사업소득금액을 산정함에 있어 토지 및 건물의 취득원가를 어느 때를 기준으로 하여야 하는지 여부

처분청은 1997. 9. 8. 자로 청구인에 대하여 한 1995년도 귀속 종합소득세 4,975,600원의 부과처분에 관하여 그 사업소득금액의 계산에 있어 필요경비 중 토지 및 건물의 취득원가는 취득가액에 그 부대비용을 가산한 금액으로 산정하고 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 각 경정하여야 한다.

청구인을 비롯한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ연립주택에 거주하던 32세대의 주민들이 ㅇㅇ연립재건축조합(이하 ‘위 조합’이라 한다)을 결성하여 위 ㅇㅇ연립주택(이하 ‘구 연립주택’이라 한다)을 헐고 그 자리에 69세대의 아파트(이하 ‘위 아파트’라 한다)를 1995. 5. 1. 건축 준공하여 위 조합의 구성원들(이하 ‘위 조합원들’이라 한다)이 아파트 각 1채씩 모두 32세대를 무상으로 분양받고 나머지 37세대는 일반분양하여 그 분양대금으로 받은 돈으로 시공회사에 공사대금을 지급한 후 각자의 명의로 1995년도 귀속 종합소득세를 청구 외 ㅇㅇ세무서장에게 신고하면서 위 아파트 69세대를 건축하여 37세대를 일반분양함에 따른 사업소득금액 산정시 분양수입금액은 4,297,264,560원, 필요경비는 위 조합원들이 자신들의 토지를 위 조합 앞으로 명의신탁하였다고 주장하는 시기인 1993. 10월의 기준시가를 적용하여 산정한 토지 및 건물원가 1,620,363,500원을 포함한 세금과 공과, 지급수수료, 외주공사비 등 2,039,551,079원을 경비(이하 ‘위 경비’라 한다)로 하고 다시 기초미완성주택재고액을 2,512,215,811원으로 계상하여 합계 4,551,766,890원으로 산정하여 254,501,866원의 경상손실 발생으로 각 납부할 세액이 없다는 내용으로 1996. 11. 6. 각각 소득세․농어촌특별세 과세표준확정신고 및 자진납부계산서를 제출하였다. 이에 대하여 ㅇㅇ세무서장은 토지 및 건물의 취득원가를 위 조합원들이 이미 철거한 구 연립주택을 당초 취득한 시점의 기준시가를 적용하여 1,097,902,000원으로 다시 산정한 다음 위 토지 및 건물의 취득원가 1,097,902,000원과 위 경비 중 세금과 공과 및 지급수수료의 합계 1,234,740,620원에 대한 위 아파트 전체면적(7,886.4㎡) 대비 위 조합원들 순수 분양지분(23평형 기준 32세대분 면적, 85.28㎡×32세대=2,728.96㎡) 해당 금액인 427,261,833원(1,234,740,620원 ÷ 7,886.4㎡ × 2,728.96㎡)을 필요경비에서 부인하고, 위 금액과 토지 및 건물원가 과다 산정액 522,461,500원(1,620,363,500원 - 1,097,902,000원) 합계 949,723,333원 및 분양대금 수입(매출)누락분 114,805,174원을 합하여 모두 1,064,528,507원의 수입누락이 있은 것으로 인정하여 신고한 위 결손금액 254,501,866원과 위 1,064,528,507원과의 차액 810,026,641원을 사업소득금액으로 다시 계산하고 이를 위 조합원들이 신고한 손익분배비율에 따라 위 조합원들 중 ㅇㅇㅇ에게는 31,591,035원, 청구인을 포함한 그 외의 위 조합원들에게는 각 25,110,826원씩을 배분하여 청구인에 대한 소득금액 배분내용을 1997. 7. 3. 처분청에 통보하자 처분청은 1997. 9. 8.자로 청구인에 대하여 그 종합소득세 4,975,600원을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 첫째, 사업소득금액을 산정함에 있어 위 조합원들이 구 연립주택의 부속토지를 1993. 10월 위 조합 앞으로 명의신탁한바 있고 이것은 위 조합원들이 위 토지를 위 조합에 출자한 것이 되므로 토지 및 건물원가의 산정시점은 1993. 10월을 기준으로 하여야 한다고 주장하고, 둘째, 위 조합원들이 자신들의 토지를 위 조합 앞으로 위와 같이 명의신탁한 것을 양도로 보아 양도소득세를 과세하더라도 청구인은 구 연립주택에 3년 이상 거주하다가 그 건물과 그 부속토지를 함께 위 조합에 양도한 것으로 1세대 1주택에 해당되어 양도소득세 과세대상이 될 수 없으므로 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은, 첫째, 위 사업소득금액을 산정함에 있어 토지 및 건물의 취득원가를 어느 때를 기준으로 산정하여야 하는지의 여부와 둘째, 위 조합원들이 위 아파트 부지가 된 토지를 양도한 것으로 본다고 하더라도 청구인은 구 연립주택에 3년 이상 거주한 1세대 1주택을 양도한 것에 해당되어 양도소득세 비과세 대상이 되는지의 여부에 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 보건대, 주택건설촉진법 제3조 제9호는 주택조합이라 함은 (중략) 대통령령이 정하는 노후․불량한 주택을 철거하고 그 철거한 대지 위에 주택을 건설하기 위하여 기존주택의 소유자가 설립한 조합(이하 “재건축조합”이라 한다)을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제32조 제2항은 주택건설사업계획의 승인을 얻고자 하는 자가 관할 관청에게 제출하여야 할 서류들을 열거하면서 그 제8호에서 법 제3조 제9호의 규정에 의한 재건축조합의 경우에는 기존주택의 철거계획서 및 건설된 주택의 처분계획서(당해 주택을 건설하는 대지의 환지처분계획을 포함하여야 한다)라고 규정하고 있으며, 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제4항은 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항 제3호에서 규정하는 양도로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제2항은 법 제4조 제4항에 규정하는 체비지는 토지구획정리사업법 기타 법률에 의하여 사업시행자가 사업구역내의 토지소유자 또는 관계인에게 그 구역내의 토지로 사업비용을 부담하게 하는 경우의 당해 토지와 토지구획정리사업법에 규정하는 보류지를 포함한다고 규정하고 있으며, 구 소득세법시행령 제60조 제1항 에서 부동산소득과 사업소득의 각 사업연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비를 열거하면서 그 제1호로 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격과 그 부대비용. 이 경우에 사업자가 사업용 이외의 목적으로 매입하였던 것을 사업용으로 공한 것에 있어서는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다고 규정하고 있고, 구 소득세법시행령 제94조 제5항 은 법 제45조 제1항 제1호 가목 본문 및 나목 단서의 규정에 의한 방법으로 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 제1항 내지 제4항 및 법 제45조 제2항의 규정에 불구하고 취득 당시의 기준시가에 다음 각 호의 1의 금액을 가산한 금액으로 한다라고 규정하여 그 제1호에서 법 제23조 제1항 제1호에 규정된 자산, 취득 당시의 지방세법상의 과세시가표준액 × 7/100이라고 규정하고 있는바, 위 규정들의 취지에 의하면 주택건설촉진법에 의하여 설립된 재건축조합이 기존 주택의 철거계획서와 당해 주택을 건설하는 대지의 환지처분계획을 포함하는 건설된 주택의 처분계획서 등 문서를 관할 관청에 제출하여 주택건설사업계획의 승인을 얻은 경우 이에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번 등이 변경되거나 체비지로 충당되더라도 이를 소득세법상의 양도로 보지 아니하게 되어 있고, 그 사업소득을 계산함에 있어 그 총수입금액에 대응하는 필요경비 중 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격은 그 재건축조합의 구성원들이 당초 사업용 이외의 목적으로 매입하였던 것을 사업용으로 공한 것으로 보아 당초 매입한 때의 매입가격으로 산정하여야 할 것으로 풀이된다. 다음으로 청구인을 포함한 위 조합원들이 위 조합을 결성하여 위 아파트를 건축하고 1995년도 귀속 종합소득세를 신고한 경위 및 처분청에서 이 사건 부과처분을 한 경위 등 사실 관계를 보건대, 청구인을 포함한 위 조합원들은 자기들 소유의 노후․불량한 기존 주택을 철거하고 그 철거한 대지 위에 아파트를 건설하기 위하여 1990. 11. 30. ㅇㅇ구청장으로부터 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의하여 재건축조합 설립인가를 받아 1991. 6. 7. 청구 외 (주) ㅇㅇ건설(대표이사 ㅇㅇㅇ)과 위 아파트 건축공사 도급계약을 체결하였는 데 이 계약에서 위 조합원들은 25평형을 기준으로 각 1세대를 무상으로 분양받고 25평형을 초과하는 아파트를 분양받은 조합원들은 각 그 평형의 아파트 분양대금과 25평형 기준 분양대금과의 차액을 추가 부담하는 것으로 하고(제15조), 공사대금은 조합원들에게 분배하고 남은 잔여 아파트의 분양수입금으로 대체처리하는 것으로 약정(제26조)한 사실, 이리하여 위 조합은 1992. 12. 4. ㅇㅇ구청장으로부터 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의하여 자신을 사업주체로 하여 69세대의 아파트를 건축하여 그 중 32세대는 청구인을 포함한 위 조합원들에게 무상으로 분양하고 나머지 37세대는 일반분양하여 그 재건축 비용에 충당한다는 계획을 내용으로 하는 주택건설사업계획을 승인받아 1993. 10월경 위 조합원들의 토지 위에서 기존 연립주택을 철거하고 재건축공사를 시작하고 1995. 5. 1.에 23평형 30세대, 32평형 24세대, 44평형 15 세대 합계 69세대의 아파트를 건축하여 그 중 23평형 13세대, 32평형 14세대, 44평형 5세대 합계 32세대는 위 조합원들이 소유하고 나머지 37세대는 일반분양하여 그 분양수입금액과 위 조합원들 중 32평형 및 44평형을 분양받은 사람들이 추가 부담한 금액을 가지고 위 (주) ㅇㅇ건설에 공사대금으로 지급한 사실, 그 후 1996. 11. 6. 청구인을 포함한 위 조합원들은 ㅇㅇ세무서장에게 1995년도 귀속 종합소득세를 신고하면서 위 아파트 69세대를 건축하여 37세대를 일반분양함에 따른 사업소득금액 산정시 분양수입금액은 4,297,264,560원으로 하고, 필요경비는 위 조합원들의 토지를 위 조합 앞으로 명의신탁하였다고 주장하는 1993. 10월의 기준시가에 의하여 산정한 토지 및 건물원가 1,620,363,500원과 세금과 공과 44,016,160원, 외주공사비 282,348,959원, 지급수수료 92,822,460원, 기초 미완성주택재고액 2,512,215,811원 등 발생비용 합계 4,551,766,890원 전체로 산정하여 254,501,866원의 경상손실이 발생한 것으로 하고, 이를 위 조합원들의 손익분배비율에 따라 배분하여 위 조합원들 중 ㅇㅇㅇ에게는 9,925,816원, 청구인을 포함한 나머지 위 조합원들에게는 각 7,889,550원씩을 배분하고 각 납부할 세액이 없다는 내용으로 소득세․농어촌특별세 과세표준확정신고 및 자진 납부계산서를 제출한 사실 그리고 ㅇㅇ세무서장은 1997. 3. 3.부터 같은 해 3. 15.까지 사이에 위 조합원들의 위 사업소득금액을 실사하여 필요경비 중 토지 및 건물원가를 위 조합원들이 구 연립주택을 각 당초 취득한 시점에 해당하는 1990년도 공시지가를 기준한 기준시가에 의하여 1,097,902,000원으로 다시 산정한 다음 위 조합의 사업소득금액을 위에서 본 바와 같이 다시 계산하여 이를 위 조합원들 개인별로 위 조합원들이 위 종합소득세 신고시 제출한 공동사업자별소득금액 등 분배명세서상의 손익분배비율에 따라 배분하고 청구인에게 배분된 그 소득금액 내역을 처분청에 통보하였고 이에 따라 처분청은 1997. 9. 8. 청구인에 대하여 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실 등을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 여기서 위 다툼을 모아 함께 판단한다. 청구인은 자신을 포함한 위 조합원들이 구 연립주택을 철거하고 그 철거한 대지 위에 주택을 건설하기 위하여 1993. 10월경 그 대지를 위 조합에 명의신탁하였기 때문에 이로써 공동사업에 출자를 위한 양도가 있었다고 보아야 한다는 것을 전제로 하여 그 공동사업의 소득에 대한 필요경비로서 그 토지 및 건물의 취득원가를 산정함에 있어서는 위 조합이 사업을 위하여 위 대지를 취득할 당시인 1993. 10월경의 기준시가를 기준으로 계산하여야 한다거나 위 양도에 대한 양도소득세는 비과세대상이라는 등의 주장을 하므로 살피건대, 청구인을 포함한 위 조합원들이 위 주장의 시기에 구 연립주택과 그 부지인 대지에 대한 각 그 소유 명의를 외관상 위 조합에 이전한바 있다는 점을 인정할 만한 아무런 자료가 없어 위 명의신탁 주장을 받아들일 수 없을 뿐더러 위 인정의 사실에 의하면 오히려 청구인을 포함한 위 조합원들이 위 조합을 결성하여 위 조합 명의로 관할 관청으로부터 소득세법상 양도로 보지 아니하는 대지의 환지계획을 포함한 주택건설사업계획을 승인받고 주택재건축사업을 시행하였다는 것이므로 위 조합원들과 위 조합 사이에 법률상 무슨 부동산의 출자나 양도가 있었다고 볼 여지가 없는 이 사건에서 위와 같이 인정되지 아니하는 사실을 전제로 하는 청구인의 위 주장들은 더 나아가 나머지 점에 대하여 살필 필요도 없이 이유 없는 것이라고 하겠다. 다만 직권으로 살피건대, 구 소득세법시행령 제60조 제1항 제1호 의 규정에 의하면 토지 및 건물원가는 그 매입가액과 그 부대비용으로 한다고 되어 있는데도 처분청에서 토지 및 건물의 취득원가 산정시 그 부대비용을 가산하지 않고 산정한 것은 잘못된 것이라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 사업소득금액의 계산에 있어 필요경비 중 위 토지 및 건물의 취득원가를 위 조합원들의 구 연립주택 취득 당시를 기준으로 산정한 것은 정당하다고 하겠으나 그 취득원가에 부대비용을 가산하지 아니한 부분이 잘못이라 할 것이므로 처분청으로 하여금 이 잘못된 부분을 시정하게 하기 위하여 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.