국민주택건설용지의 양도에 따른 양도소득세 감면의 한도.

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1995. 9. 13. 주택건설등록업자인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ○○번지 소재 청구 외 ㅇㅇ주택합자회사(대표사원 ㅇㅇㅇ, 이하 ‘위 ㅇㅇ주택’이라 한다)에게 같은 시 ㅇㅇ동 ○○번지 전 2,893.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 국민주택건설용지로 양도한 후 1995. 10. 7.자로 그 양도차익예정신고를 하면서 위 양도에 대한 양도소득세 감면세액을 304,692,597원으로 계산하여 양도소득세 308,723,339원, 농어촌특별세 60,938,519원을 신고, 납부하였다가 같은 달 9. 다시 양도소득세액을 274,223,339원으로 재계산하여 양도소득세 34,500,000원을 환급하여 주도록 수정신고한 데 대하여, 1996. 5. 15.자로 위 감면세액 및 수정신고내용을 그대로 인정하여 양도소득세액을 274,223,339원으로, 농어촌특별세액을 60,938,519원으로 각 결정하고 위 과다 납부된 것으로 본 세액 34,500,000원을 환급하여 주었다가 1997. 8. 2.자로 구 조세감면규제법(1997. 4. 10. 법률 제5319호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세감면 규제법’이라 한다) 제66조 제1항 제1호, 제119조 제1항 및 조세감면규제법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14475호로 개정된 것, 이하 ‘조세감면규제법시행령’이라 한다) 제63조 제2항의 각 규정에 의하여 위 감면세액 중 100,000,000원을 초과하여 감면한 부분을 부인하고 양도소득세 224,938,820원(가산세 20,448,983원 포함)을 추가로 부과, 고지하고, 농어촌특별세 40,938,510원을 환급하는 처분(그 결과 양도소득세 추가부과액과 농어촌특별세 환급세액을 차감한 금액은 184,000,310원이 된다. 이를 이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 처분청에서 당초 양도소득세액을 결정하면서 감면세액을 청구인이 신고한 대로 304,692,597원으로 계산하고 과다 납부하였다고 하여 일부 세액을 환급하여 주기까지 하였다가 양도소득세감면의 종합한도가 100,000,000원이라 하여 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 토지를 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도한 데 대하여 구 조세감면규제법상의 양도소득세감면의 종합한도를 100,000,000원으로 보아서 한 이 사건 부과처분이 정당한지의 여부에 있다. 우선, 청구인이 이 사건 토지를 양도하고 양도소득세 및 농어촌특별세를 신고, 납부한 경위와 처분청이 이 사건 부과처분을 하게 된 경위를 보면, 청구인은 1977. 1. 1. 이전에 취득한 이 사건 토지를 1995. 9. 13. 주택건설등록업자인 위 ㅇㅇ주택에게 국민주택건설용지로 양도하고 1995. 10. 7.자로 그 양도차익예정신고를 하면서 위 양도에 대한 양도소득세 감면세액을 304,692,597원으로 계산하여 양도소득세 308,723,339원 및 농어촌특별세 60,938,519원을 신고, 납부하였다가 다시 같은 달 9. 세액계산의 착오를 이유로 양도소득세액을 274,223,339원으로 재계산하고 당초 신고한 세액과의 차액 34,500,000원을 환급하여 주도록 수정신고를 한 사실, 이에 처분청은 청구인이 계산한 위 감면세액과 위 수정신고 내용을 그대로 인정하여 1996. 5. 15.자로 양도소득세액은 274,223,339원으로, 농어촌특별세액은 60,938,519원으로 각 결정하고 과다 납부되었다고 본 양도소득세액 34,500,000원을 환급하여 주었던 사실 그리고 처분청은 그 뒤 당시 양도소득세감면의 종합한도는 과세기간별로 100,000,000원이었는 데 이를 간과하였던 것을 발견하고 1997. 8. 2.자로 이를 초과하여 감면한 부분 204,692,597원을 감면부인하여 그 결과 양도소득세는 224,938,820원을 증액하고 농어촌특별세는 40,938,519원을 감액하는 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 살피건대, 구 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호, 조세감면규제법시행령 제63조 제2항 및 주택건설촉진법시행령 제30조 제1항 단서의 각 규정에 의하면 양도일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 주택건설등록업자가 건설하는 1호 또는 1세대당 85㎡ 이하의 국민주택의 건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 되어 있으나, 구 조세감면규제법 제119조 제1항의 규정에 의하면 개인이 법 제66조 등의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억 원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다고 되어 있으므로, 위 인정 사실과 같이 청구인이 양도일로부터 소급하여 5년 이전에 취득하였던 이 사건 토지를 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도한 이 사건에 있어서도 양도소득세 감면세액이 100,000,000원을 초과할 수는 없다고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 당초에 감면하는 것으로 처리하였던 세액 중 잘못 처리된 100,000,000원을 초과하는 부분을 감면부인하고서 한 이 사건 부과처분은 정당하고 청구인의 주장은 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.