농어촌특별세 비과세 대상 여부 판단

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1995. 4. 25. 그 소유이던 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지 잡종지 3,088㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 한국ㅇㅇㅇ공사에 공공사업용 토지로 수용됨에 따라 그 양도소득세 산출세액 100,645,712원 중 100,000,000원을 구 조세감면규제법 부칙(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 신설된 것, 이하 ‘위 구 조세감면규제법 부칙’이라 한다) 제16조 제3항 제1호의 규정에 의하여 감면받고서도 동 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니한 데 대하여 1998. 2. 10.자로 청구인에게 농어촌특별세 24,000,000원을 부과, 고지하는 처분 (이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 지목이 잡종지로 되어 있는 이 사건 토지가 ㅇㅇㅇ공사에 택지개발사업용지로 수용됨에 따라 그 양도소득세 100,000,000원을 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항의 규정에 따라 감면받은바 있고, 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 이 위 구 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로 이 사건 토지에 대한 양도소득세 감면은 농어촌특별세의 비과세 대상에 해당하는 것임에도 처분청이 위 양도소득세 감면세액을 과세표준으로 하여서 한 이 사건 부과처분은 위법한 것이라고 주장한다.

이 사건 심사청구의 다툼은 양도일 현재 농지가 아닌 토지(잡종지 상태로 이용되고 있음)를 소유하다가 공공사업용지로 수용당한 자에 대하여 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면한 때에는 농어촌특별세를 비과세하여야 하는지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 이 사건 토지를 취득하여 양도하고 양도소득세를 감면받은 경위와 처분청이 그 감면세액을 과세표준으로 하여 이 사건 부과처분을 한 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 이 사건 토지 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ○○번지 잡종지 3,088㎡ 를 1988. 6. 30.자로 취득하여 1992. 3. 11. 택지개발예정지로 사업인정고시된 후 1995. 4. 25. ㅇㅇㅇ공사에 공공사업용인 택지개발용지로 수용됨에 따라 그 수용보상금 463,200,000원을 지급받은 사실, 또한 청구인은 1988. 3. 27.부터 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ○○번지에 거주하다가 1993. 7. 16. 이후 ○○시로 주소를 이전하였고 수용 당시인 1995. 4. 25.에는 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇ동 ○○번지 ㅇㅇ아파트 ○동 ○호에 거주한 사실, 그리고 처분청은 청구인이 이 사건 토지 양도에 대한 양도소득세 산출세액 100,645,712원에서 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항과 조세감면규제법 제119조 제1항의 규정에 의하여 100,000,000원을 감면받고서도 이 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니하자 청구인에 대하여 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음 관계 법령의 규정을 보면, 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호의 규정에 의하면 1992. 12. 31. 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 조세감면규제법 제63조의 규정에 불구하고 양도소득세를 면제하도록 규정되어 있고 농어촌특별세법(1994. 3. 24. 법률 제4743호로 제정되어 같은 해 7. 1.부터 시행된 것) 제5조 제1항 제1호 및 제7조 제1항의 규정에 의하면 조세감면규제법에 의하여 소득세를 감면받은 자는 당해 감면세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세를 신고․납부하게 되어 있는 데 같은 법 제4조 제2호의 규정에 의하면 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체 중 대통령령이 정하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 되어 있고 그 위임에 기한 같은 법 시행령 제4조 제1항 제1호와 제7항의 각 규정에 의하면 조세감면규제법 제63조 제1항(구 조세감면규제법 제57조 제1항)의 규정에 의한 공공사업용 토지 중 같은 법 제55조 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상이 되는 토지를 공공사업용지로 양도한 경우에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 되어 있으며 농어촌특별세법 또는 같은 법 시행령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 같은 법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 같은 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니하는 것으로 되어 있는바, 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항은 그 내용이나 규정방식, 체제 등으로 보아 조세감면규제법 제63조 제1항 (구 조세감면규제법 제57조 제1항)의 규정에 의하여 감면되는 경우 중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것으로서 근본적으로는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정한 조세감면 규제법 제63조 제1항의 규정에 의한 감면의 한 모습에 불과하고, 그것이 조세감면규제법 제63조 제1항 등과는 별개의 양도소득세 등의 면제에 관한 근거규정이 되는 것은 아니라 할 것인 데 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 가 조세감면규제법 제63조의 규정에 의한 감면에 대하여는 농업에 관련된 일정한 자가 직접 경작한 농지세과세대상이 되는 토지 즉 농지에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있으므로 결국 위 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항 은 개정된 조세감면규제법을 적용하는 경우에 생기는 혼란을 염두에 둔 규정으로서 위 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항에 의한 감면의 경우에도 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호 와 같은 취지의 감면에 한하여 농어촌특별세를 비과세하는 취지의 것이라고 풀이함이 상당하다. 살피건대, 위 인정의 사실에 의하면 이 사건 토지의 지목이 잡종지로 되어 있고 청구인이 이 사건 토지 취득 후 1995. 4. 25. ㅇㅇㅇ공사에 공공사업용 토지로 수용되어 구 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 감면받았으나 다른 한편 농어촌특별세 비과세 해당여부를 보면 청구인은 1988. 3. 27. 이후 1995. 4. 25. 양도 당시까지 이 사건 토지 소재지가 아닌 ㅇㅇ도 및 ○○시에 거주하여 양도 당시에는 농어민으로 볼 수 없는 것이 명백하여 결국 이 사건 토지는 청구인이 이 사건 토지의 소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지세과세대상이 되는 토지 즉 농지가 아니었다는 것이니 이 사건 토지에 대한 양도소득세 감면은 농어촌특별세의 비과세대상에 해당하지 아니한다고 보아야 할 것이고 따라서 이와 다른 견해를 전제로 하는 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없는 것이라고 하겠다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 그 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.