농업기계제조용 부분품에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지의 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 농업기계의 제조에 필요한 부분품을 수입하여 오던 청구인이 농업기계제조업체가 도입하는 농업기계제조용 부분품에 대한 관세의 감면을 규정한 조세감면규제법 제112조 제1항 제2호의 규정에 의하여 관세의 감면을 받아 왔고 그 감면분에 관하여 농어촌특별세를 부과받지 아니하여 온 데 대하여 농어촌특별세를 비과세하기 위하여는 당해 농업기계제조용 부분품의 도입 주체가 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체이어야 하고 청구인과 같은 단순한 농업기계제조업체는 비과세할 수 없는 것으로 보아 청구인에 대하여 1997. 12. 4.부터 같은 달 30.에 이르기까지 1997. 1. 15.부터 같은 해 11. 7.까지의 농업기계제조용 부분품 수입신고분에 관하여 농어촌특별세 등 계 20,054,930원(농어촌특별세액을 과세표준으로 하는 부가가치세 및 가산세 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’ 이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 첫째, 청구인은 농업기계제조업체가 도입하는 국내제작이 곤란한 농업기계제조용 부분품에 관한 관세의 감면을 규정하고 있는 조세감면규제법 제112조 제1항 제2호의 규정에 의하여 관세의 감면을 받아 오던 농업기계제조업체인바 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 의 규정에 의하면 위 조세감면규제법 제112조 제1항 제2호에 의한 감면의 경우에는 농어촌특별세를 비과세하도록 되어 있고 나아가 국내제작이 곤란한 농업기계제조용 부분품에 관한 관세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 부과한다면 결과적으로 농어민에게 그 가격인상분이 전가될 것인데, 이는 농어업의 경쟁력 강화와 농어촌 기반시설의 확충 및 농어촌지역개발사업을 위하여 필요한 재원을 확보하기 위하여 제정된 농어촌특별세법의 입법취지에도 반하는 것이므로 청구인과 같이 농업기계제조용 부분품의 도입에 대하여 관세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세도 비과세되어야 한다고 해석함이 타당하고, 둘째, 청구인은 이 사건 부과처분 이전에 계속적으로 농업기계제조용 부분품을 수입하여 왔는데, 처분청은 그 수입물품에 대한 관세 감면분에 관하여 농어촌특별세를 부과하지 않고 있었고 이에 청구인은 그 수입물품에 관하여 당연히 농어촌특별세가 과세되지 않는 것으로 믿고서 그 판매가격도 농어촌특별세가 포함되지 아니한 가격으로 산정하여 판매하고 있었는데, 처분청이 과거 수입분에 대하여까지 이 사건 부과처분을 함으로써 이미 판매된 물품에 관하여 그 과세액을 판매 가격에 반영할 수 없게 되었으므로 이 사건 부과처분은 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 반하는 위법한 처분이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 농업기계제조업체인 청구인이 농어촌특별세의 비과세대상에 해당되는지의 여부, 둘째, 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 반하는 것인지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 농기계제조용 부분품을 수입하면서 면제받은 관세분에 대하여 처분청이 이 사건 부과처분을 하게 된 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 1960. 2. 1. 농업기계의 제조 및 판매 등을 사업 목적으로 하여 설립된 법인으로서 1997. 1. 15.부터 1997. 11. 7.에 이르기까지 농업기계제조용 부분품을 계 26건을 처분청을 통해 수입하여 오면서 그 관세를 감면받아 온 사실 및 이에 처분청은 청구인이 수입한 위 농업기계제조용 부분품의 관세 감면분에 대하여 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 를 적용하여 농어촌특별세를 과세하지 아니하고 있다가 관세청이 ㅇㅇ세관에 대하여 감사를 하는 과정에서 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체가 아닌 농업기계 제조업체가 수입하는 농업기계제조용 부분품에 관한 관세 감면분은 농어촌특별세의 부과대상이 된다고 지적하고 이어서 1997. 9. 30. 관세청장으로부터 위와 같은 경우에 과세 누락된 농어촌특별세를 추징하도록 하라는 지시를 받게 되어 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 첫째 다툼에 관하여 본다. 우선 관계 법령의 규정을 보건대, 농어촌특별세법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 및 제3조 제1호의 규정에 의하면 조세감면규제법 등의 법률에 의하여 관세 등의 감면을 받는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다고 되어 있고, 제4조 제2호의 규정에 의하면 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(농어촌발전특별조치법에 의한 영농조합법인과 농업회사법인을 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 되어 있으며, 같은 법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제1호의 규정에 의하면 법 제4조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 조세감면규제법 제112조 제1항 제2호의 규정에 의한 감면 등을 말한다고 되어 있고, 조세감면규제법 제112조 제1항 제2호의 규정에 의하면 농업기계화촉진을 위하여 농업기계제조업체가 도입하는 농업기계제조용 부분품 중 국내 제작이 곤란한 것에 대하여는 관세를 경감할 수 있도록 되어 있다. 또한, 농어촌발전특별조치법 제6조 제1항, 제3항의 규정에 의하면 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 공동출하 및 가공․수출 등을 하고자 하는 자는 영농조합법인을 설립할 수 있는데 그 영농조합법인은 농업인과 농산물의 생산자단체 중 정관이 정하는 자를 그 조합원으로 하도록 되어 있고, 제7조 제1항, 제2항의 규정에 의하면 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통․가공․판매함으로써 농업의 부가가치를 높이고 노동력의 부족 등으로 농업경영이 곤란한 농업인의 농작업의 전부 또는 일부를 대행하여 영농의 편의를 도모하고자 하는 자는 농업회사법인을 설립할 수 있는데 이 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농산물의 생산자단체 및 농지개량조합으로 하되, 대통령령이 정하는 비율의 범위 안에서는 농업인이 아닌 자도 농업회사법인에 출자할 수 있도록 되어 있다. 살피건대, 청구인은 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 의 규정에 따라 농업기계 제조 및 판매업을 영위하는 청구인에 대하여도 농어촌특별세가 비과세되어야 한다고 주장하나, 그 상위규정인 농어촌특별세법 제4조 제2호 의 규정에 의하면 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 되어 있어, 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체가 아닌 경우에는 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합 또는 농공단지 안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 자 등 농어업과 관련된 자라 하더라도 농어촌특별세의 과세대상이 되는 것이며 청구인이 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체가 아님은 명백하므로 청구인의 위 주장은 이유 없는 것이라 할 것이다. 둘째 다툼에 관하여 본다. 우선 관계 법령의 규정을 보면, 국세기본법 제15조 는 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 제18조 제3항은 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세 하지 아니한다”고 규정하고 있다. 살피건대, 위 국세기본법 제15조, 제18조 제3항의 규정에 정하는 신의칙이 적용되거나 비과세관행이 성립되었다고 하려면 상당한 기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적인 사실이 존재하여야 할 뿐 아니라 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하는 것이고, 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 부과하지 아니하였으나 그 후 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조사하여 경정할 수 있다 할 것이다. 그런데, 앞서 본 사실에 의하면 처분청은 청구인이 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체가 아니어서 농어촌특별세 비과세대상이 되지 아니함에도 이를 간과하고 농어촌특별세를 부과하지 않고 있다가 관세청장으로부터 잘못된 해석에 의하여 부과하지 아니하였던 농어촌특별세를 추징하도록 하라는 지시를 받고서야 비로소 이 사건 부과처분을 하기에 이르렀던 것임을 인정할 수 있으므로 이러한 사정에 비추어 보면 처분청에게 위 물품의 관세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 부과할 수 있음을 알면서 다른 특별한 사정에 의하여 이를 과세하지 않는다는 의사표시를 하였다는 점을 인정할 수는 없는 것이므로 여기에 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이 문제될 수 없는 것이어서 청구인의 위 주장도 받아들일 수 없는 것이라 할 것이다.

그렇다면 처분청이 농업기계 제조 및 판매업체인 청구인이 농어촌특별세의 과세대상이 된다고 보아서 한 이 사건 부과처분은 정당하고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.