1년 이상 목적사업에 직접 사용한 토지의 양도로 볼 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 병원 설립을 목적으로 청구 외 ㅇㅇ자동차 (주)(이하 ‘위 ㅇㅇ자동차’라 한다)로부터 별지 ‘토지 목록’(이하 ‘별지’라 한다) 기재 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 등 6필지의 토지 계 2,126.2㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1992. 7. 30. 출연받아 이 사건 토지 상에 1993. 7. 6. 병원건축허가만 받은 채 병원을 건립하지 않고 이 사건 토지를 1994. 7. 13.부터 같은 해 9. 24.까지 사이에 계 1,980,000,000원을 받으면서 양도하고 1994사업연도 특별부가세 과세표준 및 세액을 신고하면서 이 사건 토지의 취득가액을 위 ㅇㅇ자동차로부터 출연받은 당시를 기준으로 1,815,823,090원으로 산정하고 양도차익을 164,176,910원으로 산정하여 양도소득특별공제 88,975,330원을 공제한 75,201,580원을 과세표준으로 계산하고 납부할 특별부가세를 18,800,395원으로 하여 신고 납부한 데 대하여, 이 사건 토지를 1992. 7. 30. 출연받고도 병원을 건립하지 않고 위와 같이 양도한 것은 출연받은 재산을 1년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않고 3년 이내에 양도한 것에 해당하는 것으로 보아 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제59조의2 제3항 제1호 단서의 규정에 의하여 이 사건 토지의 취득가액을 출연자인 위 ㅇㅇ자동차가 당초 취득한 때의 취득가액인 315,213,000원으로 산정하고 양도차익을 1,664,787,000원으로 계산하여 양도소득특별공제 15,445,437원을 공제한 1,649,341,563원을 과세표준으로 하여 그 세액을 다시 산출한 다음 여기에서 위 신고납부세액을 뺀 특별부가세 578,614,500원을 1997. 12. 15.자로 청구인에게 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 이 사건 부과처분에 관하여 이 사건 토지의 취득가액을 청구인이 이 사건 토지를 출연받은 때를 기준으로 산정하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 공익 법인인 청구인이 기본재산인 이 사건 토지 상에 병원을 건축하기 위하여 1993. 7. 6. 건축허가 받아 같은 달 14. 착공계를 제출하고 같은 해 9. 3. 기공식까지 가졌으나 주민들의 반대로 병원을 건립할 수 없게 되어 주무장관의 허가를 받고 1994. 7. 13. 부터 같은 해 9. 24.까지 사이에 이 사건 토지를 모두 양도한 것으로서 목적 사업인 의료기관의 설립 및 운영이라 함은 병원 건물의 신축과정까지 포함하는 것으로 보아야 하고 더구나 이 사건 토지 매각대금으로 1994. 8. 12. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 등 4필지 3,935㎡를 구입하여 더 큰 규모의 병원을 건축하고 있어 위장 출연에 의한 조세회피 목적도 없었으니 이 사건 토지는 위 건축 허가를 받은 1993. 7. 6.부터 목적사업에 사용한 것으로 보아야 하고 그로부터 1년이 지난 후에 이 사건 토지가 양도된 것이므로 이 사건 토지는 청구인이 1년 이상 목적사업에 직접 사용하다가 처분한 것이라고 보아야 하므로 이 사건 부과처분을 청구 취지와 같이 경정하게 하여 달라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 그 목적사업을 경영하고자 그 기본재산인 이 사건 토지 상에 병원 건물의 건축허가를 받았으나 그 곳 주민들의 건축반대 민원이 있는데다가 병원 규모 확장의 필요도 있어 다른 곳에 병원 건물을 건축하는 것으로 계획 변경하고 그 건축을 하지 아니한 채 1년이 경과한 후 이 사건 토지를 매각하고 그 매각대금으로 다른 토지를 구입하여 병원을 건축하고 있는 이 사건의 경우에 이 사건 토지의 양도를 청구인이 1년 이상 목적사업에 직접 사용한 토지를 양도한 것으로 볼 수 있는 것인지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 사건 토지를 취득, 사용, 매각한 경위 및 처분청이 이 사건 부과처분을 한 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 보건사회부(현재의 보건복지부)장관으로부터 1992. 3. 10. 민법 제32조 및 공익법인의설립․운영에관한법률 제4조의 규정에 의하여 의료기관의 설립 및 운영, 영세민에 대한 염가 진료 및 국민에 대한 봉사적 의료시혜 등을 목적사업으로 하는 재단법인의 설립허가를 받고 같은 달 30. 그 설립등기를 한 공익법인으로서 산재병원을 건축하기 위하여 이 사건 토지의 환지 전 지번인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 답 1,431.7㎡ 및 같은 동 ㅇㅇ번지 답 690.8㎡를 위 ㅇㅇ자동차로부터 기본재산으로 출연받아 그 증여세를 면제받고 같은 해 7. 30. 소유권이전등기를 하여 그 소유권을 넘겨받았는 데 위 토지들이 그 뒤 구획정리로 인하여 1993. 5. 21. 같은 동 ㅇㅇ번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지 등 대지 4필지 계 2,126.2㎡로 환지 등기된 사실(청구인은 그 뒤인 1993. 7. 14. 위 4필지의 토지를 같은 동 ㅇㅇ번지 대지로 모두 합병하였다가 1994. 6. 23. 이 사건 토지 6필지로 분할하였다), 청구인은 이와 같이 자신의 기본재산이 된 이 사건 토지 상에 지하 1층, 지상 3층 연면적 2,441.43㎡의 근린생활시설로서 병원건물을 건축하기 위하여 청구 외 ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 (주) ㅇㅇ종합건축사사무소(대표 ㅇㅇㅇ)에 병원건물 건축설계를 의뢰하여 1993. 6월경에 그 설계를 완료하고 같은 달 28. 위 건축설계를 ○○협회에 신고한 다음 ㅇㅇ시장에게 허가신청하여 1993. 7. 6. 그 건축허가를 받았으며 같은 해 7. 8. 청구 외 (주) ㅇㅇ과 도급금액 1,650,000,000원으로 하는 ㅇㅇ병원 신축공사도급계약을 맺고 같은 달 14. 관계 당국에 착공계를 제출한 다음 같은 해 9. 3. 그 기공식을 가졌으나 기초 터파기 공사 등 그 건축공사에 착수하였다고 볼만한 공사를 시행한바 없는 사실, 청구인은 이 사건 토지 주변의 주민들이 1993. 9. 20. 이 사건 토지가 일반주거구역 내에 속하고 산재병원이 주택지 한복판에 건립되어서는 안된다는 민원을 ㅇㅇ시장에게 제기한데다가 당초 100병상의 산재병원건립을 예상하였으나 300병상 정도로 규모를 확장 건축할 것으로 계획을 변경하게 되어 이를 건립하기 위하여는 이 사건 토지가 협소하다는 등 사유를 내세우고 1994. 5. 31. 보건사회부장관에게 기본재산 처분(대체)허가를 신청하여 보건사회부장관으로부터 같은 해 6. 7. 이 사건 토지를 매각하되 그 대금은 청구 외 ㅇㅇ특수강 (주) 소유 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 3,881㎡의 매입비로만 사용하고 그 부족 자금은 위 ㅇㅇ특수강 (주)가 기부 출연하도록 하라는 내용으로 그 허가를 받은 사실, 이에 따라 청구인은 1994. 7. 13.부터 같은 해 9. 24.까지 사이에 계 1,980,000,000원을 받고 이 사건 토지를 별지 기재와 같이 연인원 6명에게 나누어 양도한 사실, 청구인은 1994. 7. 18. 위 ㅇㅇ특수강 (주)로부터 위 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 3,881㎡ 외 3필지 합계 3,935㎡를 매입한 후 이곳에 산재병원을 건축하고 있는 사실 그리고 청구인은 그 뒤 1994사업연도 귀속 특별부가세 과세표준과 세액을 신고하면서 이 사건 토지를 매각한 데 대하여 1년 이상 목적사업에 직접 사용한 것으로 생각하여 이 사건 토지의 취득가액을 위 ㅇㅇ자동차로부터 출연받은 때를 기준으로 1,815,823,090원으로 산정하여 계산한 특별부가세가 18,800,395원이라고 신고하였으나 처분청은 건축허가만 받았을 뿐 병원을 건축하지 않은 청구인이 이 사건 토지를 목적사업에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없다고 하여 이 사건 토지의 취득가액을 이 사건 토지의 당초 지번인 위 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 및 같은 동 ㅇㅇ번지 토지를 위 ㅇㅇ자동차가 취득한 때인 1985. 11. 7. 및 1986. 5. 28. 당시의 취득가액 315,213,000원을 기준으로 산정하여 그 특별부가세액을 다시 계산하고 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음으로 관계 법령의 규정을 보건대, 구 법인세법 제59조의2 제3항 은 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도 당시의 기준시가에 의한 금액과 취득 당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 그 제1호에서 취득가액 다만, 상속세법의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입되지 아니한 재산 또는 증여세가 면제되는 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지 등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 한다라고 규정하고 있으며, 법인세법시행령 제124조의2 제3항 은 법 제59조의2 제3항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 토지 등”이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 토지 등을 말한다. 다만 1년 이상 다음 각 호의 1에 해당하는 사업(의료업 외의 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 토지 등을 제외한다라고 규정하고 그 제1호로 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업, 제2호로 행정관청으로부터 허가․인가 등을 받은 경우에는 그 허가․인가 등을 받은 사업, 제3호로 제1호 또는 제2호 외의 경우에는 법인 등기부상 목적사업으로 정하여진 사업이라고 규정하고 있는바 위의 규정들을 종합하여 보면 증여세가 면제되는 토지 등을 출연받은 법인이 그 토지 등을 행정관청으로부터 허가받은 사업이나 법인 등기부상 목적사업으로 정하여진 사업에 출연받은 날로부터 1년 이상 직접 사용하지 않고 3년 이내에 양도한 경우에 그 양도차익 계산을 위한 그 법인의 취득가액은 그 토지 등을 출연한 출연자의 당초 취득가액으로 하여야 하도록 되어 있는 것을 알 수 있다. 살피건대, 위 인정의 사실에 의하면 청구인은 의료기관의 설립 및 운영 등을 목적 사업으로 하여 설립등기된 공익법인으로서 증여세가 면제되는 이 사건 토지를 기본 재산으로 출연받아 그 위에 행정관청으로부터 허가받았을 뿐 아니라 그 법인 등기부상 목적사업으로 정하여진 병원을 설립하고자 하여 그 병원 건물의 건축허가를 받고 착공계 제출과 기공식까지는 가졌으나 그 주변 주민들로부터 병원설립 반대의 민원이 제기되고(이 민원이 사업추진을 불가능하게 할 정도의 격렬한 것이었다고 인정할 만한 자료도 없다) 또 병원의 규모를 확장하기 위하여 병원을 다른 곳에 설립할 필요가 있는 자체 사정으로 인한 계획변경이 있다하여 이 사건 토지를 출연받은 날로부터 1년 이상 그 곳에서 터파기공사 등 건축공사에 착수하였다고 볼만한 아무런 공사도 시행한바 없이 내버려둠으로써 그 목적 사업에 직접 사용하지 아니하고 있다가 3년 이내에 양도하였다는 것을 알 수 있으니 이는 위에서 본대로 당초 출연자의 취득가액을 청구인의 취득가액으로 보고 청구인에게 특별부가세를 과세할 경우라고 할 것이므로 이와 다른 견해를 전제로 한 청구인의 위 주장은 조세회피의 목적이 없었다는 등 나머지 점에 대하여 더 이상 나아가 살필 필요 없이 이유 없는 것이라고 하겠다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.