기술인력 개발비 세액공제를 적용받기 위해 관계기관에 신고하여야 하는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 청구인의 연구개발전담부서인 기업부설연구소의 연구요원 인건비로 1993사업연도에 165,956,593원, 1994사업연도에 358,537,830원을 각 지출하고 그에 대한 기술ㆍ인력개발비 세액공제액을 1993사업연도에 36,173,252원, 1994사업연도에 124,168,608원으로 각 신고한 데 대하여, 청구인의 연구개발전담부서는 1995. 3. 3.에야 ○○진흥협회장으로부터 기술개발촉진법시행령 제14조 제1항 의 규정에 따른 기업부설연구소로 인정받았기 때문에 그 전의 위 각 사업연도에 지출한 연구요원 인건비는 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다고 보아 1998. 5. 16.자로 청구인에 대하여 1993사업연도 중 법인세 39,750,590원, 1994사업연도 중 법인세 133,434,200원, 계 173,184,790원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 구 조세감면규제법령의 규정에 의하면 기술ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 연구요원 인건비는 연구개발전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원에게 지급하는 급여일 것으로만 규정하고 있고 당시의 기술개발촉진법시행규칙 제3조의3 의 규정에 의하면 연구개발전담부서의 요건으로 명칭, 주요업무, 연구전담요원에 관한 것을 들고 있을 뿐이어서 위 관계 법령의 규정에 의하면 연구개발전담부서의 등록 또는 인가여부에 따라 세액공제 대상여부가 달라지는 것이 아닌데도 처분청이 관계 법령의 근거도 없이 ○○진흥협회장 등의 인가를 받지 않은 연구개발전담부서의 인건비는 기술ㆍ인력개발비 세액공제의 적용대상이 되지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못일 뿐 아니라 1995. 2. 22.에 발표된 국세청 예규에 따라 그 전 과세연도의 기술ㆍ인력개발비 세액공제에 대해 위와 같이 해석한 것은 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 ○○진흥협회장 등에 신고를 하지 아니한 기업의 연구개발전담부서가 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부에 있다. 우선, 청구인이 위 각 사업연도 중 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하여 법인세 신고를 한 경위 및 처분청이 그 공제를 부인하고 이 사건 부과처분을 한 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 내연기관 방열기, 자동차 부속품 제조 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 1993사업연도 이후 신기술개발을 위한 연구개발전담부서로 ‘ㅇㅇ라디에터 기술연구소’라는 명칭의 연구소를 설치한 후 ○○진흥협회장에게 1995. 1. 27. 기술개발촉진법시행령 제14조 제1항 의 규정에 의한 기업부설연구소로 신고하여 같은 해 3. 3. 그 인정을 받은 사실, 청구인은 위 연구소의 연구요원인건비로 1993사업연도에 165,956,593원, 1994사업연도에 358,537,830원을 각 지출하고 그에 대한 기술ㆍ인력개발비 세액공제액을 1993사업연도에 36,173,252원, 1994사업연도에 124,168,608원으로 각 신고한 사실 그리고 처분청은 위 연구요원 인건비가 ○○진흥협회장에게 신고하여 기업 내 연구개발전담부서로 인정받기 전에 지출된 것이어서 기술ㆍ인력개발비 세액공제의 적용대상이 되지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음, 관계 법령의 규정을 보면 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제17조 제1항, 제2항 및 구 조세감면규제법(1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항, 제2항의 규정에 의하면 제조업 등을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(기술ㆍ인력개발비)이 있는 경우에 법 소정의 비율에 의하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 되어 있고, 구 같은 법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 및 구 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14477호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항의 규정에 의하면 위 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표의 비용을 말한다고 되어 있으며, 그 별표의 규정에 의하면 자체기술개발의 경우에 위 세액공제를 적용받는 비용은 기업의 연구개발전담부서에서 근무하는 연구요원으로서 재무부령이 정하는 자의 인건비 등인 데 기업의 연구개발전담부서에 관하여는 재무부령에서 정하도록 되어 있고, 구 같은 법 시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항 및 구 같은 법 시행규칙(1994. 12. 31. 총리령 제479호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항의 각 규정에 의하면 재무부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서라 함은 구 기술개발 촉진법시행규칙 제3조의3 에 규정하는 기업의 연구개발전담부서를 말한다고 되어 있다. 여기서 기술개발촉진법 제8조의3 제1항 제2호, 구 같은 법 시행령(1994. 5. 30. 대통령령 제14276호로 개정되기 전의 것) 제13조의2 제1항의 규정에 의하면 과학기술처장관은 연구와 지원 등을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 기업에 부설된 연구소로 하여금 총리령으로 정하는 사항을 신고하게 하여 이를 기업부설연구소로 인정할 수 있는 데 구 같은 법 시행규칙(1994. 7. 18. 총리령 제460호로 전문 개정되기 전의 것) 제3조의2 제4항, 제3조의3의 각 규정에 의하면 기업의 연구개발전담부서는 기업부설연구소 및 기업 내의 연구개발전담부서로 하되 그 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시하도록 되어 있고 그 위임을 받아 고시된 기업부설연구소및기업내연구개발전담부서의신고요령(1991. 2. 1. 제정, 과학기술처 고시 제1991-2호 및 1992. 2. 28. 개정, 과학기술처 고시 제1992-3호)은 기업부설연구소 등 기업의 연구개발전담부서의 신고, 확인 및 변경신고의 절차와 확인의 취소 사유 등에 관하여 규정하고 있다. 살피건대, 위 관계 법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 기업의 연구개발전담부서에 관하여 그 요건을 정할 뿐만 아니라 지원이 필요하다고 인정되는 경우에 신고ㆍ확인 등 절차와 확인의 취소사유에 관하여 규정한 것은 기업에 연구개발전담부서를 설치하여 기술개발을 하는 경우에 조세 등의 지원이 필요한 범위, 요건 및 절차를 정하여 조세감면의 목적을 달성하고자 하는 것으로서 기업이 위와 같은 신고 등의 절차를 거치지 아니한 채 임의로 연구소 등 연구개발전담부서를 설치하거나 기술개발을 도모한다 하여 조세감면의 대상이 된다고 볼 수는 없다 할 것이다. 그런데, 위 인정사실에 의하면 청구인은 1995. 1. 27.에 이르기까지 기업부설연구소의 신고를 하지 아니하였으므로 그 신고를 하기 이전의 사업연도에 있어서는 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다 할 것이다. 나아가 이 사건 부과처분이 청구인의 위 각 사업연도 납세의무 성립 당시의 조세법규에 근거하는 이상 그 해석과 관련하여 과세관청 내부에서 세법의 해석 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과한 국세청 예규를 참작하였다 하여 소급과세라 할 수도 없으므로 청구인의 주장은 어느 모로 보나 이유 없는 것이라 하겠다.

그렇다면 청구인이 위 각 사업연도 중 지출한 연구요원 인건비는 기술․인력개발비 세액공제의 적용대상이 되지 않는다고 보아서 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.