폐자원 수집업체에 대한 간주매입세액 공제제도는 그 매입세액 상당액을 공제해 주어 폐자원 수집활동을 지원하기 위한 것으로 세금계산서를 발행하지 아니하는 간이과세자로부터의 매입분을 공제 제외할 이유가 없음.
폐자원 수집업체에 대한 간주매입세액 공제제도는 그 매입세액 상당액을 공제해 주어 폐자원 수집활동을 지원하기 위한 것으로 세금계산서를 발행하지 아니하는 간이과세자로부터의 매입분을 공제 제외할 이유가 없음.
처분청은 1998. 7. 15.자로 청구인에 대하여 한 부가가치세 1997년도 제1기분 12,339,720원과 제2기분 19,866,520원 계 32,206,240원의 부과처분을 취소하여야 한다.
(1) 청구인은 재활용 폐자원인 파사를 매입한 뒤 솜을 만드는 원료인 칩을 제조하여 중국 등 외국으로 수출하는 중소기업인바, 재활용 폐자원을 공급하는 자는 일반적으로 세금계산서를 교부할 수 없는 영세사업자가 대부분이기 때문에 그 공급자가 일반사업자가 아니라 하더라도 일정 금액을 부가가치세 매입세액으로 인정하여 폐자원의 원활한 활용을 유도하고자 조세감면규제법 제102조 제1항과 구 같은 법 시행령 제97조 제1항에서 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 과세특례자로부터 매입하는 재활용 폐자원에 관하여 매입세액을 공제하도록 규정한 바 있다. 그런데 1995. 12. 29. 부가가치세법이 개정되어 과세특례자와 같이 세금계산서를 교부할 수 없는 영세사업자로서 간이과세자 제도가 신설되었으므로 위 구 조세감면규제법시행령 제97조 제1항의 규정도 개정하였어야 하나 이를 간과하고 있다가 1997. 12. 31.에야 위 규정을 보완, 개정하여 간이과세자로부터 매입하는 폐자원에 대하여도 매입세액을 공제할 수 있도록 하였다. 이러한 관계 법령 규정의 정비 과정에서 간이과세자 제도가 시행된 후 그 매입세액도 공제할 수 있도록 명문으로 규정된 때까지의 기간 동안 간이과세자로부터 매입한 폐자원에 대하여 매입세액 공제를 부인하고 이 사건 부과처분을 한 것은 과세권자가 관계 법령의 취지나 합목적성에 맞게 세법을 보완, 개정하는 것을 태만히 하고 있다가 그 책임을 납세의무자에게 지우는 편의적 과세행태이어서 불합리하다. (2) 국세기본법 제18조 제1항 은 세법의 해석ㆍ적용에 있어서 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하여야 할 것이라고 규정하고 제3항은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 국민에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하여 세법해석의 기준과 소급과세 금지의 원칙을 천명하고 있는데 처분청이 위 구 조세감면규제법시행령 제97조 제1항이 시행될 당시에는 과세를 하지 않고 있다가 위 규정의 미비된 점이 개정, 보완된 뒤에 법의 합목적성에 어긋나게 이 사건 부과처분을 한 것은 소급과세 금지의 원칙에 반할 뿐 아니라 과세권자와 납세자 사이의 신의성실의 원칙에도 위배되는 것이다.
(1) 청구인은 ㅇㅇ북도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇ리 ○○번지에서 ㅇㅇ산업이라는 상호로 1992. 11. 10. 신규개업하여 재활용 폐자원인 파사(破絲)를 매입, 솜제조원료인 칩을 제조, 수출하고 있는 개인사업자이다.
(2) 청구인은 1997년 중 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 있는 청구외 ㅇㅇ상회등 간이과세자로부터 계 322,062,620원(1997년 제1기 123,397,230원, 제2기 198,665,390원) 어치의 파사를 매입한 것을 비롯하여 같은 기간 중 간이과세자와 과세특례자 등으로부터 계 672,073,370원(1997년 제1기 378,233,940원, 제2기 293,839,430원) 어치의 파사를 매입하여 그 매입금액에 110분의 10을 곱하여 산출한 금액인 계 61,097,467원(1997년 제1기 34,384,809원, 제2기 26,712,658원)을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 예정 및 확정신고를 하였다.
(3) 이에 처분청은 재활용 폐자원을 간이과세자로부터 매입한 경우에 그 매입세액은 1998. 1. 1. 이후 매입한 것부터 공제받을 수 있고 1997년 중 간이과세자로부터 매입한 폐자원에 대한 매입세액은 공제대상에서 제외된다고 보아 위 신고한 매입세액 중 간이과세자로부터 매입한 폐자원에 관하여 산출한 매입세액 계 29,278,420원(1997년 제1기 11,217,930원, 1997년 2기 18,060,490원)을 공제 부인하여 이 사건 부과처분을 하였다.
(1) 재활용 폐자원에 대한 매입세액 공제특례에 관한 규정 (가) 조세감면규제법 제102조 제1항은 재활용 폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용 폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하고 이를 받아 구 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14475호로 개정된 후 1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항은 위 ‘기타 대통령령이 정하는 자’라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 과세특례자를 말한다고 규정하고 제2항은 위 ‘대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액’이라 함은 재활용 폐자원 및 중고품의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. (나) 위 재활용 폐자원 등에 대한 매입세액 공제특례 규정은 1992. 12. 8. 법률 제4521호로 개정된 조세감면규제법 제74조의3의 규정으로 신설된 것으로 당시 이 규정의 적용대상이 되는 거래상대방으로는 ‘부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자’만 규정하고 있었는데 1994. 12. 22. 법률 제4806호로 같은 법을 개정하면서 그 거래상대방에 위와 같이 과세특례자도 포함되도록 하였다. (다) 한편, 1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정된 조세감면규제법시행령 제97조 제1항은 위 매입세액 공제특례의 적용대상이 되는 거래상대방 가운데 간이과세자를 포함시키고 있다.
(2) 간이과세자 제도에 관한 규정 (가) 구 부가가치세법(1997. 8. 28. 법률 제5374호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4장은 그 제목을 ‘과세표준과 세액’이라고 규정하고 제5장은 ‘신고와 납부’, 제6장은 ‘경정ㆍ징수와 환급’, 제7장은 ‘간이과세 및 과세특례’라고 규정하고 있는 바, 그 제7장 제25조 제1항 본문은 다음 각 호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다고 규정하면서 그 제1호에 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 공급대가가 1억 5,000만 원에 미달하는 개인사업자로서 제2호의 규정에 해당하지 아니하는 자(이하 ‘간이과세자’라 한다)라고 규정하고 그 제2호에 직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 ‘과세특례자’라 한다)라고 규정하고 있고 이를 받아 같은 법 시행령 제74조 제1항은 대리ㆍ중개ㆍ주선ㆍ위탁매매 및 도급 이외의 경우에 그 공급대가의 합계액이 4,800만 원에 미달하는 개인사업자 등을 위 과세특례자로 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 제26조 제1항 의 규정에 따르면 간이과세자 또는 과세특례자에 대하여는 그 공급대가를 과세표준으로 한다고 되어 있고 제2항의 규정에 따르면 간이과세자의 납부세액은 그 공급대가에 업종별 부가가치율을 곱한 금액의 100분의 10으로 하고 과세특례자의 납부세액은 그 공급대가에 1,000분의 35 또는 1,000분의 20을 곱한 금액으로 하도록 되어 있으며 제32조 제1항과 같은 법 시행령 제79조의2 제1항의 규정에 따르면 간이과세자와 과세특례자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 영수증을 교부하도록 되어 있다. 또한 같은 법 부칙(1995. 12. 29. 법률 제5032호) 제3조의 규정에 따르면 1995. 1. 1.부터 같은 해 12.31.까지의 공급대가가 1억 5,000만 원에 미달하는 일반과세자에 대하여는 1996. 7. 1.부터 간이과세자에 관한 규정을 적용한다고 되어 있다. (나) 위 부가가치세법상 과세특례자에 관한 규정은 부가가치세법이 1976. 12. 22. 법률 제2934호로 제정될 당시부터 존재하던 것이고 간이과세자에 관한 규정은 부가가치세법이 1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되면서 신설된 것이다. (다) 한편, 부가가치세법 제4장 제13조 제1항의 규정에 따르면 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가 등의 합계액(이하 ‘공급가액’이라 한다)으로 한다고 되어 있고 제14조 제1항의 규정에 따르면 그 세율은 100분의 10으로 한다고 되어 있으며 제16조 제1항의 규정에 따르면 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급시기에 공급가액과 부가가치세액 등의 사항을 기재한 계산서(이하 ‘세금계산서’라 한다)를 공급을 받는 자에게 교부하도록 되어 있고 제17조 제1항의 규정에 따르면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 ‘납부세액’이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ‘매출세액’이라 한다)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액과 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액(이하 ‘매입세액’이라 한다)을 공제한 금액으로 하도록 되어 있다.
(3) 국세부과와 세법적용의 원칙에 관한 규정 국세기본법 제15조 는 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 하고 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다고 규정하고 제18조 제1항은 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 제3항은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있다.
(1) 재활용 폐자원에 관한 매입세액 공제의 취지 (가) 위 관계 법령의 규정에서 본 바와 같이 1994. 12. 31. 구 조세감면규제법시행령 제97조 제1항의 규정을 개정하여 과세특례자로부터 재활용 폐자원을 매입한 경우에도 매입세액 공제특례를 적용하도록 하였는데 그 개정 당시에는 부가가치세법상 부가가치세 과세사업자는 일반과세자와 과세특례자가 있었을 뿐이었기 때문에 재활용 폐자원 등을 수집하는 사업자는 그 폐자원을 일반과세자로부터 매입하는 경우에 부가가치세법에 따라 매입세액을 공제받을 수 있을 뿐 아니라 국가나 지방자치단체 또는 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 과세특례자로부터 매입하는 때에는 조세감면규제법 제102조 제1항과 위 구 같은 법 시행령 제97조 제1항의 규정에 따라 매입세액을 공제받을 수 있게 되어 결국 이러한 사업자는 특별한 사정이 없는 한 언제나 매입세액을 공제받을 수 있게 되었음을 알 수 있다. (나) 이와 같이 과세특례자로부터 매입하는 경우에도 특례규정을 두어 매입세액을 공제하도록 한 것은 재활용 폐자원 등의 수집업자가 아파트 부녀회나 노인회 등으로부터 주기적으로 폐자원을 구입하는 경우에 그 부녀회나 노인회 등이 부가가치세 과세사업을 영위하는 자에 해당되면서도 세금계산서를 발행할 수 있는 지위에 있지 않아 매입세액을 공제받을 수 없는 문제점이 있어 이를 개선하기 위한 것으로 재활용 폐자원 등의 수거촉진을 통한 자원절약과 환경보전을 위해 세금계산서 교부가 불가능한 영세사업자로부터 수집하는 경우에까지 매입세액을 공제받을 수 있도록 한 것이다. (다) 그 후 부가가치세법이 1995. 12. 29.자로 개정되면서 간이과세자 제도가 도입되자 1997. 12. 31.자로 위 구 조세감면규제법시행령 제97조 제1항의 규정을 개정하여 간이과세자로부터 재활용 폐자원 등을 매입하는 경우에도 매입세액 공제특례를 적용하도록 하였다. 그 개정취지는 세금계산서를 수취할 수 없는 자로부터 재활용 폐자원을 매입하는 모든 경우에 매입세액을 공제하도록 하는 것이 위 재활용 폐자원에 대한 매입세액 공제제도의 취지에 맞고 간이과세자로부터 매입한 경우라 하여 특별히 매입세액의 공제를 배제할 이유가 없다는 데 있다. 이로써 위 조세감면규제법시행령 제97조 제1항의 규정이 시행된 이후에 재활용 폐자원 수집업자는 그 폐자원을 부가가치세 과세사업을 영위하는 자로부터 매입하거나 부가가치세 과세사업을 영위하지 않는 자로부터 매입하거나 간에 특별한 사정이 없는 한 언제나 매입세액 공제를 적용받을 수 있다는 점이 명백해졌다.
(2) 간이과세자 제도의 취지 위와 같이 부가가치세법 제25조 제1항 의 규정이 1995. 12. 29.자로 개정되면서 도입된 간이과세자 제도는 재화나 용역의 공급대가가 일정금액에 미달하는 개인사업자로서 세금계산서를 발행ㆍ교부할 수 없고 부가가치세를 별도로 거래징수할 수도 없으며 일반적으로 매입세액을 전액 공제받을 수 없다는 점에서 과세특례자와 동일하나 납부세액의 계산방법에 있어 사업자의 공급대가에 업종별 평균 부가가치율을 적용받는다는 점에서 당해 과세기간의 공급대가의 일정비율을 납부세액으로 계산하는 과세특례자와 구별되는 제도인데 그 도입취지는 납세의무자의 조세부담을 덜어 줌과 동시에 납세편의를 도모하기 위한 것으로 과세특례자의 경우와 같이 연간 매출액이 일정 금액에 미달하는 소규모 영세사업자의 경우에는 세법지식, 자기계산능력, 기장능력, 신고ㆍ납부 등 납세순응력이 부족하여 일반과세자와 동일한 각종 협력의무를 지우기 어렵다는 점에서 과세표준과 세액계산, 신고ㆍ납부 등에 대하여 위와 같이 예외적인 방법을 인정한 것이다.
(3) 1997. 12. 31. 조세감면규제법시행령 개정 전 간이과세자로부터 매입한 폐자원에 관한 매입세액 공제 여부 앞서 본 바를 종합하여 보면 재활용 폐자원 수집업자는 그 폐자원을 일반과세자로부터 매입하는 경우에 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 물론 그 외 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자 또는 일반과세자가 아닌 부가가치세 과세사업자로부터 매입하는 경우에도 1995 1. 1. 이후 1996. 6. 30.까지의 기간 및 1998. 1. 1. 이후의 기간 중에는 언제나 매입세액을 공제받을 수 있게 되었음을 알 수 있다. 그리고 1996. 7. 1.부터 1997. 12. 31.까지 사이의 기간 중에도 부가가치세 과세사업을 영위하지 않는 자와 과세특례자로부터 매입하는 경우에는 매입세액을 공제받을 수 있게 되었는데 다만, 그 기간 중 간이과세자로부터 매입한 경우에 그 거래상대방 에게 매입세액 공제특례를 적용할 것인지 여부에 관하여는 명시적으로 규정된 바가 없어 처분청은 간이과세자로부터 매입하는 경우에는 매입세액 공제가 배제되는 것이라고 보아 이 사건 부과처분을 한 것임을 알 수 있다. 살피건대 1994. 12. 31.자로 구 조세감면규제법시행령 제97조 제1항의 규정을 개정하여 과세특례자로부터 재활용 폐자원을 매입하는 경우에 매입세액 공제특례를 적용하도록 한 것은 재활용 폐자원을 부가가치세 과세사업을 영위하지 않는 자로부터 매입하는 경우는 물론 일반과세자가 아니어서 세금계산서를 발행할 수 없는 소규모 영세 사업자로부터 매입하는 경우에도 그 금액 중 일부를 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하도록 함으로써 재활용 폐자원 등의 수집활동이 원활하게 이루어질 수 있도록 지원하기 위한 것이었고 여기서 과세특례자라고 규정한 의미는 부가가치세 납세의무자가 일반과세자와 과세특례자로만 나뉘어져 있던 상황에서 세금계산서의 수취를 통해 매입세액을 공제받을 수 있는 일반과세자를 제외한 나머지 사업자를 지칭한 것이었다고 보여진다. 그런데 1995. 12. 29.자 부가가치세법 개정으로 일반과세자나 과세특례자와 구별되는 새로운 과세유형으로서 간이과세자 제도가 도입되어 간이과세자로부터 재활용폐자원을 매입한 경우에도 위 매입세액 공제특례 규정을 적용할 수 있는지 해석상 의문이 생긴 것인 바, 처분청은 위 규정이 1997. 12. 31.자로 개정되기 전까지는 간이과세자가 매입세액 공제대상으로 명시되어 있지 않았으므로 간이과세자에 관하여는 매입세액 공제특례를 적용할 수 없다고 해석하고 있으나, 위 규정의 당초 개정취지와 그 개정 당시에 부가가치세 과세사업자로는 일반과세자와 과세특례자가 있었을 뿐이라는 점과 간이과세자 제도를 도입한 것은 세금계산서를 발행, 교부할 능력이 없는 중소 사업자의 조세부담을 덜어주고 납세편의를 도모하기 위한 것이었다는 점 및 간이과세자 제도가 시행(1996. 7. 1.)된 지 1년 6개월이 지나서야 위 조세감면규제법시행령 규정을 개정하여 간이과세자로부터 재활용폐자원을 매입하는 경우를 공제대상에 포함하도록 명시함으로써 새로운 제도시행에 따른 보완조치가 미흡했던 점 등을 종합하여 보면 간이과세자 제도가 시행된 이후 위 규정이 개정될 때까지 1년 6개월의 기간 동안이라 하더라도 재활용 폐자원을 간이과세자로부터 매입한 경우를 특별히 매입세액 공제대상에서 제외할 사유가 있었다고 보여지지 않으므로 이러한 경우에도 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자 또는 과세특례자의 경우를 유추하여 폐자원 매입 세액 공제특례를 적용하여야 하는 것으로 보는 것이 이 제도의 취지에 부합한다 할 것이고 이와 달리 처분청에서 위 기간 중 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 과세특례자 및 일반과세자로부터 매입한 경우에는 매입세액공제를 적용받을 수 있다고 하면서 간이과세자로부터 매입한 경우는 매입세액 공제특례가 적용되지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 조세형평과 위 구 조세감면규제법 제97조 제1항의 규정취지에 어긋나는 것일 뿐 아니라 간이과세자 제도의 신설에 따른 보완입법이 지연된 데서 발생한 문제점을 납세의무자의 책임으로 귀속시켜 해결하려는 것으로서 국세행정에서의 신의성실의 원칙에도 위배된다고 하지 않을 수 없다.
그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 1997년 중 재활용 폐자원을 간이과세자로부터 매입한 부분에 관하여 매입세액 공제를 부인하고 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 하지 않을 수 없어 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.