농지개량조합이 양도한 대지가 감면대상인지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 138.7㎡ (이하 ‘이 사건 ①토지’라 한다)를 1997. 2. 15.에 같은 구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 725.6㎡ (이하 ‘이 사건 ②토지’라 하며 이 사건 ①토지와 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1997. 7. 18.에 각각 양도하고 1998. 3. 30. 1997사업연도의 법인세과세표준 및 세액 신고시 이 사건 토지의 양도가 조세감면규제법 제75조 제2항의 규정에 의한 5년 이상 계속 사용한 농어민지원시설의 양도로서 법인세 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액감면대상이라고 보아 자진 납부할 세액을 계산하여 신고, 납부한 데 대하여 이 사건 토지가 양도 당시 대지로서 농어민지원시설양도에 해당하지 않는다는 사유로 감면을 배제하고 1998. 5. 15.자로 법인세 특별부가세 27,909,530원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 이 사건 ①토지는 1954. 7. 7.에 이 사건 ②토지는 1970. 12. 29.에 각각 취득하여 구거(농업용수용배수로)로 사용하던 중 토지구획정리사업으로 1990. 12. 25. 및 1991. 6. 21. 각각 현재의 지번으로 환지를 받았는 데 그 당시 이 사건 ①토지는 포장도로로 사용되고 있어서 포장제거 및 도로 이설문제로 이 사건 ②토지는 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 3인이 건축물 및 컨테이너 박스를 무단 설치, 점유하고 있어 동 불법시설물의 철거문제로 매각이 지연되었으나 이 사건 토지는 수십년 간 농어민지원시설로 사용되던 토지이므로 조세감면규제법 제75조 제2항의 규정에 의하여 감면대상이 되는데도 특별부가세 감면을 배제하고 한 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 토지의 양도가 농어민지원시설의 양도에 해당하는지 여부에 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면 조세감면규제법 제75조 제2항의 규정에 의하면 농지개량조합 등이 5년 이상 계속하여 사용한 대통령령이 정하는 농어민지원시설을 새로운 시설로 이전하기 위하여 종전시설을 양도하는 경우 당해 종전시설의 양도에 대하여는 제71조 제1항 내지 제4항의 규정을 준용하며 이 경우 ‘공장’은 ‘시설’로, 신공장은 ‘신시설’로, ‘구공장’은 ‘종전시설’로 각각 한다고 되어 있고, 같은 법 제71조 제1항에서 “내국인이 5년 이상 계속하여 가동한 공장(이하 이 조에서 ‘구공장’이라 한다)을 새로운 공장(이하 이 조에서 ‘신공장’이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다.

1. 당해 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법

2. 당해 토지 등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법”이라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제72조 제1항에서는 “법 제75조 제2항에서 대통령령이 정하는 농어민지원시설이라 함은 동 조 제1항의 규정에 의한 각 조합 또는 중앙회가 소유하는 토지 등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용 토지 중 다음 각 호의 1에 해당되는 토지 등을 제외한 것을 말한다. 1.목장용 토지 2.부동산매매업ㆍ부동산임대사업 또는 신용사업용 토지 등 3.사원용 주택”이라고 규정하고, 제2항에서 “법 제75조 제2항의 규정에 의한 이전에는 종전 시설을 양도하고 제1항에 규정하는 농어민 지원시설을 대체 취득하여 이전하는 경우를 포함한다”라고 규정하고 있다. 다음은 청구인이 이 사건 토지를 취득, 사용하다가 양도한 경위와 처분청이 이 사건 부과처분을 한 경위를 본다. 이 사건 토지는 1979. 11. 26. 구 건설부공고 제156호에 의하여 사업시행인가된 ㅇㅇ시 ㅇㅇ지구 토지구획정리사업지구 내의 토지로서 이 사건 ①토지는 청구인이 1954. 7. 7. 취득 당시 지번 및 지목이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 구거였는 데 구획정리사업의 완료에 따라 1987. 4. 23. 위 ㅇㅇ동 ○○번지 대지로 환지되었고 청구인은 이 토지를 매각하기 위하여 1991. 8. 10. 청구 외 ㅇㅇㅇ과 매매계약을 체결하였으나 그 토지의 일부가 주민들의 통행로로 이용되고 있어 관할구청과 도로이설에 다른 협의로 소유권이전이 지연되다가 1997. 2. 14. 잔금을 수령함에 따라 1997. 2. 15. 소유권이전등기를 하여준 사실, 이 사건 ②토지는 1970. 12. 29. 취득 당시 지번 및 지목이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 구거였는 데 구획정리사업완료에 따라 위 같은 날짜에 ㅇㅇ동 ○○번지 대지로 환지되었고 그 지상에는 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 3인이 건축물 및 콘테이너박스 등을 무단설치, 점유(점유일자는 분명하지 않음)하여 청구인은 수차에 걸쳐 철거 요청하였으나 무단점유자가 철거하지 않음에 따라 청구인은 건물철거에 대한 소송을 제기하여 1996. 7. 26. ㅇㅇ지방법원으로부터 건물철거에 대한 판결선고를 받았고 그 후 1997. 7. 18. 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 1인에게 양도한 사실, 청구인은 1997 사업연도 법인세과세표준 및 세액신고서 제출시 이 사건 토지의 양도가 조세감면규제법 제75조 제2항의 규정에 의한 감면대상인 것으로 보고 이 사건 토지양도에 따른 특별부가세 산출세액 51,372,708원의 100분의 50에 해당하는 25,686,354원을 감면하는 것으로 세액감면신청서를 위 신고서에 첨부하여 위 세액을 납부한 사실, 그 후 처분청은 이 사건 토지가 농어민지원시설에 해당하지 아니하는 대지로서 감면대상이 아니라고 보고 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 살피건대, 조세감면규제법 제75조 제2항의 규정에서 5년 이상 계속하여 사용한 농어민지원시설이라 함은 양도일로부터 소급하여 5년 이상 계속 농어민지원시설로 사용하고 있는 시설을 말하는 것으로서 위 인정의 사실에 의하면 이 사건 토지가 당초 취득 당시에는 농업용배수로로 사용되었다 할지라도 이 일대 지역이 1979. 11. 26. 구획정리사업이 착수되어 1987. 4. 23. 완료되었고 양도 당시에는 주택, 상가 등이 밀집된 시가지내의 대지로서 그 지상에 건축물 또는 컨테이너박스 등으로 무단점유되어 있었거나 포장도로로 사용되고 있어 농어민지원시설이 아니었던 것이 분명한 이 사건에 있어서는 이 사건 토지의 양도로 인한 소득이 법인세 특별부가세의 세액감면대상이 될 수 없는 것이어서 이와 다른 견해를 전제로 하는 청구인의 주장은 이유 없는 것이라고 하겠다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.