양도소득세 자진납부금액보다 결정시 금액이 큰 경우 납부불성실가산세 기준금액

1. 처분청은 1998. 9. 16.자로 청구인에 대하여 한 양도소득세 43,079,680원의 부과처분에 관하여 그 납부불성실가산세 3,589,973원에서 자진신고 납부하였다가 환급된 세액에 관한 부분(2,226,171원)을 차감하여 그 세액을 경정하여야 한다.

2. 나머지 청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1987. 5. 20. 환지예정지 지정인가된 ㅇㅇㅇ 제4토지구획정리사업지구내 토지인 ○○도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 236㎡ (환지 전 면적은 481㎡, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1989. 8. 9. 취득하여 1996. 8. 26. 양도한 후 자산양도차익 예정신고 전인 같은 해 10. 23. 양도소득세 22,261,710원을 자진납부하였다가 같은 해 10.30. 자산양도차익 예정신고를 하면서 토지면적은 환지 전 면적인 481㎡ 로 하고 기준시가는 소득세법시행령 제164조 제10항 에 규정된 산식 중 그 직전에 결정된 시가표준액을 1988. 10. 1.자 시가표준액(37,100원/1㎡)을 적용하여 환산한 가액으로 하여 취득가액을 계산하여 납부할 세액이 없는데도 위 세액을 납부한 것이라고 하여 위 세액을 환급신청하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 자산양도차익 예정신고를 그대로 인정하여 1996. 12.16.자로 위 세액을 환급(이하 ‘이 사건 환급결정’이라 한다)하였다. 그 후 이 사건 토지의 취득가액이 잘못 계산되었다고 하여 토지면적은 환지예정 면적인 236㎡로 하고 기준시가는 소득세법시행령 제164조 제10항 에 규정된 산식 중 그 직전에 결정된 시가 표 준액을 1990. 1. 1. 현재 시가표준액 57,500원/㎡을 적용하여 환산한 가액으로 하여 취득가액을 계산하고 자산양도차익과 양도소득세 결정세액을 108,587,612원과 35,899,736원으로 산출한 후 결정세액 전액에 대하여 신고 및 납부 불성실 가산세를 적용하여 1998. 9. 16.자로 양도소득세 43,079,680원을 부과, 고지하는 처분(이하 󰡐이 사건 부과처분 󰡑이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 (1) 소득세법시행령 제164조 제10항 에 규정된 취득당시 기준시가 환산식의 분모인 1990. 8. 30. 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 금액의 내용 중 그 직전에 결정된 시가표준액은 1990. 8. 30. 현재의 시가표준액이 변동되기 전의 시가표준액으로 보아야 하므로 이 사건 토지의 경우 1990. 8. 30. 현재의 시가표준액 57,500원/㎡ (토지등급 194)은 1989. 11. 1. 부터 같은 금액이므로 그 직전에 결정된 1988. 10. 1.자 시가표준액 37,100원/㎡(토지등급 185)을 적용하여야 하는데도 소득세법령에서 명확히 매년 1월 1일에 토지등급이 결정된 것으로 본다는 근거규정 없이 구 지방세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제80조 제1항 제1호에 의한 정기조정일 (지방자치단체가 조례로 정한 날: 1988년 이후 매년 1. 1.)에 조정되지 아니한 경우에는 그 정기 조정일 직전에 결정된 시가표준액으로 본다고 해석하여 1990. 8. 30. 현재의 시가표준액과 같은 금액을 적용하는 것은 잘못된 것이다. 또 위와 같이 해석적용하는 내용의 국세청질의회신(재일 46014-477)은 그 시행일인 1997. 3. 4. 이후에 적용될 수 있을 것인데 1996. 10. 30.에 양도소득세를 신고한 청구인에게 그 후 위 질의회신에 따라 청구인의 신고내용을 부인하고 이 사건 부과처분을 하는 것은 국세기본법 제18조 의 소급과세금지의 규정을 위반한 것이다.

(2) 납부불성실가산세는 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때 그 납부하지 아니했거나 미달한 세액에 대하여 부과하는 것이므로 자진납부하였다가 환급받은 22,261,710원에 대한 납부불성실가산세는 감액되어야 한다.

• 가. 다툼

(1) 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 이 사건 토지의 취득당시 기준시가 산정의 적정여부

(2) 자진신고 납부하였다가 환급한 양도소득세액에 대하여 납부불성실가산세를 과세하여야 하는지 여부

• 나. 관계 법령의 규정 (1) 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제99조 제1항 제1호 가목 및 제3항단서의 규정을 종합하여 보면 지가공시및토지등의평가에관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 ‘개별공시지가’라 한다)가 고시되기 전에 취득한 토지의 양도차익은 양도당시 기준시가에서 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 취득당시의 기준시가를 공제 하여 계산하도록 되어 있다. (2) 소득세법시행령 제164조 제10항 의 규정에 의하면 지가공시및토지등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990. 8. 30. 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는

1990. 1. 1.을 기준으로 한 취득당시의 시가표준액 × ----------------------------- 의 개별공시지가 1990.8.30. 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액 산식(이하 ‘취득기준시가 환산식’이라 한다)에 의하여 계산한 가액으로 하도록 되어 있다.

(3) 한편 구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제2항 및 구 같은 법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것) 제80조 제1항 제1호와 구 같은 법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조의 2 제1항의 각 규정을 종합하여 보면 시장ㆍ군수는 토지에 대하여 매년 1회 조례로써 정하는 날 현재 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 공시지가를 참작하여 토지등급을 결정하고 그 토지의 과세시가표준액은 그 토지등급 가격으로 하도록 되어 있다. (4) 소득세법 제114조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 납세지관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득세의 과세표준과 세액을 거주자의 신고에 의하여 결정하되 거주자가 신고한 과세표준이나 납부한 세액에 탈루 또는 오류가 있을 때에는 그 과세 표준이나 세액을 과세관청이 조사하여 결정하고, 과세관청의 조사결정이 있은 후 다시 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정 또는 경정한다고 되어 있다.

(5) 같은 법 제115조 제2항의 규정에 따르면 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 ‘납부불성실 가산세액’이라 한다)을 산출세액에 가산한다고 되어 있다. (6) 국세기본법 제18조 제3항 에는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다 라고 되어 있다.

• 다. 인정사실 이 사건 일건기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 토지는 1986. 12. 5. 사업시행인가된 ㅇㅇㅇ 제4토지구획정리사업 지구 안에 있는 토지로서 그 지목과 지적은 1987. 5. 20. 환지예정지가 지정되기 전에는 전 481㎡였다가 환지지정 후인 1989. 8. 9. 청구인이 취득할 당시에는 대 236㎡로 되어 있었다. 이 사건 토지의 시가표준액은 1988. 10. 1.자에 37,100원/㎡(토지등급 185)으로 1989. 10. 1.자에 57,500원/㎡(토지등급 194)으로, 1991. 1. 1.자에 85,000원/㎡ (토지등급 202)으로 각각 고시되었는 바 1990. 1. 1. 현재로는 1989. 10. 1.자의 시가표준액과 같다.

(2) 청구인은 이 사건 토지를 1989. 8. 9. 취득하여 1996. 8. 26. 양도하고 같은 해 10. 23. 양도소득세 22,261,710원을 자진납부(그 계산내역은 제시하지 아니하였다) 한 후 같은 해 10. 30.자로 자산양도차익 예정신고를 하였다. 청구제시의 양도소득금액계산 명세서에는 양도가액은 환지면적 236㎡에 개별공시지가(㎡당 980,000원)를 곱한 231,280,000원으로 취득가액은 환지 전 면적인 481㎡에 취득당시의 환산기준시가 627,484원/㎡를 곱한 301,819,804원이라고 기재되어 있었는데 청구인은 위 취득당시의 기준시가를 소득세법시행령 제164조 제10항 의 취득기준시가환산식의 분모 중 1990. 8. 30. 현재의 시가표준액을 57,500원/㎡(토지등급 194)으로, 그 직전에 결정된 시가표준액을 1988. 10. 1. 결정되어 1989. 10. 31.까지 사이의 기간에 걸쳐 적용되었던 37,100원/㎡(토지등급 185)로 하여 627,484원/㎡으로 산정한 결과 위와 같이 취득가액이 양도가액 보다도 더많아 납부할 양도소득세액이 없었는데도 세액계산 착오로 1996. 10. 23. 잘못 납부한 것이니 세액22,261,710원 전액을 환급요청한다고 되어 있다.

(3) 처분청은 청구인의 신고내용을 그대로 인정하여 1996. 12. 16.자로 위 자진신고납부세액을 환급결의하고 1996. 12. 20.자로 ㅇㅇ중앙회 ㅇㅇ군 지부에 개설된 청구인 명의 계좌로 위 세액 전액을 환급하였다.

(4) 국세청장은 1996. 5. 22.자 질의회신(재일 46014-1262)과 1997. 6. 10.자 질의회신(재일 46014-1420)으로 1990. 8.30. 이전에 취득한 토지의 기준시가를 산정함에 있어 위 소득세법시행령 제164조 제10항 에 규정된 산식 중 분모에서 󰡒그 직전에 결정된 과세시가표준액󰡓이라 함은 1990. 8. 30. 현재의 과세시가표준액의 결정일 전일의 과세시가표준액을 말하는 것이고, 이 경우 과세시가표준액이 구 지방세법시행령 제80조 제1항 제1호 에 의한 정기조정일(지방자치단체가 조례로 정하는 날: 1988년 이후 매년 1월 1일)에 조정되지 아니한 경우에는 그 정기조정일 직전에 결정된 과세시가표준액과 동일하게 조정된 것으로 본다고 각 회신한 바 있다.

(5) ㅇㅇ지방국세청장은 이 사건 토지 소재지 관할 ㅇㅇㅇ세무서에 대한 감사를 실시하고 청구인을 포함한 토지구획정리사업 환지지구내 토지를 환지예정지 지정공고일을 지나서 취득한 후 양도한 사람들이 토지취득가액을 면적은 환지 전 면적으로 하고 취득 당시 기준시가는 위 (4)항의 질의회신내용과 달리 1989. 12. 31. 이전의 과세시가표준액이 조정되기 전의 시가표준액을 적용 환산하여 과대계상하는 방법으로 양도소득세 과세표준을 줄여 신고하고 있고 과세관청은 이를 그대로 인정하여 양도소득세가 부족징수 결정된 사실을 지적하고 이를 경정 결정하도록 조치하였다.

(6) 청구인의 주소지관할세무서인 처분청은 ㅇㅇ지방국세청장의 경정결정 조치에 따라 취득기준시가환산식의 그 직전에 결정된 시가표준액을 위 국세청장의 질의 회신내용대로 1990. 1. 1. 현재의 시가표준액인 ㎡에 57,500원으로 하고 면적을 환지면적 236㎡를 적용하여 이 사건 토지의 취득가액을 이 사건 환급결정할 당시보다 180,002,976원이 적은 121,816,828원으로 산정하여 양도차익을 108,587,612원으로, 양도소득세 결정세액을 35,899,736원으로 다시 계산하고 위 결정세액 전액에 대하여신고불성실 가산세와 1996. 12. 16. 이 사건 환급결정을 할 때 기납부된 세액도 가산세 부과대상인 미달납부세액으로 하여 납부불성실 가산세를 각 3,589,973원씩으로 산정한 다음 이를 산출세액에 더하여 1998. 9. 16.자로 양도소득세 43,079,680원을 부과, 고지 하는 이 사건 부과처분을 하였다.

• 라. 판단

(1) 다툼 (1)에 대한 판단 청구인은 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 이 사건 토지의 취득당시 기준시가를 환산할 때 그 직전에 결정된 시가표준액은 1990. 8. 30. 현재 이 사건 토지의 시가표준액이 57,500원/㎡이고 그 가액으로 고시되기 직전의 시가표준액은 37,100원/㎡이므로 37,100원/㎡을 적용하여야 한다고 하면서 1997. 3. 4.자 국세청장의 질의회신이 있기 전까지는 청구인이 주장한 방법대로 환산하는 것이 일반적 관행이었는데도 위 질의회신이 있기 전에 양도한 이 사건 토지의 양도차익계산에 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라고 주장한다. 살피건대, 소득세법시행령 제164조 제10항 의 규정을 적용함에 있어 위 취득당시의 기준시가환산식 중 그 직전에 결정된 시가표준액의 그 직전이 어느 시점인지에 대하여는 1998. 3. 21. 재정경제부령 제13호로 같은 법 시행규칙 제80조 제7항에서 1989. 12. 31. 현재의 시가표준액이라는 규정이 신설되기 전에는 따로 규정이 없어 다툼이 있을 수 있으나 시가표준액이 되는 토지의 등급은 구 지방세법시행령 제80조 제1항 제1호 의 규정에 따라 매년 조례가 정하는 날에 결정하는 것이고 ○○도 도세조례 제19조 제2항 제1호의 규정에 의하면 토지의 시가표준액의 결정기준일은 매년 1월 1일로 규정되어 있으므로 그 기준일에 시가표준액이 변경되지 아니한 경우에는 그 기준일 직전에 결정된 시가표준액이 그 기준일에 동일하게 결정된 것으로 보는 것이 상당하다 할 것인 바 위 인정의 사실에 의하면 이 사건 토지의 시가표준액이 1988. 10. 1. 자에 37,100원/㎡으로 수정되었다가 1989. 9. 10.자에 57,500원/㎡으로 수정된 후 1990. 1. 1.자에는 수정되지 아니하고 1991. 1. 1.자에 85,000원으로수정되었다는 것이니 이는 1990. 1. 1.자에 그 직전에 결정된 시가표준액과 같은 57,500원으로 조정결정된 것이라고 보아야 할 것이어서 이 사건 토지에 대한 1990. 8. 30.을 기준으로 한 그 직전에 결정된 시가표준액은 1988. 10. 1.자의 37,100원/㎡이 아닌 1989. 9. 10.자의 57,500원/㎡이라고 보는 것이 상당하므로 위와 다른 견해를 전제로 한 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없는 것이라고 할 것이다. 그리고 국세기본법 제18조 제3항 의 규정과 관련하여 과세관행이 성립되었다고 할려면 그와 같은 해석 또는 관행이 납세자 모두에게 이의없이 받아들여지고 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 안될 정도에 이른 것으로 과세관청에서 그 해석 또는 관행을 인정한다는 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요한다 할 것인데 국세청장은 청구인이 주장하는 1997. 6. 10.자 질의회신이나 확인이 이 사건 토지 양도차익예정신고하기 전인 1996. 5. 22.자 질의회신에서도 위 질의회신과 같은 내용으로 해석한 바 있어 사실과 다른 청구인의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다 할 것이다.

(2) 다툼(2)에 대한 판단 청구인은 납부불성실가산세는 납부하지 아니한 세액에 대하여 과세되는 것이므로 자진 납부하였다가 환급받은 양도소득세액에 대하여는 이를 부과할 수 없다고 주장한다. 위 인정사실에 의하면 청구인은 1996. 10. 23. 산출근거를 제시하지는 않았으나 양도소득세 22,261,710원을 납부하였다가 같은 해 10. 30.자 자산양도차익 예정신고를 하면서 양도차익이 없는데도 계산착오로 위 세액을 납부한 것이니 환급하여 주도록 요청하였고 처분청은 청구인이 취득가액을 잘못 계산하여 위와 같이 신고하였는데도 신고내용을 그대로 인정하여 이 사건 환급결정을 한 사실을 알 수 있다. 살피건대, 양도소득세는 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 정부에 신고하면 정부가 과세표준과 세액을 조사하고 결정하는 절차를 거쳐 납세의무자에게 고지함으로써 납세의무가 확정된다. 그러므로 청구인이 이 사건 토지의 양도에 관하여 자산양도차익 예정신고를 하면서 양도차익 계산을 잘못하여 납부할 세액이 없다고 하면서 이미 낸 세액의 환급신청을 하였다 하여도 그 환급결정의 잘못은 처분청에 있다고 보아야 할 것이고 그 환급결정에 의하여 청구인이 자진납부한 사실자체가 없어지는 것은 아니므로 처분청이 이 사건 환급결정 후에 양도차익이 있다는 이유로 다시 과세처분을 하는 경우에도 청구인은 여전히 납부할 세액에 미달하게 납부한 세액에 대하여만 가산세를 납부할 의무를 지게 되는 것이라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 부과처분을 하면서 위에서 본 바와 같이 청구인이 자진납부한 세액이 없는 것으로 보고 결정세액 전액에 대하여 납부불성실 가산세를 부과한 것은 잘못된 것이라 할 것이고 이러한 잘못은 이 사건 부과처분 중 납부할 세액에 영향을 끼친 것이 분명하여 이 부분에 관한 한 이 사건 심사청구는 이유 있고 나머지 부분에 대한 청구는 이유 없다고 인정되므로 처분청으로 하여금 위 잘못된 부분을 시정하게 하기 위하여 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.