재활용폐자원에 대한 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ㅇㅇ산업이란 상호로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지에서 1995. 2. 1.부터 1996. 8. 26.까지 사이에 폐합성수지를 재활용하여 폴리에스터 화이버를 생산하다가 같은 해 8. 27.부터는 사업장을 같은 군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지로 이전하여 같은 사업을 계속해서 운영하는 과정에서 부가가치세 과세사업을 영위하지 않은 자 등으로부터 취득한 재활용 폐자재에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하고 부가가치세를 신고한 데 대하여 청구인이 폐기물관리법에 따라 폐기물 재생처리신고를 한 것은 1996. 11. 30.이므로 그 이전에 취득한 재활용 폐자재에 대한 부가가치세 매입세액은 공제할 수 없는 것이라 하여 1997. 6. 15.자로 1995년 제1기분 부가가치세 7,502,190원, 같은 해 제2기분 부가가치세 24,490,400원, 1996년 제1기분 부가가치세 19,976,850원, 같은 해 제2기분 부가가치세 7,564,340원, 합계 59,533,780원을 추가 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’ 이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 1995. 2. 1.부터 1996. 8. 26.까지 사이에 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 대지 200평, 건물 140평을 청구 외 ㅇㅇㅇ(이하 ‘위 ㅇㅇㅇ’라 한다)로부터 임차하여 사용하고 있었고 건물주인 위 ㅇㅇㅇ가 위 사업장에 대한 폐기물재생처리 신고를 하였으므로 위 시설의 일부를 임차하여 그 곳에서 폐합성수지를 재활용하여 폴리에스터 화이버를 생산한 것에 대하여는 재활용폐자원에 대한 매입세액을 공제해 주어야 하고 특히 부가가치세를 신고할 때에 매입세액 공제가 불가능함을 통지해 주었더라면 곧바로 폐기물재생 처리 신고를 하였을 것임에도 처분청이 그 동안 여러 차례 청구인의 부가가치세 신고를 받으면서도 이에 대한 아무런 지적을 하지 아니하므로 이를 신뢰하여 재활용 폐자재 취득에 대한 매입세액 공제가 가능한 것으로 믿고 동 매입세액을 공제하여 왔으므로 신의성실의 원칙에 비추어도 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 건물주가 폐기물재생처리 신고를 한 경우에 위 건물의 일부를 임차하여 그 곳에서 건물주와 동일한 사업을 영위하는 청구인의 경우에도 재활용폐자원 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부와 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되는 것인지의 여부에 있다. 먼저, 관련법령의 규정을 보면, 조세감면규제법 제102조 제1항 및 같은 법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 15562호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항, 제2항, 제3항 제2호의 각 규정에 의하면 폐기물관리법에 의하여 폐기물의 재활용신고를 하고 재활용폐자원 및 중고품(이하 “재활용폐자원 등”이라고 한다)을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸업하는 경우를 포함한다)와 과세특례자로부터 재활용폐자원 등을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원 등의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다고 되어 있다. 한편, 폐기물관리법 제44조의2 제1항 은 “다른 사람의 폐기물로서 ㅇㅇㅇ령이 정하는 폐기물을 원료․재료․연료 등으로 재생처리(재생처리를 목적으로 하는 수집․운반을 포함한다)하고자 하는 자(제26조 제1항의 규정에 의한 폐기물처리업자를 제외한다)는 ㅇㅇㅇ령이 정하는 시설․장비를 갖추어 시․도지사에게 ㅇㅇㅇ령이 정하는 바에 따라 신고하여야 한다. 신고사항 중 ㅇㅇㅇ령이 정하는 중요사항을 변경할 때에도 또한 같다”고 규정하고 있고 같은 법 시행규칙 제48조 및 별표 12에 의하면 법 제44조의2 제1항의 규정에 의하여 폐기물을 재생처리하고자 하는 자는 보관시설, 재생처리시설 및 차량 등을 갖추어야 하는 것으로 되어 있다. 다음으로 청구인이 폐기물재생처리사업을 영위하고 부가가치세를 신고한 경위와 처분청이 이 사건 부과처분을 하게 된 경위 등 사실 관계를 보면 건물주 ㅇㅇㅇ는 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 에서 1979. 5. 17. ㅇㅇ산업(사업자등록번호 000 - 00 - 00000)이란 상호로 사업을 시작하여 1991. 11. 18.에는 폐합성수지를 분쇄, 성형하여 수지원료를 생산하는 것으로 하여 ㅇㅇ지방환경청장으로부터 폐기물재생처리 신고필증을 교부받았다가 그 40여일 후인 1991. 12. 31.에는 위 사업을 제쳐두고 1995. 2. 1.부터는 위 부동산을 임대하는 것으로 사업자등록(000 - 00 - 00000)을 한 사실, 청구인은 1995. 1. 20. 위 ㅇㅇㅇ가 ㅇㅇ산업이란 상호로 사업을 하던 장소인 위 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지 대지 200평, 건물 140평을 임차하여 같은 해 2. 1. 그 곳에서 사업자등록번호는 다르지만 동일한 상호인 ㅇㅇ산업(사업자등록번호 000 - 00 - 00000)으로 사업자등록을 한 후 폐합성수지를 재활용하여 폴리에스터 화이버를 생산, 판매하다가 1996. 8. 27. 사업장을 같은 군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ○○번지(이하 ‘이전 후의 사업장’이라 한다)로 이전하여 같은 사업을 계속 운영한 사실, 위 ㅇㅇㅇ는 위와 같이 되어 폐기물재생처리사업을 중단하고 있었지만 1996. 3. 22. 위 폐기물재생처리 신고필증을 ㅇㅇ군수로부터 갱신 교부받은 사실, 청구인은 1996. 11. 30. 이전 후의 사업장에서 폐합성수지를 수집, 운반, 가공하여 재생칩을 생산하는 것으로 하여 ㅇㅇ군수로부터 폐기물재생처리 신고필증을 교부받은 사실, 청구인은 1995년 제1,2기 및 1996년 제1,2기 부가가치세 신고시 재활용폐자원 매입세액을 각 6,904,636원, 22,264,003원, 18,160,776원, 6,876,676원씩 공제하여 신고하였던 사실 그리고 처분청은 1997. 6. 15. 청구인이 폐기물재생처리 신고필증을 교부받기 이전(1995. 2. 1.~1996. 9. 30.)에 취득한 재활용 폐자원 등에 대한 위 각 부가가치세 매입세액은 공제할 수 없는 것이라 하여 그 공제를 배제하고 청구인에 대한 부가가치세를 경정한 결과 이 사건 부과처분을 하기에 이른 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 살피건대, 청구인은 위 ㅇㅇㅇ가 폐기물재생처리 신고를 했고 청구인은 위 폐기물재생처리 신고된 시설의 일부를 임차하여 폐기물을 취득하여 재생처리했으므로 이에 대하여는 매입세액을 공제해 주어야 한다고 주장하나 위 인정의 사실에 의하면 위 ㅇㅇㅇ와 청구인은 각각 다른 사업자등록번호로 사업을 영위하고 있었을 뿐만 아니라 폐기물재생처리를 하고자 하는 자는 재생처리시설, 보관시설 및 폐기물처리 전용차량 등을 갖추도록 되어 있음에도 청구인의 경우 자기명의의 폐기물재생처리신고를 한바 없이 그 사업장의 대지․건물만을 임차하여 사용했던 것이므로 이때의 청구인은 폐기물 재생처리신고를 한 사업자라고 볼 수가 없고 재활용폐자원 등에 대한 매입세액을 공제받기 위하여는 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리신고를 하였어야 함에도 1996. 11. 30.에야 폐기물재생처리신고를 하였다는 것이니 처분청이 청구인이 그 이전에 매입한 재활용폐자원 등에 대한 매입세액은 부가가치세 공제대상이 아니라고 보고서 한 이 사건 부과처분에는 아무런 잘못이 없다고 할 것이다. 또한, 청구인은 처분청이 위 매입세액 공제에 대하여 아무런 지적을 하지 아니하였던 것을 신뢰하여 재활용 폐자원 등에 대한 매입세액을 공제해 왔으므로 추후에 매입세액공제를 부인한 이 사건 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나 신의성실의 원칙은 과세관청이 세금을 부과할 수 있음을 알면서도 어떠한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 그러한 의사가 공적으로 표시된 경우에 한하여 적용하는 것이나 이 사건의 경우는 단순한 과세누락이 있었던 것에 대하여 부가가치세를 경정결정한 것이므로 신의성실의 원칙에도 어긋나지 않는다고 판단된다.

그렇다면 처분청이 청구인의 위 폐기물재활용신고 전의 재활용폐자원 등 취득에 대한 매입세액 공제를 배제하고 한 이 사건 부과처분은 정당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.