공급시기 이후 작성 교부된 세금계산서의 매입세액공제 여부

처분청은 1998. 9. 17.자로 청구인에 대하여 한 부가가치세 22,400,000원의 부과처분을 취소하여야 한다.

처분청은, 청구인이 1998. 1. 24. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 소재 청구외 (주)ㅇㅇ중공업(대표이사 박ㅇㅇ, 이하 ‘위 ○○중공업’이라 한다)으로 부터 수산변압기차 1대 등 별지 ‘물품 목록’기재 각 물품(이하 ‘위 물품들’이라 한다)을 공급가액 계 203,636,363원에 공급받은 뒤 1998. 4. 1. 위 거래에 대한 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발행받아 그 매입세액 20,363,637원(이하 ‘위 매입세액’이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 주도록 신고한 데 대하여, 이 사건 세금계산서는 그 작성일자가 위 물품들의 실제 거래시기와 서로 달라 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 하여 위 매입세액을 공제부인하고 1998. 9. 17.자로 청구인에 대하여 1998년 1기분 부가가치세 22,400,000원(가산세 2,036,363원 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서, 그 이유로서 청구인이 1998. 1. 24. 위 ㅇㅇ중공업으로부터 위 물품들을 공급받은 것은 사실이나 당시 위 ㅇㅇ중공업이 부도로 화의개시신청을 하는 등 경황이 없던 상황이었기 때문에 1998. 4. 1.에야 이 사건 세금계산서를 발행받은 것인데 세금계산서는 거래사실 및 부가가치세액 등에 대한 증빙서류이고 거래시기에 발행교부하도록 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 세금계산서가 거래시기가 지난 뒤에 발행되어 실제 거래시기와 다소 불일치한 점이 있더라도 그 거래시기가 속한 과세기간에 작성되어 교부받은 세금계산서로서 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세 매입세액은 공제되어야 할 것이어서 위 물품들의 거래시기가 속한 과세기간에 작성되어 교부받은 이 사건 세금계산서에 관한 위 매입세액은 마땅히 공제되어야 하는데도 이를 공제부인하고 이 사건 부과처분한 것은 잘못이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 거래시기 이후에 작성, 교부된 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부에 있다. 먼저, 이 사건 세금계산서의 교부경위 및 이 사건 부과처분의 경위를 보면 청구인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 소재 ‘ㅇㅇ전기공사’를 운영하는 사업자로서 1997. 12. 24. 위 ㅇㅇ중공업과 사이에 위 물품들을 계 224,000,000원(공급가격 203,636,363원, 부가가치세 20,363,637원)에 매입하기로 하는 계약을 체결하고 1998. 1. 24.경 위 물품들을 인도받은 뒤 1998. 4. 1. 이 사건 세금계산서를 작성, 교부받은 사실, 청구인은 그 후 1998년 1기 부가가치세 신고를 하면서 이 사건 세금계산서에 관한 위 매입세액을 매출세액에서 공제하여 달라고 신고하였는데(위 ㅇㅇ중공업도 1998년 1기 부가가치세 신고를 하면서 위 물품들의 공급에 따른 매출세액을 신고한바 있다) 처분청은 이 사건 세금계산서가 위 물품들을 공급받은 날 이후에 발행된 것으로서 위 물품들의 공급일이 속하는 그 다음 달 10일까지 교부된 세금계산서도 아니므로 위 매입세액은 공제대상이 되지 아니한다고 보아 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음, 관계 법령의 규정을 보면 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2, 제16조 제1항의 규정에 의하면 사업자가 교부받은 세금계산서에 작성연월일 등 필요적 기재 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하고, 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 되어 있고, 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호의 규정은 위 대통령령이 정하는 경우로서 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 등을 들고 있다. 또한, 부가가치세법 제16조 단서의 규정에 따르면 대통령령이 정하는 경우에는 세금계산서의 교부시기를 달리할 수 있도록 되어 있는데 같은 법 시행령 제54조의 규정에 의하면 관계증빙서류 등에 의하여 실제 거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 등에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있도록 되어 있다. 살피건대, 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행, 교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그것이 실제 거래일 이후에 작성, 교부되었더라도 세금계산서 작성일자가 속하는 과세기간이 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간과 동일하고 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인된다면 그 세금계산서에 기재된 매입세액은 공제되어야 할 것이다. 그런데 위 인정사실에 의하면 이 사건 세금계산서는 위 물품들의 거래시기인 1998. 1. 24.이 지난 뒤인 같은 해 4. 1.에 작성, 교부된 사실이 인정되나 이 사건 세금계산서의 기재사항에 따른 실제 거래사실이 확인될 뿐 아니라 위 물품들의 거래시기와 이 사건 세금계산서의 작성일자가 동일한 과세기간인 1998년 1기(1998. 1. 1.~1998. 6. 30.)에 속하고 있으므로 위 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 할 것이어서 청구인의 위 주장은 이유 있다 할 것이다.

그렇다면 이 사건 세금계산서의 매입세액을 공제부인하여서 한 이 사건 부과처분은 부당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.