 산정함에 있어 그 환산식 중 그 직전에 결정된 시가표준액의 그 직전이 어느 시점인지에 대하여는 1998. 3. 21. 재정경제부령 제13호로 같은 법 시행규칙 제80조 제7항에서 1989. 12. 31. 현재의 시가표준액이라는 규정이 신설되기 전에는 따로 규정이 없어 다툼이 있을 수 있으나 시가표준액이 되는 토지의 등급은 구 지방세법 제111조 제2항 과 구 지방세법시행령 제80조 제1항 제1호 의 규정에 따라 매년 조례가 정하는 날에 결정하는 것이고 구 부산광역시세조례 제19조 제2항 제1호의 규정에 의하면 토지의 시가표준액의 결정기준일을 매년 1월 1일로 규정되어 있으므로 그 기준일에 시가표준액이 변경되지 아니한 경우에는 그 기준일 직전에 결정된 시가표준액이 그 기준일에 동일하게 결정된 것으로 보는 것이 상당하다고 할 것인바 위 4필지의 토지등급은 별지 1 “필지별 토지등급 및 1990. 8. 30. 직전에 결정된 시가표준액의 토지등급 적용 비교”와 같이 1986. 8. 1.자로 수정되었다가 1989. 1. 1.자로 수정된 후 1990. 1. 1.에는 수정되지 않고 1991. 1. 1.자로 다시 수정되었다는 것이니 이는 1990. 1. 1.자의 토지등급은 1989. 1. 1.자의 토지등급과 같은 등급으로 조정 결정된 것이라고 보아야 할 것이어서 위 4필지에 대한 그 직전에 결정된 시가표준액은 1986. 1. 1.자의 토지등급가액이 아니라 1989. 12. 31. 현재의 토지등급가액이라고 보는 것이 상당하므로 이와 다른 견해를 전제로 한 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 할 것이어서 이 부분 청구 주장도 이유 없다고 할 것이다.

그렇다면 청구인의 이 사건 심사청구 중 이 사건 감액 경정처분에 의하여 직권 취소된 부분에 해당하는 청구 부분은 각하하기로 하고 그 나머지 부분인 이 사건 부과처분은 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.