법인세 과세표준금액 산정을 위하여 평가한 토지의 취득가액이 정당한지 여부

처분청은 1998. 3. 19.자로 청구인에 대하여 한 877,505,603원의 환급청구 거부처분금액 중 711,600,840원을 환급하여야 한다.

청구인이 1997. 3. 25. 1996사업연도(1996. 1. 1. - 1996. 12. 31.) 법인세 과세표준 및 세액신고시 총부담세액을 9,339,457,606원에서 기납부세액 72,763,141,611원을 공제하여 납부할 세액을 △63,423,684,005원으로 신고하였다가 같은 해 8. 14. 과세표준 및 세액의 경정청구를 하면서 납부할 세액을 △65,094,402,074원으로 하여 법인세 1,670,718,069원과 이에 따른 농어촌특별세 17,389,269원 합계 1,688,107,338원을 환급청구한 데 대하여 처분청은, 가. 청구인이 위 사업연도 중 양도한 ○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 11필지(이하 ‘나’항의 토지들과 합하여 ‘이 사건 토지들’이라 한다)의 처분수입 계산을 위한 취득가액을 법인세법 부칙(1993. 12. 31. 개정 법률 제4664호, 이하 같다) 제7조에 의하여 1991. 1. 1.자를 공시기준일로 하는 개별공시지가(이하 ‘91 개별공시지가라 한다)를 적용하여 12,394,513,770원으로 평가하여 신고한 것은 잘못이고 1991. 1. 1. 현재 고시되어 있는 1990. 1. 1.자를 공시기준일로 하는 개별공시지가(이하 ‘90 개별공시지가라 한다)를 적용하여야 한다는 이유로 취득가액을 9,199,199,941원으로 평가하여 그 차액 3,195,213,829원을 처분수입에 가산하였고,

• 나. 또한 청구인이 같은 사업연도 중 양도한 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 499㎡ 외 6필지의 취득가액을 ‘90 개별공시지가를 적용하여 3,177,844,524원으로 신고하였다가 ‘91 개별공시지가를 적용하여 4,807,830,513원으로 경정하여 신고한 데 대하여는 이를 받아들이지 아니한 채 1998. 3. 19.자로 법인세 등 800,601,720원만 환급하고 나머지 877,505,603원은 환급을 거부하는 내용의 처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 거부처분 중 711,600,840원(법인세 696,539,840원, 농어촌특별세 15,061,000원)을 환급하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 1994. 1. 1.부터 시행된 법인세법 부칙 제7조는 청구인과 같은 비영리내국법인에 대하여도 법인세법 제1조 제1항 제6호 의 규정에 의하여 1991. 1. 1. 이후 발생하는 고정자산의 처분수입에 대하여 법인세를 과세하게 됨에 따라 과도한 세금부담을 경감시켜 주고자 비영리내국법인이 1990. 12. 31. 이전에 취득한 부동산의 취득가액을 1991. 1. 1. 현재의 개별공시지가로 평가하도록 하였으므로 위 법인세법 부칙 제7조에 따라 1994. 1. 1. 이후 양도하는 고정자산에 대하여는 1991. 1. 1. 현재를 공시기준일로 하는 ‘91 개별공시지가를 적용하여 이 사건 토지들의 취득가액을 평가하여야 하고 처분청이 이 사건 거부처분의 근거로 인용하는 상속세법 기본통칙 60-4․․․9는 1992. 2. 29. 신설되었으나 이는 상속세법에서 위임된 규정이 아니라 상속세 집행실무의 편의성 제고를 위하여 신설된 임의적 규정에 불과하여 이 사건 거부처분의 근거가 될 수 없어 이 사건 거부처분은 경정되어야 한다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 법인세 과세표준금액 산정을 위하여 처분청이 한 이 사건 토지들의 취득가액 평가액의 당부를 가리는 데 있다. 먼저 관계 법령의 규정을 본다. 법인세법 제1조 제1항 단서 및 제6호의 규정에 의하면 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 ‘비영리내국법인’이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 고정자산의 처분으로 인한 수입에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 같은 법 부칙(1993. 12. 31. 법률 제4664호) 제7조에서는 같은 법 제1조 제1항 제6호의 규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물의 취득 가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 내용의 취득가액 산정에 관한 특례를 규정하고 있다. 한편, 구 상속세법(1994. 12. 22. 법률 제4805호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제9조 제1항 본문에 의하면 상속재산의 가액 및 상속재산의 가액 중에서 공제할 공과 또는 채무는 상속개시 당시의 현황에 의한다고 규정하고 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14469호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항에 “법 제9조 제1항의 규정에 의한 가액은 각각 그 당시의 시가에 의하되 시가를 산정하기 어려운 때에는 제2항 내지 제6항의 규정에 의한 방법에 의한다”고 규정하고 같은 조 제2항 제1호 (가)목에 의하면 토지는 시장․군수․구청장이 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별공시지가에 의하도록 규정하고 있으며 1992. 2. 29. 신설된 구 상속세법 기본통칙 60-4…9에서 개별공시지가의 적용시기와 관련하여 “토지를 개별공시지가에 의하여 평가함에 있어서 개별공시지가는 상속개시일 현재 고시되어 있는 개별공시지가에 의한다”고 규정하고 있다. 위 관계 법령의 규정을 종합하여 보면, 비영리내국법인이 1990. 12. 31. 이전에 취득한 토지를 1994. 1. 1. 이후 처분하는 경우 그 취득가액은 장부가액과 1991. 1. 1. 현재의 의제취득가액(시가, 시가가 없는 경우 개별공시지가) 중 큰 금액으로 하여 처분수입을 계산하도록 하고 있음을 알 수 있다. 다음 사실 관계를 보면, 이 사건 토지들은 청구인이 모두 1990. 12. 31. 이전에 취득하여 1996사업연도 중에 양도한 것들인 사실, 청구인은 1997. 3. 15. 법인세 과세표준을 신고하면서 1996사업연도 중 ○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 11필지의 토지 처분에 따른 소득금액 산정을 위하여 이 토지들의 ‘91 개별공시지가를 각각 적용하여 그 취득가액을 12,394,513,770원으로 하여 소득금액을 산정, 신고하였고 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 499㎡ 외 6필지의 고정자산 처분에 대하여는 ‘90 개별공시지가를 각각 적용하여 그 취득가액을 3,177,844,524원으로 하여 신고하였다가 ‘91 개별공시지가를 적용하여 4,807,830,513원으로 경정신고한 사실 그리고 처분청은 환급청구에 대한 세무조사를 실시하고 이 사건 토지들의 취득가액 평가는 1991. 1. 1. 현재 고시되어 있는 ‘90개별공시지가를 적용하여야 한다는 이유로 위 ○○시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 외 11필지 취득가액을 9,199,199,941원으로 평가하여 그 차액 3,195,213,829원을 익금 가산하고 위 경정신고도 같은 이유로 인정하지 아니하는 등 법인세 798,217,430원, 농어촌특별세 2,384,290원 합계 800,601,720원을 환급 결정하고 나머지 877,505,603원의 환급을 거부하는 처분을 한 사실이 이 사건 일건 기록에 의하여 인정된다. 살피건대, 처분청은 이 사건 토지들의 처분에 따른 소득금액을 계산하면서 1991. 1. 1. 현재 ‘91 개별공시지가가 공시되지 아니하였으므로 ’90 개별공시지가를 적용하여 이 사건 토지들의 취득가액을 평가하였고 이와 같이 계산한 근거로 구 상속세법 기본 통칙 60-4․․9를 제시하고 있는바 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서의 세법의 해석 및 집행기준을 시달하는 행정규칙에 불과하고 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아닐 뿐 아니라 위 기본통칙 규정은 재산의 무주상태가 한 순간이라도 있어서는 안 되는 근대 실정법의 이론에 따라 사망한 순간을 상속개시일로 하여 상속재산의 가액을 평가할 때에 당해 연도의 개별공시지가가 상속개시 당시에 공시되어 있지 않은 경우에 상속개시 당시에 공시되어 있는 전년도 개별공시지가를 적용하여 상속개시시점 기준으로 상속재산 가액을 평가한다는 내용인 반면, 법인세법 부칙 제7조는 비영리내국법인의 고정자산 처분수입을 과세소득으로 하면서 1990. 12. 31. 이전에 취득한 고정자산의 취득가액은 그 장부가액과 1991. 1. 1. 현재의 구 상속세법 제9조 제1항의 규정에 의하여 평가한 가액 중 높은 가액을 적용할 수 있도록 평가의 방법을 상속세법에서 원용한 규정으로 그 평가의 방법을 원용하였다고 해서 위 상속세법 기본통칙의 상속개시 시점평가의 법리가 법인세법에 그대로 적용되어야 한다고는 할 수 없다 할 것이다. 또한, 법인세법 부칙 제7조는 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 제외한 모든 고정자산의 양도로 인하여 생긴 소득에 대하여 새롭게 과세를 함에 따른 조세 부담을 완화하기 위한 규정으로 여기에서 1990. 12. 31. 이전에 취득한 고정자산의 취득가액으로 보는 ‘1991. 1. 1. 현재의 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 가액’이라 함은 토지의 경우 구 상속세법 제9조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조 제1항의 규정에 의하여 1991. 1. 1. 현재의 시가로 하되 시가가 없는 경우 보충적 평가방법으로서 취득가액은 같은 조 제2항 제1호 (가)목의 규정에 의하여 개별공시지가를 적용하여 평가하는 것이므로 시가가 없는 이 사건의 경우 1991. 1. 1. 현재의 개별공시지가를 적용하여 이 사건 토지들의 취득가액을 계산하는 것임에는 다툼이 없다 할 것이다. 그리고, 지가공시및토지등의평가에관한법률 제4조 제1항에 의하면 건설교통부장관은 일단의 토지 중에서 선정한 표준지에 대하여 매년 공시기준일 현재의 적정가격을 조사․ 평가하여 공시하도록 규정하고 있고 같은 법 제10조의2의 규정에 의하면 시장․군수 또는 구청장은 공시지가의 공시기준일 현재 관할구역 안의 개별토지의 단위면적당 가격(개별공시지가)을 결정․공시하도록 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제5조에 매년 공시하는 공시지가의 공시기준일을 당해 연도의 1월 1일로 규정하고 있어 표준지의 공시지가를 기준으로 시장․군수 또는 구청장이 결정․공시하는 개별공시지가도 역시 당해 연도의 1월 1일 그 공시기준일을 기준으로 하여 효력이 있다 할 것이며 비록 1991. 1. 1. 당시에는 당해 연도 개별공시지가가 고시되지 아니하였다 하더라도 이 사건 토지들의 양도시점인 1996사업연도에는 이미 ‘91 개별공시지가가 고시되어 있고 전년도의 개별공시지가 보다는 당해 연도의 개별공시지가가 시가를 더 적정하게 반영하여 시가에 근접한 것이라고 인정된다. 따라서, 처분청이 한 이 사건 거부처분은 상속세 과세를 위한 재산가액 평가시의 상속개시 시점 평가의 법리를 단순히 평가방법만을 원용한 법인세 부칙 제7조의 취득가액의 평가에 그대로 적용한 것으로 법리를 오해한 잘못이 있었다고 인정된다.

그렇다면 처분청이 한 이 사건 환급거부처분은 상속세법상의 상속개시 시점 평가의 법리를 그 평가방법만을 원용한 법인세법상의 취득가액 평가에 적용하고 한 처분으로 부당하고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.