사업양수도 방법에 의한 공동사업의 법인 전환 시 양도소득세 감면요건

심사청구를 기각한다.

청구인이 청구 외 ㅇㅇㅇ와 공동으로 개인사업자로서 ㅇㅇ산업사라는 상호로 제조업을 하다가 이를 1995. 7. 1.자로 사업양수도방법에 의하여 (주) ㅇㅇ산업(이하 ‘위 법인’이라 한다)으로 법인전환하고, 1996. 5. 31. 위 ㅇㅇ산업사의 공장부지 및 공장건물로 사용하던 사업용 부동산인 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 공장용지 등 5필지의 토지 2,150㎡와 그 지상의 공장건물 1,344.755㎡ 등(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 대한 양도소득세를 감면신청한 데 대하여 처분청은 같은 해 12. 31. 신청한 대로 감면결정을 하였다가 그 후 국세청에서 자체감사를 실시하여 위 ㅇㅇ산업사의 순자산가액이 292,677,467원(대표자 가수금을 포함한 금액)이고 청구인의 지분은 그 1/2인 146,338,733원인데도 청구인의 출자액은 79,500,000원에 불과하여 구 조세감면규제법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 제2항 및 구 조세감면규제법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제4항의 규정의 감면요건에 맞지 않는다는 사유로 청구인에게 이 사건 부동산에 대한 양도소득세를 부과하도록 시정지시를 함에 따라 양도소득세 58,290,560원(가산세 9,715,090원 포함)을 1998. 5. 18.자로 부과, 고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.

청구인은 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 개인사업장을 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대한 양도소득세의 감면요건을 보면, 구 조세감면규제법 제32조 제1항, 제2항 및 구 조세감면규제법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제4항의 규정에 의하면 법인으로 전환하는 사업장의 1년 간 평균순자산가액 이상을 출자하여야 하는 것으로 되어 있는바 여기에서 사업장의 1년 간 평균 순자산가액이라 함은 사업장의 장부에 의하여 산출되는 대차대조표상의 가액을 말하는 것이고 출자에 대하여는 그 내용을 구체적으로 명시하지 않고 있었고 구 조세감면규제법시행령 제29조 제4항이 1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정되면서 개인사업자의 출자지분으로 보도록 그 요건이 신설되었으므로 위 ㅇㅇ산업사를 위 법인으로 전환하던 당시의 관계 법규에 따라 판단하여야 하는데도 처분청이 청구인의 위 법인출자지분금액이 청구인소유 개인사업장의 순자산가액지분금액 이상이 되지 않아 감면요건에 해당되지 않는다는 사유로 청구인이 위 ㅇㅇ산업사의 1년 간 평균순자산가액을 297,665,550원(대표자 가수금을 부채로 보지 않고 자본금에 포함하여 계상한 금액)으로 보고 위 법인의 자본금이 3억 원으로 1년 간 평균순자산가액 이상이 되어 이 사건 부동산에 대한 양도소득세를 감면대상이 된다고 본 것을 부인하여 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 개인사업자로서 공동으로 사업을 영위하다가 이를 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하면서 사업용으로 사용하던 공장용지 및 공장건물 등의 부동산을 그 법인에게 양도한 경우 그 부동산 양도에 대한 양도소득세가 구 조세감면규제법 제32조의 규정에 의한 감면대상이 되기 위하여는 그 부동산을 양도하는 출자자의 출자금액이 개인사업자 당시 사업장의 1년 간 평균순자산가액 중 자기소유지분 이상이 되어야 하는지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계 법령을 보건대, 구 조세감면규제법 제32조 제1항, 제2항에서는 사업용 고정자산을 현물출자하거나 제조업 등을 영위하는 거주자가 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하면서 그 법인의 자본금을 대통령령이 정하는 금액 이상으로 하는 경우에는 당해 사업용 고정자산의 양도에 대하여 양도소득세를 감면받을 수 있다고 되어 있고, 구 조세감면규제법시행령 제29조 제2항에서는 법 제32조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 법인설립일로부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고 그 설립일로부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것으로 규정되어 있고, 제29조 제4항에서는 법 제32조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 사업용자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 1년 간 평균순자산가액을 말한다고 규정하고 있으며, 1996. 12. 31. 개정된 조세감면규제법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정되어 1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정된 조세감면규제법시행령’이라 한다) 제29조 제4항은 법 제32조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 사업용자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 1년 간 평균순자산가액으로서 제28조 제2항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며 구 조세감면규제법시행령 제28조 제2항 제2호는 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 1년 간 평균순자산가액(소득세법시행령 제104조 의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것이라고 규정하고 있고, 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전면 개정되기 전의 것) 제104조의 규정을 보면 출자금액은 매월 말 현재의 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액으로 한다고 되어 있으며 개정된 조세감면규제법시행령 제28조 제2항 제2호는 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 1년 간 평균순자산가액(통합일이 속하는 월의 직전 월 말일부터 소급하여 1년 간 매월 말일 현재의 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액의 합계액을 12로 나눈 금액을 말한다) 이상일 것이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인이 이 사건 부동산을 위 법인에 양도한 경위 및 처분청에서 이 사건 부과처분을 한 경위 등에 관한 사실 관계를 본다. 청구인과 위 ㅇㅇㅇ는 공동으로 그 상호를 ㅇㅇ산업사로 하여 19년 간 주물업을 영위하다가 이를 법인으로 전환하기 위하여 위 법인을 설립하기로 하고 그 설립방법으로는 위 ㅇㅇ산업사를 위 법인에게 포괄적으로 양도하기로 하며 그 자본금은 3억 원, 출자자는 청구인 및 청구인의 처와 자, 위 ㅇㅇㅇ 및 그의 처와 자로 하고 청구인의 출자금은 79,500,000원이고 위 ㅇㅇㅇ의 출자금은 70,000,000원이며 그 외의 출자자의 출자금은 150,500,000원으로 하여 1995. 7. 1. 위 법인을 설립하였으며 이 사건 부동산은 같은 해 7. 27. 위 법인 명의로 소유권이전등기되었다. 청구인은 위와 같은 방법으로 위 ㅇㅇ산업사를 위 법인으로 전환하고 그 사업용고정자산을 법인에게 양도하는 등 권리와 의무를 포괄적으로 위 법인에게 양수도한 것은 사업양수도방법에 의하여 개인사업장을 법인으로 전환한 것이고, 위 법인의 자본금은 3억 원인 데 위 ○○산업사의 1994. 7. 1.부터 1995. 6. 30.까지의 1년 간 평균순자산가액은 138,873,883원(대표자 가수금을 부채로 보아 순자산가액에서 제외하여 계상하였다)으로 위 법인의 자본금이 위 ㅇㅇ산업사의 1년 간 평균순자산가액 이상이 되므로 이 사건 부동산을 위와 같이 양도한 것은 구 조세감면규제법 제32조 제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이 된다고 판단하여 1996. 5. 31. 양도소득세과세표준확정신고 및 자진납부계산서를 제출하면서 그 세액을 감면신청하였고 처분청은 청구인의 신청대로 같은 해 12. 31. 감면결정하였다. 그 후 국세청은 처분청에 대한 자체감사를 실시하여 위 ㅇㅇ산업사의 순자산 가액 계산시 대표자의 가수금이 연말에 자본금 계정으로 대체되어 있는 점과 개인사업자에 대한 회계처리에 있어서 대표자 가수금은 입금시부터 자본의 인입으로 보아야 한다고 보아 대표자 가수금을 부채가 아닌 자본에 포함하여 위 ㅇㅇ산업사의 1년 간 평균순자산가액을 계산하면 292,677,467원이고 이 중 청구인지분은 그 1/2인 146,338,733원이며 청구인의 출자금액은 79,500,000원이므로 이는 구 조세감면규제법 제32조 제1항, 제2항 및 구 조세감면규제법시행령 제2항 및 제4항에서 규정하고 있는 감면요건을 충족하지 못한다고 보아 청구인의 이 사건 부동산에 대한 양소득세를 부과하도록 감사결과처분지시를 하였고, 이에 따라 처분청은 1998. 5. 6.자의 납세고지서를 같은 해 5. 18. 청구인에게 보내고 청구인은 그 세액을 같은 해 5. 27. 납부하였다. 이러한 사실들은 청구인과 처분청에서 제출한 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 살피건대, 개인사업자가 사업양수도방법에 의하여 사업용고정자산을 법인에게 양도하여 그 양도소득세를 감면받을 수 있는 경우는 위 법령관계에서 살펴본 바와 같이 개인사업자가 발기인이 되어 법인으로 전환하는 사업장의 1년 간 평균순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하여야 하나 위 인정의 사실에 의하면 청구인은 위 ㅇㅇㅇ와 공동으로 위 ㅇㅇ산업사를 법인으로 전환하기 전 1년 간 평균순자산가액 297,665,550원보다 적은 149,500,000원만을 출자하여 위 법인을 설립하였으므로 양도소득세 감면요건에 해당되지 아니할 뿐아니라 청구인은, 개정된 조세감면규제법시행령 제29조 제4항에서 제28조 제2항 제2호를 준용하도록 한 것은 이 사건 부동산 양도 이후인 1997. 1. 1.부터 시행되었는데도 이를 소급적용하여 이 사건 부과처분한 것은 위법하다고 주장하나 위 법령관계에서 살펴본 바와 같이 구 조세감면규제법시행령 제28조 제2항 제2호에서 1년 간 평균순자산가액의 계산방법을 명시하고 ‘이하 같다’라고 하였던 것을 개정된 조세감면규제법시행령에서 ‘이하 같다’라는 말을 삭제하고 그 대신 제29조 제4항에서 ‘제28조 제2항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액’이라고 개정한 것으로 구 조세감면규제법시행령, 개정된 조세감면규제법시행령의 각 제29조 제4항은 모두 동일하게 순자산가액을 위 각 시행령 제28조 제2항 제2호에서 명시한 계산방법에 의한다는 것을 그 문안만 달리 하였을 뿐으로 개정된 조세감면규제법시행령 제29조 제4항이 출자요건을 새로이 명시한 것은 아니라고 할 것인데도 이와 다른 견해를 전제로 하는 청구 주장은 이유 없는 것이라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 이 사건 부동산 양도를 구 조세감면 규제법 제32조 제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이 되는 양도에 해당하는 것으로 볼 수 없다고 보아서 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.