사립학교법인이 지급조서 미제출시 지급조서미제출가산세 부과가 정당한지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 산하 ㅇㅇ중학교 소속 직원 및 교사에게 지급한 1995년도분 근로소득 1,316,814,740원 및 1996년도분 근로소득 1,451,687,190원에 대한 지급조서(이하 ‘이 사건 지급조서’라 한다)를 제출하지 않은 데 대하여, 1995년도분은 구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제4항의 규정에 의하여 그 3/100에 해당하는 금액을 가산세로 하고, 1996년도분은 법인세법 제41조 제4항 의 규정에 의하여 그 2/100에 해당하는 금액을 가산세로 하여 1995사업연도분 법인세 39,504,440원, 1996사업연도분 법인세 29,033,740원 계 68,538,180원을 1998. 2. 17.자로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 첫째, 국세청 법인사무처리규정 제159조의 규정에 의하면 세무서장은 원천징수 의무자가 지급조서를 기한까지 제출하지 아니한 경우 1월 이내에 15일 이내의 기한을 정하여 제출하도록 안내하여야 하고, 그 기한까지도 제출하지 아니한 경우에는 다음달 말일까지 직접 작성하도록 되어 있으며, 청구인은 그 동안까지는 지급조서를 제출하여 왔으므로 청구인이 지급조서를 제출하지 않을 때에는 처분청에서 안내 등 제반 사전 고지조치를 하였다면 위 가산세를 납부하여야 하는 일이 발생할 여지가 없고, 둘째, 법인세법 제41조 3항

② (이러한 규정은 없는 것으로 법인세법 제1조 제4항 의 오기로 보인다)의 규정에 의하여 국공립학교에 대하여는 가산세를 부과하지 않으면서 사립학교라는 이유로 청구인에게는 지급조서 미제출가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장한다

이 사건 심사청구의 다툼은 첫째, 지급조서를 제출하지 않은 청구인에 대하여 안내 없이 이 사건 부과처분을 한 것이 정당한지 여부와 둘째, 사립학교를 경영하는 청구인에 대하여 지급조서 미제출가산세를 부과하는 것이 정당한지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계 법령을 보면, 법인세법 제1조 제1항 은 “국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 “국가․지방자치단체에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 법인세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 제63조 제1항은 “제39조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 지급조서를 제출하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 구 법인세법 제41조 제4항 및 법인세법 제41조 제4항 의 규정에 의하면 납세지 관할 세무서장은 지급조서를 제출하여야 할 내국법인이 소정의 기한 내에 이를 제출하지 아니하였거나 제출된 지급조서가 불분명한 경우에는 1996. 12. 30.까지는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 법인세로서 징수하도록 규정하고 있다가 1997. 1. 1.부터는 그 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 법인세로서 징수하도록 규정하고 있다. 한편, 법인종합관리규정 제159조 제1항은 “세무서장은 원천징수의무자가 지급 조서를 소득세법 제164조 및 동 법 시행령 제215조의 기한까지 제출하지 아니한 경우에는 1월 이내에 15일 이내의 기한을 정하여 제출토록 안내하고 그 기한까지도 제출하지 아니한 경우에는 다음달 말일까지 직접 작성하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인이 이 사건 지급조서를 제출하지 않은 경위 및 처분청의 이 사건 부과처분을 하게 된 경위를 보면, 청구인은 산하 ㅇㅇ중학교의 직원 및 교사에게 지급한 근로소득에 대한 지급조서를 1994사업연도분까지는 제대로 제출하였으나 이 사건 지급조서는 처분청에 제출하지 아니하였으며, 처분청은 1997. 11월(일자 미상)에 위 ㅇㅇ중학교의 1995사업연도분 및 1996사업연도분 원천징수에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 지급조서를 제출하지 아니한 데 대하여 이 사건 부과처분을 하였다. 한편, 처분청은 1996년도의 경우 1996. 11. 14. 15:00부터 ㅇㅇ시 소재 ㅇㅇ대학교 ㅇㅇ기념관 3층 회의실에서 비영리법인에 대한 연말정산 교육을 실시하는 등 매년 관할 전 사업자에 대하여 위 ㅇㅇ기념관에서 연말 정산의 절차, 유의사항, 자료의 제출 등에 대한 교육을 실시하여 왔다. 이러한 사실 등은 관련 일건 기록에 의하여 알 수 있다. 첫째 다툼에 대하여 살펴본다. 국세청의 법인종합관리규정은 법인 관리를 위한 업무지침 성격의 국세청 내부 규정으로 이는 법인세 부과에 관한 근거가 되는 법규가 아니며, 같은 규정 제159조 제1항의 내용도 원천징수의무자가 지급조서를 소정의 기한 내에 제출하지 아니한 경우 관할 세무관서장이 소득자료를 수집하는 절차를 정한 것이므로 이 사건 부과처분의 성립요건과는 관계가 없어 청구인의 주장은 관계 법규를 오인한 잘못된 주장이라 하겠다. 더구나, 가산세는 세법에서 부과한 일정한 사항의 보고 등 협력 의무의 이행 확보를 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 그 의무를 해태하였을 때에 그에 대하여 세금의 형태로 과징하는 것이고, 처분청은 관할 사업자들에 대하여 지급조서 등의 제출에 관한 안내를 교육을 통하여 한 바도 있어 청구인이 이 사건 지급조서를 제출하지 않은 것은 법인세법상 소정의 의무를 해태한 것이며, 그 잘못은 청구인에게 있다고 할 것이므로 이 부분 청구 주장은 이유가 되지 않는다고 할 것이다. 둘째 다툼에 대하여 살펴본다. 법인세법 제1조 제1항 의 규정에 의하면 국내에 본점 및 주사무소를 둔 법인은 내국법인으로 규정하고 있고, 구 법인세법 제41조 제4항 및 법인세법 제41조 제4항 은 내국법인이 지급조서를 소정의 기한 내에 제출하지 않은 경우 가산세를 법인세로 부과하도록 규정하고 있어 사립학교법에 의하여 설립된 내국법인인 청구인의 경우 국공립학교에 대한 가산세 부과여부에 상관없이 지급조서 제출의무 불이행시 법인세로 가산세 납부의무가 있다 할 것이므로 이 부분 청구 주장도 이유가 되지 아니한다고 하겠다.

그렇다면 처분청이 청구인이 이 사건 지급조서를 제출하지 아니한 데 대하여 그 지급조서를 제출하여야 할 금액의 3/100내지 2/100에 해당하는 금액을 가산세로 하여 법인세를 부과, 고지한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.